山本俊哉 (Toshiya YAMAMOTO) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構知的財産部部長

学位: 博士（農学）(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201601017894245330
researchmap会員ID: B000262975

日本の果樹生産の約半分を占めるバラ科果樹（ナシ，モモ，リンゴ，ビワ，ウメ，アンズ，オウトウなど）を対象にして，ゲノム解析研究を行っています．具体的には，DNAマーカーの開発，DNA鑑定，遺伝子地図の作成，有用形質の選抜マーカーの開発を行っています．

研究キーワード

研究分野

環境・農学 / 園芸科学 /

経歴

1996年10月 - 現在

農研機構果樹茶業研究部門

論文

165

Haplotype Bias Detection Using Pedigree-Based Transmission Simulation: Traces of Selection That Occurred in Apple Breeding

Hideto Mochizuki, Mai F. Minamikawa, Kosuke Hamazaki, Miyuki Kunihisa, Shigeki Moriya, Koji Noshita, Takeshi Hayashi, Yuichi Katayose, Toshiya Yamamoto, Hiroyoshi Iwata

2025年3月17日
Quantitative trait locus analysis of the F₁ breeding population of 180-1-08 × ‘Del Monte Gold’ pineapples

K. Nashima, M. Takeuchi, Y. Omine, N. Urasaki, K. Tarora, A. Irei, M. Shoda, Y. Nishiba, T. Sugawara, T. Sato …

Acta Horticulturae (1404) 123-128 2024年10月
MARCO: a computer software for parentage inference using molecular markers

H. Fujii, F. Hosaka, T. Endo, T. Shimada, S. Terakami, T. Yamamoto

Acta Horticulturae (1404) 613-618 2024年9月
Identification of Quantitative Trait Loci of Fruit Quality and Color in Pineapples

Kenji Nashima, Makoto Takeuchi, Chie Moromizato, Yuta Omine, Moriyuki Shoda, Naoya Urasaki, Kazuhiko Tarora, Ayaka Irei, Kenta Shirasawa, Masahiko Yamada …

The Horticulture Journal 92(4) 375-383 2023年10月査読有り
Identification and genetic mapping of novel resistance gene, Rvn4, for pear scab in Chinese pear

Shingo Terakami, Natsumi Ogata, Koichi Kita, Takeru Gonai, Toshihiro Saito, Toshiya Yamamoto

Scientia Horticulturae 317 112032-112032 2023年7月
Fine mapping of the gene controlling the easy-peeling pellicle trait and development of an efficient marker-assisted selection system in Japanese chestnut (Castanea crenata Sieb. et Zucc.)

Shingo Terakami, Sogo Nishio, Hidenori Kato, Norio Takada, Yukie Takeuchi, Toshihiro Saito, Toshiya Yamamoto

TREE GENETICS & GENOMES 19(1) 2023年2月
De novo whole-genome assembly in an interspecific hybrid table grape, 'Shine Muscat'.

Kenta Shirasawa, Hideki Hirakawa, Akifumi Azuma, Fumiya Taniguchi, Toshiya Yamamoto, Akihiko Sato, Andrea Ghelfi, Sachiko N Isobe

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 29(6) 2022年12月1日
Gene prediction for leaf margin phenotype and fruit flesh color in pineapple (Ananas comosus) using haplotype-resolved genome sequencing.

Kenji Nashima, Kenta Shirasawa, Sachiko Isobe, Naoya Urasaki, Kazuhiko Tarora, Ayaka Irei, Moriyuki Shoda, Makoto Takeuchi, Yuta Omine, Yoichi Nishiba …

The Plant journal : for cell and molecular biology 110(3) 720-734 2022年2月5日
QTL analysis of crown gall disease resistance in apple: first plant R gene candidates effective against Rhizobium rhizogenes (Ti)

Shigeki Moriya, Hiroshi Iwanami, Takashi Haji, Kazuma Okada, Taku Shimizu, Koichi Suzaki, Naoko Kitamoto, Yuichi Katayose, Jianzhong Wu, Toshiya Yamamoto …

Tree Genetics & Genomes 17(3) 2021年6月
Genetic mapping of the dominant gene controlling weeping habit in Japanese chestnut (Castanea crenata Sieb. et Zucc.)

