澄田智美 (Sumida Tomomi) - マイポータル

基本情報

J-GLOBAL ID: 201801014530688681
researchmap会員ID: B000319175

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

国立研究開発法人海洋研究開発機構, 生命理工学センター, 主任研究員
2021年4月 - 2024年9月

国立研究開発法人海洋研究開発機構, 生命理工学センター, 副主任研究員
2020年4月 - 2021年3月

国立研究開発法人海洋研究開発機構, 生命理工学センター, 特任副主任研究員
2018年4月 - 2020年3月

国立研究開発法人海洋研究開発機構, 特任技術主任

受賞

2025年4月

特定表彰（奨励賞）, 深海環境ゲノムからの新規糖質分解酵素の発見, 海洋研究開発機構

澄田智美, 平岡聡史, 臼井けい子
2024年6月

研究奨励賞, 第25回酵素応用シンポジウム
2019年9月

優秀ポスター賞（博士号取得者の部）, 日本微生物生態学会
2013年8月

日本糖質学会ポスター賞, 日本糖質学会年会

論文

Impact of acetate on CO2 fixation pathways in thermophilic and hydrogenotrophic bacteria

Yoko Chiba, Tomomi Sumida, Masafumi Kameya, Yuto Fukuyama, Tomoyuki Wakashima, Shigeru Shimamura, Ryoma Kamikawa, Yoshito Chikaraishi, Takuro Nunoura

ISME Communications 2025年12月6日査読有り
Impact of acetate on CO₂fixation pathways in thermophilic and hydrogenotrophic bacteria

Yoko Chiba, Tomomi Sumida, Masafumi Kameya, Yuto Fukuyama, Tomoyuki Wakashima, Shigeru Shimamura, Ryoma Kamikawa, Yoshito Chikaraishi, Takuro Nunoura

bioRxiv 2025年4月1日
Genetic and functional diversity of β-N-acetylgalactosamine-targeting glycosidases expanded by deep-sea metagenome analysis.

Tomomi Sumida, Satoshi Hiraoka, Keiko Usui, Akihiro Ishiwata, Toru Sengoku, Keith A Stubbs, Katsunori Tanaka, Shigeru Deguchi, Shinya Fushinobu, Takuro Nunoura

Nature communications 15(1) 3543-3543 2024年5月10日査読有り筆頭著者責任著者
Development of a rapid and highly accurate method for 13C tracer-based metabolomics and its application on a hydrogenotrophic methanogen.

Yuto Fukuyama, Shigeru Shimamura, Sanae Sakai, Yuta Michimori, Tomomi Sumida, Yoshito Chikaraishi, Haruyuki Atomi, Takuro Nunoura

ISME communications 4(1) ycad006 2024年1月査読有り
Genetic and functional diversity of β-N-acetylgalactosamine residue-targeting glycosidases expanded by deep-sea metagenome

Tomomi Sumida, Satoshi Hiraoka, Keiko Usui, Akihiro Ishiwata, Toru Sengoku, Keith A Stubbs, Katsunori Tanaka, Shigeru Deguchi, Shinya Fushinobu, Takuro Nunoura

bioRxiv 2023年7月28日
Diverse DNA modification in marine prokaryotic and viral communities.

Satoshi Hiraoka, Tomomi Sumida, Miho Hirai, Atsushi Toyoda, Shinsuke Kawagucci, Taichi Yokokawa, Takuro Nunoura

Nucleic acids research 50(3) 1531-1550 2022年2月22日査読有り
Structural Basis of Leader Peptide Recognition in Lasso Peptide Biosynthesis Pathway.

Tomomi Sumida, Svetlana Dubiley, Brendan Wilcox, Konstantin Severinov, Shunsuke Tagami

ACS chemical biology 14(7) 1619-1627 2019年7月19日査読有り
Fluorimetric assays for N-acetylgalactosamine-6-sulfatase and arylsulfatase B based on the natural substrates for confirmation of mucopolysaccharidoses types IVA and VI

Arun Babu Kumar, Zdenek Spacil, Farideh Ghomashchi, Sophia Masi, Tomomi Sumida, Makoto Ito, Frantisek Turecek, C. Ronald Scott, Michael H. Gelb

