Shotaro Yamasaki

Profile Information

Affiliation: Associate Professor, Biological Informatics, Bioinformatics Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University
: Visiting Associate Professor, Laboratory of Bioengineering, Division of biological science, Graduate school of science and technology, Nara Institute of Science and Technology

Degree: 博士（バイオサイエンス）(Mar, 2016, 奈良先端科学技術大学院大学)

Other name(s) (e.g. nickname): 山崎将太朗
J-GLOBAL ID: 202001002933338788
researchmap Member ID: R000011184

Research Interests

Research Areas

Research History

Apr, 2024 - Present

Visiting Associate Professor, Laboratory of Bioengineering, Division of biological science, Graduate school of science and technology, Nara Institute of Science and Technology
Apr, 2024 - Present

Associate Professor, Biological Informatics, Bioinformatics Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University
Apr, 2021 - Mar, 2024

Nara Institute of Science and Technology
Apr, 2021 - Mar, 2024

Nara Institute of Science and Technology
Apr, 2018 - Mar, 2021

Nara Institute of Science and Technology
Apr, 2016 - Mar, 2018

Nara Institute of Science and Technology

Education

Apr, 2013 - Mar, 2016

Nara Institute of Science and Technology
Apr, 2011 - Mar, 2013

Nara Institute of Science and Technology
Apr, 2008 - Mar, 2011

Department of Plant Resource Science, Faculty of Agriculture, Kobe University
Apr, 2003 - Mar, 2008

Department of Applied Chemistry and Biotechnology, Niihama National College of Technology

Committee Memberships

Oct, 2023 - Present

関西支部若手企画委員, 日本生物工学会

Awards

Dec, 2020

日本生物工学会関西支部学生オンライン発表会優秀賞, 翻訳効率と内部配列パターンが植物 mRNA の安定性に及ぼす影響, 日本生物工学会関西支部

金子美穂, 上野大心, 川邊陽文, 山﨑将太朗, 出村拓, 加藤晃
2019

2019年度論文賞, Identification of 5'-untranslated regions that function as effective translational enhancers in monocotyledonous plant cells using a novel method of genome-wide analysis., 日本植物細胞分子生物学会

山﨑将太朗, 鈴木淳展, 山野泰彰, 川邊陽文, 上野大心, 出村拓, 加藤晃
Sep, 2018

最優秀ポスター賞, mRNA配列から翻訳状態を説明できる数理モデル ~基礎と応用~, 植物インフォマティクス研究会

山﨑将太朗, 上野大心, 加藤晃
Dec, 2015

賛助企業特別賞, ターミネーターが麹菌での導入遺伝子発現に及ぼす影響, 日本農芸化学会関西支部例会

横河由樹子, 山﨑将太朗, 出村拓, 加藤晃
2015

第23回生物工学論文賞, Efficient transgene expression by alleviation of translational repression in plant cells., 日本生物工学会

上田清貴, 大河原錬也, 山﨑将太朗, 眞田裕司, 木下恵利, 米田新, 出村拓, 加藤晃
2013

平成25年度奈良先端科学技術大学院大学優秀学生賞, 奈良先端科学技術大学院大学

山﨑将太朗

Papers

Sequence features around cleavage sites are highly conserved among different species and a critical determinant for RNA cleavage position across eukaryotes

Daishin Ueno, Shotaro Yamasaki, Yuta Sadakiyo, Takumi Teruyama, Taku Demura, Ko Kato

Journal of Bioscience and Bioengineering, 134(5) 450-461, Nov, 2022
Methods for detecting RNA degradation intermediates in plants

Daishin Ueno, Shotaro Yamasaki, Ko Kato

Plant Science, 318 111241-111241, May, 2022 Peer-reviewed
Feature selection for RNA cleavage efficiency at specific sites using the LASSO regression model in Arabidopsis thaliana

Daishin Ueno, Harunori Kawabe, Shotaro Yamasaki, Taku Demura, Ko Kato

BMC Bioinformatics, 22(1), Dec, 2021 Peer-reviewed
Changes in mRNA Degradation Efficiencies under Varying Conditions Are Regulated by Multiple Determinants in Arabidopsis thaliana

Daishin Ueno, Maki Mikami, Shotaro Yamasaki, Miho Kaneko, Takafumi Mukuta, Taku Demura, Ko Kato

Plant and Cell Physiology, 62(1) 143-155, Mar 25, 2021 Peer-reviewed
Different Plant Species Have Common Sequence Features Related to mRNA Degradation Intermediates

Daishin Ueno, Takafumi Mukuta, Shotaro Yamasaki, Maki Mikami, Taku Demura, Takeshi Matsui, Kazutoshi Sawada, Yukihisa Katsumoto, Naoko Okitsu, Ko Kato

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 61(1) 53-63, Jan, 2020 Peer-reviewed
Identification of 5 '-untranslated regions that function as effective translational enhancers in monocotyledonous plant cells using a novel method of genome-wide analysis

