片山俊明 (Toshiaki Katayama) - マイポータル

基本情報

所属: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設バイオデータ研究拠点特任教授
: (兼任)ライフサイエンス統合データベースセンター特任教授 (副センター長)
: 大阪大学蛋白質研究所招へい教授

学位: 博士（科学）(2019年3月東京大学新領域創成科学研究科)

J-GLOBAL ID: 201801000137642717
researchmap会員ID: B000317161

バイオインフォマティクス、データベース統合技術開発

研究キーワード

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

主要な経歴

2023年7月 - 現在

情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設バイオデータ研究拠点, 特任教授

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学歴

1998年4月 - 2001年3月

京都大学, 大学院理学研究科博士課程
1996年4月 - 1998年3月

京都大学, 大学院理学研究科修士課程
1992年4月 - 1996年3月

京都大学, 理学部

論文

Accurate SPARQL Generation via In-Context Learning and Schema-based Query Construction

Hikaru Nagazumi, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Kana Shimizu

Bioinformatics 2026年4月8日
JoGo 1.0: the ACTG hierarchical nomenclature and database covering 4.7 million haplotypes across 19,194 human genes

Masao Nagasaki, Toshiaki Katayama, Yuki Moriya, Yayoi Sekiya, Shuichi Kawashima, Ryo Teraoka, Shuto Machida, Taichi Matsubara, Hiroki Hashimoto, Akihiro Asakura …

Nucleic Acids Research 2025年11月29日
Phased genome assemblies and pangenome graphs of human populations of Japan and Saudi Arabia

Maxat Kulmanov, Saeideh Ashouri, Yang Liu, Marwa Abdelhakim, Ebtehal Alsolme, Masao Nagasaki, Yasuyuki Ohkawa, Yutaka Suzuki, Rund Tawfiq, Katsushi Tokunaga …

Scientific Data 2025年8月12日
Leveraging RDF and CURIE metadata resolution with identifiers.org

Renato Juacaba Neto, Nick Juty, Vijay Subramoniam, Rose Neis, Shuya Ikeda, Shuichi Kawashima, Yasunori Yamamoto, Toshiaki Katayama, Henning Hermjakob

2025年6月2日
BioHackEU24 report: Expanding FAIR database integration through elucidation and transformation of underlying graph schemas

Javier Millán Acosta, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Jerven Bolleman, Dominik Martinat, Harald Detering, Jose Emilio Labra Gayo, Yojana Gadiya, Tooba Abbassi-Daloii

2025年5月17日
Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures

Gert‐Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu

Protein Science 2025年3月
Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database

Shuya Ikeda, Zhaonan Zou, Hidemasa Bono, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Shinya Oki, Tazro Ohta

GigaScience 2025年2月22日
Protein Data Bank Japan: Computational resources for analysis of protein structures

Gert-Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu

Journal of Molecular Biology 2025年2月
Expanding the concept of ID conversion in TogoID by introducing multi-semantic and label features

Shuya Ikeda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Hirokazu Chiba, Susumu Goto, Masae Hosoda, Shuichi Kawashima, Jin-Dong Kim, Yuki Moriya, Tazro Ohta, Hiromasa Ono …

Journal of Biomedical Semantics 16(1) 2025年1月8日
Examination and implementation of external repository linkage functions in data catalogs

Makoto ASAOKA, Masaharu HAYASHI, Masanori ARITA, Takatomo FUJISAWA, Toshiaki KATAYAMA, Tomoya TANJO, Kazutsuna YAMAJI

Joho Chishiki Gakkaishi 34(4) 349-352 2024年11月30日
Predicting the effects of drugs and unveiling their mechanisms of action using an interpretable pharmacodynamic mechanism knowledge graph (IPM-KG).

