寺田透 (Tohru Terada) - マイポータル

AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド : 今日からできる!構造データの基本操作から相互作用の推定、タンパク質デザインまで

富井, 健太郎, 大上, 雅史, 西, 羽美, 山守, 優, 于, 健, 栗栖, 源嗣, 森脇, 由隆, 石谷, 隆一郎, 力丸, 健太郎, 寺田, 透, 木原, 大亮, 岡崎, 圭一, 大貫, 隼, 小林, 直也, 山口. 秀輝, 齋藤, 裕 (担当:分担執筆, 範囲:第3章3)

羊土社 2024年12月 (ISBN: 9784758122764)
Web連携テキストバイオインフォマティクス : 基礎から応用

門田, 幸二, 清水, 謙多郎, 岸野, 洋久, 寺田, 透 (担当:分担執筆, 範囲:第4章)

培風館 2022年10月 (ISBN: 9784563078324)
The ghrelin receptor gene in animal production

Komatsu, Masanori, Fujimori, Yuki, Sato, Yoichi, Terada, Tohru, Shimizu, Kentarō (担当:共著, 範囲:Chapter 4)

Cambridge Scholars Publishing 2019年 (ISBN: 9781527538818)

講演・口頭発表等

Molecular simulation studies on protein functions and improvement of the efficiency of cryo-EM data collection by machine learning

Tohru Terada, Yuichi Yokoyama, Yoshitaka Moriwaki, Kentaro Shimizu

AHeDD2019/IPAB2019 Joint Symposium 2019年11月29日招待有り
分子シミュレーションによるタンパク質の機能解析と機械学習によるクライオ電子顕微鏡撮影の効率化

寺田透, 横山雄一, 森脇由隆, 清水謙多郎

CBI学会2019年大会 2019年10月22日招待有り
Molecular simulations of ion channels to investigate voltage-dependent conformational change and drug-induced blockade

寺田透

11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences (CCS International Symposium 2019) 2019年10月15日招待有り
Development of a deep-learning-based method to identify “good” regions of a cryo-EM grid

Tohru Terada, Yuichi Yokoyama, Kentaro Shimizu, Kouki Nishikawa, Yoshinori Fujiyoshi, Kazutoshi Tani

日本生物物理学会第57回年会 2019年9月25日招待有り
マルコフ状態モデルによるタンパク質の立体構造変化のダイナミクス解析

寺田透, 根上樹

日本生物物理学会第56回年会 2018年9月16日招待有り
分子動力学シミュレーションで探るタンパク質－リガンド相互作用

寺田透

2017年度生命科学系学会合同年次大会 2017年12月7日招待有り
Protein–ligand interactions studied by molecular simulations

寺田透, 森脇由隆, 根上樹, 清水謙多郎

The 44th Symposium on Structure-Activity Relationship & The 31st Assembly for Pesticide Design Research 2016年11月17日招待有り
分子シミュレーションで探るタンパク質－リガンド間相互作用

寺田透, 森脇由隆, 根上樹, 吉野龍ノ介, 清水謙多郎

日本農芸化学会2016年度大会 2016年3月28日招待有り
The protein-ligand binding process studied by coarse-grained molecular dynamics simulation and the string method

寺田透

Rare Event Sampling and Related Topics III 2015年11月13日招待有り
粗視化分子動力学シミュレーションで探るタンパク質・リガンド結合過程

寺田透

CBI学会2015年大会フォーカストセッション「粗視化シミュレーションの創薬への応用」 2015年10月29日招待有り
粗視化分子動力学シミュレーションで探るタンパク質・リガンド結合過程

寺田透

第359回CBI学会講演会「粗視化による生体分子系のシミュレーション」 2015年2月24日招待有り
分子シミュレーションで探るタンパク質の相互作用と機能

寺田透

産総研・東京大学合同創薬等支援技術基盤プラットフォーム(PDIS)ワークショップ～実験とバイオインフォマティクスの協奏による構造生命科学～ 2014年12月8日
A class library for developing multi-copy, multi-scale molecular dynamics simulation programs

