山﨑将太朗 (Shotaro Yamasaki) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学微生物病研究所付属バイオインフォマティクスセンター生物情報解析分野 RNA情報学グループ准教授
: 奈良先端科学技術大学院大学先端科学技術研究科バイオサイエンス領域バイオエンジニアリング研究室客員准教授

学位: 博士（バイオサイエンス）(2016年3月奈良先端科学技術大学院大学)

通称等の別名: 山崎将太朗
J-GLOBAL ID: 202001002933338788
researchmap会員ID: R000011184

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

大阪大学, 微生物病研究所付属バイオインフォマティクスセンター生物情報解析分野 RNA情報学グループ, 准教授
2024年4月 - 現在

奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科バイオサイエンス領域バイオエンジニアリング研究室, 客員准教授
2021年4月 - 2024年3月

奈良先端科学技術大学院大学, デジタルグリーンイノベーションセンター, 助教（兼務）
2021年4月 - 2024年3月

奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科バイオサイエンス領域, 助教
2018年4月 - 2021年3月

奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科バイオサイエンス領域, 博士研究員
2016年4月 - 2018年3月

奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 博士研究員

学歴

2013年4月 - 2016年3月

奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 博士後期課程
2011年4月 - 2013年3月

奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 博士前期課程
2008年4月 - 2011年3月

神戸大学, 農学部, 植物資源学科
2003年4月 - 2008年3月

新居浜工業高等専門学校, 生物応用化学科

委員歴

2023年10月 - 現在

日本生物工学会, 関西支部若手企画委員

主要な受賞

2024年9月

第76回日本生物工学会大会学生優秀発表賞, 広域にわたる塩基出現頻度パターンの解析ツールの開発, 日本生物工学会

若松太一, 山﨑将太朗, 加藤晃
2020年12月

日本生物工学会関西支部学生オンライン発表会優秀賞, 翻訳効率と内部配列パターンが植物 mRNA の安定性に及ぼす影響, 日本生物工学会関西支部

金子美穂, 上野大心, 川邊陽文, 山﨑将太朗, 出村拓, 加藤晃
2019年9月

2019年度論文賞, Identification of 5'-untranslated regions that function as effective translational enhancers in monocotyledonous plant cells using a novel method of genome-wide analysis., 日本植物細胞分子生物学会

山﨑将太朗, 鈴木淳展, 山野泰彰, 川邊陽文, 上野大心, 出村拓, 加藤晃
2018年9月

最優秀ポスター賞, mRNA配列から翻訳状態を説明できる数理モデル ~基礎と応用~, 植物インフォマティクス研究会

山﨑将太朗, 上野大心, 加藤晃
2015年12月

賛助企業特別賞, ターミネーターが麹菌での導入遺伝子発現に及ぼす影響, 日本農芸化学会関西支部例会

横河由樹子, 山﨑将太朗, 出村拓, 加藤晃
2015年10月

第23回生物工学論文賞, Efficient transgene expression by alleviation of translational repression in plant cells., 日本生物工学会

上田清貴, 大河原錬也, 山﨑将太朗, 眞田裕司, 木下恵利, 米田新, 出村拓, 加藤晃
2013年7月

平成25年度奈良先端科学技術大学院大学優秀学生賞, 奈良先端科学技術大学院大学

山﨑将太朗

論文

Sequence features around cleavage sites are highly conserved among different species and a critical determinant for RNA cleavage position across eukaryotes

Daishin Ueno, Shotaro Yamasaki, Yuta Sadakiyo, Takumi Teruyama, Taku Demura, Ko Kato

Journal of Bioscience and Bioengineering 134(5) 450-461 2022年11月1日査読有り
Methods for detecting RNA degradation intermediates in plants

Daishin Ueno, Shotaro Yamasaki, Ko Kato

Plant Science 318 111241-111241 2022年5月1日査読有り
Feature selection for RNA cleavage efficiency at specific sites using the LASSO regression model in Arabidopsis thaliana

Daishin Ueno, Harunori Kawabe, Shotaro Yamasaki, Taku Demura, Ko Kato

BMC Bioinformatics 22(1) 2021年12月査読有り
Changes in mRNA Degradation Efficiencies under Varying Conditions Are Regulated by Multiple Determinants in Arabidopsis thaliana

