稲垣祐司 (Yuji INAGAKI) - マイポータル

基本情報

所属: 筑波大学計算科学研究センター教授

J-GLOBAL ID: 200901086154329960
researchmap会員ID: 5000076629

研究分野

経歴

2016年4月 - 現在

筑波大学, 計算科学研究センター, 教授

受賞

2008年8月

日本進化学会研究奨励賞, 日本進化学会

稲垣祐司
2007年4月

科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞, 文部科学省

稲垣祐司
1993年4月

公益信託森安大学院生奨学基金

稲垣祐司

論文

151

Morphology, ultrastructure, and classification of barthelonids (Metamonada incertae sedis): with description of Microbarthelona gen. nov., and Parabarthelona gen. nov.

Takashi, Shiratori, Yana, Egli, Euki, Yazaki, INAGAKI, Yuji, G.B., Simpson Alastair

Journal of Eukaryotic Micobiology 73(3) e70080 2026年4月査読有り
Colponemidia questions the ancestry of an ATG10-lacking ATG8-ATG12 conjugation system in Alveolata.

Yazaki, Euki, Isogai, Ryu, INAGAKI, Yuji

Journal of Protistology 57 e008 2026年4月査読有り
Diversity and evolution of DNA polymerase θ in eukaryotes and the origin of mitochondrion-localized DNA polymerase PolIA in Euglenozoa.

Ryu, Isogai, Mingzhe, Wei, Ryo, Harada, Euki, Yazaki, Takuro, Nakayama, MR, Gawryluk Ryan, INAGAKI, Yuji

Protist 181 126160 2026年4月査読有り責任著者
A deeply branching lineage in Heterolobosea (Discoba) with multiflagellated and multigrooved life stages.

Prokina, Kristina I., Yubuki, Naoji, Galindo, Luis Javier, Torruella, Guifré, INAGAKI, Yuji, Iwamoto, Koji, López-García, Purificación, Moreira, David

Journal of Eukaryotic Micobiology 72(5) e70037 2025年8月査読有り
Protists with uncertain phylogenetic affiliations for resolving the deep tree of eukaryotes.

Yazaki, Euki, Shiratori, Takashi, INAGAKI, Yuji

Microorganisms 13(8) 1926 2025年8月査読有り
Marked genome reduction driven by a parasitic lifestyle: Two complete genomes of endosymbiotic bacteria possibly hosted by a dinoflagellate.

Nakayama, Takuro, Harada, Ryo, Yabuki, Akinori, Nomura, Mami, Shiba, Kogiku, Inaba, Kazuo, Inagaki, Yuji

Microbes and Environments 40(2) ME250005 2025年6月査読有り
Glissandra oviformis n. sp.: a novel predatory flagellate illuminates the character evolution within the eukaryotic clade CRuMs.

Yazaki, Euki, Harada, Ryo, Isogai, Ryu, Bamba, Kohei, Ishida, Ken-ichiro, INAGAKI, Yuji, Shiratori, Takashi

Open Biology 15(6) 250057 2025年6月査読有り
A cellular entity retaining only its replicative core: Hidden archaeal lineage with an ultra-reduced genome.

Ryo, Harada, Yuki, Nishimura, Mami, Nomura, Akinori, Yabuki, Kogiku, Shiba, Kazuo, Inaba, INAGAKI, Yuji, Takuro, Nakayama

bioRχiv 2025年5月
Phylogenetic dissection provides insights into the incongruity in the tree of Archaeplastida between the analyses of nucleus- and plastid-encoded proteins.

Ryu, Isogai, Ryo, Harada, Takuro, Nakayama, INAGAKI, Yuji

bioRχiv 2025年5月責任著者
Complete mitochondrial genomes of ancyromonads provide clues for the gene content and genome structures of ancestral mitochondria.

Harada, Ryo, Shiratori, Takashi, Yabuki, Akinori, INAGAKI, Yuji, Roger, Andrew J., Kamikawa, Ryoma

bioRχiv 72(3) e70012-e70012 2025年3月
An expanded phylogenomic analysis of Heterolobosea reveals the deep relationships, non-canonical genetic codes, and cryptic flagellate stages in the group.

Pánek, Tomáš, Tice, Alexander K., Corre, Pia, Hrubá, Pavla, Žihala, David, Kamikawa, Ryoma, Yazaki, Euki, Shiratori, Takashi, Kume, Keitaro, Hashimoto, Tetsuo …

Molecular Phylogenetics and Evolution 204 108289 2025年3月査読有り
Drastic genome reduction driven by parasitic lifestyle: Two complete genomes of endosymbiotic bacteria possibly hosted by a dinoflagellate.

