森義治 (Yoshiharu Mori) - マイポータル

基本情報

所属: 九州大学大学院システム情報科学研究院学際情報学特別部門准教授

学位: 博士（理学）(名古屋大学)

連絡先: mori.yoshiharu.323m.kyushu-u.ac.jp
研究者番号: 90646928
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-2795-2808
J-GLOBAL ID: 201701011471488391
researchmap会員ID: B000277005

外部リンク: https://sites.google.com/view/ku-kato-lab/

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

九州大学, 大学院システム情報科学研究院, 准教授
2023年10月 - 2025年3月

慶應義塾大学, 理工学研究科・量子コンピューティングセンター, 特任准教授
2023年10月 - 2025年3月

神戸大学, 大学院システム情報学研究科, 客員准教授
2020年4月 - 2023年9月

神戸大学, 大学院システム情報学研究科, 講師
2017年4月 - 2020年3月

北里大学, 薬学部, 助教
2012年5月 - 2017年3月

分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 特任助教
2011年4月 - 2012年4月

日本学術振興会, 特別研究員（PD）
2011年7月 - 2011年8月

英国ケンブリッジ大学, 化学科, 訪問研究員

学歴

2009年4月 - 2011年3月

名古屋大学大学院, 理学研究科物質理学専攻（物理系）, 博士課程（後期課程）
2007年4月 - 2009年3月

名古屋大学大学院, 理学研究科物質理学専攻（物理系）, 博士課程（前期課程）
2003年4月 - 2007年3月

名古屋大学, 理学部, 物理学科

論文

Statistical protein–protein interaction analysis of HER2-pertuzumab complex by the fragment molecular orbital method

Yusuke Enomoto, Yoshiharu Mori, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

Journal of Computational Chemistry 47 e70382 2026年4月査読有り
A structure-based approach for predicting odor similarity of molecules via docking simulations with human olfactory receptors

Hirotada Kaneshiro, Masakazu Sato, Airi Tanaka, Shuya Nakata, Yoshiko Aihara, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

ACS Omega 10 39933-39945 2025年8月査読有り
Stabilization mechanism of initiator transfer RNA in the small ribosomal subunit from coarse-grained molecular simulations

Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

Journal of Physical Chemistry B 128 12059-12065 2024年11月査読有り筆頭著者
Navigating ultralarge virtual chemical spaces with product-of-experts chemical language models

Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

Journal of Chemical Information and Modeling 64 7873-7884 2024年10月査読有り
Anesthetic binding induced motion of GABA_A receptors revealed by coarse-grained molecular dynamics simulations

Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

Journal of Physical Chemistry B 127 6306-6315 2023年7月査読有り
End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models

Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

BMC Bioinformatics 24 233 2023年6月査読有り
Thermal conductivity and conductance of protein in aqueous solution: Effects of geometrical shape

Ikuo Kurisaki, Seiya Tanaka, Ichiro Mori, Toshihito Umegaki, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

Journal of Computational Chemistry 44 857-868 2023年3月査読有り
DASH型クリプトクロムのDNA修復機能発現に関する理論的考察

佐藤竜馬, 森義治, 松井理紗, 沖本憲明, 山元淳平, 泰地真弘人

生物物理 62 116-118 2022年3月査読有り
Theoretical insights into the DNA repair function of Arabidopsis thaliana cryptochrome-DASH

Ryuma Sato, Yoshiharu Mori, Risa Matsui, Noriaki Okimoto, Junpei Yamamoto, Makoto Taiji

Biophysics and Physicobiology 17 113-124 2020年9月査読有り
Molecular simulations by generalized-ensemble algorithms in isothermal-isobaric ensemble

Masataka Yamauchi, Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

Biophysical Reviews 11 457-469 2019年5月査読有り
Antigen-dependent fluorescence response of anti-c-Myc Quenchbody studied by molecular dynamics simulations

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura, Takayoshi Watanabe, Takahiro Hohsaka

Chemical Physics Letters 698 223-226 2018年4月査読有り
高圧力状態でのサンプリング効率を高める拡張アンサンブル法と生体分子系への応用

