中村 保一

J-GLOBALへ         更新日: 18/05/30 10:45
 
アバター
研究者氏名
中村 保一
 
ナカムラ ヤスカズ
ハンドル
ikasumipapa
eメール
ynnig.ac.jp
URL
http://ynlab.info/yn/
所属
国立遺伝学研究所
部署
大量遺伝情報研究室
職名
教授
学位
博士(理学)(総合研究大学院大学)
その他の所属
総合研究大学院大学
科研費研究者番号
60370920
Twitter ID
yaskaz
ORCID ID
0000-0002-6782-5715

プロフィール

1996 – 2001 Research Scientist, Kazusa DNA Research Institute
2001 – 2006 Senior Research Scientist, Kazusa DNA Research Institute
2003 – 2008 Visiting Associate Professor, Depertment of Computational Biology, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo
2006 – 2008 Head, Laboratory of Plant Genome Informatics, Kazusa DNA Research Institute
2009 – 2017 Visiting Senior Scientist, Kazusa DNA Research Institute
2009 – present Professor, Genome Informatics Laboratory, National Institute of Genetics & SOKENDAI

研究分野

 
 

論文

 
Kanesaki Y, Hirose M, Hirose Y, Fujisawa T, Nakamura Y, Watanabe S, Matsunaga S, Uchida H, Murakami A
Genome announcements   6(7)    2018年2月   [査読有り]
Kodama Y, Mashima J, Kosuge T, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Nakamura Y, Takagi T
Nucleic acids research   46(D1) D30-D35   2018年1月   [査読有り]
Ohyanagi H, Nakamura Y, Yano K
Plant & cell physiology   59(1) 1-2   2018年1月   [査読有り]
Tanizawa Y, Fujisawa T, Nakamura Y
Bioinformatics (Oxford, England)   34(6) 1037-1039   2017年11月   [査読有り]
Bowman JL, Kohchi T, Yamato KT, Jenkins J, Shu S, Ishizaki K, Yamaoka S, Nishihama R, Nakamura Y, Berger F, Adam C, Aki SS, Althoff F, Araki T, Arteaga-Vazquez MA, Balasubrmanian S, Barry K, Bauer D, Boehm CR, Briginshaw L, Caballero-Perez J, Catarino B, Chen F, Chiyoda S, Chovatia M, Davies KM, Delmans M, Demura T, Dierschke T, Dolan L, Dorantes-Acosta AE, Eklund DM, Florent SN, Flores-Sandoval E, Fujiyama A, Fukuzawa H, Galik B, Grimanelli D, Grimwood J, Grossniklaus U, Hamada T, Haseloff J, Hetherington AJ, Higo A, Hirakawa Y, Hundley HN, Ikeda Y, Inoue K, Inoue SI, Ishida S, Jia Q, Kakita M, Kanazawa T, Kawai Y, Kawashima T, Kennedy M, Kinose K, Kinoshita T, Kohara Y, Koide E, Komatsu K, Kopischke S, Kubo M, Kyozuka J, Lagercrantz U, Lin SS, Lindquist E, Lipzen AM, Lu CW, De Luna E, Martienssen RA, Minamino N, Mizutani M, Mizutani M, Mochizuki N, Monte I, Mosher R, Nagasaki H, Nakagami H, Naramoto S, Nishitani K, Ohtani M, Okamoto T, Okumura M, Phillips J, Pollak B, Reinders A, Rövekamp M, Sano R, Sawa S, Schmid MW, Shirakawa M, Solano R, Spunde A, Suetsugu N, Sugano S, Sugiyama A, Sun R, Suzuki Y, Takenaka M, Takezawa D, Tomogane H, Tsuzuki M, Ueda T, Umeda M, Ward JM, Watanabe Y, Yazaki K, Yokoyama R, Yoshitake Y, Yotsui I, Zachgo S, Schmutz J
Cell   171(2) 287-304.e15   2017年10月   [査読有り]
Minamikawa MF, Nonaka K, Kaminuma E, Kajiya-Kanegae H, Onogi A, Goto S, Yoshioka T, Imai A, Hamada H, Hayashi T, Matsumoto S, Katayose Y, Toyoda A, Fujiyama A, Nakamura Y, Shimizu T, Iwata H
Scientific reports   7(1) 4721   2017年7月   [査読有り]
Shimura Y, Hirose Y, Misawa N, Wakazuki S, Fujisawa T, Nakamura Y, Kanesaki Y, Yamaguchi H, Kawachi M
Genome announcements   5(14)    2017年4月   [査読有り]
Nakaya A, Ichihara H, Asamizu E, Shirasawa S, Nakamura Y, Tabata S, Hirakawa H
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)   1533 45-77   2017年   [査読有り]
Mochizuki T, Tanizawa Y, Fujisawa T, Ohta T, Nikoh N, Shimizu T, Toyoda A, Fujiyama A, Kurata N, Nagasaki H, Kaminuma E, Nakamura Y
PloS one   12(2) e0172269   2017年   [査読有り]
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M
Bioscience of microbiota, food and health   36(3) 129-134   2017年   [査読有り]
Shimizu T, Tanizawa Y, Mochizuki T, Nagasaki H, Yoshioka T, Toyoda A, Fujiyama A, Kaminuma E, Nakamura Y
Frontiers in genetics   8 180   2017年   [査読有り]
Fujisawa T, Narikawa R, Maeda SI, Watanabe S, Kanesaki Y, Kobayashi K, Nomata J, Hanaoka M, Watanabe M, Ehira S, Suzuki E, Awai K, Nakamura Y
Nucleic acids research   45(D1) D551-D554   2016年11月   [査読有り]
Shimizu T, Kitajima A, Nonaka K, Yoshioka T, Ohta S, Goto S, Toyoda A, Fujiyama A, Mochizuki T, Nagasaki H, Kaminuma E, Nakamura Y
PloS one   11(11) e0166969   2016年11月   [査読有り]
Mashima J, Kodama Y, Fujisawa T, Katayama T, Okuda Y, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Nakamura Y, Takagi T
Nucleic acids research   45(D1) D25-D31   2016年10月   [査読有り]
Nakai R, Fujisawa T, Nakamura Y, Nishide H, Uchiyama I, Baba T, Toyoda A, Fujiyama A, Naganuma T, Niki H
Genome announcements   4(3)    2016年6月   [査読有り]
Hirose Y, Fujisawa T, Ohtsubo Y, Katayama M, Misawa N, Wakazuki S, Shimura Y, Nakamura Y, Kawachi M, Yoshikawa H, Eki T, Kanesaki Y
Genome announcements   4(2)    2016年3月   [査読有り]
Bowman JL, Araki T, Arteaga-Vazquez MA, Berger F, Dolan L, Haseloff J, Ishizaki K, Kyozuka J, Lin SS, Nagasaki H, Nakagami H, Nakajima K, Nakamura Y, Ohashi-Ito K, Sawa S, Shimamura M, Solano R, Tsukaya H, Ueda T, Watanabe Y, Yamato KT, Zachgo S, Kohchi T
Plant & cell physiology   57(2) 257-261   2016年2月   [査読有り]
Hirose Y, Fujisawa T, Ohtsubo Y, Katayama M, Misawa N, Wakazuki S, Shimura Y, Nakamura Y, Kawachi M, Yoshikawa H, Eki T, Kanesaki Y
Journal of biotechnology   220 45-46   2016年2月   [査読有り]
Hirose Y, Fujisawa T, Ohtsubo Y, Katayama M, Misawa N, Wakazuki S, Shimura Y, Nakamura Y, Kawachi M, Yoshikawa H, Eki T, Kanesaki Y
Journal of biotechnology   218 51-52   2016年1月   [査読有り]
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M
Bioscience of microbiota, food and health   35(4) 173-184   2016年   [査読有り]