Tanaka T, Katayama T, Imai T

Computers in biology and medicine 2024年11月17日
RDF Data integration using Shape Expressions

Jose Emilio Labra-Gayo, Andra Waagmeester, Yasunori Yamamoto, Ángel Iglesias-Préstamo, Toshiaki Katayama, Thomas Liener, Deepak Unni, Jerven Bolleman, Kiyoko Flora Aoki-Kinoshita, Masashi Yokochi …

2023年7月3日
医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の提案

長尾知生子, 鎌田真由美, 中津井雅彦, 深川明子, 片山俊明, 川島秀一, 水口賢司, 安倍理加

医薬品情報学 24(4) 187-195 2023年2月28日査読有り
SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan

So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu …

Genes & Genetic Systems 2023年
TogoVar: A comprehensive Japanese genetic variation database.

Nobutaka Mitsuhashi, Licht Toyo-Oka, Toshiaki Katayama, Minae Kawashima, Shuichi Kawashima, Kazunori Miyazaki, Toshihisa Takagi

Human genome variation 9(1) 44-44 2022年12月12日
Metadata for BioHackrXiv Markdown publications

Pjotr Prins, Tazro Ohta, Leyla Jael Castro, Toshiaki Katayama

2022年11月29日
統合データベース探索フレームワークTogoDXの開発とその応用

高月照江, 池田秀也, 井手隆広, 大田達郎, 小野浩雅, 片山俊明, 川島秀一, 申在紋, 建石由佳, 千葉啓和 …

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
日本人ゲノムバリアント統合データベースTogoVarの機能拡張

三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 守屋勇樹, 豊岡理人

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
TogoID: an exploratory ID converter to bridge biological datasets

Shuya Ikeda, Hiromasa Ono, Tazro Ohta, Hirokazu Chiba, Yuki Naito, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Yasunori Yamamoto, Shinobu Okamoto, Susumu Goto …

Bioinformatics 2022年7月8日
日本人ヒトゲノムのバリアント情報統合サービス「TogoVar」

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日

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MISC

難病関連データの利活用および国際共有に向けた取り組み

藤原豊史, 菊池敦生, 高月照江, 櫛田達矢, 申在紋, 山本泰智, 桝屋啓志, 佐藤万仁, 足立香織, 鎌田真由美 …

日本遺伝子診療学会大会プログラム・抄録集 31st 2024年
TogoDX/Human:ヒトに関するデータを統合的に探索・俯瞰・抽出するためのアプリケーション

守屋勇樹, 池田秀也, 井手隆広, 大田達郎, 小野浩雅, 川島秀一, SHIN Jae-Moon, 高月照江, 建石由佳, 千葉啓和 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
日本人ゲノムバリアント統合データベースTogoVarのアップデート

三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 守屋勇樹, 秦千比呂, 福田亜沙美, 児玉悠一, 藤澤貴智, 豊岡理人 …

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 67th 2022年
TogoVarによるバリアント頻度情報統合とNBDCヒトデータベースによるデータ共有推進

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 秦千比呂, 福田亜沙美, 児玉悠一, 藤澤貴智, 高木利久 …

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 66th 2021年
TogoID:データベース統合の基盤となるID変換サービス

池田秀也, 千葉啓和, 藤原豊史, 原薗陛正, 井手隆広, 片山俊明, 川島秀一, 箕輪真理, 三橋信孝, 守屋勇樹 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
データ共有の推進とアリル頻度データベース統合のためのNBDCヒトデータベースとTogoVar

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 建石由佳, 片山俊明, 川島秀一, 秦千比呂, 福田亜沙美, 児玉悠一, 高木利久 …

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 65th 2020年
データ共有を推進のためのNBDCヒトデータベースおよび日本人集団におけるアリル頻度情報統合データベース:TogoVar

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋美苗, 建石由佳, 藤原豊史, 片山俊明, 川島秀一, 福田亜沙美, 児玉悠一, 高木利久 …

日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 64th 2019年
Trend Review〈続〉改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?