Nakayama, Takuro, Harada, Ryo, Yabuki, Akinori, Nomura, Mami, Shiba, Kogiku, Inaba, Kazuo, Inagaki, Yuji

bioRχiv 2025年1月最終著者
AUTOEB: A software for systematically evaluating bipartitions in a phylogenetic tree employing an approximately unbiased test.

Kohei, Bamba, Ryo, Harada, INAGAKI, Yuji

情報処理学会論文誌. バイオ情報学 17 72-82 2024年12月査読有り最終著者責任著者
オルガネラ局在DNAポリメラーゼの多様性と進化：現状とこれからの課題．

稲垣, 祐司, 原田亮

月刊アグリバイオ 8(12) 43-47 2024年10月責任著者
Dinotoms possess two evolutionary distinct autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems.

Yazaki, Euki, Uehara, Tadaaki, Sakaoto, Hirokazu, Inagaki, Yuji

Protist 175(6) 126067-126067 2024年10月査読有り
新奇DNAポリメラーゼrdxPolAは、古のミトコンドリアDNA維持装置の遺産か？

原田亮, 稲垣, 祐司

藻類 72(2) 104-117 2024年7月査読有り
Convergent reductive evolution of cyanobacteria in symbiosis with Dinophysiales dinoflagellates

Takuro Nakayama, Mami Nomura, Akinori Yabuki, Kogiku Shiba, Kazuo Inaba, Yuji Inagaki

Scientific Reports 14(1) 12774-12774 2024年6月4日査読有り
Gleaning Euglenozoa-specific DNA polymerases in public single-cell transcriptome data

Harada, Ryo, Inagaki, Yuji

PROTIST 174(6) 125997 2023年12月査読有り責任著者
Transcriptome data sets of free-living diplomonads, Treponema sp, and Hexamita sp.

Kume, Keitaro, Tsubasa, Gen, Kazuki, Abe, Hiroshi, Komatsuzaki, Euki, Yazaki, Goro, Tanifuji, Ryoma, Kamikawa, Inagaki, Yuji, Hashimoto, Tetsuo

MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS 12(11) e0050623-e0050623 2023年11月査読有り
Encyclopaedia of family A DNA polymerases localized in organelles: Evolutionary contribution of diverse bacteria including the proto-mitochodrion.

Harada, Ryo, Hirakawa, Yoshihisa, Yabuki, Akinori, Kim, Eunsoo, Yazaki, Euki, Kamikawa, Ryoma, Kentaro, Nakano, Elias, Marek, Inagaki, Yuji

Molecular Biology and Evolution 41(2) msae014 2023年8月査読有り責任著者

もっとみる

MISC

有孔虫の大規模分岐年代推定

石谷佳之, 矢崎裕規, 氏家由利香, 稲垣祐司

日本古生物学会例会講演予稿集 169th 2020年
多様な真核生物における植物型ミトコンドリアC-to-U RNAエディティングの分布

西村祐貴, 佐藤渚, 石谷佳之, 白鳥峻志, 白鳥峻志, 石田健一郎, 橋本哲男, 橋本哲男, 稲垣祐司, 大熊盛也

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 21st 2019年
陸生節足動物消化管から単離されたグレガリナ様寄生虫の系統学的位置と非光合成性色素体の探索

宮田凌佑, 松尾恵梨子, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 千頭康彦, 八畑謙介, 稲垣祐司, 稲垣祐司

日本原生生物学会大会講演要旨集 50th 2017年
有殻アメーバPaulinella chromatophoraのトランスクリプトーム解析

潟端篤, 松尾充啓, 鈴木穣, 水口洋平, 野口英樹, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 佐藤壮一郎, 松崎素道, 中山卓郎 …

第37回日本分子生物学会年会 37th 2014年11月
大規模配列データで解明される新奇真核微生物系統とそのオルガネラゲノム.

稲垣祐司, 西村祐貴, 神川龍馬, 谷藤吾朗, 中山卓郎, 橋本哲男

日本植物学会第78回大会 2014年9月
Non-Homogeneous置換モデルに基づく進化系統樹推測のMPI/OpenMP HYBRID並列化：大規模計算システム向けプログラムの開発と性能評価

石川奏太, 中尾昌広, 稲垣祐司, 橋本哲男, 佐藤三久

情報処理学会論文誌コンピューティングシステム（ACS） 7(3) 13-24 2014年8月19日
Fornicata生物のミトコンドリア関連オルガネラタンパク質におけるmatrix targeting signal

久米慶太郎, 高林舜, 森田幸之介, 神川龍馬, 稲垣祐司, 橋本哲男

第15回進化学会 2014年8月
真核微生物Palpitomonas bilixにおけるミトコンドリアゲノム解析

西村祐貴, 神川龍馬, 谷藤吾朗, 橋本哲男, 稲垣祐司

日本進化学会第16回大会 2014年8月
Phylogenemic placement of the orphaned amorphean protists; ancyromonads, mantamonads, collodictyonids, and rigifilids.

