<p>ゲノムの <i>de novo </i>アセンブリ結果に影響を及ぼす主要なパラメータは、<i>k</i>-mer（任意の長さ <i>k </i>の連続塩基）の <i>k </i>値である。第 6 回は、Bio-Linux にプレインストールされているゲノムアセンブリ用プログラム Velvet の基本的な利用法、make コマンドを用いたプログラムのインストール法、およびウェブツール DDBJ pipeline の利用法について述べる。複数の異なる <i>k</i>-mer で実行した乳酸菌ゲノム <i>de novo </i>アセンブリ結果の違い、用いたプログラム間の違い（Velvet vs. Platanus）などを述べる。また、ウェブサイト<b>（R で）塩基配列解析</b>（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html）中に本連載をまとめた項目（URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB）が存在する。ウェブ資料（以下、W）や関連ウェブサイトなどのリンク先を効率的に活用してほしい。</p>