岩﨑裕貴 (Yuki Iwasaki) - マイポータル

基本情報

所属: 長浜バイオ大学バイオデータサイエンス学科助教

J-GLOBAL ID: 201801011029535264
researchmap会員ID: B000310235

研究キーワード

バイオインフォマティクス

研究分野

ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

経歴

2024年4月 - 現在

長浜バイオ大学, バイオデータサイエンス学科, 助教
2020年4月 - 2024年3月

長浜バイオ大学, メディカルバイオサイエンス学科, 助教
2018年2月 - 2020年3月

公益財団法人国際科学振興財団シーラカンス研究所
2016年10月 - 2018年2月

国立遺伝学研究所
2014年4月 - 2016年9月

独立行政法人水産総合研究センター中央水産研究所

論文

Unsupervised AI reveals insect species-specific genome signatures.

Sawada Y, Minei R, Tabata H, Ikemura T, Wada K, Wada Y, Nagata H, Iwasaki Y

PeerJ 2024年3月査読有り最終著者責任著者
Oligonucleotide skews enable comprehensive and insightful characterization of GC- and TA-skew properties observed throughout the human genome with support of unsupervised AI with reference to gene- and Alu-polarity skews

Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Yoshiko Wada, Kennosuke Wada

Gene Reports 33 101852-101852 2023年12月査読有り
Oligonucleotide usage in coronavirus genomes mimics that in exon regions in host genomes

Virology Journal 20 2023年3月1日査読有り筆頭著者
Comparative genomic analysis of the human genome and six bat genomes using unsupervised machine learning: Mb-level CpG and TFBS islands

Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe

BMC Genomics 23(1) 2022年12月査読有り筆頭著者
Correction: Alternative splicing plays key roles in response to stress across different stages of fighting in the fish Betta splendens

Trieu-Duc Vu, Kenshiro Oshima, Kenya Matsumura, Yuki Iwasaki, Ming-Tzu Chiu, Masato Nikaido, Norihiro Okada

BMC Genomics 23(1) 2022年12月
AI-based search for convergently expanding, advantageous mutations in SARS-CoV-2 by focusing on oligonucleotide frequencies

Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe

PLOS ONE 17(8) e0273860-e0273860 2022年8月31日査読有り
Data of RNA-seq transcriptomes of liver, bone, heart, kidney and blood in klotho mice at a pre-symptomatic state and the effect of a traditional Japanese multi-herbal medicine, juzentaihoto.

Norihiro Okada, Kenshiro Oshima, Yuki Iwasaki, Akiko Maruko, Kenya Matsumura, Erica Iioka, Trieu-Duc Vu, Naoki Fujitsuka, Akinori Nishi, Aiko Sugiyama …

Data in brief 42 108197-108197 2022年6月
Unsupervised explainable AI for molecular evolutionary study of forty thousand SARS-CoV-2 genomes

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura

BMC Microbiology 22(1) 73-73 2022年3月10日査読有り筆頭著者
AI for the collective analysis of a massive number of genome sequences: various examples from the small genome of pandemic SARS-CoV-2 to the human genome.

Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe

Genes & genetic systems 96(4) 165-176 2021年12月16日
Data of RNA-seq transcriptomes in the brain associated with aggression in males of the fish Betta splendens.

Trieu-Duc Vu, Yuki Iwasaki, Kenshiro Oshima, Ming-Tzu Chiu, Masato Nikaido, Norihiro Okada

Data in brief 38 107448-107448 2021年10月
Time-Series Trend of Pandemic SARS-CoV-2 Variants Visualized Using Batch-Learning Self-Organizing Map for Oligonucleotide Compositions

Takashi Abe, Ryuki Furukawa, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura

Data Science Journal 20(1) 29-29 2021年9月21日査読有り
Intron retention as a new pre-symptomatic marker of aging and its recovery to the normal state by a traditional Japanese multi-herbal medicine

Norihiro Okada, Kenshiro Oshima, Yuki Iwasaki, Akiko Maruko, Kenya Matsumura, Erica Iioka, Trieu-Duc Vu, Naoki Fujitsuka, Akinori Nishi, Aiko Sugiyama …

Gene 794 145752-145752 2021年5月査読有り
A unique neurogenomic state emerges after aggressive confrontations in males of the fish Betta splendens

Trieu-Duc Vu, Yuki Iwasaki, Kenshiro Oshima, Ming-Tzu Chiu, Masato Nikaido, Norihiro Okada

Gene 784 145601-145601 2021年査読有り
Human cell-dependent, directional, time-dependent changes in the mono- and oligonucleotide compositions of SARS-CoV-2 genomes

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura

BMC Microbiology 21(1) 89-89 2021年査読有り筆頭著者
Author Correction: Targeted mutagenesis of the ryanodine receptor by Platinum TALENs causes slow swimming behaviour in Pacific bluefin tuna (Thunnus orientalis).