森義治

アンサンブル 19 189-194 2017年7月査読有り
Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

Journal of Computational Chemistry 38 1167-1173 2017年4月査読有り
Structural basis of TRPA1 inhibition by HC-030031 utilizing species-specific differences

Rupali Gupta, Shigeru Saito, Yoshiharu Mori, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura, Makoto Tominaga

Scientific Reports 6 37460 2016年11月査読有り
Modeling 15N NMR chemical shift changes in protein backbone with pressure

Giovanni La Penna, Yoshiharu Mori, Ryo Kitahara, Kazuyuki Akasaka, Yuko Okamoto

Journal of Chemical Physics 145 085104 2016年8月査読有り
分子動力学シミュレーションで探るタンパク質・ペプチドの圧力変性

森義治, 奥村久士

生物物理 56 212-216 2016年7月査読有り
Simulated tempering based on global balance or detailed balance conditions: Suwa-Todo, heat bath, and Metropolis algorithms

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

Journal of Computational Chemistry 36 2344-2349 2015年10月査読有り
Molecular dynamics simulation study on the high-pressure behaviour of an AK16 peptide

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

Molecular Simulation 41 1035-1040 2014年8月査読有り
Molecular dynamics of the structural changes of helical peptides induced by pressure

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 82 2970-2981 2014年8月査読有り
Pressure-induced helical structure of a peptide studied by simulated tempering molecular dynamics simulations

Yoshiharu Mori, Hisashi Okumura

Journal of Physical Chemistry Letters 4 2079-2083 2013年6月査読有り

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MISC

Comprehensive quantum chemical interaction analysis of whole protein–ligand structures in BindingDB using the fragment molecular orbital method

Shuhei Miyakawa, Naoko Konami, Ruri Mihata, Rikuto Osaki, Ayaka Masuda, Tomoka Taguchi, Toma Miyagishi, Koji Okuwaki, Koichiro Kato, Yoshiharu Mori …

ChemRxiv 2026年9月
A structure-based approach for predicting odor similarity of molecules via docking simulations with human olfactory receptors

Hirotada Kaneshiro, Masakazu Sato, Airi Tanaka, Shuya Nakata, Yoshiko Aihara, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

ChemRxiv 2025年5月
金融業界における量子コンピューティング活用に向けた取り組み

加藤準平, 大塩耕平, 市村達大, 鈴木洋一, 森義治

情報処理 66 d45-d56 2025年4月
リボソーム小サブユニットにおける開始tRNA安定化の分子機構

森義治

アンサンブル 26 269-275 2024年7月筆頭著者
Stabilization mechanism of initiator transfer RNA in the small ribosomal subunit from coarse-grained molecular simulations

Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

bioRxiv 2024年7月筆頭著者
Navigating ultra-large virtual chemical spaces with product-of-experts chemical language models

Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

ChemRxiv 2024年7月
Anesthetic-binding induced motion of GABA A receptors revealed by coarse-grained molecular dynamics simulations

Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

bioRxiv 2023年3月
End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models

Shuya Nakata, Yoshiharu Mori, Shigenori Tanaka

bioRxiv 2022年12月
マルチスケール分子シミュレーションによる受容体チロシンキナーゼの構造モデリング

森義治

東京大学情報基盤センタースーパーコンピューティングニュース 24 74-78 2022年3月筆頭著者
Enhanced sampling algorithms

Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

arXiv 2010年12月
Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensemble

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

arXiv 2010年4月筆頭著者
Replica-exchange molecular dynamics simulations for various constant temperature algorithms

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

arXiv 2010年4月筆頭著者

書籍等出版物

Enhanced sampling algorithms

Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

Biomolecular Simulations: Methods and Protocols, Humana Press, 153-195 2013年
Generalized isobaric-isothermal ensemble algorithms

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

From Computational Biophysics to Systems Biology, John von Neumann Institute for Computing, 139-144 2012年
Generalized-ensemble simulations in protein science

Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto

Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10, Nova Science, 46-60 2011年