Matthew W Brown, Aaron A Heiss, Ryoma Kamikawa, Akinori Yabuki, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagaki, Alastair GB Simpson, Andrew J Roger

Protist2014 2014年8月
A snap shot of the gene replacement after endosymbiotic gene transfer: plastid GAPDH genes in the dinoflagellete Karenia brevis as a case study.

Ryoma Kamikawa, Eriko Matsuo, Euki Yazaki, Michiru Tahara, Takaya Sakura, Kisaburo Nagamune, Yuji Inagaki

Protist2014 2014年8月
"Green genes" in novel green colored dinoflagellates: signs of the nucleomorph genomes.

Takuro Nakayama, Goro Tanifuji, Ryoma Kamikawa, Eriko Matsuo, Chihiro Sarai, Kazuya Takahashi, Ken-ichiro Ishida, Mitsunori Iwataki, Yuji Inagaki

Protist2014 2014年8月
Complex evolution of plastid GAPDHs in the dinoflagellate species with green alga-derived plastids.

Eriko Matsuo, Takuro Nakayama, Ryoma Kamikawa, Goro Tanifuji, Chihiro Sarai, Kazuya Takahashi, Mitsunori iwataki, Yuji Inagaki

Protist2014 2014年8月
Mitochondrial genome of Palpitomonas bilix: unique genome structure and ancestral characteristics in gene content.

Yuki Nishimura, Ryoma Kamikawa, Goro Tanifuji, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki

Protist2014 2014年8月
Cellular localization of evolutionally distinctive 'plastid-targeted' GAPDHs in Karenia brevis and K. mikimotoi.

Ryoma Kamikawa, Eriko Matsuo, Euki Yazaki, Michiru Tahara, Takaya Sakura, Kisaburo Nagamune, Yuji Inagaki

Integrated Microbial Biodiversity Program meeting, Canadian Institute for Advanced Research 2014年6月招待有り
Inter- or intra-genomic gene conversions between peptide-chain release factor paralogs in Bacteriodetes.

Sohta Ishikawa, Ryoma Kamikawa, Yuji Inagaki

Evolution2014 2014年6月
フォルニカータ生物群におけるミトコンドリア関連オルガネラ標的シグナルの分子進化

久米慶太郎, 高林舜, 森田幸之介, 神川龍馬, 稲垣祐司, 橋本哲男

第83回日本寄生虫学会 2014年3月
Rhopalodia科珪藻における細胞内共生シアノバクテリアのゲノム縮小進化

中山卓郎, 神川龍馬, 谷藤吾朗, John M Archibald, 稲垣祐司

第38回日本藻類学会 62(1) 2014年3月
緑藻由来葉緑体をもつ渦鞭毛藻における葉緑体型gapdh遺伝子の進化

松尾恵梨子, 中山卓郎, 神川龍馬, 谷藤吾朗, 皿井千裕, 高橋和也, 岩滝光儀, 稲垣祐司

第38回日本藻類学会 62(1) 2014年3月
Unique genome evolution in an intracellular N-2-fixing symbiont of a rhopalodiacean diatom

Takuro Nakayama, Yuji Inagaki

ACTA SOCIETATIS BOTANICORUM POLONIAE 83(4) 409-413 2014年
Non-Homogeneous置換モデルを搭載した系統解析プログラムのMPI/OpenMPハイブリッド並列化：大規模遺伝子データセットヘの適用に向けて

石川奏太, 中尾昌広, 稲垣祐司, 橋本哲男, 佐藤三久

ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集 2014 10-20 2013年12月31日

もっとみる

書籍等出版物

共生微生物

稲垣,祐司, 中山卓郎 (担当:分担執筆, 範囲:第17章現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．)

化学同人 2016年10月 (ISBN: 9784759817287)
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016

Harada, Ryuhei, Inagaki, Yuji, Shigeta, Yasuteru (担当:分担執筆, 範囲:Protein Folding and Evolution)

2016年6月
ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド

稲垣祐司 (担当:監修)

藻類 2007年7月
アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？

稲垣祐司 (担当:監修)

藻類 2004年1月

講演・口頭発表等

183

Morphology, ultrastructure and phylogeny of a new species of Glissandra (Protista incertae sedis).

