内古閑伸之 (Nobuyuki Uchikoga) - マイポータル

基本情報

所属: 明治大学総合数理学部特任准教授

学位: 博士（学術）(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201201097658580776
researchmap会員ID: 7000000808

研究キーワード

タンパク質間相互作用予測

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

2021年4月 - 現在

明治大学, 総合数理学部, 特任准教授
2018年10月 - 2021年3月

明治大学, 総合数理学部, 助教
2012年4月 - 2021年

立教大学非常勤講師
2017年4月 - 2018年3月

東京工業大学, 情報生命博士教育院, 特任助教
2012年4月 - 2017年3月

中央大学理工学部助教
2005年4月 - 2014年3月

県立広島大学生命環境学部非常勤講師
2010年4月 - 2012年3月

東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻産学官連携研究員
2006年4月 - 2010年3月

（社）バイオ産業情報化コンソーシアム特別研究員(産業技術総合研究所生命情報工学研究センター共同研究員)
2005年4月 - 2006年3月

長浜バイオ大学非常勤講師
2004年4月 - 2006年3月

名古屋大学工学研究科VBL 研究員
2003年4月 - 2004年3月

日本学術振興会特別研究員(PD) 名古屋大学工学研究科マテリアル理工学専攻応用物理学分野
2001年4月 - 2004年3月

日本学術振興会特別研究員(PD) 東京農工大学工学部生命工学科

学歴

委員歴

2022年 - 現在

Editorial Board : Frontiers in Bioinformatics (Protein Bioinformatics), Review Editor
2003年

日本生物物理学会, 第41回日本生物物理学会年会実行委員

論文

Evaluation of CONSRANK-Like Scoring Functions for Rescoring Ensembles of Protein-Protein Docking Poses

Guillaume Launay, Masahito Ohue, Julia Prieto Santero, Yuri Matsuzaki, Cécile Hilpert, Nobuyuki Uchikoga, Takanori Hayashi, Juliette Martin

Frontiers in molecular biosciences 7 308-559005 2020年10月査読有り
Rigid-Docking Approaches to Explore Protein-Protein Interaction Space

Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

NETWORK BIOLOGY 160 33-55 2017年査読有り
Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners

Uchikoga N, Matsuzaki Y, Ohue M, Akiyama Y

Biophysics and Physicobiology 13 105-115 2016年6月査読有り
2P014 MEGADOCK: 超並列計算環境による大規模タンパク質間相互作用予測(01A. 蛋白質:構造,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Ohue Masahito, Matsuzaki Yuri, Uchikoga Nobuyuki, Ishida Takashi, Akiyama Yutaka

生物物理 54(1) S197 2014年
2P271 Re-dockingによって正解候補構造が多く得られるタンパク質分子表面の特徴の解析(22A. 生命情報科学:構造ゲノミクス,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka, Hirokawa Takatsugu

生物物理 54(1) S240 2014年
Protein-protein Interaction Network Prediction by Using Rigid-Body Docking Tools: Application to Bacterial Chemotaxis

Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama

PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS 21(8) 790-798 2014年査読有り
MEGADOCK: An All-to-All Protein-Protein Interaction Prediction System Using Tertiary Structure Data

Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS 21(8) 766-778 2014年査読有り
MEGADOCK 3.0: A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments

Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Toshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

Source Code for Biology and Medicine 8 18 2013年9月3日査読有り
Re-Docking Scheme for Generating Near-Native Protein Complexes by Assembling Residue Interaction Fingerprints

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama

PLOS ONE 8(7) e69365 2013年7月査読有り
2P267 相互作用プロファイルを用いたRe-docking法によるタンパク質間相互作用予測(22A.生命情報科学:構造ゲノミクス,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka

生物物理 53(1) S203 2013年
The MEGADOCK project: Ultra-high-speed protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments

Takehiro Shimoda, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takayuki Fujiwara, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

