2021年4月 - 2024年3月
ヘムのツボを押さえて使うための構造機能相関解析ツール「PyDISH」の開発
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究 若手研究
本研究の目的は、高機能性分子であるヘムの構造機能相関についてのより有用な解析手段を確立し、ヘムを含有するヘムタンパク質やヘムを用いた材料の開発指針を提供することである。1年目にあたる当該年度は新規データの収集したうえでデータベースを更新し、自動更新用法検討・実装を行った。また、量子化学計算による物性値算出についても着手した。
具体的には、開発中のヘムタンパク質データベース「PyDISH」(https://pydish.bio.info.hiroshima-cu.ac.jp)の更新を行い、エントリー数を拡充するとともに、各エントリーについて利用可能なデータ項目を追加した(ただし新規項目については3/31時点では一部非公開)。エントリー数は2021年4月6日時点で14,883であり、2022年3月2日には15,540まで増えた。
PyDISHのデータの更新は現時点で手動で行なっているが、定期的な手動更新は手間を要するためデータベースプロジェクトの長期維持に際して弊害となりうる。これを解消するためヘムのデータの自動更新について検討し、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の提供するRESTサービスを利用した軽量な実装を考案した。実装自体は概ね完成しており、計画では最終年度に完成予定であったが次年度には自動更新を運用開始できる目処が立った。
量子化学計算によって各エントリーについてヘムの酸化還元電位や酸素吸着能とった物性値の計算を開始した。既存のエントリーに対して一通りデータが揃った時点でPyDISH上で公開する予定である。
具体的には、開発中のヘムタンパク質データベース「PyDISH」(https://pydish.bio.info.hiroshima-cu.ac.jp)の更新を行い、エントリー数を拡充するとともに、各エントリーについて利用可能なデータ項目を追加した(ただし新規項目については3/31時点では一部非公開)。エントリー数は2021年4月6日時点で14,883であり、2022年3月2日には15,540まで増えた。
PyDISHのデータの更新は現時点で手動で行なっているが、定期的な手動更新は手間を要するためデータベースプロジェクトの長期維持に際して弊害となりうる。これを解消するためヘムのデータの自動更新について検討し、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の提供するRESTサービスを利用した軽量な実装を考案した。実装自体は概ね完成しており、計画では最終年度に完成予定であったが次年度には自動更新を運用開始できる目処が立った。
量子化学計算によって各エントリーについてヘムの酸化還元電位や酸素吸着能とった物性値の計算を開始した。既存のエントリーに対して一通りデータが揃った時点でPyDISH上で公開する予定である。
- ID情報
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- 課題番号 : 21K14741
- 体系的課題番号 : JP21K14741