Daishin Ueno, Maki Mikami, Shotaro Yamasaki, Miho Kaneko, Takafumi Mukuta, Taku Demura, Ko Kato

Plant and Cell Physiology 62(1) 143-155 2021年3月25日査読有り
Different Plant Species Have Common Sequence Features Related to mRNA Degradation Intermediates

Daishin Ueno, Takafumi Mukuta, Shotaro Yamasaki, Maki Mikami, Taku Demura, Takeshi Matsui, Kazutoshi Sawada, Yukihisa Katsumoto, Naoko Okitsu, Ko Kato

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 61(1) 53-63 2020年1月査読有り
Identification of 5 '-untranslated regions that function as effective translational enhancers in monocotyledonous plant cells using a novel method of genome-wide analysis

Shotaro Yamasaki, Atsunobu Suzuki, Yasuaki Yamano, Harunori Kawabe, Daishin Ueno, Taku Demura, Ko Kato

PLANT BIOTECHNOLOGY 35(4) 365-373 2018年12月査読有り
Comprehensive analysis of mRNA internal cleavage sites in Arabidopsis thaliana

Daishin Ueno, Shotaro Yamasaki, Taku Demura, Ko Kato

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 125(6) 723-728 2018年6月査読有り
R-STEINER: Generation Method of 5'UTR for Increasing the Amount of Translated Proteins

Tanaka Hiroaki, Suzuki Yu, Yamasaki Shotaro, Yoshino Koichiro, Kato Ko, Nakamura Satoshi

IPSJ Transactions on Bioinformatics 11 14-23 2018年査読有り
Arabidopsis thaliana cold-regulated 47 gene 5 '-untranslated region enables stable high-level expression of transgenes

Shotaro Yamasaki, Yuji Sanada, Ryoji Imase, Hideyuki Matsuura, Daishin Ueno, Taku Demura, Ko Kato

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 125(1) 124-130 2018年1月査読有り
Changes in Polysome Association of mRNA Throughout Growth and Development in Arabidopsis thaliana

Shotaro Yamasaki, Hideyuki Matsuura, Taku Demura, Ko Kato

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 56(11) 2169-2180 2015年11月査読有り
Efficient transgene expression by alleviation of translational repression in plant cells

Kiyotaka Ueda, Renya Okawara, Shotaro Yamasaki, Yuji Sanada, Eri Kinoshita, Arata Yoneda, Taku Demura, Ko Kato

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 118(4) 434-440 2014年10月査読有り
High level expression of transgenes by use of 5 '-untranslated region of the Arabidopsis thaliana arabinogalactan-protein 21 gene in dicotyledons

Takeshi Matsui, Hideyuki Matsuura, Kazutoshi Sawada, Eiji Takita, Satoko Kinjo, Shinya Takenami, Kiyotaka Ueda, Naoya Nishigaki, Shotaro Yamasaki, Kensuke Hata …

PLANT BIOTECHNOLOGY 29(3) 319-322 2012年査読有り

主要なMISC

広域にわたる塩基出現頻度パターンの解析ツールの開発

山﨑将太朗, 若松太一, 加藤晃

第76回日本生物工学会大会 (2024) トピック集 70-71 2024年8月26日招待有り筆頭著者
植物でのタンパク質生産を向上させる翻訳エンハンサーの開発

山﨑将太朗, 加藤晃

アグリバイオ 7(9) 31-35 2023年7月31日招待有り筆頭著者
網羅的翻訳状態解析に基づく外来遺伝子高発現システム (特集植物生理学から生物工学へ)

山﨑将太朗, 加藤晃

生物工学会誌 98(11) 611-613 2020年11月招待有り筆頭著者
『バイオミディア』AIは何を考えているのか

山﨑将太朗

生物工学会誌 96(12) 711-711 2018年12月招待有り筆頭著者
『トピックス』植物でのタンパク質の高効率翻訳を可能にする数理モデル

加藤晃, 山﨑将太朗

バイオサイエンスとインダストリー 75(3) 240-241 2017年5月招待有り
植物培養細胞において翻訳抑制の回避による導入遺伝子の効率的な発現(2015生物工学論文賞)

