マツタケは北半球の温帯地域に広く分布する菌種であるが、マツタケのシロが形成される林分は限定的であり、それらの林分内でもシロが形成される場所は限られている。そのため、シロの形成には、土壌微生物を含む土壌の微環境が重要な要素であると考えられる。これまでに，多くの研究者が分子生物学的手法によりシロおよびシロに隣接する土壌の微生物群集構造を調べたが、in vitroの土壌微生物がシロの形成に与える影響に関する報告は殆どない。本研究では、長野県の松川町、伊那市と松本市、京都府の丹波と和歌山県の高野町舟形山の調査地内の3つ以上のシロから、シロの内部とシロの近辺の土壌をサンプリングし、メタゲノム解析により土壌微生物（真菌類と細菌類）の種構成を明らかにした。また，土壌から菌根菌を分離し、分離菌株とマツタケを対峙培養させることにより、マツタケと各種との相互作用を調べた。