受賞

2021年10月

口頭発表賞, CBI学会2021年大会

森義治
2011年3月

学術奨励賞, 名古屋大学

森義治
2009年12月

学生優秀発表賞, 「レプリカ交換分子動力学法における適切なスケーリング法」, 第23回分子シミュレーション討論会

森義治

共同研究・競争的資金等の研究課題

大規模分子科学データ作成と機械学習ポテンシャルの構築

九州大学数理・データサイエンスに関する教育・研究支援プログラム 2025年6月 - 2026年2月

森義治
翻訳過程における高精度タンパク質合成の分子機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2025年3月

森義治
マルチスケール分子シミュレーションによる受容体チロシンキナーゼの構造モデリング

東京大学情報基盤センター若手・女性利用者推薦 2019年10月 - 2020年3月

森義治
タンパク質合成におけるアミノ酸の高精度選択機構の解明

日本学術振興会科学研究費若手研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

森義治
ATP合成におけるタンパク質触媒機構の理論的研究

日本学術振興会特別研究員奨励費 2011年4月 - 2013年3月

森義治

学術貢献活動

量子生命科学会総務委員

企画立案・運営等

2023年7月 - 現在
FMO創薬コンソーシアム世話人

企画立案・運営等

2023年5月 - 現在
科学技術予測センター専門調査員

その他

2018年4月 - 現在
第40回分子シミュレーション討論会実行委員

企画立案・運営等

2026年12月
2026年度FMODD夏の学校世話人

企画立案・運営等

2026年8月
日本物理学会領域12運営委員

企画立案・運営等

2024年10月 - 2025年9月
2025年度FMODD夏の学校世話人

企画立案・運営等

2025年8月
Q-LEAP量子AIセミナー世話人

企画立案・運営等

2024年4月 - 2025年3月
2024年度FMODD夏の学校世話人

企画立案・運営等

2024年8月
CBI学会関西部会委員

企画立案・運営等

2021年2月 - 2024年3月
遠隔講義計算生命科学の基礎コーディネーター

企画立案・運営等

2020年4月 - 2024年3月
第451回CBI学会講演会「自然言語処理技術の現状と展望」世話人

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

2024年1月
日本生物物理学会分野別専門委員

その他

2022年1月 - 2023年12月
2023年度FMODD夏の学校世話人

企画立案・運営等

2023年8月
第433回CBI学会講演会「生命科学の理解を飛躍させるデジタルな研究環境革新」世話人

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

2022年5月
量子生命科学会第4回大会総務・広報委員

企画立案・運営等

2022年5月
第50回生物物理若手の会夏の学校世話人

企画立案・運営等

2010年9月

所属学協会

担当経験のある科目(授業)

初年次セミナー (神戸大学)
高度教養セミナー (神戸大学)
総合演習B (神戸大学)
現象計算 (神戸大学)
薬学卒業特別実習 (北里大学)
計算生物学特論 (神戸大学)
システム情報学講究 (神戸大学)
生命物理化学実習 (北里大学)
化学情報学 (九州大学)
Data Science on Molecular Systems (九州大学)
応用化学実験 (九州大学)
薬学英語 (北里大学)

講演・口頭発表等

169

Machine learning potential based on the fragment molecular orbital method and its application to molecular dynamics simulations of peptide molecules

森義治, 宮川柊兵, 奥脇弘次, 古明地勇人, 福澤薫, 本間光貴, 加藤幸一郎

CBI学会2026年大会 2026年10月
FMODBを活用したリガンド–タンパク質間の動的平均相互作用解析

森義治

CBI学会2026年大会 2026年10月
FMO計算とAIが拓く次世代創薬シミュレーション

森義治

CBI研究機構量子構造生命科学研究所中性子産業利用推進協議会生物・生体材料研究会、中性子構造生物学研究会 J-PARC MLF利用者懇談会生命物質分科会（構造生物学研究会）合同シンポジウム「AI のヘルスケアへの貢献」 2026年10月
Machine learning prediction of quantum-chemical protein-ligand interaction energies from FMO data

Yuta Kawaura, Yoshiharu Mori, Koji Okuwaki, Shuhei Miyakawa, Hiroto Asano, Yu-Shi Tian, Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma, Koichiro Kato

