YING Beiwen (Beiwen YING) - マイポータル

基本情報

所属: 筑波大学生命環境系准教授

学位: 博士（生命科学）(2005年3月東京大学)

連絡先: ying.beiwen.gfu.tsukuba.ac.jp
J-GLOBAL ID: 200901047306085004
researchmap会員ID: 5000090785

外部リンク: https://www.u.tsukuba.ac.jp/~ying.beiwen.gf/index.html

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

2000年 - 2005年

東京大学, 新領域創成科学研究科

委員歴

2023年 - 現在

Biology, Editorial Board Member
2020年 - 現在

BMC Microbiology, Editorial Board Member
2019年 - 現在

Scientific reports (Nature Publishing Group), Editorial Board Member
2018年 - 2024年

Frontiers in Microbiology, Associate Editor
2015年 - 2021年

日本ゲノム微生物学会, 評議員

論文

Experimental mapping of bacterial fitness landscapes reveals eco-evolutionary fingerprints

ZHANG, Shuyang, YING, BEIWEN

Scientific Reports 2025年9月査読有り責任著者
Biology-aware machine learning for culture medium optimization.

HASHIZUME, Takamasa, YING, BEIWEN

New BIOTECHNOLOGY 89 141-151 2025年7月査読有り責任著者
Population Dynamics of Escherichia coli Growing under Chemically Defined Media

AIDA, honoka, YING, BEIWEN

Scientific Data 12(1) 2025年6月査読有り責任著者
A data-driven approach for cell culture medium optimization.

OZAWA, Yuki, HASHIZUME, Takamasa, YING, BEIWEN

Biochemical Engineering Journal 214 2025年2月査読有り責任著者
Data-driven discovery of the interplay between genetic and environmental factors in bacterial growth

AIDA, honoka, YING, BEIWEN

COMMUNICATIONS BIOLOGY 7 2024年12月査読有り責任著者
Experimental evolution for the recovery of growth loss due to genome reduction

HITOMI, Kenya, ISHII, Yoichiro, YING, BEIWEN

ELIFE 13 2024年5月査読有り責任著者
Challenges in developing cell culture media using machine learning

HASHIZUME, Takamasa, YING, BEIWEN

BIOTECHNOLOGY ADVANCES 70 2024年1月査読有り責任著者
Employing Active Learning in Medium Optimization for Selective Bacterial Growth

ZHANG, Shuyang, AIDA, Honoka, YING, BEIWEN

Applied Microbiology 3(4) 1355-1369 2023年12月査読有り責任著者
Active learning for medium optimization for selective bacterial culture

ZHANG, Shuyang, AIDA, Honoka, YING, BEIWEN

bioRxiv 2023年11月責任著者
Diversity for commonality in the evolutionary changes of the reduced genome to regain the growth fitness

HITOMI, Kenya, ISHII, Yoichiro, YING, BEIWEN

Elife 2023年11月査読有り責任著者
Efforts to Minimise the Bacterial Genome as a Free-Living Growing System

AIDA, honoka, YING, BEIWEN

BIOLOGY-BASEL 12(9) 2023年8月査読有り責任著者
Employing active learning in the optimization of culture medium for mammalian cells

HASHIZUME, Takamasa, OZAWA, Yuki, YING, BEIWEN

NPJ SYSTEMS BIOLOGY AND APPLICATIONS 9(1) 2023年5月査読有り責任著者
Growth rate-associated transcriptome reorganization in response to genomic, environmental, and evolutionary interruptions

MATSUI, Yuichiro, NAGAI, Motoki, YING, BEIWEN

FRONTIERS IN MICROBIOLOGY 14 2023年3月査読有り責任著者
Machine learning-assisted medium optimization revealed the discriminated strategies for improved production of the foreign and native metabolites.

AIDA, Honoka, UCHIDA, Keisuke, NAGAI, Motoki, HASHIZUME, Takamasa, MASUO, Shunsuke, TAKAYA, Naoki, YING, BEIWEN

COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL 21 2654-2663 2023年2月査読有り責任著者
Global coordination of the mutation and growth rates across the genetic and nutritional variety in Escherichia coli

LAO, Zehui, MATSUI, Yuichiro, IJICHI, Shinya, YING, BEIWEN

FRONTIERS IN MICROBIOLOGY 13 2022年9月査読有り責任著者
Contribution of the genomic and nutritional differentiation to the spatial distribution of bacterial colonies.

HITOMI, Kenya, WENG, Jieruiyi, YING, BEIWEN

FRONTIERS IN MICROBIOLOGY 13 2022年8月査読有り責任著者
Machine learning-assisted discovery of growth decision elements by relating bacterial population dynamics to environmental diversity.

AIDA, honoka, HASHIZUME, Takamasa, ASHINO, Kazuha, YING, BEIWEN

ELIFE 11 2022年8月査読有り責任著者
Experimental evolution expands the breadth of adaptation to an environmental gradient correlated with genome reduction.

