松田朋子 (Matsuda Tomoko) - マイポータル

基本情報

所属: 株式会社日本バイオデータ

学位: 博士（農学）(東京農工大学)

J-GLOBAL ID: 201801007820109778
researchmap会員ID: B000300935

研究分野

経歴

2015年4月 - 現在

株式会社日本バイオデータ
2014年4月 - 2015年3月

茨城大学, 農学部, 非常勤研究員

学歴

2011年4月 - 2014年3月

東京農工大学大学院, 農学研究科, 生物生産科学専攻
2009年4月 - 2011年3月

茨城大学大学院, 農学研究科, 生物生産科学専攻
2005年4月 - 2009年3月

茨城大学, 農学部, 生物生産科学科

受賞

2022年10月

NGS EXPO 2022ベストポスター賞
2013年11月

S-PLUS学生研究奨励賞, 株式会社NTTデータ数理システム
2011年3月

茨城大学学長表彰
2010年3月

第54回日本応用動物昆虫学会大会ポスター賞

論文

A PCR primer design method for identifying spider mite species using k-mer counting

Tomoko Matsuda, Hironori Sakamoto, Takumi Kayukawa, Yasuki Kitashima, Toshinori Kozaki, Tetsuo Gotoh

PLOS One 20(6) e0321199-e0321199 2025年6月9日査読有り筆頭著者責任著者
Patterns of reproductive isolation in a haplodiploid mite, Amphitetranychus viennensis: prezygotic isolation, hybrid inviability and hybrid sterility

Yukie Sato, Satoshi Fujiwara, Martijn Egas, Tomoko Matsuda, Tetsuo Gotoh

BMC Ecology and Evolution 21(1) 177 2021年9月23日査読有り
Importance of experimental information (metadata) for archived sequence data: case of specific gene bias due to lag time between sample harvest and RNA protection in RNA sequencing

Tomoko Matsuda

PeerJ 9 e11875 2021年8月25日査読有り筆頭著者責任著者
Morphological ontogeny and molecular analyses of geographic strains of two closely related Neoseiulus species (Acari: Phytoseiidae)

Mohamed W. Negm, Tomoko Matsuda, Takumi Kayukawa, Chyi-Chen Ho, Yu-Tzu Hsu, Manita Kongchuensin, Ploychompoo Konvipasruang, Tetsuo Gotoh

Acarologia 61(2) 432-452 2021年6月30日査読有り
Complementary description of Panonychus caricae Hatzinikolis, 1984, with the resurrection of the genus Sasanychus Ehara, 1978 (Acari, Prostigmata, Tetranychidae)

Tea Arabuli, Tomoko Matsuda, Mohamed W Negm, Tetsuo Gotoh

Zootaxa 4881(3) 515-531 2020年11月20日査読有り
Single‐cell transcriptome analyses reveal heterogeneity in suspension cultures and clonal markers of CHO‐K1 cells

Norichika Ogata, Akio Nishimura, Tomoko Matsuda, Michi Kubota, Takeshi Omasa

Biotechnology and Bioengineering 118(2) 944-951 2020年11月12日査読有り
Morphological identification of Amphitetranychus species (Acari: Tetranychidae) with crossbreeding, esterase zymograms and DNA barcode data

Tea Arabuli, Mohamed Waleed Negm, Tomoko Matsuda, Yasuki Kitashima, Tea Abramishvili, Igor Andrijovych Akimov, Olga Valentynivna Zhovnerchuk, Sergei Yakovlevich Popov, Tetsuo Gotoh

PLOS ONE 14(9) e0221951 2019年9月13日査読有り
Effects of Wolbachia/Cardinium Infection on the Mitochondrial Phylogeny of Oligonychus castaneae (Acari: Tetranychidae)

Hironori Sakamoto, Reiko Suzuki, Natsuko Nishizawa, Tomoko Matsuda, Tetsuo Gotoh

Journal of Economic Entomology 112(2) 883-893 2019年3月21日査読有り
Phylogeny of the spider mite sub-family Tetranychinae (Acari: Tetranychidae) inferred from RNA-Seq data