Misc

 
谷澤 靖洋, 藤澤 貴智, 真島 淳, 李 慶範, 遠野 雅徳, 坂本 光央, 大熊 盛也, 中村 保一, 清水 謙多郎, 門田 幸二
日本乳酸菌学会誌 = Japanese journal of lactic acid bacteria   28(2) 94-100   2017年
谷澤 靖洋, 真島 淳, 藤澤 貴智, 李 慶範, 中村 保一, 清水 謙多郎, 門田 幸二
日本乳酸菌学会誌 = Japanese journal of lactic acid bacteria   28(1) 3-11   2017年
谷澤 靖洋, 神沼 英里*, 中村 保一, 遠野 雅徳, 寺田 朋子, 清水 謙多郎, 門田 幸二*
日本乳酸菌学会誌   27(3) 187-195   2016年
de novo ゲノムアセンブリ結果から、概要・完全配列(draft and complete genome sequences)にする作業は、基本的な塩基配列解析用プログラムの活用や自作、プログラム実行結果の検証や合理的な解釈など、ウェットとドライ両面の幅広い知識とスキル、そして精神力を要する。第 8 回は、 PacBio データの de novo ゲノムアセンブリの後処理として、特に染色体ゲノムに相当する長いコンティグの検証作業を解説する。具体的には、 DF...
谷澤 靖洋, 神沼 英里*, 中村 保一, 遠野 雅徳, 大崎 研, 清水 謙多郎, 門田 幸二*
日本乳酸菌学会誌   27(2) 101-110   2016年
完全なゲノム配列の再現を目指す上で最も有効な手段は、ロングリードデータの利用である。第 7 回は、ロングリードの代表格である PacBio データを用いた、乳酸菌ゲノム配列決定について述べる。PacBio データの概観、PacBio データ用のアセンブラである HGAP(Hierarchical Genome Assembly Process)の実行、得られたコンティグの概観・検証(クオリティスコア分布、ドットプロット、および BLAST)、重複領域の除去(環状化)など、一連の手順を解説す...