Shotaro Yamasaki, Atsunobu Suzuki, Yasuaki Yamano, Harunori Kawabe, Daishin Ueno, Taku Demura, Ko Kato

PLANT BIOTECHNOLOGY, 35(4) 365-373, Dec, 2018 Peer-reviewed
Comprehensive analysis of mRNA internal cleavage sites in Arabidopsis thaliana

Daishin Ueno, Shotaro Yamasaki, Taku Demura, Ko Kato

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 125(6) 723-728, Jun, 2018 Peer-reviewed
R-STEINER: Generation Method of 5'UTR for Increasing the Amount of Translated Proteins

Hiroaki Tanaka, Yu Suzuki, Shotaro Yamasaki, Koichiro Yoshino, Ko Kato, Satoshi Nakamura

IPSJ Transactions on Bioinformatics, 11 14-23, 2018 Peer-reviewed
Arabidopsis thaliana cold-regulated 47 gene 5 '-untranslated region enables stable high-level expression of transgenes

Shotaro Yamasaki, Yuji Sanada, Ryoji Imase, Hideyuki Matsuura, Daishin Ueno, Taku Demura, Ko Kato

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 125(1) 124-130, Jan, 2018 Peer-reviewed
Changes in Polysome Association of mRNA Throughout Growth and Development in Arabidopsis thaliana

Shotaro Yamasaki, Hideyuki Matsuura, Taku Demura, Ko Kato

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 56(11) 2169-2180, Nov, 2015 Peer-reviewed
Efficient transgene expression by alleviation of translational repression in plant cells

Kiyotaka Ueda, Renya Okawara, Shotaro Yamasaki, Yuji Sanada, Eri Kinoshita, Arata Yoneda, Taku Demura, Ko Kato

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 118(4) 434-440, Oct, 2014 Peer-reviewed
High level expression of transgenes by use of 5 '-untranslated region of the Arabidopsis thaliana arabinogalactan-protein 21 gene in dicotyledons

Takeshi Matsui, Hideyuki Matsuura, Kazutoshi Sawada, Eiji Takita, Satoko Kinjo, Shinya Takenami, Kiyotaka Ueda, Naoya Nishigaki, Shotaro Yamasaki, Kensuke Hata …

PLANT BIOTECHNOLOGY, 29(3) 319-322, 2012 Peer-reviewed

Major Misc.

Development of translation enhancers that improve protein production in plants

Shotaro Yamasaki, Ko Kato

AGRICULLTURAL BIOTECHNOLOGY, 7(9) 31-35, Jul 31, 2023 InvitedLead author
網羅的翻訳状態解析に基づく外来遺伝子高発現システム (特集植物生理学から生物工学へ)

山﨑将太朗, 加藤晃

生物工学会誌, 98(11) 611-613, Nov, 2020 InvitedLead author
『バイオミディア』AIは何を考えているのか

山﨑将太朗

生物工学会誌, 96(12) 711-711, Dec, 2018 InvitedLead author
Mathematical model that enables high-efficiency translation of proteins in plant

75(3) 240-241, May, 2017 Invited
Efficient transgene expression by alleviation of translational repression in plant cells

94(2) 75-75, 2016
『続・生物工学基礎講座バイオよもやま話』植物への有用遺伝子導入(安定高発現を目指して)

山﨑将太朗, 加藤晃

生物工学会誌, 92(11) 617-621, 2014 InvitedLead author
『特集植物形質転換に関する最新技術』環境ストレスの影響を考慮した植物発現ベクターの開発

山崎将太朗, 上田清貴, 加藤晃

生物工学会誌, 91(8) 356-360, 2013 InvitedLead author

Books and Other Publications

mRNAの制御機構の解明と治療薬・ワクチンへの活用

技術情報協会, 山﨑将太朗, 藤尾瞳, 加藤晃, 他 (Role: Contributor, RNAアイソフォームから考えるロングリードシーケンサーの活用)

技術情報協会, Feb 28, 2023 (ISBN: 9784861049378)

Major Presentations

深層学習の応用畳み込みニューラルネットワークを用いた塩基配列の解析（学習済みネットワークの可視化）

Shotaro Yamasaki

Sep 29, 2023 Invited
Detailed analysis of mRNA sequence revealed relationship between mRNA sequence variants and translational control

Shotaro Yamasaki, Ko Kato

The 63rd Annual Meeting of the Japanese Society of Plant Physiologists, Mar 22, 2022 Invited
ナノポア完全⻑cDNAシーケンス⽤の解析ツール開発

Shotaro Yamasaki, Atushi Fujimaki, Yuta Sadakiyo, Ko Kato

RNA Frontier Meeting 2021, Mar 4, 2022
有用タンパク質の高生産を実現させる塩基配列の設計

山﨑将太朗

【産学連携テックミーティング】デジタルグリーンなど融合領域技術の発表－by NAIST－, Jan 26, 2022 Invited
もっと自由に解析や作図を！ Python を使って発想を形にしよう