KUROKAWA, Masaomi, NISHIMURA, Issei, YING, BEIWEN

Front Microbiol 13 2022年1月査読有り責任著者
Primordial mimicry induces morphological change in Escherichia coli

Lu, Hui, Aida, honoka, KUROKAWA, Masaomi, Chen, Feng, Xia, Yang, Xu, Jian, Li, Kai, YING, BEIWEN, Yomo, Tetsuya

Commun Biol 5(1) 2022年1月査読有り責任著者
Local adaptation mediated niche expansion in correlation with genetic richness

KUROKAWA, Masaomi, NISHIMURA, Issei, YING, BEIWEN

bioRxiv 2021年11月責任著者

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MISC

FM-P1 Construction of Escherichia coli gene expression level perturbation collection(Section VIII Fermentation and Microbial Technology)

Kashiwagi Akiko, Sakurai Takahiro, Tsuru Saburo, Ying Bei-Wen, Mori Kotaro, Yomo Tetsuya

Journal of bioscience and bioengineering 108(1) S118-S119 2009年11月
2P-143 栄養枯渇に対する適応応答における遺伝子発現の確率性(細胞生物的課題(接着,運動,骨格,伝達,膜),第47回日本生物物理学会年会)

Tsuru Saburo, Ying Bei-Wen, Mori Kotaro, Ushioda Junya, Kashiwagi Akiko, Yomo Tetsuya

生物物理 49 2009年

書籍等出版物

機械学習でできる！細胞培養の最適化

YING, Beiwen

2025年5月 (ISBN: 9784274233555)
Stress and Environmental Regulation of Gene Expression and Adaptation in Bacteria

YING,BEIWEN, YOMO,Tetsuya (担当:分担執筆, 範囲:Comparative analyses of bacterial transcriptome reorganisation in response to temperature increase.)

2016年5月 (ISBN: 9781119004882)
Advances in Applied Biotechnology

YING,BEIWEN, YOMO,Tetsuya (担当:分担執筆, 範囲:Built-in synthetic gene circuits in Escherichia coli – methodology and applications.)

2012年1月
Protein Engineering Handbook

YING,BEIWEN, UEDA,Takuya (担当:分担執筆, 範囲:Protein generation using a reconstituted system.)

2009年1月
Cell-Free Expression

YING,BEIWEN, SHIMIZU,Yoshihiro, UEDA,Takuya (担当:分担執筆, 範囲:The PURE system: a minimal cell-free translation system.)

2007年12月

講演・口頭発表等

広範囲な栄養環境における細菌増殖から、生態進化の関係が明らかになる

張抒楊, YING, BEIWEN

日本微生物生態学会第38回東京大会
洗浄介入がトイレ細菌群集の動態と構成に与える影響

翁杰瑞翌, 橋詰崇雅, YING, BEIWEN

日本微生物生態学会第38回東京大会
機械学習による無血清培地の開発

橋詰崇雅, YING, BEIWEN

日本組織培養学会第97回大会
Exploring the Bacterial Fitness Landscape with Different Machine Learning Strategies

LU, Zipeng, YING, BEIWEN

日本ゲノム微生物学会第19回大会
Using deep learning to understand how media and gene function determine bacterial growth dynamics

LAO, Zehui, YING, BEIWEN

日本ゲノム微生物学会第19回大会
網羅的な栄養条件下における細菌増殖と系統発生解析の統合的研究

張抒楊, YING, BEIWEN

日本ゲノム微生物学会第19回大会
Employing Machine Learning for Cell Culture Optimisation.

YING, BEIWEN

PEGS Europe: Protein and Antibody Engineering Summit 招待有り
Evolutionary strategies for the recovery of growth loss due to genome reduction

YING, BEIWEN

第97回日本細菌学会総会招待有り
細胞培養培地最適化のためのデータ駆動型アプローチ

小澤勇希, 橋詰崇雅, YING, BEIWEN

日本動物細胞工学会2024年度大会
機械学習を活用した哺乳動物細胞用無血清培地の最適化

橋詰崇雅, YING, BEIWEN

日本動物細胞工学会2024年度大会
細菌の増殖を特徴づける化学成分の機械学習支援型探索

會田穂乃香, YING, BEIWEN

日本農芸化学会2024年度東京大会
細菌の多剤耐性に影響を与える化学成分の網羅的探索

荒木駿平, 會田穂乃香, YING, BEIWEN

日本農芸化学会2024年度東京大会
機械学習による微生物の選択的増殖の培地開発

張抒楊, 會田穂乃香, YING, BEIWEN

日本農芸化学会2024年度東京大会
大腸菌増殖を特徴づける遺伝的要件と化学環境の横断的探索

會田穂乃香, YING, BEIWEN

日本ゲノム微生物学会第18回大会
Compensation of medium composition to genome reduction

LU, Zipeng, YING, BEIWEN

日本ゲノム微生物学会第18回大会
A preliminary analysis of the growth curves of bacterial strains knocked out by a single gene