Kentaro Higuchi, Yukinori Kazeto, Yuichi Ozaki, Toshiya Yamaguchi, Yukinori Shimada, Yoshiaki Ina, Satoshi Soma, Yoshitaka Sakakura, Rie Goto, Takahiro Matsubara …

Scientific reports 10(1) 9351-9351 2020年6月4日
Behavioral and brain- transcriptomic synchronization between the two opponents of a fighting pair of the fish Betta splendens.

Trieu-Duc Vu, Yuki Iwasaki, Shuji Shigenobu, Akiko Maruko, Kenshiro Oshima, Erica Iioka, Chao-Li Huang, Takashi Abe, Satoshi Tamaki, Yi-Wen Lin …

PLoS genetics 16(6) e1008831 2020年6月査読有り
Intron retention as a new marker of the pre-disease state and its recovery to the normal state by a traditional Japanese multi-herbal medicine

Norihiro Okada, Kenshiro Oshima, Yuki Iwasaki, Akiko Maruko, Erica Iioka, Trieu-Duc Vu, Naoki Fujitsuka, Akinori Nishi, Aiko Sugiyama, Mitsue Nishiyama …

bioRxiv 2020年2月12日
Implication of a new function of human tDNAs in chromatin organization

Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Ken Kurokawa, Norihiro Okada

Scientific Reports 10(1) 17440-17440 2020年査読有り筆頭著者
Targeted mutagenesis of the ryanodine receptor by Platinum TALENs causes slow swimming behaviour in Pacific bluefin tuna (Thunnus orientalis)

Kentaro Higuchi, Yukinori Kazeto, Yuichi Ozaki, Toshiya Yamaguchi, Yukinori Shimada, Yoshiaki Ina, Satoshi Soma, Yoshitaka Sakakura, Rie Goto, Takahiro Matsubara …

Scientific Reports 9(1) 13871-13871 2019年12月1日
Improvement of the Pacific bluefin tuna (Thunnus orientalis) reference genome and development of male-specific DNA markers.

Ayako Suda, Issei Nishiki, Yuki Iwasaki, Aiko Matsuura, Tetsuya Akita, Nobuaki Suzuki, Atushi Fujiwara

Scientific reports 9(1) 14450-14450 2019年10月8日

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MISC

漢方薬の十全大補湯は老化に伴うイントロンリテンション(RI)を減少させスプライシングパターンを健康型に戻す。

岡田典弘, 大島健志朗, 岩崎裕貴, 円子顕子, 飯岡恵里香, 藤塚直樹, 西山光恵, 西明紀, 金子篤, 山本雅浩 …

日本RNA学会年会要旨集 21st 2019年
A new resource of single nucleotide polymorphisms in the Japanese eel Anguilla japonica derived from restriction site-associated DNA (vol 43, pg 496, 2016)

Masashi Sekino, Reiichiro Nakamichi, Yuki Iwasaki, Akifumi S. Tanabe, Atushi Fujiwara, Motoshige Yasuike, Manabu Shiraishi, Kenji Saitoh

ICHTHYOLOGICAL RESEARCH 63(4) 505-505 2016年11月
ブリから分離された非凝集性Lactococcus garvieae 122061株の全ゲノム解析

西木一生, 岩崎裕貴, 安池元重, 中村洋路, 吉田照豊, 藤原篤志, 長井敏, 加藤雅也, 小林敬典

日本魚病学会大会プログラムおよび講演要旨 2016 25 2016年9月7日
Nocardia seriolae UTF1株の完全長ゲノム配列決定

安池元重, 西木一生, 岩崎裕貴, 中村洋路, 藤原篤志, 嶋原佳子, 釜石隆, 吉田照豊, 長井敏, 小林敬典 …

日本魚病学会大会プログラムおよび講演要旨 2015 21 2015年9月25日
クロマグロ早期成熟個体判別マーカーの開発

岩崎裕貴, 西木一生, 中村洋路, 安池元重, 甲斐渉, 野村洋輔, 藤原篤志, 野村和晴, 玄浩一郎, 伊藤暁 …

日本水産学会大会講演要旨集 2015 72 2015年9月22日
Edwardsiella溶菌バクテリオファージ株PEi20およびPEi26の全ゲノム配列解析

安池元重, 西木一生, 岩崎裕貴, 中村洋路, 藤原篤志, HASSAN Ebtsam Sayed, MAHMOUD Mahmoud, Mostafa, 河東康彦, 長井敏 …