山﨑将太朗

第3 回数理モデル勉強会（日本植物学会第83回大会・関連集会）, Sep 15, 2019 Invited
mRNA翻訳状態の新規ゲノムワイド解析法を用いた単子葉型翻訳エンハンサーの探索

山﨑将太朗, 鈴木淳展, 山野泰彰, 川邊陽文, 上野大心, 出村拓, 加藤晃

第37回日本植物細胞分子生物学会, Sep 8, 2019
mRNA配列から翻訳状態を説明できる数理モデル ~基礎と応用~

山﨑将太朗, 上野大心, 加藤晃

第1回植物インフォマティクス研究会, Sep 10, 2018
Mathematical approach to improvement of transgene expression focus on efficiency of mRNA translation

Shotaro Yamasaki, Taku Demura, Ko Kato

The 1st Asian Conference for Plant-made Pharmaceuticals, Sep 22, 2017
生命現象を説明できる数理モデルの構築と有用物質高生産への活用

山﨑将太朗

情報処理学会ソフトウェアジャパン2017, Feb 3, 2017 Invited
5'UTRを介した植物翻訳制御機構の解明（CAGEデータの活用）

山﨑将太朗, 出村拓, 加藤晃

理研公開シンポジウム CAGE法を用いた新たなトランスクリプトーム解析事例と実際, Nov 19, 2014 Invited

Teaching Experience

2023 - 2023

バイオサイエンスにおける先進トピックスB (修士) / バイオサイエンス特別講義(博士) (奈良先端科学技術大学院大学)
2023 - 2023

バイオサイエンスの先端技法 B (奈良先端科学技術大学院大学)
2023 - 2023

バイオサイエンスの先端技法 A (奈良先端科学技術大学院大学)
2022 - 2023

Data Processing for Digital Green Technology (Nara Institute of Science and Technology)
2021 - 2021

BioDX Data ProcessingⅡ (Nara Institute of Science and Technology)

Major Research Projects

非公開1: 秘密保持契約のため秘匿（3080万円）

A社（秘密保持契約のため秘匿）, Dec, 2019 - Mar, 2025

山﨑将太朗, 加藤晃
無細胞翻訳系の高効率化を目的とした配列最適化システムの開発（299万円）

A-STEPトライアウト, 国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）, Oct, 2022 - Mar, 2024

山﨑将太朗
非公開2: 秘密保持契約のため秘匿（630万円）

B社（秘密保持契約のため秘匿）, Apr, 2021 - Mar, 2024

加藤晃, 山﨑将太朗
非公開3: 秘密保持契約のため秘匿（1210万円）

C社（秘密保持契約のため秘匿）, Apr, 2021 - Aug, 2023

加藤晃, 山﨑将太朗
非公開4: 秘密保持契約のため秘匿（160万円）

D社（秘密保持契約のため秘匿）, Apr, 2021 - Mar, 2023

加藤晃, 山﨑将太朗

Industrial Property Rights

特開2023-136613 シグナルペプチド

竹本浩, 佐々野晴花, 宮内美穂, 伊藤望, 出来島康方, 加藤晃, 山﨑将太朗
特開2022-155412 植物へ導入する遺伝子の人工配列の設計システム

加藤晃, 山﨑将太朗
特許6898023 ポリヌクレオチド、翻訳鋳型ｍＲＮＡ、転写鋳型ＤＮＡ、翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法およびポリペプチドの生産方法

南賢尚, 多田裕昭, 加藤晃, 山﨑将太朗
特許6843457 遺伝子配列分かち書き生成装置、遺伝子コーパス生成装置およびプログラム

南慧, 南賢尚, 多田裕昭, 加藤晃, 山﨑将太朗
特開WO2020181354A1 Endogenous plant expression enhancer

Pierre-Olivier Lavoie, Marc-Andre D'Aoust, Ko Kato, Shotaro Yamasaki
特開WO2019173924A1 Plant expression enhancer

Pierre-Olivier Lavoie, Marc-Andre D'aoust, Ko Kato, Shotaro Yamasaki

Professional Memberships

Academic Activities

第2回 PMPs研究情報交換会運営（参加登録・プログラム作成等の主担当）

Planning, management, etc.

(東京大学農学部キャンパス（東京）), Nov 10, 2022 - Nov 11, 2022

Other

Press Release: Technology for high production of recombinant proteins in plants -Utilized in COVID-19 vaccine production

Jun, 2022

Ko Kato, Shotaro Yamasaki, "Press Release: Technology for high production of recombinant proteins in plants -Utilized in COVID-19 vaccine production", https://bsw3.naist.jp/eng/research/index.php?id=2522, June 20, 2022

Profile Information

Research Interests

Research Areas

Research History

Education

Committee Memberships

Awards

Papers

Major Misc.

Books and Other Publications

Major Presentations

Teaching Experience

Major Research Projects

Industrial Property Rights

Professional Memberships

Academic Activities

Other

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