片山俊明 (Toshiaki Katayama) - マイポータル

基本情報

所属: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設バイオデータ研究拠点特任教授
: (兼任)ライフサイエンス統合データベースセンター特任教授 (副センター長)
: 大阪大学蛋白質研究所招へい教授

学位: 博士（科学）(2019年3月東京大学新領域創成科学研究科)

J-GLOBAL ID: 201801000137642717
researchmap会員ID: B000317161

バイオインフォマティクス、データベース統合技術開発

研究キーワード

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

主要な経歴

2023年7月 - 現在

情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設バイオデータ研究拠点, 特任教授

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学歴

1998年4月 - 2001年3月

京都大学, 大学院理学研究科博士課程
1996年4月 - 1998年3月

京都大学, 大学院理学研究科修士課程
1992年4月 - 1996年3月

京都大学, 理学部

論文

RDF Data integration using Shape Expressions

Jose Emilio Labra-Gayo, Andra Waagmeester, Yasunori Yamamoto, Ángel Iglesias-Préstamo, Toshiaki Katayama, Thomas Liener, Deepak Unni, Jerven Bolleman, Kiyoko Flora Aoki-Kinoshita, Masashi Yokochi …

2023年7月3日
医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の提案

長尾知生子, 鎌田真由美, 中津井雅彦, 深川明子, 片山俊明, 川島秀一, 水口賢司, 安倍理加

医薬品情報学 24(4) 187-195 2023年2月28日査読有り
SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan

So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu …

Genes & Genetic Systems 2023年
TogoVar: A comprehensive Japanese genetic variation database.

Nobutaka Mitsuhashi, Licht Toyo-Oka, Toshiaki Katayama, Minae Kawashima, Shuichi Kawashima, Kazunori Miyazaki, Toshihisa Takagi

Human genome variation 9(1) 44-44 2022年12月12日
Metadata for BioHackrXiv Markdown publications

Pjotr Prins, Tazro Ohta, Leyla Jael Castro, Toshiaki Katayama

2022年11月29日
統合データベース探索フレームワークTogoDXの開発とその応用

高月照江, 池田秀也, 井手隆広, 大田達郎, 小野浩雅, 片山俊明, 川島秀一, 申在紋, 建石由佳, 千葉啓和 …

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
日本人ゲノムバリアント統合データベースTogoVarの機能拡張

三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 守屋勇樹, 豊岡理人

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
TogoID: an exploratory ID converter to bridge biological datasets

Shuya Ikeda, Hiromasa Ono, Tazro Ohta, Hirokazu Chiba, Yuki Naito, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Yasunori Yamamoto, Shinobu Okamoto, Susumu Goto …

Bioinformatics 2022年7月8日
日本人ヒトゲノムのバリアント情報統合サービス「TogoVar」

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
日本の難病に関する中心的基盤となる難病オントロジーNANDOと難病ポータルサイトNanbyoDataの正式リリース

仁宮洸太, 高月照江, 菊池敦生, 櫛田達矢, 山田涼太, 浅野由衣, 山本泰智, Orion Buske, 片山俊明, 桝屋啓志 …

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
Ten simple rules to run a successful BioHackathon.

Leyla Garcia, Erick Antezana, Alexander Garcia, Evan Bolton, Rafael Jimenez, Pjotr Prins, Juan M Banda, Toshiaki Katayama

PLoS computational biology 16(5) e1007808 2020年5月査読有り
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research.

Rutger A Vos, Toshiaki Katayama, Hiroyuki Mishima, Shin Kawano, Shuichi Kawashima, Jin-Dong Kim, Yuki Moriya, Toshiaki Tokimatsu, Atsuko Yamaguchi, Yasunori Yamamoto …

F1000Research 9 136-136 2020年査読有り
日本人ヒトゲノムを中心としたバリアントデータベース「TogoVar」

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 建石由佳, 藤原豊史, 片山俊明, 川島秀一

トーゴーの日2019 1 2019年10月5日
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services [version 1; peer review: 2 approved with reservations]

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Gos Micklem, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Simon Kocbek, Shinobu Okamoto, Yue Wang, Hongyan Wu, Atsuko Yamaguchi …

F1000Research 8 2019年9月23日査読有り
Integrated Growth Media Database by Standardizing Ingredient Information.

Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Yuki Moriya, Shinobu Okamoto, Yasunori Yamamoto, Susumu Goto

12th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences(SWAT4HCLS) 165-166 2019年
Med2RDF: Semantic Biomedical Knowledge-base and APIs for the Clinical Genome Medicine.

Mayumi Kamada, Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Ryosuke Kojima, Masahiko Nakatsui, Yasushi Okuno

12th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences(SWAT4HCLS) 161-162 2019年
Sharing Programming Resources Between Bio* Projects

Raoul J. P. Bonnal, Andrew Yates, Naohisa Goto, Laurent Gautier, Scooter Willis, Christopher Fields, Toshiaki Katayama, Pjotr Prins

Methods in Molecular Biology 747-766 2019年
TogoGenome/TogoStanza: modularized Semantic Web genome database.

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Shinobu Okamoto, Yuki Moriya, Hirokazu Chiba, Yuki Naito, Takatomo Fujisawa, Hiroshi Mori, Toshihisa Takagi

Database : the journal of biological databases and curation 2019 2019年1月1日査読有り
ゲノム研究に役立つヒトゲノムバリアントデータベース「TogoVar」

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 建石由佳, 藤原豊史

トーゴーの日2018 1 2018年10月5日
Corrigendum: Interactive transcriptome analysis of malaria patients and infecting Plasmodium falciparum.