2013 ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, ACM-BCB 2013 667 2013年査読有り
2PT104 相互作用プロファイルを使った正解相互作用部位の絞込みによる再ドッキング法の研究(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka, Hirokawa Takatsugu

生物物理 52 S122 2012年
Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology

Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N. A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi …

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 414(2) 289-302 2011年11月査読有り
1E1536 相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキングの代表相互作用の探索(ゲノム生物学、生命情報科学,第49回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Matsuzaki Yuri, Ohue Masahito, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka

生物物理 51 S41 2011年
Analysis of protein-protein docking decoys using interaction fingerprints: application to the reconstruction of CaM-ligand complexes

Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa

BMC BIOINFORMATICS 11 236 2010年5月査読有り
3P295 相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析による正解構造の探索(生命情報科学-構造ゲノミクス,第48回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu, Akiyama Yutaka

生物物理 50(2) S197 2010年
2TP4-03 相互作用プロファイルを用いた揺らぎをもつタンパク質の相互作用予測解析(生命情報科学-構造ゲノミクス,第47回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu

生物物理 49 S50 2009年
2P-284 タンパク質の揺らぎを考慮したタンパク質間ドッキングシミュレーション(生命情報科学・構造ゲノム,日本生物物理学会若手奨励賞選考会,若手招待講演,第46回日本生物物理学会年会)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu

生物物理 48 S119 2008年
1P488 Analysis of interaction profiles between calmodulin and various target molecules by a protein-protein interaction simulation(23. Bioinformatics, genomics and proteomics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Uchikoga Nobuyuki, Hirokawa Takatsugu

生物物理 46(2) S268 2006年
Electric charge balance mechanism of extended soluble proteins

N Uchikoga, SY Takahashi, RC Ke, M Sonoyama, S Mitaku

PROTEIN SCIENCE 14(1) 74-80 2005年1月査読有り

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MISC

Interaction Surfaces of Proteins Involved in Bacterial Chemotaxis with Rigid-Body Docking Decoys

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 290A-290A 2017年2月
A Docking Based Approach to Analyze Interaction Surfaces of Virus-Host Protein-Protein Interactions

Yuri Matsuzaki, Jaak Simm, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 451A-452A 2017年2月
Analysis of Physico-Chemical Properties of Protein Docking Decoys Generated by Rigid-Body Docking

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 327A-327A 2016年2月
Megadock 4.0. An Ultra-High-Performance Protein-Protein Docking Software for Heterogeneous Supercomputers

Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 327A-327A 2016年2月
Post-docking analysis by physicochemical properties of protein-protein interactions generated from rigid-body docking processes

Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama

PROTEIN SCIENCE 24 253-253 2015年10月
Analysis of Amino Acid Properties in Interaction Surfaces of Decoys Generated by Re-Docking Scheme

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 472A-472A 2015年1月
Re-Docking Scheme to Explore Docking Search Space by using Interaction Profiles

Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 410A-410A 2014年1月
MEGADOCK:構造ドッキング計算を用いたタンパク質間相互作用の大規模予測

大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 13th 63 2013年5月31日
越境するのか? されるのか? 4次元ポケットを介した創造

根本航, 内古閑伸之

生物物理 52(2) 110-111 2012年3月25日
タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善

山本航平, 大上雅史, 内古閑伸之, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告 111(96(NC2011 1-19)) 177-183 2011年6月16日
ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質‐RNA間相互作用予測

大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告 111(96(NC2011 1-19)) 169-176 2011年6月16日
ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測(一般講演(バイオ情報学),機械学習によるバイオデータマインニング,一般)

大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 111(96) 169-176 2011年6月16日
タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善(一般講演(バイオ情報学),機械学習によるバイオデータマインニング,一般)

山本航平, 大上雅史, 内古閑伸之, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰

電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 111(96) 177-183 2011年6月16日
タンパク質複合体予測のためのポストドッキング解析における相互作用比較法

