大城戸利久 (Toshihisa OKIDO) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター特任研究員

J-GLOBAL ID: 201601012937040859
researchmap会員ID: B000250874

研究分野

ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

論文

DNA Data Bank of Japan (DDBJ) update report 2021

Toshihisa Okido, Yuichi Kodama, Jun Mashima, Takehide Kosuge, Takatomo Fujisawa, Osamu Ogasawara

Nucleic Acids Research 50(D1) D102-D105 2021年11月9日査読有り筆頭著者責任著者
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts

Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yasuyuki Fujii, Yoshiharu Sato, Erimi Harada, Jun-Ichi Takeda, Takayuki Taniya, Ryuichi Sakate, Shingo Kikugawa, Makoto Shimada …

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36(1) D793-D799 2008年1月査読有り
The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update

Rice Annotation Project, Tsuyoshi Tanaka, Baltazar A Antonio, Shoshi Kikuchi, Takashi Matsumoto, Yoshiaki Nagamura, Hisataka Numa, Hiroaki Sakai, Jianzhong Wu, Takeshi Itoh …

Nucleic Acids Research 36(Database) D1028-D1033 2007年12月23日査読有り
Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana: The Rice Annotation Project

Takeshi Itoh, Tsuyoshi Tanaka, Roberto A. Barrero, Chisato Yamasaki, Yasuyuki Fujii, Phillip B. Hilton, Baltazar A. Antonio, Hideo Aono, Rolf Apweiler, Richard Bruskiewich …

Genome Research 17(2) 175-183 2007年2月査読有り
Exploration and grading of possible genes from 183 bacterial strains by a common protocol to identification of new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS)

Takehide Kosuge, Takashi Abe, Toshihisa Okido, Naoto Tanaka, Masaki Hirahata, Yutaka Maruyama, Jun Mashima, Aki Tomiki, Motoyoshi Kurokawa, Ryutaro Himeno …

DNA RESEARCH 13(6) 245-254 2006年12月査読有り
Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

T Imanishi, T Itoh, Y Suzuki, C O'Donovan, S Fukuchi, KO Koyanagi, RA Barrero, T Tamura, Y Yamaguchi-Kabata, M Tanino …

PLOS BIOLOGY 2(6) 856-875 2004年6月査読有り
Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs

Y Okazaki, M Furuno, T Kasukawa, J Adachi, H Bono, S Kondo, Nikaido, I, N Osato, R Saito, H Suzuki …

NATURE 420(6915) 563-573 2002年12月査読有り
Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection

J Kawai, A Shinagawa, K Shibata, M Yoshino, M Itoh, Y Ishii, T Arakawa, A Hara, Y Fukunishi, H Konno …

NATURE 409(6821) 685-690 2001年2月査読有り
FANTOM+: The Interface for Functional Annotation of Mouse cDNA

Bono Hidemasa, Sakai Katsunaga, Yoshida Kiyoshi, Kasukawa Takeya, Furuno Masaaki, Okazaki Yasushi, Okido Toshihisa, Kohtsuki Shotaro, Hayashizaki Yoshihide

Genome Informatics 11 219-221 2000年

MISC

微生物ゲノムアノテーションパイプラインDFAST - DDBJの登録システムとの統合による登録査定業務の効率化を目指して

谷澤靖洋, 藤澤貴智, 大城戸利久, 青野英雄, 李慶範, 有田正規, 中村保一

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日

書籍等出版物

メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ (実験医学別冊)

大城戸利久, 福田亜沙美 (担当:分担執筆, 範囲:国際塩基配列データベースへの登録 -メタゲノムアセンブリ, DRA, DDBJ-)

羊土社 2021年12月
マウス・ゲノム塩基配列決定の状況と意義

大城戸利久, 坂井勝呂, 古野正朗 (担当:共著)

蛋白質核酸酵素 2001年7月

講演・口頭発表等

DDBJ DB紹介・登録方法 (2) DDBJ (MSS) へのゲノム登録

大城戸利久

第4回植物インフォマティクス研究会・年会(2021) データベース講習会 2021年10月5日
微生物ゲノムアノテーションパイプラインDFAST - DDBJの登録システムとの統合による登録査定業務の効率化を目指して

谷澤靖洋, 藤澤貴智, 大城戸利久, 青野英雄, 李慶範, 有田正規, 中村保一

トーゴーの日シンポジウム2021 2021年10月5日
DDBJ のサービス

川添将仁, 青野英雄, ジェルフィアンドレア, 李慶範, 飯塚朋代, 大城戸利久, 児玉悠一, 小菅武英, 杉田里江, 鈴木紀美子, 高木佳苗, 時松敏明, 秦千比呂, 福田亜沙美, 真島淳, 横山会美, 藤澤貴智

トーゴーの日シンポジウム2021 2021年10月5日
DDBJサービス

時松敏明, 青野英雄, 李慶範, 飯塚朋代, 大城戸利久, 川添将仁, 児玉悠一, 小菅武英, 杉田里江, 鈴木紀美子, 高木佳苗, 秦千比呂, 福田亜沙美, 真島淳, 横山会美, 藤澤貴智

トーゴーの日シンポジウム2020 2020年10月5日
DDBJサービス

李慶範, 青野英雄, 大城戸利久, 児玉悠一, 小菅武英, 杉田里江, 鈴木紀美子, 高木佳苗, 筒井波留, 時松敏明, 秦千比呂, 福田亜沙美, 真島淳, 三村公子, 横山会美

トーゴーの日シンポジウム2019 2019年10月5日
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) activity

Toshihisa OKIDO, Yuichi KODAMA, Takehide KOSUGE, Jun MASHIMA

Biocuration 2019 2019年4月9日
DDBJ -登録データの拡充-

大城戸利久, 小菅武英, 児玉悠一, 真島淳

トーゴーの日シンポジウム2018 ～バイオデータベース：つないで使う～ 2018年10月5日
DDBJ Activities: Contribution to the Research in Information Biology

Jun Mashima, Takehide Kosuge, Toshihisa Okido, Yuichi Kodama, Kazuho Ikeo, Hideaki Sugawara, Yoshio Tateno

3rd International Biocuration Conference 2009年4月17日
H‐Invitationalにおける統合的ヒト遺伝子機能アノテーション

山崎千里, 谷野元彦, 平川美夏, 大城戸利久, O’DONOVAN C, MULDER N, SHIMOYAMA M, 岡崎康司, 宮崎智

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 2004年11月25日
FANTOM+: The interface for functional annotation of mouse cDNA

Bono, H, Kasukawa, T, Okido, T, Sakai, K, Furuno, M, Kohtsuki, S, Yoshida, K, Okazaki, Y, Hayashizaki, Y

The Eleventh Workshop on Genome Informatics(GIW2000) 2000年12月18日
FANTOM: The functional annotation of mouse

Kasukawa,T, Bono, H, Sakai, K, Furuno, M, Okido, T, Aono, H, Kohtsuki, S, Yoshida, K, Okazaki, Y, Hayashizaki, Y

第23回日本分子生物学会年会 2000年12月13日
FANTOM+: web interface for the functional annotation of mouse

Kasukawa,T, Bono, H, Sakai, K, Furuno, M, Okido, T, Kohtsuki, S, Yoshida, K, Okazaki, Y, Hayashizaki, Y

The 14th International Mouse Genome Conference 2000年11月6日

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