日本水産学会大会講演要旨集 2015 162 2015年3月27日
魚類のde novoアセンブリにおける半数体ゲノムの有用性の検証

岩崎裕貴, 西木一生, 中村洋路, 安池元重, 甲斐渉, 野村洋輔, 藤原篤志, 野村和晴, 吉田一範, 小林敬典 …

日本水産学会大会講演要旨集 2015 99 2015年3月27日
病原性の異なるStreptococcus dysgalactiaeの比較ゲノム解析

西木一生, 岩崎裕貴, 中村洋路, 安池元重, 藤原篤志, 釜石隆, 吉田照豊, 長井敏, 小林敬典, 乙竹充

日本魚病学会大会プログラムおよび講演要旨 2015 34 2015年3月7日
次世代シークエンサーを用いたアサリのミトコンドリアDNA解析

西木一生, 岩崎裕貴, 野村洋輔, 藤原篤志, 小島大輔, 菅谷琢磨

日本水産学会大会講演要旨集 2015 2015年
Analysis of genetic events observed in the oxidative DNA damage repair-deficient mice

Kunihiko Sakumi, Mizuki Ohno, Ryutaro Fukumura, Yoichi Gondo, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Teruhisa Tsuzuki, Yusaku Nakabeppu

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 285-285 2014年12月
新規Edwardsiella tarda溶菌バクテリオファージ株FW‐3の全ゲノム配列解析

安池元重, 西木一生, 岩崎裕貴, 中村洋路, 藤原篤志, 菅谷恵美, 河東康彦, 長井敏, 小林敬典, 乙竹充 …

日本魚病学会大会プログラムおよび講演要旨 2014 23 2014年9月22日
A study of de novo germline mutation due to oxidative DNA damage

Mizuki Ohno, Kunihiko Sakumi, Ryutaro Fukumura, Yoichi Gondo, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Teruhisa Tsuzuki, Yusaku Nakabeppu

GENES & GENETIC SYSTEMS 88(6) 362-362 2013年12月
Evolutionary changes of vertebrate genome signatures with special focus on coelacanth

Yuki Iwasaki, Norihiro Okada, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura

GENES & GENETIC SYSTEMS 88(6) 381-381 2013年12月
A study of de novo germline mutation due to oxidative DNA damage (II)

Kunihiko Sakumi, Mizuki Ohno, Ryutaro Fukumura, Yoichi Gondo, Yuki Iwasaki, Toshimich Ikemura, Teruhisa Tsuzuki, Yusaku Nakabeppu

GENES & GENETIC SYSTEMS 88(6) 362-362 2013年12月
P-046(O-11) ミューテーターマウス家系を用いた体細胞および生殖細胞突然変異の解析システム(ポスターセッション)

大野みずき, 作見邦彦, 福村龍太郎, 権藤洋一, 岩崎裕貴, 池村淑道, 續輝久, 中別府雄作

日本環境変異原学会大会プログラム・要旨集 (42) 97-97 2013年
新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスのゲノム塩基配列の変化の方向性の予測

岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 池村淑道

生物工学会誌 90(12) 769-772 2012年12月26日
Detection of viral segments with oligonucleotide compositions similar with host RNAs for studies of viral adaptation to host

Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Taiki Akiba, Ayumi Ogura, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura

GENES & GENETIC SYSTEMS 87(6) 428-428 2012年12月
Vertebrate genome signatures and its causative factors unveiled by novel bioinformatics strategies

Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada

GENES & GENETIC SYSTEMS 87(6) 383-383 2012年12月
インフルエンザウイルスゲノム配列の変化方向の予測

岩崎裕貴, 和田健之介, 阿部貴志, 池村淑道

アドバンスシミュレーション 12 56-57 2012年6月
A novel bioinformatics strategy to investigate characteristics of influenza virus genomes related with their host adaptation

Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Takashi Abe

GENES & GENETIC SYSTEMS 86(6) 419-419 2011年12月

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書籍等出版物

生命のビッグデータ利用の最前線

岩﨑裕貴, 池村淑道 (担当:分担執筆, 範囲:第5章 - 5. 新規情報学的手法“BLSOM”を用いたインフルエンザウイルスゲノム配列の変化の方向性および危険株の予測法の開発)

シーエムシー出版 2014年4月
Encyclopedia of Metagenomics

Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura (担当:分担執筆, 範囲:tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences)

Springer 2014年1月
Advance in Viral Genome Research.

Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe (担当:分担執筆, 範囲:Chapter 4. Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).)