Tomoko Matsuda, Toshinori Kozaki, Kazuo Ishii, Tetsuo Gotoh

PLOS ONE 13(9) e0203136 2018年9月7日査読有り筆頭著者
Interspecific interference in the closely related predatory mites Neoseiulus womersleyi and Neoseiulus longispinosus (Acari: Phytoseiidae)

Mohammad Shaef Ullah, Ryouhei Sugimoto, Tomoko Matsuda, Chih-Hung Wang, Manita Kongchuensin, Ploychompoo Konvipasruang, Tetsuo Gotoh

International Journal of Acarology 43(4) 296-301 2017年5月19日査読有り
Molecular identification of seven species of the genus Stigmaeopsis (Acari: Tetranychidae) and preliminary attempts to establish their phylogenetic relationship

Hironori Sakamoto, Tomoko Matsuda, Reiko Suzuki, Yutaka Saito, Jian-Zhen Lin, Yan-Xuan Zhang, Yukie Sato, Tetsuo Gotoh

Systematic and Applied Acarology 22(1) 91-101 2017年1月5日査読有り
Phylogenetic Analysis of the Spider Mite Sub-Family Tetranychinae (Acari: Tetranychidae) Based on the Mitochondrial COI Gene and the 18S and the 5′ End of the 28S rRNA Genes Indicates That Several Genera Are Polyphyletic

Tomoko Matsuda, Maiko Morishita, Norihide Hinomoto, Tetsuo Gotoh

PLoS ONE 9(10) e108672 2014年10月7日査読有り筆頭著者
DNA-Based Identification of Spider Mites: Molecular Evidence for Cryptic Species of the Genus Tetranychus (Acari: Tetranychidae)

Tomoko Matsuda, Chihiro Fukumoto, Norihide Hinomoto, Tetsuo Gotoh

Journal of Economic Entomology 106(1) 463-472 2013年2月1日査読有り筆頭著者
Molecular-Based Identification and Phylogeny of Oligonychus Species (Acari: Tetranychidae)

Tomoko Matsuda, Norihide Hinomoto, Rajendra Nath Singh, Tetsuo Gotoh

Journal of Economic Entomology 105(3) 1043-1050 2012年6月1日査読有り筆頭著者

MISC

日本のバイオ産業発展に向けた若手ダイナモ人財の戦い方（私の場合）

松田朋子

バイオサイエンスとインダストリー 81(4) 367-367 2023年7月10日筆頭著者
Phylogenetic analyses of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 reflected the several routes of invasion in Taiwan, the United States, and Japan

Tomoko M, Suzuki H, Ogata N

arXiv: Genomics arXiv:2002.08802 2020年2月筆頭著者
DNA塩基配列を用いたハダニ類の種の識別と系統関係の推定

松田朋子, 後藤哲雄

植物防疫 74(3) 131-136 2020年査読有り筆頭著者
トピックス：第24回国際昆虫学会議に参加して

松田朋子

植物防疫 67(1) 50-52 2013年

書籍等出版物

バイオ医薬品の製剤安定化／高品質化のための不純物の規格設定と評価・管理手法

緒方法親, 松田朋子, 鬼塚正義 (担当:分担執筆, 範囲:CHO細胞と組み換え抗体の不均一性;細胞開発と培養プロセスについて pp.109-128)

サイエンス＆テクノロジー株式会社 2022年10月 (ISBN: 9784864282918)

講演・口頭発表等

Improved detection of high-risk host cell proteins through spectral library construction for Chinese hamster-derived cell cultures

Cell Culture Engineering XIX 2025年4月27日
Optimizing protein databases for CHO SWATH-MS spectral library construction: enhanced detection and quantification of high-risk host cell protein

24th Annual PepTalk 2025: The Protein Science and Production Week 2025年1月13日
Modification of a protein database to construct CHO SWATH-MS spectral library for quantitative profiling of high-risk HCPs

The 28th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community 2024年10月17日
SWATH-MS法による宿主細胞由来タンパク質 (HCP) 測定方法の確立

松田朋子・緒方法親・山野-足立範子・大政健史

第37回日本動物細胞工学会2024年度大会 (JAACT2024) 2024年7月23日
Protein database modification to construct CHO SWATH-MS spectral library for quantitative profiling of high-risk HCPs