上田清貴, 大河原錬也, 山﨑将太朗, 眞田裕司, 木下恵利, 米田新, 出村拓, 加藤晃

生物工学会誌 94(2) 75-75 2016年
RNAからの翻訳効率を改良した導入遺伝子高発現系

山﨑将太朗, 出村拓, 加藤晃

第67回日本生物工学会大会（2015）トピックス集 43-44 2015年10月招待有り筆頭著者
『続・生物工学基礎講座バイオよもやま話』植物への有用遺伝子導入(安定高発現を目指して)

山﨑将太朗, 加藤晃

生物工学会誌 92(11) 617-621 2014年招待有り筆頭著者
『特集植物形質転換に関する最新技術』環境ストレスの影響を考慮した植物発現ベクターの開発

山崎将太朗, 上田清貴, 加藤晃

生物工学会誌 91(8) 356-360 2013年招待有り筆頭著者

書籍等出版物

mRNAの制御機構の解明と治療薬・ワクチンへの活用

技術情報協会, 山﨑将太朗, 藤尾瞳, 加藤晃, 他 (担当:分担執筆, 範囲:RNAアイソフォームから考えるロングリードシーケンサーの活用)

技術情報協会 2023年2月28日 (ISBN: 9784861049378)

主要な講演・口頭発表等

ナノポアシーケンサを用いた植物mRNAの選択的転写と分解・翻訳の統合解析

山﨑将太朗, Ibnu Halim, 中前瞳, 髙澤亮人, 古田万紀子, 髙橋秀斗, 加藤晃

NGS EXPO 2024 2024年9月5日 NGS EXPO実行委員会 & 大阪大学微生物病研究所附属バイオインフォマティクスセンター
深層学習の応用畳み込みニューラルネットワークを用いた塩基配列の解析（学習済みネットワークの可視化）

山﨑将太朗

DSC/CDGサマーセミナー2023 2023年9月29日奈良先端科学技術大学院大学・データ駆動型サイエンス創造センター／デジタルグリーンイノべーションセンター招待有り
mRNA配列の詳細解析によって明らかとなったmRNA配列の多様性と翻訳制御の関係性

山﨑将太朗, 加藤晃

第63回日本植物生理学会年会 2022年3月22日招待有り
ナノポア完全⻑cDNAシーケンス⽤の解析ツール開発

山﨑将太朗, 藤巻篤史, 貞清悠太, 加藤晃

RNA Frontier Meeting 2021 2022年3月4日
有用タンパク質の高生産を実現させる塩基配列の設計

山﨑将太朗

【産学連携テックミーティング】デジタルグリーンなど融合領域技術の発表－by NAIST－ 2022年1月26日招待有り
もっと自由に解析や作図を！ Python を使って発想を形にしよう

山﨑将太朗

第3 回数理モデル勉強会（日本植物学会第83回大会・関連集会） 2019年9月15日招待有り
mRNA翻訳状態の新規ゲノムワイド解析法を用いた単子葉型翻訳エンハンサーの探索

山﨑将太朗, 鈴木淳展, 山野泰彰, 川邊陽文, 上野大心, 出村拓, 加藤晃

第37回日本植物細胞分子生物学会 2019年9月8日
mRNA配列から翻訳状態を説明できる数理モデル ~基礎と応用~

山﨑将太朗, 上野大心, 加藤晃

第1回植物インフォマティクス研究会 2018年9月10日
Mathematical approach to improvement of transgene expression focus on efficiency of mRNA translation

Shotaro Yamasaki, Taku Demura, Ko Kato

The 1st Asian Conference for Plant-made Pharmaceuticals 2017年9月22日
生命現象を説明できる数理モデルの構築と有用物質高生産への活用

山﨑将太朗

情報処理学会ソフトウェアジャパン2017 2017年2月3日招待有り
5'UTRを介した植物翻訳制御機構の解明（CAGEデータの活用）

山﨑将太朗, 出村拓, 加藤晃

理研公開シンポジウム CAGE法を用いた新たなトランスクリプトーム解析事例と実際 2014年11月19日招待有り

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担当経験のある科目(授業)