CLINICA CHIMICA ACTA 451(Pt B) 125-128 2015年12月査読有り
Conserved Neutralizing Epitope at Globular Head of Hemagglutinin in H3N2 Influenza Viruses

Yoshitaka Iba, Yoshifumi Fujii, Nobuko Ohshima, Tomomi Sumida, Ritsuko Kubota-Koketsu, Mariko Ikeda, Motoaki Wakiyama, Mikako Shirouzu, Jun Okada, Yoshinobu Okuno …

Journal of Virology 88(13) 7130-7144 2014年7月査読有り
A novel crystal form of pyrrolysyl-tRNA synthetase reveals the pre- and post-aminoacyl-tRNA synthesis conformational states of the adenylate and aminoacyl moieties and an asparagine residue in the catalytic site

Tatsuo Yanagisawa, Tomomi Sumida, Ryohei Ishii, Shigeyuki Yokoyama

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY 69(Pt 1) 5-15 2013年1月査読有り
Gaining insight into the inhibition of glycoside hydrolase family 20 exo-β-N-acetylhexosaminidases using a structural approach.

Sumida T, Stubbs KA, Ito M, Yokoyama S

Organic & biomolecular chemistry 10(13) 2607-2612 2012年査読有り
Molecular Cloning and Catalytic Mechanism of a Novel Glycosphingolipid-degrading beta-N-Acetylgalactosaminidase from Paenibacillus sp. TS12

Tomomi Sumida, Ken Fujimoto, Makoto Ito

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 286(16) 14065-14072 2011年4月査読有り
A paralog of lysyl-tRNA synthetase aminoacylates a conserved lysine residue in translation elongation factor P

Tatsuo Yanagisawa, Tomomi Sumida, Ryohei Ishii, Chie Takemoto, Shigeyuki Yokoyama

NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY 17(9) 1136-U14 2010年9月査読有り
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of GenX, a lysyl-tRNA synthetase paralogue from Escherichia coli, in complex with translation elongation factor P

Tomomi Sumida, Tatsuo Yanagisawa, Ryohei Ishii, Shigeyuki Yokoyama

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS 66(Pt 9) 1115-1118 2010年9月査読有り
Molecular Cloning and Crystal Structural Analysis of a Novel beta-N-Acetylhexosaminidase from Paenibacillus sp TS12 Capable of Degrading Glycosphingolipids

Tomomi Sumida, Ryohei Ishii, Tatsuo Yanagisawa, Shigeyuki Yokoyama, Makoto Ito

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 392(1) 87-99 2009年9月査読有り
Modeling of tRNA-assisted mechanism of Arg activation based on a structure of Arg-tRNA synthetase, tRNA, and an ATP analog (ANP)

Michiko Konno, Tomomi Sumida, Emiko Uchikawa, Yukie Mori, Tatsuo Yanagisawa, Shun-ichi Sekine, Shigeuki Yokoyama

FEBS JOURNAL 276(17) 4763-4779 2009年9月査読有り
Utilization of ganglioside-degrading Paenibacillus sp strain TS12 for production of glucosylceramide

T Sumida, N Sueyoshi, M Ito

APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 68(11) 5241-5248 2002年11月査読有り
Molecular cloning and characterization of a novel glucocerebrosidase of Paenibacillus sp TS12

T Sumida, N Sueyoshi, M Ito

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 132(2) 237-243 2002年8月査読有り

MISC

JAMSTEC深海微生物株ライブラリーのご紹介

布浦卓郎, 澄田智美

NBRCニュース第85号 2024年2月
Lassoペプチド合成系タンパク質B1の構造決定

澄田智美, 田上俊輔

KEK Progress Report (Web) (2020-6) 2020年
アミノアシルtRNAシンテターゼパラログであるGenXと複合体を形成した翻訳延長因子Pの構造から明らかにした転移RNA模倣蛋白質の構造と機能

YANAGISAWA Tatsuo, SUMIDA Tomomi, YOKOYAMA Shigeyuki, YOKOYAMA Shigeyuki

SPring-8 Research Frontiers 2010 2011年
Copycat protein finds a perfect match

Tatsuo Yanagisawa, Tomomi Sumida, Ryohei Ishii, Chie Takemoto, Shigeyuki Yokoyama