Matsuda, T, N. Ogata, N. Yamano-Adachi, T. Omasa

28th European Society for Animal Cell Technology 2024年6月24日
A single cell transcriptome comparison between common CHO cell lines and a novel cell line derived from lung tissue of Chinese hamsters (CHL-YN cells)

Matsuda, T, N. Ogata, N. Yamano-Adachi, T. Omasa

16th Asian Congress on Biotechnology 2023年10月16日
Effect of Host Genome Completeness on Virus Detection by Next Generation Sequencing: Importance of a High-Quality Reference Genome for Viral Safety

Matsuda, T, N. Ogata, A. Hosaka, N. Yamano-Adachi, N. Hashiba, K. Yusa, K. Uchida, Y. Kawabe, M. Kamihira, S. Murakami, T. Omasa

The 28th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community 2023年7月13日
いつの細胞を測ったの？ RNA抽出工程で生じるバイアス

松田朋子

NGS EXPO 2022 2022年10月18日
SARS-CoV-2ゲノムに学ぶフルリモート研究

松田朋子・緒方法親

第34回日本動物細胞工学会2021年度大会シンポジウム3：若手が挑むCOVID19（オンライン） 2021年7月招待有り
ミナミケナガカブリダ二 Neoseiulus longispinosus とケナガカブリダニ N. womersleyi の日本と海外個体群の形態及び分子情報の比較

後藤哲雄・M. W. Negm・松田朋子

第25回農林害虫防除研究会静岡大会（オンライン） 2021年7月
Panonychus属ハダニの分類の現状と問題点

後藤哲雄・M. W. Negm・松田朋子

第65回日本応用動物昆虫学会大会（オンライン） 2021年3月
オウトウハダニにおける生殖隔離と遺伝距離

佐藤幸恵・藤原聡・Martijn Egas・松田朋子・後藤哲雄

第68回日本生態学会大会（オンライン） 2021年3月
COI遺伝子の分子系統樹に基づくハダニ類の種の識別法の確立

松田朋子・後藤哲雄

第24回農林害虫防除研究会沖縄大会 2019年7月
細胞内共生細菌WolbachiaおよびCardiniumの感染がクリノツメハダニのミトコンドリアDNAに基づく系統樹に及ぼす影響

坂本洋典・鈴木玲子・西澤夏子・松田朋子・後藤哲雄

第27回日本ダニ学会大会 2018年10月
ハダニ類の分子同定に有効に利用できる遺伝子のRNA-seqを用いた探索

坂本洋典・松田朋子・粥川琢巳・古崎利紀・後藤哲雄

第62回日本応用動物昆虫学会大会 2018年3月
Phylogeny of the spider mite Sub-Family Tetranychinae (Acari: Tetranychidae) by RNA-Seq

Matsuda, T., T. Kozaki, K. Ishii and T. Gotoh

XVI AZRA International Conference on Applied Zoological Research for Sustainable Agriculture & Food Security (Poster) 2018年2月
Single cell transcriptome analysis of CHO-K1 cell-line cells

Ogata, N., M. Kubota, T. Matsuda, A. Nishimura, T. Omasa

Mammalian Systems Biotechnology Workshop Singapore (Poster) 2016年8月
Phylogenetic analysis of the spider mite sub-family Tetranychinae (Acari: Tetranychidae)

Gotoh, T., T. Matsuda

The 3rd Asia-Pacific Conference on Life Science and Engineering (Poster) 2015年11月
Phylogeny of the spider mite sub-family Tetranychinae (Acari: Tetranychidae) from Japan reconstructed by their transcriptomes

Kozaki, T., T. Matsuda, K. Ishii and T. Gotoh

Cold Spring Harbor Laboratory Conference on Genome Informatics (Poster) 2015年10月
クリノツメハダニのWolbachiaおよびCardinium感染がミトコンドリアDNAの多様性に及ぼす影響

鈴木玲子・松田朋子・北嶋康樹・後藤哲雄

第59回日本応用動物昆虫学会大会 2015年3月

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