2016年 - 2021年
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
日本学術振興会 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)『学術研究支援基盤形成』 新学術領域研究(研究領域提案型)『学術研究支援基盤形成』
- 課題番号
- 16H06279
- 体系的課題番号
- JP16H06279
- 配分額
-
- (総額)
- 7,698,340,000円
- (直接経費)
- 5,921,800,000円
- (間接経費)
- 1,776,540,000円
①総括支援活動では、支援課題の公募について、審査委員(すべて領域外)を増員して二段階審査とし、経費上限設定などによりできるだけ多くの採択ができるように努めた結果、応募281件から136件を支援課題とし採択した(採択率48.4%)。支援課題は科研費生物系のほぼすべての領域に渡っており、支援の成果を含む論文として2018年度に104報が発表された(研究発表欄に記載)。この中には、大脳の神経幹細胞分化機構解明、テントウムシの斑紋形成機構解明、古人骨全ゲノム解析から東南アジアと日本列島における人類集団の起源の解明、正常子宮内膜でのがん関連遺伝子変異の同定、日本人集団のHLA遺伝子型の全容を解明など、広い分野でのレベルの高い成果が含まれている。
②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、最先端技術を支援に提供するとともに、それらの整備や高度化を進めた。遺伝研拠点では染色体の配列完成を目指して、長鎖シーケンサー(PacBio Sequel、Nanopore)、長鎖DNA試料調製技術、HiC解析技術の最適化、東大柏拠点では、Nanoporeを用いた一連の要素技術開発、九大拠点では微生物ゲノムのNGS解析最適化、札幌医大拠点ではLiquid Biopsyによる低頻度変異検出技術開発、等を進めた。
③高度情報解析支援ネットワーク活動では、支援から浮かび上がった課題を解決するソフトウェアの開発を進め、それらの論文発表や実際の課題への適用を進めた。2018年度は、相同染色体を「分けて」アセンブル出力するPlatanus-alleeの論文化、高速オルソログ同定プログラムSonicParanoid、環境から微生物を、微生物から環境を予測するツールLEA、ゲノム変異の高精度なランキングソフトEAGLE、微生物ゲノムアノテーションパイプラインDFAST、ロングリード向けアラインメントツールminialignなどの開発・高度化が進んだ。これらの成果として22報の論文発表がなされた。
②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、最先端技術を支援に提供するとともに、それらの整備や高度化を進めた。遺伝研拠点では染色体の配列完成を目指して、長鎖シーケンサー(PacBio Sequel、Nanopore)、長鎖DNA試料調製技術、HiC解析技術の最適化、東大柏拠点では、Nanoporeを用いた一連の要素技術開発、九大拠点では微生物ゲノムのNGS解析最適化、札幌医大拠点ではLiquid Biopsyによる低頻度変異検出技術開発、等を進めた。
③高度情報解析支援ネットワーク活動では、支援から浮かび上がった課題を解決するソフトウェアの開発を進め、それらの論文発表や実際の課題への適用を進めた。2018年度は、相同染色体を「分けて」アセンブル出力するPlatanus-alleeの論文化、高速オルソログ同定プログラムSonicParanoid、環境から微生物を、微生物から環境を予測するツールLEA、ゲノム変異の高精度なランキングソフトEAGLE、微生物ゲノムアノテーションパイプラインDFAST、ロングリード向けアラインメントツールminialignなどの開発・高度化が進んだ。これらの成果として22報の論文発表がなされた。
- リンク情報
- ID情報
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- 課題番号 : 16H06279
- 体系的課題番号 : JP16H06279