2023年 - 2024年

バイオサイエンスの先端技法 B (奈良先端科学技術大学院大学)
2023年 - 2024年

バイオサイエンスの先端技法 A (奈良先端科学技術大学院大学)
2022年 - 2024年

デジタルグリーンデータ処理演習 (奈良先端科学技術大学院大学)
2023年 - 2023年

バイオサイエンスにおける先進トピックスB (修士) / バイオサイエンス特別講義(博士) (奈良先端科学技術大学院大学)
2021年 - 2021年

バイオDXデータ処理演習Ⅱ (奈良先端科学技術大学院大学)

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

非公開1: 秘密保持契約のため秘匿（3080万円）

A社（秘密保持契約のため秘匿） 2019年12月 - 2025年3月

山﨑将太朗, 加藤晃
非公開2: 秘密保持契約のため秘匿（630万円）

B社（秘密保持契約のため秘匿） 2021年4月 - 2024年9月

加藤晃, 山﨑将太朗
無細胞翻訳系の高効率化を目的とした配列最適化システムの開発（299万円）

国立研究開発法人科学技術振興機構（JST） A-STEPトライアウト 2022年10月 - 2024年3月

山﨑将太朗
非公開3: 秘密保持契約のため秘匿（1210万円）

C社（秘密保持契約のため秘匿） 2021年4月 - 2023年8月

加藤晃, 山﨑将太朗
非公開4: 秘密保持契約のため秘匿（160万円）

D社（秘密保持契約のため秘匿） 2021年4月 - 2023年3月

加藤晃, 山﨑将太朗

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産業財産権

特許JP7512546B2 Endogenous plant expression enhancer

Pierre-Olivier Lavoie, Mark-Andre D'Aoust, 加藤晃, 山﨑将太朗
特許JP7423875B6 Plant expression enhancer

Pierre-Olivier Lavoie, Mark-Andre D'Aoust, 加藤晃, 山﨑将太朗
特開2023-156551 糖飢餓条件下での植物体においてタンパク質を生産する方法

加藤晃, 山﨑将太朗, 佐藤(窪村) 有紗, 山口(西村) 明日香, 小原一朗
特開2023-136613 シグナルペプチド

竹本浩, 佐々野晴花, 宮内美穂, 伊藤望, 出来島康方, 加藤晃, 山﨑将太朗
特開2022-155412 植物へ導入する遺伝子の人工配列の設計システム

加藤晃, 山﨑将太朗
特許6898023 ポリヌクレオチド、翻訳鋳型ｍＲＮＡ、転写鋳型ＤＮＡ、翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法およびポリペプチドの生産方法

南賢尚, 多田裕昭, 加藤晃, 山﨑将太朗
特許6843457 遺伝子配列分かち書き生成装置、遺伝子コーパス生成装置およびプログラム

南慧, 南賢尚, 多田裕昭, 加藤晃, 山﨑将太朗

所属学協会

2022年6月 - 現在

日本RNA学会
2021年11月 - 現在

日本バイオインフォマティクス学会
2018年9月 - 現在

植物インフォマティクス研究会
2014年 - 現在

日本生物工学会
2013年 - 現在

日本植物生理学会
2012年 - 現在

日本植物バイオテクノロジー学会

学術貢献活動

第2回 PMPs研究情報交換会運営（参加登録・プログラム作成等の主担当）

企画立案・運営等

(東京大学農学部キャンパス（東京）) 2022年11月10日 - 2022年11月11日

その他

プレスリリース: 植物で異種タンパク質を高発現させる技術の開発～植物由来 COVID-19 ワクチンにも活用～

2022年6月

加藤晃, 山﨑将太朗, "プレスリリース: 植物で異種タンパク質を高発現させる技術の開発～植物由来 COVID-19 ワクチンにも活用～", https://bsw3.naist.jp/research/index.php?id=2521, 2022年6月20日

山﨑将太朗

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

主要な受賞

論文

主要なMISC

書籍等出版物

主要な講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

所属学協会

学術貢献活動

その他

メニュー

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