渡邉直暉 (Naoki Watanabe) - マイポータル

基本情報

所属: 神戸大学大学院科学技術イノベーション研究科
: 立命館大学薬学部創薬科学科 (客員研究員)

学位: 博士（工学）(2023年3月神戸大学)

研究者番号: 50981023
J-GLOBAL ID: 202301001694028793
researchmap会員ID: R000058132

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

2025年7月 - 現在

立命館大学, 総合科学技術研究機構 (客員研究員)
2025年5月 - 現在

神戸大学, 大学院科学技術イノベーション研究科 (特命助教)
2023年4月 - 2025年3月

国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, AI健康・医薬研究センター (特任研究員)

学歴

- 2023年3月

神戸大学工学研究科応用化学専攻博士課程修了

受賞

2021年10月

最優秀ポスター賞, 酵素反応予測のための機械学習モデルの開発, 第1回神戸大学先端バイオ工学研究センター成果発表会

渡邉直暉, 村田昌浩, 山本昌輝, 荻野千秋, 近藤昭彦, 荒木通啓

論文

Genome-scale prediction of gene ontology from mass fingerprints reveals new metabolic gene functions

Christopher J Vavricka, Masao Mochizuki, Satoshi Yuzawa, Masahiro Murata, Takanobu Yoshida, Naoki Watanabe, Masahiko Nakatsui, Jun Ishii, Kiyotaka Y Hara, Hal S Alper …

Life Science Alliance 8(11) e202403154-e202403154 2025年9月10日査読有り
Machine Learning Model for Predicting Coronary Heart Disease Risk: Development and Validation Using Insights From a Japanese Population–Based Study

Thien Vu, Yoshihiro Kokubo, Mai Inoue, Masaki Yamamoto, Attayeb Mohsen, Agustin Martin-Morales, Research Dawadi, Takao Inoue, Jie Ting Tay, Mari Yoshizaki …

JMIR Cardio 9 e68066-e68066 2025年5月12日
Large language models and questions from older adults: a human and machine-based evaluation study

Research Dawadi, Thien Vu, Jie Ting Tay, Phap Tran Ngoc Hoang, Ai Oya, Masaki Yamamoto, Naoki Watanabe, Yuki Kuriya, Michihiro Araki

Discover Artificial Intelligence 5(1) 2025年5月1日査読有り
Prediction of depressive disorder using machine learning approaches: findings from the NHANES

Thien Vu, Research Dawadi, Masaki Yamamoto, Jie Ting Tay, Naoki Watanabe, Yuki Kuriya, Ai Oya, Phap Ngoc Hoang Tran, Michihiro Araki

BMC Medical Informatics and Decision Making 25(1) 2025年2月17日査読有り
Development of method using language processing techniques for extracting information on drug–health food product interactions

Mari Yoshizaki, Yuki Kuriya, Masaki Yamamoto, Naoki Watanabe, Michihiro Araki

British Journal of Clinical Pharmacology 90(6) 1514-1524 2024年3月20日査読有り
EnzymeNet: Residual Neural Networks model for Enzyme Commission number prediction

Naoki Watanabe, Masaki Yamamoto, Masahiro Murata, Yuki Kuriya, Michihiro Araki

Bioinformatics Advances 3(1) vbad173 2023年11月24日査読有り筆頭著者
Different Recognition of Protein Features Depending on Deep Learning Models: A Case Study of Aromatic Decarboxylase UbiD

Naoki Watanabe, Yuki Kuriya, Masahiro Murata, Masaki Yamamoto, Masayuki Shimizu, Michihiro Araki

Biology 12(6) 795 2023年5月31日査読有り筆頭著者
Prediction of Metabolic Flux Distribution by Flux Sampling: As a Case Study, Acetate Production from Glucose in Escherichia coli

Yuki Kuriya, Masahiro Murata, Masaki Yamamoto, Naoki Watanabe, Michihiro Araki

Bioengineering 10(6) 636 2023年5月24日査読有り
Comprehensive Machine Learning Prediction of Extensive Enzymatic Reactions