Shiratori, Takashi, Yazaki, Euki, Inagaki, Yuji, Ishida, Ken-ichiro

ICOP2017 2017年7月31日
Draft nucleomorph genome of the dinoflagellate strain TGD.

Ayaka, Fujishiro, Ryu, Isogai, Shigekatsu, Suzuki, Kazuya, Takahashi, Mitsunori, Iwataki, INAGAKI, Yuji, Takuro, Nakayama

Protist Open 2026
Non-parametric bootstrap with the PMSF model can overestimate support values.

Ryu, Isogai, Ryo, Harada, Takuro, Nakayama, INAGAKI, Yuji

Protist Open 2026
Recent plastid replacement in Karlodinium ballantinum challenges the paradigms of endosymbiotic gene transfer.

Maciszewski, Kacper, Takahashi, Kazuya, Harada, Ryo, Martinek, Inga, Nakayama, Takuro, Iwataki, Mitsunori, INAGAKI, Yuji, Hehenberger., Elisabeth

Protist Open 2026
Microscopy and phylogenomics of novel deep-branching CRuMs.

Packer, Julia, Harada, Ryo, Isogai, Ryu, Nakayama, Takuro, Eglit, Yana, Shiratori, Takashi, INAGAKI, Yuji, Simpson, Alastair GB

Protist Open 2026
テトラヒメナの繊毛運動を制御する新奇アクチン関連タンパク質 tArp

加川海来, 萩田美乃里, 中山卓郎, 柴小菊, 箕浦高子, 松田真弥, 稲葉一男, 稲垣祐司, 中野賢太郎

生体運動研究合同班会議 2026
真核生物におけるDNAポリメラーゼθの多様性とユーグレノゾア特異的ミトコンドリアDNAポリメラーゼPolIAの起源．

魏明哲, 磯貝龍邑, 原田亮, 矢﨑裕規, 中山卓郎, Ryan, Gawryluk, 稲垣, 祐司

第28回日本サンゴ礁学会・第9回日本共生生物学会合同大会
系統解析において座位ごとのアミノ酸組成をモデル化する手法(PMSF)に起因するバイアスの検証．

磯貝龍邑, 原田亮, 中山卓郎, 稲垣, 祐司

第28回日本サンゴ礁学会・第9回日本共生生物学会合同大会
メタモナダに近縁性が示唆された真核微生物2株のミトコンドリアゲノム解析．

松浦眞子, 磯貝龍邑, 原田亮, 白鳥峻志, 中山卓郎, 稲垣, 祐司

第28回日本サンゴ礁学会・第9回日本共生生物学会合同大会
真核生物多様性を拡張するゲテモノたち：ゲテモノチャンピオン渦鞭毛藻に関する最近のトピック．

稲垣, 祐司

2025年度医科学研究所・大気海洋研究所合同奄美シンポジウム招待有り
緑色渦鞭毛藻TGD株のヌクレオモルフゲノムが示す二次共生ゲノム進化の新たなスナップショット

藤代彩花, 磯貝龍邑, 鈴木重勝, 高橋和也, 岩滝光儀, 稲垣, 祐司, 中山卓郎

日本植物学会第89回大会
Thermoproteota門古細菌におけるPCNA進化．

上西慧莉紗, 原田亮, 中山卓郎, 稲垣, 祐司

第37回Archaea研究会
tARP is an actin-related protein required for ciliary function that is conserved in ciliates and related eukaryotic groups.

Kagawa, Miku, Takuro, Nakayama, Shiba, Kogiku, Takako, Kato-Minoura, Matsuda, Shinya, Inaba, Kazuo, INAGAKI, Yuji, Kentaro, Nakano

第77回日本細胞生物学会・第58回日本発生生物学会合同大会
On the tree of Archaeplastida: The impact of rapidly evolving and heterotachious positions on nuclear and plastid phylogenomic inferences.

Isogai, Ryu, Harada, Ryo, Nakayama, Takuro, INAGAKI, Yuji

ICOP/ISEP2025
Glissandra oviformis, a previously overlooked CRuMs member, provides the first insight into the character evolution of this “supergroup-compatible” clade in eukaryotes.

Yazaki, Euki, Harada, Ryo, Isogai, Ryu, Bamba, Kohei, Ishida, Ken-ichiro, INAGAKI, Yuji, Shiratori., Takashi

ICOP/ISEP2025
Morphology, ultrastructure, and molecular phylogeny of a novel CRuMs amoeboflagellate.