Nova Science Publishers 2013年10月

講演・口頭発表等

Unsupervised AI analysis of oligonucleotide usage in a wide range of variants of SARS-CoV-2

Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Takashi Abe

2023年12月
Host cell-dependent genomic changes in SARS-CoV-2

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura

International Symposium on Data Science 2023 2023年12月
Novel bioinformatics strategies to analyze influenza virus genome signature and its evolution from massive viral genome sequences, using Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Kouki Yonezawa, Toshimichi Ikemura

Society for Molecular Biology and Evolution 2013 2013年7月
Novel bioinformatics strategies to analyze massive influenza virus genome sequences using Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura

Annual Symposium on Computational Science and Engineering 17 2013年3月
A novel bioinformatics tool "BLSOM" for molecular evolutionary and functional analyses

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura

63rd FUJIHARA SEMINAR A new horizon of retroposon research 2012年8月
Powerful visualization of regional genomic signatures: Notable clustering of transcription-factor-binding motifs in human pericentric regions.

Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura

EMBO workshop “Evolution in the time of Genomics” 2012年5月
A bioinformatics strategy to clarify microbial community structures by analyzing metagenomic sequences on the basis of Batch-Learning Self-Organizing Map.

Takashi Abe, Manabu Ohi, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Hiroshi Uehara, Toshimichi Ikemura

International Union of Microbiological Societies 2011 2011年9月
A Novel Evolutionary Study to Predict Directional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences.

Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Takashi Abe

Society for Molecular Biology and Evolution 2011 2011年7月
Prediction of Directional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences using BLSOM with Emphasis on Pandemic H1N1/09.

Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura, Takashi Abe

Society for Molecular Biology and Evolution 2011 2011年7月
Visualization of Genome Signatures with BLSOM and its Application to Eukaryotic and Viral genomes.

Takashi Abe, Yuki Iwasaki, Hiroshi Uehara, Yuuta Hamano, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura

Society for Molecular Biology and Evolution 2011 2011年7月
Visualization of genome signatures and its application to virus and eukaryote genomes

Takashi Abe, Yuki Iwasaki, Hiroshi Uehara, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura

An International Meeting honouring Jacques Monod on the 100th Anniversary of his birth and the 40th Anniversary of his book 2010年10月
A novel informatics and visualization method to analyze virus genomes with emphasis on Influenza A virus

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Masae Itoh, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura

The 4th Joint Seminar of Marine Bio NURI Center, Pukyong National University and Pusan National University and Nagahama Institute of Bio-Science and Technology 2009年4月

担当経験のある科目(授業)

2025年4月 - 現在

大学での学びと実践方法【大学での学びと実践方法Ⅰ】
2025年4月 - 現在

応用ゲノム解析学
2025年4月 - 現在

コンピュータ基礎実習
2025年4月 - 2025年4月

応用実習Ⅰ（プログラミング系）
2024年10月 - 2025年1月

応用実験Ⅱ（情報系）
2024年10月 - 2025年1月

コンピュータ応用実習
2024年10月 - 2025年1月

医用データベース技術Ⅱ
2024年4月 - 2024年7月

応用ゲノム解析学
2024年4月 - 2024年7月

大学での学びと実践方法Ⅰ
2024年4月 - 2024年7月

医用データベース技術Ⅰ
2024年4月 - 2024年7月

コンピュータ基礎実習
2023年10月 - 2024年1月

応用実験Ⅱ（情報系）
2023年10月 - 2024年1月

コンピュータ応用実習
2023年10月 - 2024年1月

医用データベース技術Ⅱ
2023年4月 - 2023年7月

応用ゲノム解析学【応用バイオインフォマティクス】
2023年4月 - 2023年7月

コンピュータ基礎実習
2023年4月 - 2023年7月

大学での学びと実践方法Ⅰ【大学での学びと実践方法】
2023年4月 - 2023年7月

医用データベース技術Ⅰ
2022年10月 - 2023年1月

応用実験Ⅱ（情報系）
2022年10月 - 2023年1月

コンピュータ応用実習

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共同研究・競争的資金等の研究課題

大阪・関西万博とアジア競技大会における都市環境マイクロバイオームの変動調査

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2029年3月

鈴木治夫, 志波優, 本多了, 鈴木留美子, クリュコフキリル, 阿部貴志, 岩埼裕貴
噛み合いによる減耗を低減する切歯低形成トラフグの作出基盤の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

岡本裕之, 山本卓, 佐久間哲史, 石川卓, 甲斐渉, 西木一生, 岩崎裕貴, 岸本謙太, 村上悠, 岡田一宏, 糟谷享, 杉山昇平, 藤原篤志, 木下政人
ウイルスと宿主ゲノムの特徴抽出とそれらの相互関係の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2012年 - 2013年

岩﨑裕貴

岩﨑裕貴

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書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

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