LAO, Zehui, YING, BEIWEN

日本ゲノム微生物学会第18回大会
Time-saving medium development for improved cell culture

OZAWA, Yuki, HASHIZUME, Takamasa, YING, BEIWEN

JAACT2023
Medium optimization for mammalian cells using machine learning

HASHIZUME, Takamasa, OZAWA, Yuki, YING, BEIWEN

JAACT2023
トイレ環境微生物の検出と解析

翁, 杰瑞翌, YING, BEIWEN

日本微生物生態学会第36回大会
Genomic, environmental and evolutionary influences on growth and gene expression in Escherichia coli

MATSUI, Yuichiro, YING, BEIWEN

Tsukuba Conference 2023

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担当経験のある科目(授業)

2014年4月 - 現在

グリーンバイオ微生物概論 (環境バイオマス共生学専攻)
2014年4月 - 現在

応用生命化学コース専門実験 (生物資源学類)
2014年4月 - 現在

専門語学II (生物資源学類)
2014年4月 - 現在

Biochemistry (G30)
2013年10月 - 現在

環境分子微生物学 (環境バイオマス共生学専攻)
2013年10月 - 現在

微生物バイオテクノロジー (環境バイオマス共生学専攻)
2013年10月 - 現在

環境分子微生物学研究法 (環境バイオマス共生学専攻)
2018年1月 - 2018年1月

生命・物質特別講義 (豊橋科学技術大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学セミナーD (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学講究II (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学プロジェクト実習 (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境分子微生物学研究法 (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学セミナーB (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学セミナーA (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学インターンシップ (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学セミナーC (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

環境バイオマス共生学講究I (筑波大学)
2015年10月 - 2016年2月

サイエンスメディエーション実践(インターンシップ) (筑波大学)
2015年10月 - 2015年12月

専門語学(英語)II (筑波大学)
2015年10月 - 2015年11月

微生物バイオテクノロジー (筑波大学)

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所属学協会

2018年 - 現在

日本農芸化学会
2015年 - 現在

日本微生物生態学会
2007年 - 現在

日本ゲノム微生物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ゲノム縮小に対する遺伝的・環境的補完機構の探索

科研費基盤研究 (B) 2025年4月 - 2028年3月

インベイウェン
培養細胞の抗体産生能を向上するための培地組成探索研究

民間企業/共同研究 2023年12月 - 2026年3月

インベイウェン
細胞培養のデータ駆動型最適化の基盤技術の開発

日本学術振興会挑戦的研究（萌芽）挑戦的研究(萌芽) 2021年 - 2023年

YING BEIWEN
ラクトバチルス菌検査キットの培養速度の向上

民間企業共同研究 2021年 - 2022年

BEIWEN YING
ゲノム縮小と増殖速度の相関の機構解明

日本学術振興会基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年 - 2022年

YING BEIWEN
細胞培養（培地）の最適化プラットフォームの開発

文部科学省 (つくばグローバル・イノベーション推進機構) 地域イノベーション・エコシステム形成プログラム 2020年 - 2021年

YING BEIWEN
極限貧栄養環境下で増殖する細胞の創出

日本学術振興会基盤研究(C) 基盤研究(C) 2014年 - 2016年

YING BEIWEN
大腸菌の確率的環境適応応答の解析

科学技術振興機構(JST) 共同研究 2014年4月 - 2015年3月

インベイウェン
細胞増殖に伴う集団秩序の維持

日本学術振興会新学術領域研究（公募研究） 2013年4月 - 2015年3月

インベイウェン
人工的遺伝子回路の発現レベルの予測モデルの構築

日本学術振興会新学術領域研究（研究領域提案型）新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年 - 2015年

YING BEIWEN
大腸菌ゲノム高温適応進化機構の解明

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(A) 2011年4月 - 2014年3月

四方哲也
単細胞を用いた細胞分化の恒常性モデルの構築

日本学術振興会科学研究費補助金萌芽研究 2010年4月 - 2012年3月

インベイウェン
実験室内進化させた耐熱大腸菌に対するゲノムワイド解析

財団法人発酵研究所平成22年度一般研究助成 2010年4月 - 2011年3月

インベイウェン

産業財産権

2025-072143 培養条件の探索方法

YING, BEIWEN, HASHIZUME, Takamasa
2022-061228 培養環境判定システム、培養装置、要求取得装置及びプログラム

YING, BEIWEN, AIDA, Honoka, HASHIZUME, Takamasa
2022-024033 培養環境判定装置、培養システム、培養環境判定方法、培養方法、及びプログラム

YING, BEIWEN, AMAGASA, Toshiyuki
2021-171528 微生物培養用合成培地及び微生物の培養方法

YING, BEIWEN, AIDA, Honoka
2018-088250 培養環境判定装置、培養環境判定方法、及びプログラム

YING, BEIWEN, Amagasa, Toshiyuki
22B072002-1 リボソームディスプレイ

UEDA,Takuya, OHASHI,Hiroyuki, SHIMIZU,Yoshihiro, YING,BEIWEN, KANAMORI,Takashi

YING Beiwen

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研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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