Junya Yamagishi, Anna Natori, Mohammed E M Tolba, Arthur E Mongan, Chihiro Sugimoto, Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Wojciech Makalowski, Ryuichiro Maeda, Yuki Eshita …

Genome research 28(8) 1253-1253 2018年8月査読有り

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MISC

TogoID:データベース統合の基盤となるID変換サービス

池田秀也, 千葉啓和, 藤原豊史, 原薗陛正, 井手隆広, 片山俊明, 川島秀一, 箕輪真理, 三橋信孝, 守屋勇樹 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
データ共有を推進のためのNBDCヒトデータベースおよび日本人集団におけるアリル頻度情報統合データベース:TogoVar

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋美苗, 建石由佳, 藤原豊史, 片山俊明, 川島秀一, 福田亜沙美, 児玉悠一, 高木利久 …

日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 64th 2019年
Trend Review〈続〉改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?

山本奈津子, 川嶋実苗, 清水佳奈, 片山俊明, 荻島創一

実験医学 36(13) 2018年
改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?-個人識別符号・要配慮情報としてのゲノムデータ

清水佳奈, 山本奈津子, 川嶋実苗, 片山俊明, 荻島創一

実験医学 35(4) 2017年
Genome Refine:自動ゲノムアノテーション統合環境を提供するウェブサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 2015年
セマンティック・ウェブを利用した遺伝子発現データの解析プラットホーム

片山俊明, 菊池正隆, 荻島創一

人工知能学会全国大会論文集 2014 1G34-1G34 2014年
今日から使えるデータベース・ウェブツール第9章研究を効率化するウェブツール/情報源

金子周司, 山本泰智, 糟谷豪, 内藤雄樹, 杉浦悠, 櫛田達矢, 鐘ケ江弘美, 藤澤貴智, 仲地ゆたか, 河野信 …

実験医学 32(20) 2014年
今日から使えるデータベース・ウェブツール第2章ゲノム/遺伝子/塩基配列を調べる

三嶋博之, 坊農秀雅, 片山俊明, 川島秀一, 天竺桂弘子, 児玉悠一, 平川英樹, 市原寿子, 浅水恵理香, 中谷明弘 …

実験医学 32(20) 2014年
Genome Refine:ゲノムアノテーションの精緻化と解析支援のためのサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年
KEGG OC:系統関係に基づいた大規模オーソログクラスタの自動生成

守屋勇樹, 中谷明弘, 片山俊明, 伊藤真純, 平糠和志, 川島秀一, 奥田修二郎, 田中道廣, 時松敏明, 山西芳裕 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 2012年
ヨコヅナクマムシのゲノム解読

片山俊明, 國枝武和

極限環境微生物学会誌 9(2) 98-105 2010年12月28日
ヨコヅナクマムシのゲノム解読

片山俊明, 國枝武和

極限環境生物学会誌 = Journal of Japanese Society for Extremophiles 9(2) 98-105 2010年12月
生命情報学が直面する大規模ゲノムデータ時代の課題 : 1.分散データの統合とセマンティックWeb

中尾光輝, 片山俊明

情報処理 50(9) 836-844 2009年9月15日
生命科学系データベースアーカイブサービス

西川哲夫, 八塚茂, 熊谷禎洋, 畠中秀樹, 片山俊明, 川本祥子, 大久保公策, 高木利久

日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd(Vol.2) 2009年
KEGG OC:オーソログクラスターのマニュアルアノテーション

川島秀一, 伊藤真純, 奥田修二郎, 片山俊明, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕 …

生化学 2008年
KEGG OC:網羅的なオーソログクラスターの自動生成

中谷明弘, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 片山俊明, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕 …

生化学 2008年
KEGG OC:全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術

片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕 …

生化学 2008年
Developing Molecular Interaction Database and Searching for Similar Pathways (MOLECULAR BIOLOGY AND INFORMATION-Biological Information Science)

Kawashima Shuichi, Katayama Toshiaki, Kanehisa Minoru

ICR annual report 4 52-53 1998年3月

共同研究・競争的資金等の研究課題

多因子疾患の環境曝露の発症機序への影響の深層学習によるシステム的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

荻島創一, 川島秀一, 宮下哲典, 片山俊明, 鎌田真由美, 小島諒介, 水野聖士
日本人のゲノム・健康・診療情報と公共知識ベースのセマンティック統合システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2022年3月

片山俊明, 荻島創一, 川島秀一, 藤原豊史
全人類のゲノム変異を包括的に扱うリファレンス・ゲノム・グラフのデータ構造の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

片山俊明
文献全文からの網羅的な生物メタ情報抽出技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2018年3月

山本泰智, 川島秀一, 片山俊明, 岡本忍
ヒト全ゲノムシークエンスのための統合アノテーションワークフローの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

三嶋博之, 吉浦孝一郎, 片山俊明
極限環境耐性動物のゲノム基盤の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2009年

國枝武和, 片山俊明
生命システム解明の基盤データベース構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2009年

金久實, 服部正泰, 片山俊明
微生物ゲノムと細胞機能の統合データベースの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2004年

金久實, 川島秀一, 片山俊明

片山俊明

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論文

MISC

共同研究・競争的資金等の研究課題

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