川原善浩 (Yoshihiro Kawahara) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構基盤技術研究本部高度分析研究センター

学位: 博士（理学）(2007年3月東京都立大学)

研究者番号: 30546370
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-9314-1632
J-GLOBAL ID: 201501011571969481
researchmap会員ID: B000248193

主にイネを対象とした農作物のオミックス解析や関連するデータベース開発を行っています。様々なイネ品種のゲノム配列やトランスクリプトームの比較解析からそれぞれの品種に特徴的な形質に関係する遺伝子を探したり、イネのゲノムアノテーションデータベース「RAP-DB」や遺伝子発現データベース「TENOR」の開発、運用に携わっています。それ以外にも、NGS解析やデータベース構築に関して、様々な研究者の方と共同研究を行っています。

研究キーワード

研究分野

経歴

2022年10月 - 現在

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 基盤技術研究本部高度分析研究センター, 上級研究員
2021年4月 - 2022年9月

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 基盤技術研究本部高度分析研究センター, 主任研究員
2016年4月 - 2021年3月

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 次世代作物開発研究センター, 主任研究員
2014年4月 - 2016年3月

独立行政法人農業生物資源研究所, 主任研究員
2009年4月 - 2014年3月

独立行政法人農業生物資源研究所, 任期付研究員
2008年4月 - 2009年3月

独立行政法人農業生物資源研究所, 特別研究員
2007年4月 - 2008年3月

独立行政法人産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, 特別研究員
2007年2月 - 2007年3月

The Pennsylvania State University, Institute of Molecular Evolutionary Genetics, Department of Biology

受賞

2021年

論文賞, 日本育種学会
2017年

論文賞, 日本育種学会

論文

Susceptibility of apple cultivars to watercore disorder is associated with expression of bidirectional sugar transporter gene MdSWEET12a

Miyuki Kunihisa, Mai F. Minamikawa, Ryoichi Yano, Yoshihiro Kawahara, Miho Tatsuki, Hiroyuki Kawahigashi, Shigeki Moriya, Junko Tazawa, Yoshimichi Hatsuyama, Tomoko Fukasawa-Akada …

Scientia Horticulturae 334 113297-113297 2024年8月
Chromosome-scale Genome Assembly and Characterization of Top-quality Japanese Green Tea Cultivar 'Seimei'.

Yoshihiro Kawahara, Junichi Tanaka, Kazuhiro Takayama, Toshiyuki Wako, Akiko Ogino, Shuya Yamashita, Fumiya Taniguchi

Plant & cell physiology 2024年5月27日
Haploid-resolved and chromosome-scale genome assembly in Citrus unshiu and its parental species, C. nobilis and C. kinokuni

Sachiko Isobe, Hiroyoshi Fujii, Kenta Shirasawa, Yoshihiro Kawahara, Tomoko Endo, Takehiko Shimada

2023年6月5日
スマート育種ツールの利用に関するワークショップ

杉本和彦, 米丸淳一, 坂井寛章, 川原善浩, 鐘ケ江弘美

育種学研究 advpub 2023年
Hybrid-derived weedy rice maintains adaptive combinations of alleles associated with seed dormancy.

Toshiyuki Imaizumi, Yoshihiro Kawahara, Gabriela Auge

Molecular ecology 31(24) 6556-6569 2022年12月
Artificial selection in the expansion of rice cultivation.

Kenji Fujino, Yoshihiro Kawahara, Kenta Shirasawa

TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik 135(1) 291-299 2022年1月
Genomic divergence during feralization reveals both conserved and distinct mechanisms of parallel weediness evolution.

Toshiyuki Imaizumi, Kaworu Ebana, Yoshihiro Kawahara, Chiaki Muto, Hiroyuki Kobayashi, Akira Koarai, Kenneth M Olsen

Communications biology 4(1) 952-952 2021年8月10日
Translation of continuous artificial selection on phenotype into genotype during rice breeding programs

Fujino Kenji, Kawahara Yoshihiro, Koyanagi Kanako O., Shirasawa Kenta

Breeding Science 2021年
Investigation of the Genetic Diversity of a Rice Core Collection of Japanese Landraces using Whole-Genome Sequencing