内古閑伸之, 広川貴次

生物物理 51(1) 28-29 2011年1月25日
タンパク質とRNAの立体構造に基づいた網羅的計算による相互作用予測

大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集 2011 56-56 2011年1月11日
Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK

Akiyama, Y, Matsuzaki, Y, Uchikoga, N, Ohue, M

Biosupercomputing Newsletter 3 p.8 2010年12月
MEGADOCKによるタンパク質間相互作用予測~システム生物学への応用~

松崎由理, 大上雅史, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰

Tsubame e-Sci J 2(2) (JA)14-18,(EN)34-37-18 2010年11月10日
MEGADOCKによるタンパク質間相互作用予測--システム生物学への応用

松崎由理, 大上雅史, 内古閑伸之

Tsubame ESJ. 2 34-37 2010年11月
相互作用プロファイルによるタンパク質複合体予測のポストドッキング解析

内古閑伸之, 広川貴次, 秋山泰

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 38th 50-51 2010年10月22日
大きな構造変化を考慮したタンパク質複合体予測構造の相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析

内古閑伸之, 広川貴次

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 9th 136 2009年4月24日

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書籍等出版物

バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド

羊土社 2006年2月

講演・口頭発表等

Biophysical view of protein interaction surfaces

低分子化合物とタンパク質の情報解析 2016年
Analysis of Physico-chemical properties of protein docking decoys generated by rigid-body docking

Biophysical society 60th annual meeting 2016年
Re-docking by analyzing the profile of protein-protein interaction

CBI学会2016年大会 2016年
MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers

Biophysical society 60h annual meeting 2016年
タンパク質C末端に存在する機能未知配列に関する研究

第15回日本蛋白質科学会年会 2015年
アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析

第53回日本生物物理学会年会 2015年
MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments

3rd IIT Madras-Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics 2015年
剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析

第53回日本生物物理学会年会 2015年
Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein interaction surfaces using rigid-body docking process

3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics 2015年
MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale super-computing environments

Supercomputational Life Science 2015 (SCLS2015) 2015年
タンパク質間相互作用残基の物理化学的性質による単純化プロファイルを用いたポストドッキング解析

第15回日本蛋白質科学会年会 2015年
Re-docking scheme to explore docking search space by using interaction profiles

Biophysical Society 2014年
MEGADOCK: a high-performance protein-protein interaction prediction tool on supercomputing environments

日本生物物理学会第52回年会 2014年
Analysis of properties of protein-protein interaction surface areas involved in more near-native complexes by Re-docking scheme

日本生物物理学会第52回年会 2014年
Re-docking scheme of protein-protein interactions for generating near-native interaction patterns in difficult docking cases. (Invited)

2nd IIT Madras - Tokyo Tech joint symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics 2013年
Protein-protein interacting prediction by using amino acids interaction pattern in rigid-body docking process.

Biophysical Society 57th annual meeting 2013年
Re-docking scheme for prediction of protein-protein interactions using interaction fingerprints.

The Biophysical Society of Japan 2013年
Development of re-docking method by using native interaction patterns.

第50回日本生物物理学会年会 2012年
Analysis for generating representative interaction fingerprints of protein-protein decoys (Invited)

IIT Madras-Tokyo Tech Joint Workshop on Bioinformatics and Large Scale Data Analysis／IIT Madras 2011年
Representative interaction fingerprint from decoy generated by rigid-body docking

第48回日本生物物理学会年会予稿集／日本生物物理学会 2011年

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所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

網羅的ドッキングを用いた熱帯病関連タンパク質間相互作用解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

松崎由理, 内古閑伸之, 黒川裕美子, Simm Jaak, Martin Juliette, Launey Guillaume
アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発

日本学術振興会科研費基盤研究（C) 2015年4月 - 2018年3月

内古閑伸之
プロファイル法によるタンパク質間相互作用予測

2006年
アミノ酸配列からのタンパク質複合体形成の予測

日本学術振興会特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2001年4月 - 2004年3月

内古閑伸之

内古閑伸之

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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