Naoki Watanabe, Masaki Yamamoto, Masahiro Murata, Christopher J. Vavricka, Chiaki Ogino, Akihiko Kondo, Michihiro Araki

The Journal of Physical Chemistry B 126(36) 6762-6770 2022年9月2日査読有り筆頭著者
Machine learning discovery of missing links that mediate alternative branches to plant alkaloids

Christopher J. Vavricka, Shunsuke Takahashi, Naoki Watanabe, Musashi Takenaka, Mami Matsuda, Takanobu Yoshida, Ryo Suzuki, Hiromasa Kiyota, Jianyong Li, Hiromichi Minami …

Nature Communications 13 1405 2022年3月16日査読有り
Exploration and Evaluation of Machine Learning-Based Models for Predicting Enzymatic Reactions

Naoki Watanabe, Masahiro Murata, Teppei Ogawa, Christopher J. Vavricka, Akihiko Kondo, Chiaki Ogino, Michihiro Araki

Journal of Chemical Information and Modeling 60(3) 1833-1843 2020年2月13日査読有り筆頭著者

MISC

広範な酵素反応予測のための機械学習モデルの開発

渡邉直暉, 山本昌輝, 山本昌輝, 村田昌浩, 村田昌浩, VAVRICKA Christopher J., 荻野千秋, 近藤昭彦, 荒木通啓, 荒木通啓 …

日本生物工学会大会講演要旨集 74th 2022年

書籍等出版物

AIとバイオの融合最前線

厨祐喜, 渡邉直暉, 荒木通啓 (担当:分担執筆, 範囲:スマートセルの効率的創製に向けた情報解析技術とAI活用)

シーエムシー出版 2025年5月28日 (ISBN: 9784781318677)
微生物を用いた有用物質生産技術の開発

渡邉直暉, 荒木通啓 (担当:分担執筆, 範囲:計算科学を用いた酵素の探索・改良技術)

技術情報協会 2024年6月28日 (ISBN: 9784867980231)
微生物を活用した有用物質の製造技術

渡邉直暉, 荒木通啓 (担当:分担執筆, 範囲:スマートセルの効率的創製に向けた情報解析技術とAI活用)

シーエムシー出版 2023年5月 (ISBN: 9784781317403)

講演・口頭発表等

Development of enzyme annotation prediction model using residual neural networks for enzyme candidate selection

Naoki Watanabe, Masaki Yamamoto, Masahiro Murata, Yuki Kuriya, Michihiro Araki

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024年10月24日
Extraction of Different Protein Features Among Multiple Deep Learning Models for Protein Annotations

Naoki Watanabe, Yuki Kuriya, Masahiro Murata, Masaki Yamamoto, Masayuki Shimizu, Michihiro Araki

The 16th Asian Congress on Biotechnology 2023年10月
広範な酵素反応予測のための機械学習モデルの開発

渡邉直暉, 山本昌輝, 村田昌浩, Vavricka Christopher J, 荻野千秋, 近藤昭彦, 荒木通啓

第74回日本生物工学会大会 2022年10月20日
酵素反応予測のための機械学習モデルの開発

渡邉直暉, 山本昌輝, 村田昌浩, 荻野千秋, 近藤昭彦, 荒木通啓

第１回神戸大学先端バイオ工学研究センター成果発表会 2021年10月11日
基質酵素反応予測のための機械学習に基づく予測モデルの構築方法の探索と評価

渡邉直暉, 村田昌浩, 荻野千秋, 近藤昭彦, 荒木通啓

第71回日本生物工学会大会 2019年9月
Machine Learning Prediction of EC Number of Enzymes

Naoki Watanabe, Masahiro Murata, Chiaki Ogino, Akihiko Kondo, Michihiro Araki

The 9th International Symposium of Innovative BioProduction Kobe 2018年11月2日
機械学習を用いた酵素のEC number予測

渡邉直暉, 村田昌浩, 荻野千秋, 近藤昭彦, 荒木通啓

第70回日本生物工学会大会, 2018年9月

渡邉直暉

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MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

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