RIKEN Research, Research Highlights 2010年11月
Structure and Function of a Protein Mimicking Transfer RNA:Translation elongation factor P, a transfer RNA-like L-shaped protein, accepts an amino acid in a reaction similare to that of transfer RNA

Tatsuo Yanagisawa, Tomomi Sumida, Ryohei Ishii, Chie Takemoto, Shigeyuki Yokoyama

Journal of Synchrotron Radiation, SPring-8 Facility Information 2010年11月

書籍等出版物

β-GalNAcに作用する新規糖質分解酵素群の探索と構造機能解析～酵素の分子進化と機能的多様性を紐解く～

澄田智美

応用糖質科学：日本応用糖質科学会誌 15 (2), 99-107, 2025-05-20 2025年5月
深海微生物のメタゲノム解析が切り拓く未知の酵素の世界—β-GalNAcに作用する新規酵素群の分子進化の歴史をひもとく

澄田智美, 平岡聡史

生化学・公益社団法人日本生化学会 2025年2月
形からたどる酵素の祖先とそのルーツ : 糖質分解酵素の分子進化の歴史をひも解く

澄田智美

現代化学・東京 : 東京化学同人 2024年11月
微生物保存機関巡り（34）

澄田智美, 長野由梨子, 宮﨑征行, 出口茂, 布浦拓郎

日本微生物資源学会誌第40巻1号 2024年6月
微生物資源の整備と利活用の戦略

布浦拓郎, 長野由梨子, 宮崎征行, 澄田智美, 出口茂

エヌ・ティー・エス 2023年9月 (ISBN: 9784860438586)
オービトラップ質量分析計を用いたアミノ酸解析の可能性

島村繁, 澄田智美, 布浦拓郎

低温科学・北海道大学低温科学研究所 2021年3月
Orbitrap Fusionを用いたCE-MSと四重極GC-MSでのアミノ酸分析の比較

澄田智美, 島村繁, 布浦拓郎

低温科学・北海道大学低温科学研究所 2021年3月
ラッソペプチドの生合成機構の解明を目指して”

澄田智美

日本微生物生態学会誌 2020年35巻1号 2020年3月
転移RNAを擬態する翻訳因子EF-Pのアミノアシル化修飾抗菌薬ターゲットとしての可能性に期待

柳沢達男, 澄田智美, 横山茂之

化学と生物49巻7号・公益社団法人日本農芸化学会 2011年7月1日

講演・口頭発表等

深海バイオリソースを基盤とした新規酵素探索

澄田智美

第98回日本生化学会大会シンポジウム 2025年11月3日招待有り
多様な環境からの新規酵素探索〜β-GalNAcに作用する糖質分解酵素群の機能的多様性の解明〜

澄田智美

GlycoTOKYO 2025 シンポジウム 2025年10月18日招待有り
海洋環境ゲノム情報を基盤とした有用機能酵素の探索と有用性の検証

澄田智美, 平岡聡史

日本農芸化学会 2025年度札幌大会シンポジウム 2025年3月9日招待有り
多様なβ-GalNAc含有糖鎖に対応した一連の新規酵素群の構造機能解析

澄田智美

第21回糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム 2024年11月20日招待有り
“機能に基づく探索”と“配列に基づく探索”から発見した新規糖質分解酵素の構造機能解析

澄田智美

第97回日本生化学会大会 2024年11月6日
深海微生物叢情報から発見した新規糖質分解酵素群の機能的多様性の解明

澄田智美

日本微生物生態学会第37回広島大会 2024年10月29日
新規糖質分解酵素群の分子進化と機能的多様性を酵素の構造機能解析から紐解く

澄田智美

第45回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム 2024年9月29日招待有り
β-GalNAcに作用する新規糖質分解酵素群の探索と構造機能解析〜酵素の分子進化と機能的多様性を紐解く〜

澄田智美

第13回応用糖質科学シンポジウム 2024年9月27日招待有り
新規糖質分解酵素群の分子進化を蛋白質の構造機能解析から紐解く

澄田智美

第94回SPring-8先端利用技術ワークショップ/大阪大学蛋白研セミナー 2024年9月9日招待有り
深海メタゲノム情報から見出された新規糖質分解酵素群の機能的多様性の解明