書籍等出版物

 
バイオインフォマティクス入門
日本バイオインフォマティクス学会 (担当:共著, 範囲:(「第1章 生命科学」の一部を執筆))
慶應義塾大学出版会   2015年8月   
実験医学増刊 Vol.32 No.20 今日から使える!データベース・ウェブツール達人になるための実践ガイド100
編集/内藤雄樹 (担当:共著, 範囲:第Ⅰ部 2.DDBJ)
羊土社   2014年12月   
細胞工学 別冊 「次世代シークエンサー:目的別アドバンストメソッド」 次世代シークエンサーのデータアーカイブとその周辺サービス
児玉悠一・福田亜沙美・神沼英里・長崎英樹・望月孝子・中村保一
2012年   ISBN:978-4-7809-0855-8
化学と生物vol.49, No.3 セミナー室 クラウド型計算機資源利用に基づいた新型DNAシークエンサ大量配列解析
神沼英里、中村保一
日本農芸化学会   2011年   
編者名:矢野健太郎
細胞工学2011年8月号 次世代シークエンサーを使いこなす DDBJ Cloud:次世代シークエンサーの配列アーカイブとクラウド型解析ツール
神沼英里、中村保一
秀潤社   2011年   

講演・口頭発表等

 
MarpolDB _ marchantia.info; a genome DB for the Liverwort [招待有り]
中村 保一
Renaissance of Marchantia polymorpha   2017年12月16日   
MicrobeDB.jp [招待有り]
中村 保一
日本分子生物学会年会 NBDC ConBioフォーラム「_命科学のデータベース活_法」   2017年12月6日   
DDBJ and the INSDC [招待有り]
中村 保一
ICG-12   2017年10月26日   
DDBJ入門 [招待有り]
中村 保一
DDBJing 講習会   2017年10月19日   
DDBJ and the INSDC [招待有り]
中村 保一
The Big Data Forum for Life and Health Sciences   2017年10月10日   
DDBJ
中村 保一
トーゴーの日シンポジウム   2017年10月5日   
ゲノム科学・ゲノムDBの現場から [招待有り]
中村 保一
静岡大学大学院・統合オミックス特論II   2017年9月14日   
DDBJ [招待有り]
中村 保一
GGBN Asian regional workshop   2017年7月19日   
NBRPゲノム情報等整備プログラムの状況“CyanoBase [招待有り]
中村 保一
NBRP藻類・運営会議   2017年7月4日   
How to make bio-DB’s and services sustainable? [招待有り]
中村 保一
日中韓バイオインフォマティクスシンポジウム   2017年6月20日   

担当経験のある科目

 
 

Works

 
Kaminuma E, Fujisawa T, Tanizawa Y, Sakamoto N, Kurata N, Shimizu T, Nakamura Y   データベース   2012年
望月 孝子, 長崎 英樹, 神沼 英里, 大柳 一, 清水 徳朗, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫, 倉田 のり, 二河 成男, 中村 保一   データベース   2013年
国立遺伝学研究所以外の共著者あり

競争的資金等の研究課題

 
ゲノム・メタゲノム情報を基盤とした微生物DBの統合
JST/NBDC: ライフサイエンスデータベース統合推進事業
研究期間: 2011年4月 - 2017年3月    代表者: 黒川 顕
ゲノム情報に基づく植物データベースの統合
JST/NBDC: ライフサイエンスデータベース統合推進事業
研究期間: 2011年4月 - 2017年3月    代表者: 田畑 哲之
ゲノム不安定性を示す難治性遺伝性疾患群の症例収集とゲノム・分子機能解析
厚生労働省: 難治性疾患実用化研究事業
研究期間: 2014年4月 - 2016年3月    代表者: 荻 朋男
ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
文部科学省: 科学研究費(新学術領域研究)
研究期間: 2010年4月 - 2016年3月    代表者: 小原 雄治
超大容量ゲノム・多元軸表現型データの統計情報解析による遺伝機能システム学
情報・システム研究機構: 新領域融合プロジェクト
研究期間: 2010年4月 - 2016年3月    代表者: 倉田 のり

社会貢献活動

 
会議等主催
【講師, 企画】  第32回 DDBJing 講習会 in 那覇植物防疫事務所  2015年7月29日
会議等主催
【講師, 企画】  第31回 DDBJing 講習会  2015年6月12日
会議等主催
【講師, 企画】  第30回 DDBJing 講習会(東京)  2014年12月18日
会議等主催
【講師, 企画】  DDBJ  第28回 DDBJing 講習会(新潟)  2013年11月19日
会議等主催
【講師, 企画】  第26回 DDBJing 講習会 in 三島  (三島)  2013年
会議等主催
【講師, 企画】  第25回 DDBJing 講習会 in 三島  (三島)  2012年1月19日
会議等主催
【講師, 企画】  第24回 DDBJing 講習会 in 東京  (東京)  2011年6月30日
会議等主催
【企画】  DDBJing 講習会 & PDBj 講習会 in 長浜  (長浜)  2011年
会議等主催
【講師, 企画】  坊農秀雅,中村保一  AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京  (東京)  2010年
会議等主催
【講師, 企画】  第21回 DDBJing講習会 in 三島  (三島)  2009年6月17日 - 2009年6月18日