Shingo Terakami, Sogo Nishio, Hidenori Kato, Norio Takada, Toshihiro Saito, Toshiya Yamamoto

TREE GENETICS & GENOMES 17(2) 2021年4月
Development of an SSR marker set for efficient selection for resistance to black spot disease in pear breeding.

Shingo Terakami, Yoshihiko Adachi, Yukie Takeuchi, Norio Takada, Sogo Nishio, Toshihiro Saito, Toshiya Yamamoto

Breeding science 71(2) 240-252 2021年4月
Tracing founder haplotypes of Japanese apple varieties: application in genomic prediction and genome-wide association study.

Mai F Minamikawa, Miyuki Kunihisa, Koji Noshita, Shigeki Moriya, Kazuyuki Abe, Takeshi Hayashi, Yuichi Katayose, Toshimi Matsumoto, Chikako Nishitani, Shingo Terakami …

Horticulture research 8(1) 49-49 2021年3月1日
Genome-wide association study for apple flesh browning: detection, validation, and physiological roles of QTLs

Miyuki Kunihisa, Takeshi Hayashi, Yoshimichi Hatsuyama, Tomoko Fukasawa-Akada, Hirohide Uenishi, Toshimi Matsumoto, Tomoyuki Kon, Satoshi Kasai, Tsuyoshi Kudo, Hidemi Oshino …

TREE GENETICS & GENOMES 17(1) 2021年2月
SSR marker development and genetic identification of Pitaya (Hylocereus spp.) collected in Okinawa prefecture, Japan

Kenji Nashima, Fumiko Hosaka, Yohei Shimajiri, Masato Matsumura, Kazuhiko Tarora, Naoya Urasaki, Moriyuki Shoda, Chikako Nishitani, Yutaka Sawamura, Toshiya Yamamoto

Horticulture Journal 90(1) 23-30 2021年
Embryogenic callus induction and Agrobacterium-mediated genetic transformation of ‘Shine Muscat’ grape

Ikuko Nakajima, Masaki Endo, Takashi Haji, Takaya Moriguchi, Toshiya Yamamoto

Plant Biotechnology 37(2) 185-194 2020年6月25日査読有り
Transcriptome analysis of watercore in Pyrus pyrifolia by comparing pairs of susceptible and resistant F1 sibs

Chikako Nishitani, Eiichi Inoue, Toshihiro Saito, Natsumi Ogata, Koichi Kita, Takeru Gonai, Masakazu Kasumi, Ryoji Ishii, Yutaka Sawamura, Norio Takada …

SCIENTIA HORTICULTURAE 264 2020年4月
Pattern and Trigger of Fruit Self-thinning in Japanese Pears

Ayako Nakamura-Yamaguchi, Nobutaka Kitahata, Chikako Nishitani, Norio Takada, Shingo Terakami, Yutaka Sawamura, Tomoki Matsuyama, Tadao Asami, Takeshi Nakano, Toshihiro Saito …

HORTICULTURE JOURNAL 89(4) 367-374 2020年
SSR markers developed using next-generation sequencing technology in pineapple, Ananas comosus (L.) Merr.

Kenji Nashima, Fumiko Hosaka, Shingo Terakami, Miyuki Kunihisa, Chikako Nishitani, Chie Moromizato, Makoto Takeuchi, Moriyuki Shoda, Kazuhiko Tarora, Naoya Urasaki …

Breeding Science 70(3) 415-421 2020年
Pattern and trigger of fruit self-thinning in Japanese pears.