寺田透, 松永康佑, 森次圭, 木寺詔紀

日本生物物理学会第49回年会シンポジウム「高速計算機シミュレーションによる生体機能解析へのアプローチ」 2011年9月16日招待有り
分子シミュレーションによる小蛋白質の立体構造形成メカニズムの解明

寺田透

蛋白研セミナー「蛋白質のバイオスーパーコンピューティング」 2009年3月13日招待有り
マルチカノニカル分子動力学法によるミニタンパク質chignolinの立体構造形成メカニズムの解明

寺田透

研究集会「タンパク質構造研究の未来像」（東海大学） 2008年3月7日招待有り
分子シミュレーションの応用と精度向上に向けた取組み

寺田透

理研シンポジウム計算機と生物学 2007年6月22日招待有り
分子シミュレーションによるタンパク質の機能解析

寺田透

21世紀COEプログラム「言語から読み解くゲノムと生命システム」公開シンポジウム「東大－産総研－理研連携によるバイオインフォマティクス教育インフラストラクチャー」 2006年5月8日招待有り
Molecular Dynamics Simulation of Folding of a Mini-protein

寺田透, 佐藤大介, 中村周吾, 清水謙多郎

International COE symposium on “Computational Nanoscience” 2006年2月17日招待有り
拡張アンサンブル分子動力学法によるタンパク質の立体構造形成・機能発現メカニズムの解析

寺田透

理研シンポジウム構造生物学Ｘ 2005年1月27日招待有り

担当経験のある科目(授業)

2023年12月 - 現在

生物情報科学Ⅱ (東京大学)
2023年10月 - 現在

生物情報科学Ⅰ (東京大学)
2023年4月 - 現在

情報生命工学 (東京大学)
2016年4月 - 現在

生命科学 (東京大学)
2010年4月 - 現在

構造バイオインフォマティクス基礎 (東京大学)
2005年2月 - 現在

分子モデリングと分子シミュレーション (東京大学)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

予知生合成科学・研究総括班

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

葛山智久, 内山真伸, 丸山千登勢, 寺田透, 渡辺賢二, 勝山陽平, 山崎真巳, 脇本敏幸, 大栗博毅, 淡川孝義, 荘司長三
予測構造に基づく基質・反応特異性予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

寺田透, 森脇由隆
分子シミュレーションによる生体高分子の機能の予測と解析

国立研究開発法人日本医療研究開発機構生命科学・創薬研究支援基盤事業 2022年4月 - 2027年3月

寺田透, 森脇由隆
クライオ電顕を用いた鉄錯体輸送体の基質認識と輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

山形敦史, 寺田透, 難波康祐, 村田佳子
クライオ電顕を用いた鉄錯体輸送体の基質認識と輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

山形敦史, 寺田透, 難波康祐, 村田佳子
マルチスケール心臓シミュレータと大規模臨床データの革新的統合による心不全パンデミックの克服

文部科学省「富岳」成果創出加速プログラム 2020年4月 - 2023年3月

久田俊明, 小室一成, 寺田透
タンパク質の複合体構造・分子間相互作用・ダイナミクス・機能の予測と解析

国立研究開発法人日本医療研究開発機構創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 2017年4月 - 2022年3月

寺田透, 清水謙多郎, 森脇由隆, 谷一寿
リガンド結合パスウェイ仮説の理論的検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

寺田透, 根上樹
マルチスケールシミュレーションによるタンパク質へのリガンド結合過程の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2015年3月

寺田透, 根上樹
タンパク質・糖鎖相互作用予測システムおよびデータベースの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2015年3月

清水謙多郎, 寺田透, 角越和也
ミニ蛋白質に共通するフォールディング機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2007年 - 2008年

寺田透
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2006年 - 2007年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透, 角越和也
高精度タンパク質構造モデリングおよび構造評価手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2005年 - 2007年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
高精度のドッキング機能を有するタンパク質間相互作用予測システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2005年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
複合体形成に伴うタンパク質の立体構造変化パスウェイの予測・解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2005年

寺田透
大規模分散データの真に透過で効率的な共有を実現する分散共有配列システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2005年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2004年

清水謙多郎, 中村周吾, 寺田透
ホモロジーモデリングとアビニシオ法の統合による高精度タンパク質構造予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2003年

清水謙多郎, 寺田透, 中村周吾

寺田透

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

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