Shiratori., Takashi, Harada, Ryo, Yazaki, Euki, INAGAKI, Yuji, Ishida, Ken-ichiro

ICOP/ISEP2025
Nucleomorph genome of the dinoflagellate TGD reveals an early stage of genome reduction following secondary endosymbiosis.

Fujishiro, Ayaka, Isogai, Ryu, Suzuki, Shigekatsu, Takahashi, Kazuya, Iwataki, Mitsunori, INAGAKI, Yuji, Nakayama, Takuro

ICOP/ISEP2025
A deeply branching lineage in Heterolobosea (Discoba) with multiflagellated and multigrooved life stages.

Prokina, Kristina, Yubuki, Naoji, Galindo, Luis, Torruella, Guifré, INAGAKI, Yuji, Iwamoto, Koji, López-García, Purificación, Moreira, David

ICOP/ISOP2025
Recent plastid replacement in Karlodinium ballantinum (Kareniaceae, Dinoflagellata) challenges the paradigms of endosymbiotic gene transfer.

Maciszewski, Kacper, Takahashi, Kazuya, Harada, Ryo, Martinek, Inga, Nakayama, Takuro, Iwataki, Mitsunori, INAGAKI, Yuji, Hehenberger, Elisabeth

ICOP/ISOP2025
Origins of family A DNA polymerases in Euglenozoa.

INAGAKI, Yuji

1ˢᵗ International Diplonemids Conference 招待有り

もっとみる

所属学協会

2008年 - 現在

International Society of Protistologists
2005年 - 現在

日本藻類学会
2004年 - 現在

Society for Molecular Biology and Evolution
2004年 - 現在

日本分子生物学会
2004年 - 現在

日本進化学会
- 現在

International Society for Evolutionary Protistology

共同研究・競争的資金等の研究課題

ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明

日本学術振興会科学研究費基盤研究(B) 2019年 - 2023年

稲垣祐司
海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明

日本学術振興会国際共同研究加速基金（国際共同研究強化(B)）国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2018年 - 2022年

稲垣祐司
非光合成生物の光適応進化の全容解明

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究（B) 基盤研究(B) 2017年 - 2020年

谷藤吾朗
渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

稲垣祐司, 谷藤吾朗
海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(B) 2016年 - 2019年

濱健夫
嫌気環境に生育する真核微生物の多様性の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

橋本哲男, 石田健一郎, 稲垣祐司, 半澤直人
新型分割イントロンのスプライシング機構と進化多様性の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

橋本哲男, 奈良武司, 稲垣祐司, 谷藤吾朗
マトリョーシカ型進化原理の展開

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2017年3月

野崎智義, 守屋繁春, 山本雅裕, 松崎素道, 石田健一郎, 神川龍馬, 小保方潤一, 稲垣祐司, 木原久美子
ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

稲垣祐司, 小保方潤一, 神川龍馬
マトリョーシカ型進化原理（総括班）

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2016年3月

野崎智義, 洲崎敏伸, 坪井敏文, 守屋繁春, 津久井久美子, 松崎素道, 橘裕司, 石田健一郎, 小保方潤一, 橋本哲男, 金子修, 稲垣祐司, 井上勲, 永井宏樹, 黒田誠, 永宗喜三郎
新型分割イントロンの切り出し因子同定に基づく真核生物ｍＲＮＡ成熟機構進化の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2011年4月 - 2015年3月

橋本哲男, 稲垣祐司, 奈良武司, 飯田慶
ミトコンドリアをもたない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

橋本哲男, 石田健一郎, 稲垣祐司
ハプト・クリプト藻類を含む新奇巨大生物群の提唱とクロムアルベオラータ仮説の検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2009年 - 2012年

稲垣祐司, 石田健一郎
藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2009年 - 2012年

井上勲, 渡辺信, 橋本哲男, 石田健一郎, 稲垣祐司, 中山剛, 菊地淳, 守屋繁春
原始真核生物を求めて : 新奇真核微生物の形態・発現遺伝子・ミトコンドリアゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2010年 - 2011年

稲垣祐司
フォルニケータ生物群の分子系統進化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2008年 - 2010年

橋本哲男, 稲垣祐司
カタブレファリス類配列をふくむ連結データ系統解析によるクロミスタ仮説の検討

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2006年 - 2007年

稲垣祐司
複数遺伝子の配列情報に基づく真核生物の初期進化の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2005年 - 2006年

橋本哲男, 井上勲, 中山剛, 稲垣祐司

稲垣祐司

基本情報

研究分野

経歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

メニュー

共著者の一覧