Ayako Nakamura-Yamaguchi, Nobutaka Kitahara, Chikako Nishitani, Norio Takada, Shingo Terakami, Yutaka Sawamura, Tomoki Matsuyama, Tarao Asami, Takeshi Nakano, Toshihiro Saito …

The Horticulture journal in press. 2020年査読有り
TRANSNAP: a web database providing comprehensive information on Japanese pear transcriptome

Shizuka Koshimizu, Yukino Nakamura, Chikako Nishitani, Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Toshiya Yamamoto, Kentaro Yano

Scientific Reports 9(1) 18922-18922 2019年12月12日査読有り

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MISC

304

γ線照射花粉を用いたリンゴ雌性側単為発生個体獲得の試み

池田みゆき, 小森貞男, 國久美由紀, 山本俊哉, 村松昇, 佐藤守, 岡田初彦, 和田雅人, 田中紀充, 渡邉学

園芸学研究 21(4) 2022年
リンゴの根頭がんしゅ病抵抗性に関与する3種類のQTL

森谷茂樹, 岩波宏, 土師岳, 岡田和馬, 清水拓, 須崎浩一, 北本尚子, 北本尚子, 片寄裕一, WU J. …

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
‘シャインマスカット’全ゲノム解読とブドウ品種ゲノムのリシーケンスによるSNPパネルの構築

磯部祥子, 白澤健太, 谷口郁也, 平川英樹, 山本俊哉, 佐藤明彦, 佐藤明彦, 東暁史

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
リンゴの果肉褐変性は3箇所の染色体領域に制御される

國久美由紀, 田沢純子, 林武司, 初山慶道, 赤田(深澤)朝子, 上西博英, 松本敏美, 今智之, 葛西智, 工藤剛 …

農研機構果樹茶業研究部門成果情報(Web) 2021 2021年
系譜とマーカー情報に基づく育種過程で生じた起源ハプロタイプの偏りの推定:リンゴ品種群への適用

望月秀斗, 南川舞, 國久美由紀, 野下浩司, 野下浩司, 森谷茂樹, 阿部和幸, 林武司, 片寄裕一, 山本俊哉 …

育種学研究 23 2021年
パインアップル‘ゆがふ’の全ゲノム配列解読と鋸歯形成遺伝子の推定

奈島賢児, 白澤健太, 磯部祥子, 浦崎直也, 太郎良和彦, 伊礼彩夏, 正田守幸, 竹内誠人, 大嶺悠太, 國久美由紀 …

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
リンゴ祖先ハプロタイプ情報を用いたゲノミック予測とゲノムワイド関連解析