山本奈津子, 川嶋実苗, 清水佳奈, 片山俊明, 荻島創一

実験医学 36(13) 2018年
改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?-個人識別符号・要配慮情報としてのゲノムデータ

清水佳奈, 山本奈津子, 川嶋実苗, 片山俊明, 荻島創一

実験医学 35(4) 2017年
Genome Refine:自動ゲノムアノテーション統合環境を提供するウェブサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 2015年
放射線耐性を示すクマムシの新規タンパク質S261によるDNA損傷の抑制

橋本拓磨, 斎藤裕樹, 尾山大明, 秦裕子, 榎本敦, 宮川清, 桑原宏和, 堀川大樹, 豊田敦, 片山俊明 …

日本放射線影響学会大会講演要旨集 57th 2014年
放射線耐性を示すクマムシの新規タンパク質S261によるDNA損傷の抑制

橋本拓磨, 斎藤裕樹, 尾山大明, 秦裕子, 榎本敦, 宮川清, 桑原宏和, 堀川大樹, 豊田敦, 片山俊明 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 2014年
セマンティック・ウェブを利用した遺伝子発現データの解析プラットホーム

片山俊明, 菊池正隆, 荻島創一

人工知能学会全国大会論文集 2014 1G34-1G34 2014年
今日から使えるデータベース・ウェブツール第9章研究を効率化するウェブツール/情報源

金子周司, 山本泰智, 糟谷豪, 内藤雄樹, 杉浦悠, 櫛田達矢, 鐘ケ江弘美, 藤澤貴智, 仲地ゆたか, 河野信 …

実験医学 32(20) 2014年
今日から使えるデータベース・ウェブツール第2章ゲノム/遺伝子/塩基配列を調べる

三嶋博之, 坊農秀雅, 片山俊明, 川島秀一, 天竺桂弘子, 児玉悠一, 平川英樹, 市原寿子, 浅水恵理香, 中谷明弘 …

実験医学 32(20) 2014年
Genome Refine:ゲノムアノテーションの精緻化と解析支援のためのサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年
KEGG OC:系統関係に基づいた大規模オーソログクラスタの自動生成

守屋勇樹, 中谷明弘, 片山俊明, 伊藤真純, 平糠和志, 川島秀一, 奥田修二郎, 田中道廣, 時松敏明, 山西芳裕 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 2012年
ヨコヅナクマムシのゲノム解読

片山俊明, 國枝武和

極限環境微生物学会誌 9(2) 98-105 2010年12月28日
ヨコヅナクマムシのゲノム解読

片山俊明, 國枝武和

極限環境生物学会誌 = Journal of Japanese Society for Extremophiles 9(2) 98-105 2010年12月
生命情報学が直面する大規模ゲノムデータ時代の課題 : 1.分散データの統合とセマンティックWeb

中尾光輝, 片山俊明

情報処理 50(9) 836-844 2009年9月15日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

ヒトゲノム構造多型データ類似性検索のための基盤技術開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

鎌田真由美, 河合洋介, 片山俊明
多因子疾患の環境曝露の発症機序への影響の深層学習によるシステム的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

荻島創一, 川島秀一, 宮下哲典, 片山俊明, 鎌田真由美, 小島諒介, 水野聖士
日本人のゲノム・健康・診療情報と公共知識ベースのセマンティック統合システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2022年3月

片山俊明, 荻島創一, 川島秀一, 藤原豊史
全人類のゲノム変異を包括的に扱うリファレンス・ゲノム・グラフのデータ構造の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

片山俊明
文献全文からの網羅的な生物メタ情報抽出技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2018年3月

山本泰智, 川島秀一, 片山俊明, 岡本忍
ヒト全ゲノムシークエンスのための統合アノテーションワークフローの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

三嶋博之, 吉浦孝一郎, 片山俊明
極限環境耐性動物のゲノム基盤の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2009年

國枝武和, 片山俊明
生命システム解明の基盤データベース構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2009年

金久實, 服部正泰, 片山俊明
微生物ゲノムと細胞機能の統合データベースの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2004年

金久實, 川島秀一, 片山俊明

片山俊明

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論文

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