澄田智美

第25回酵素応用シンポジウム 2024年6月21日招待有り
深海メタゲノム情報とドメイン検索を利用した新規糖質分解酵素群の探索及び構造機能解析

澄田智美

第24回日本蛋白質科学会年会 2024年6月13日招待有り
深海バイオリソースを統合した生物鉱学カルチャーコレクション構想

澄田智美

日本農芸化学会 2024年度東京大会 2024年3月5日招待有り
分子分析と安定同位体分析を組み合わせて深海堆積物中の微生物の窒素循環を明らかにする

KOBAYASHI Kanae, MAKABE Akiko, SHIGEMITSU Masahito, HIRAOKA Satoshi, TSUDA Miwako, MIYAZAKI Masayuki, SUMIDA Tomomi, NOMAKI Hidetaka, NUNOURA Takuro, KAWAGUCHI Shinsuke

日本微生物生態学会大会 2023年11月28日
CE-MSを用いた¹³Cトレーサーに基づくメタボロミクスにより明らかになった超好熱性細菌と従属栄養細菌におけるCO₂の同化

FUKUYAMA Yuto, SHIMAMURA Shigeru, SUMIDA Tomomi, CHIBA Yoko, CHIKARAISHI Yoshito, ATOMI Haruyuki, NUNOURA Takuro

日本微生物生態学会大会 2023年11月28日
深海微生物叢情報を利用したβ-GalNAc含有糖鎖に作用する新規糖質分解酵素群の発見

澄田智美, 平岡聡史, 臼井けい子, 伏信進矢, 布浦拓郎

日本微生物生態学会大会 2023年11月28日
深海メタゲノム情報を利用した新規糖質分解酵素群の発見及び構造機能相関の解明

澄田智美, 平岡聡史, 臼井けい子, 石渡明弘, 伏信進矢, 布浦拓郎

日本応用糖質科学会2023年度第72回大会 2023年9月13日
微量メタボローム解析法を用いたMethanothermobacter thermautotrophicusにおけるアミノ酸生合成系の代謝ギャップの探索

福山宥斗, 島村繁, 澄田智美, 酒井早苗, 跡見晴幸, 布浦拓郎

日本Archaea研究会講演会 2023年
深海微生物叢情報を利用した新規糖質分解酵素の探索~新規酵素群の分子進化と機能の多様性を紐解く~

澄田智美, 平岡聡史, 臼井けい子, 石渡明弘, 伏信進矢, 布浦拓郎

日本生化学会大会 2023年
微量メタボローム解析を用いたMethanothermobacter thermautotrophicusにおけるアミノ酸生合成系の再構築

福山宥斗, 澄田智美, 島村繁, 酒井早苗, 跡見晴幸, 布浦拓郎

日本Archaea研究会講演会要旨集 2022年
海洋微生物叢が持つエピゲノムの多様性と進化・生態との関わり

平岡聡史, 澄田智美, 平井美穂, 豊田敦, 川口慎介, 横川太一, 布浦拓郎

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 2022年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

RNAウイルスの新たな「界」となる温泉RNAウイルスの分離培養と解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2027年3月

浦山俊一, 玉木秀幸, 吉田ゆかり, 田上俊輔, 西原亜理沙, 澄田智美
微生物による鉱物の溶解・沈殿プロセスにおける硫黄酸化代謝の定量的リスト化

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

若井暁, 澄田智美, 飯野隆夫
深海プラスチックの生分解性評価と深海微生物由来分解酵素の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2025年3月

若井暁, 澄田智美, 平岡聡史
深海微生物叢情報を利用した新規糖質分解酵素の探索及び機能解析と応用展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

澄田智美, 平岡聡史
深海メタゲノム情報を利用した新規糖質分解酵素群の探索と構造機能解析

公益財団法人水谷糖質科学振興財団第28回研究助成 2020年4月 - 2022年3月
光合成色素合成酵素の立体構造からニトロゲナーゼ類似酵素の進化を紐解く

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

澄田智美, 塚谷祐介
新奇スフィンゴ糖脂質分解酵素群を利用した糖脂質代謝機構の解明及び創薬への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2012年4月 - 2015年3月

澄田智美

澄田智美

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