南川舞, 國久美由紀, 野下浩司, 野下浩司, 森谷茂樹, 阿部和幸, 林武司, 片寄裕一, 山本俊哉, 岩田洋佳

育種学研究 22 2020年
パインアップル染色体におけるリボゾームDNAの蛍光in situハイブリダイゼーション

山本雅史, 奈島賢児, 竹内誠人, 山本俊哉

熱帯農業研究 12(Extra Issue 1) 2019年
リンゴ斑点落葉病に対する高度罹病性の原因領域の塩基配列決定および選抜用DNAマーカーの開発

森谷茂樹, 寺上伸吾, 岡田和馬, 清水拓, 足立嘉彦, 片寄裕一, 藤澤弘子, WU J, 金森裕之, 山本俊哉 …

園芸学研究別冊 17(1) 41 2018年3月24日
MdMYB1のアレル構成はリンゴ果皮の着色強度を決める要因である

森谷茂樹, 國久美由紀, 岡田和馬, 清水拓, 本多親子, 山本俊哉, MURANTY H, DENANCE C, 片寄裕一, 岩田洋佳 …

園芸学研究別冊 17(1) 480 2018年3月24日
ゲノム編集技術CRISPR/Cas9法により作成したブドウのアルビノ変異体

中島育子, 伴雄介, 東暁史, 尾上典之, 森口卓哉, 山本俊哉, 土岐精一, 遠藤真咲

果樹茶業研究部門研究成果情報 2018年3月
複数のアルゴリズムを組み合わせた祖先ハプロタイプの推定:リンゴデータへの適用

南川舞, 國久美由紀, 野下浩司, 森谷茂樹, 阿部和幸, 林武司, 片寄裕一, 山本俊哉, 岩田洋佳

育種学研究 20 2018年
複針付傷接種法によるモモのせん孔細菌病に対する抵抗性の遺伝について

末貞佑子, 澤村豊, 安達栄介, 安達栄介, 山口正己, 山口正己, 八重垣英明, 山田昌彦, 山田昌彦, 山本俊哉

園芸学研究別冊 16(2) 130 2017年9月2日
アグロバクテリウム法を用いたリンゴのゲノム編集に関する研究

敦賀圭朗, 西谷千佳子, 刑部敬史, 刑部祐里子, 平井徳美, 山本俊哉, 和田雅人, 川原田泰之, 小森貞男

園芸学研究別冊 16(2) 347 2017年9月2日
ニホンナシの複数育種集団を利用した,ゲノムワイド関連解析とゲノミックセレクションの予測精度評価

南川舞, 寺上伸吾, 高田教臣, 齋藤寿広, 小野木章雄, 鐘ケ江弘美, 林武司, 山本俊哉, 岩田洋佳

園芸学研究別冊 16(2) 354 2017年9月2日
リンゴのゲノミックセレクションにおけるハプロタイプ情報利用の効果

國久美由紀, 森谷茂樹, 阿部和幸, 林武司, 岩田洋佳, 野下浩司, 南川舞, 片寄裕一, 西谷千佳子, 寺上伸吾 …

育種学研究 19 66 2017年3月29日
RAD‐seq法を用いたビワ高密度連鎖地図の作製

松隈公孝, 石本慶一郎, 稗圃直史, 山本俊哉, 永野幸生, 永野惇, 福田伸二

園芸学研究別冊 16(1) 293 2017年3月19日
オウトウの高密度連鎖地図に基づく収穫期に関するDNAマーカーの開発

五十鈴川寛司, 白澤健太, 黒坂俊, 黒坂俊, 高橋由信, 高橋由信, 齋藤裕太郎, 安達栄介, 山本俊哉

園芸学研究別冊 16(1) 43 2017年3月19日
リンゴにおける粉質化程度に関するDNAマーカーの開発

森谷茂樹, 國久美由紀, 岡田和馬, 岩波宏, 岩田洋佳, 南川舞, 片寄裕一, 松本敏美, 森聡美, 佐々木晴美 …

農研機構果樹茶業研究部門成果情報(Web) 2017 2017年
褐変しないリンゴ品種の開発に向けた研究

田沢純子, 國久美由紀, 押野秀美, 今智之, 葛西智, 工藤剛, 久保隆, 後藤聡, 工藤悠, 初山慶道 …

日本ヒューマンケア科学会誌 10(1) 2017年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

熱帯果樹における染色体解析法の確立とその遺伝資源およびゲノム研究への適用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2021年3月

山本雅史, 山本俊哉, 奈島賢児
ナシ自殖Ｆ２集団を利用した果実有用形質に関するMASの開発と新規機能性品種の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年4月 - 2020年3月

板井章浩, 児玉基一朗, 村山秀樹, 山本俊哉
次世代シーケンサーによるビワ連鎖地図の構築と果実形質等を選抜できるマーカーの獲得

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

福田伸二, 永野幸生, 山本俊哉
果樹における染色体解析のゲノム研究への適用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2018年3月

山本雅史, 高田教臣, 山本俊哉, 清水徳朗
遺伝的多様性の解析による植物の自生、外来の識別と保全への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

池谷祐幸, 山本俊哉, 中尾登志雄, 岩坪美兼, 兼松聡子, 間瀬誠子
大規模ゲノム情報と自殖Ｆ２集団を利用したナシ育種の効率化と新規優良品種の育成

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2012年4月 - 2017年3月

板井章浩, 児玉基一朗, 村山秀樹, 山本俊哉
ナシ属における史前帰化植物と自生植物との交雑・野生化に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2009年 - 2011年

池谷祐幸, 片山寛則, 植松千代美, 山本俊哉
ナシ属初の自殖F2集団を用いた果実有用形質のマッピングと高機能新品種開発への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2011年

板井章浩, 児玉基一朗, 山本俊哉, 村山秀樹
ナシにおける染色体識別と染色体上における有用遺伝子の可視化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2008年 - 2010年

山本雅史, 山本俊哉, 高田教臣
花モモにおける菊咲き性および花色のQTL解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2004年 - 2005年

荻原勲, 山本俊哉

山本俊哉

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