25th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (25th EuroQSAR) 2026年9月
階層的シミュレーションとパーシステントホモロジー解析による燃料電池触媒インクの凝集体構造解析

柴田嶺, 森義治, 加藤幸一郎

第87回応用物理学会秋季学術講演会 2026年9月
粗視化シミュレーションとパーシステントホモロジーによるCO₂分離膜材料へのメゾ構造解析

橋本拓海, 山根康平, 森義治, 加藤幸一郎

第87回応用物理学会秋季学術講演会 2026年9月
階層的シミュレーションに基づく燃料電池触媒インクの解析

柴田嶺, 森義治, 藤ヶ谷剛彦, 加藤幸一郎

第75回高分子討論会 2026年9月
MD計算実践講座

森義治

2026年度FMODD夏の学校 2026年8月
GROMACS入門

森義治

京都大学情報環境機構プログラム講習会 2026年7月
SCOP2データベースに基づくタンパク質内相互作用エネルギーの予測

土居英男, 芳根僚平, 高谷大輔, 福澤薫, 森義治, 加藤幸一郎, 田中成典, 奥脇弘次, 望月祐志

第31回計算工学講演会 2026年6月
古典分子動力学法とデータ科学手法と量子化学計算によるタンパク質-リガンド複合体の動的相互作用解析

岡本大和, 森義治, 加藤幸一郎

第63回化学関連支部合同九州大会 2026年6月
分子生成AIを用いたスイッチ型新規蛍光分子の探索

田鶴谷有美, 森義治, 加藤幸一郎

第63回化学関連支部合同九州大会 2026年6月
富岳でのLinux操作とviエディタの使い方、MD計算の基礎

森義治

FMODDスタートアップ講習会2026 2026年6月
フラグメント分子軌道法による実験構造とAlphaFold2予測構造の残基間相互作用エネルギーの比較

小浪なおこ, 宮岸澄真, 田口朋佳, 宮川柊兵, 御幡瑠璃, 増田彩夏, 田中蒼大, 大崎碧斗, 奥脇弘次, 加藤幸一郎, 森義治, 渡邉千鶴, 田雨時, 高谷大輔, 福澤薫

第26回日本蛋白質科学会年会 2026年6月
フラグメント分子軌道法に基づく機械学習ポテンシャルの構築とペプチド分子の分子動力学計算への応用

森義治, 加藤幸一郎

量子生命科学会第8回大会 2026年5月
SCOP2データベースに基づくタンパク質内相互作用エネルギーの予測

土居英男, 芳根僚平, 高谷大輔, 福澤薫, 森義治, 加藤幸一郎, 田中成典, 奥脇弘次, 望月祐志

第73回応用物理学会春季学術講演会 2026年3月
がん悪液質に対する治療効果を有するZIP14選択的阻害剤の発見

深田俊幸, 原貴史, 田中弦, 田村朋則, 寺嶋優臣, 濵村賢吾, 吉田優哉, 木村徹, 葛西祐介, 中山雄太, 梅山拓巳, 松川浩二, 氏原悟, 河邉哲寛, 田口央基, 藤代瞳, 高谷大輔, 森義治, 田口朋佳, 吉開会美, 布村一人, 松永直哉, 大戸茂弘, Knutson Mitche, 美島健, 中川晋作, 福澤薫, 今川洋, 浜地格, 櫻井裕之

日本薬学会第146年会 2026年3月
BindingDBを用いたタンパクーリガンド複合体の網羅的量子化学計算

宮川柊兵, 大崎碧斗, 御幡瑠璃, 小浪なおこ, 田口朋佳, 増田彩夏, 田中蒼大, 宮岸澄真, 奥脇弘次, 加藤幸一郎, 森義治, 渡邉千鶴, 田雨時, 高谷大輔, 福澤薫

日本薬学会第146年会 2026年3月
大規模分子科学データ作成と機械学習ポテンシャルの構築

森義治

令和7年度数理・データサイエンスに関する教育・研究支援プログラム研究成果発表会 2025年10月
FMODBを活用したリガンド–タンパク質間の動的平均相互作用解析

森義治

CBI学会2025年大会 2025年10月

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森義治

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研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

受賞

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

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