N Tanaka, M Shenton, Y Kawahara, M Kumagai, H Sakai, H Kanamori, J Yonemaru, S Fukuoka, K Sugimoto, M Ishimoto …

Plant and Cell Physiology 2020年12月10日
Erratum: TASUKE+: A web-based platform for exploring GWAS results and large-scale resequencing data (DNA Research (2019) 26:6 (445–452) DOI: 10.1093/dnares/dsz022)

Masahiko Kumagai, Daiki Nishikawa, Yoshihiro Kawahara, Hironobu Wakimoto, Ryutaro Itoh, Norio Tabei, Tsuyoshi Tanaka, Takeshi Itoh

DNA Research 27(1) 2020年5月25日
Comparative Analysis of Root Transcriptome Reveals Candidate Genes and Expression Divergence of Homoeologous Genes in Response to Water Stress in Wheat

Behnam Derakhshani, Habtamu Ayalew, Kohei Mishina, Tsuyoshi Tanaka, Yoshihiro Kawahara, Hossein Jafary, Youko Oono

Plants 9(5) 596-596 2020年5月7日査読有り
Combined QTL mapping and RNA-Seq profiling reveals candidate genes associated with cadmium tolerance in barley

Behnam Derakhshani, Hossein Jafary, Bahram Maleki Zanjani, Karim Hasanpur, Kohei Mishina, Tsuyoshi Tanaka, Yoshihiro Kawahara, Youko Oono

PLOS ONE 15(4) e0230820-e0230820 2020年4月16日査読有り
Mikan genome database (MiGD): integrated database of genome annotation, genomic diversity, and CAPS marker information for mandarin molecular breeding

川原善浩, 遠藤朋子, 大村三男, 寺本由美子, 伊藤剛, 藤井浩, 島田武彦

Breeding Science 70(2) 200-211 2020年4月査読有り筆頭著者
Whole-genome sequencing of the NARO World Rice Core Collection (WRC) as the basis for diversity and association studies

N Tanaka, M Shenton, Y Kawahara, M Kumagai, H Sakai, H Kanamori, J Yonemaru, S Fukuoka, K Sugimoto, M Ishimoto …

Plant and Cell Physiology doi.org/10.1093/pcp/pcaa019 2020年2月査読有り
TASUKE+: a web-based platform for exploring GWAS results and large-scale resequencing data.

Kumagai M, Nishikawa D, Kawahara Y, Wakimoto H, Itoh R, Tabei N, Tanaka T, Itoh T

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 2019年9月査読有り
Databases for rice omics studies

Takeshi Itoh, Yoshihiro Kawahara, Tsuyoshi Tanaka

Rice Genomics, Genetics and Breeding 541-554 2018年3月15日査読有り
Gene expression of rice seeds surviving 13- and 20-month exposure to space environment

Manabu Sugimoto, Youko Oono, Yoshihiro Kawahara, Oleg Gusev, Masahiko Maekawa, Takashi Matsumoto, Margarita Levinskikh, Vladimir Sychev, Natalia Novikova, Anatoly Grigoriev

Life Sciences in Space Research 11 10-17 2016年11月1日査読有り
Magnaporthe oryzae Glycine-Rich Secretion Protein, Rbf1 Critically Participates in Pathogenicity through the Focal Formation of the Biotrophic Interfacial Complex

Takeshi Nishimura, Susumu Mochizuki, Naoko Ishii-Minami, Yukiko Fujisawa, Yoshihiro Kawahara, Yuri Yoshida, Kazunori Okada, Sugihiro Ando, Hideo Matsumura, Ryohei Terauchi …

PLOS PATHOGENS 12(10) e1005921 2016年10月査読有り
Genomic dissection of a 'Fuji' apple cultivar: re-sequencing, SNP marker development, definition of haplotypes, and QTL detection

Miyuki Kunihisa, Shigeki Moriya, Kazuyuki Abe, Kazuma Okada, Takashi Haji, Takeshi Hayashi, Yoshihiro Kawahara, Ryutaro Itoh, Takeshi Itoh, Yuichi Katayose …

BREEDING SCIENCE 66(4) 499-515 2016年9月査読有り
TENOR: Database for Comprehensive mRNA-Seq Experiments in Rice

Yoshihiro Kawahara, Youko Oono, Hironobu Wakimoto, Jun Ogata, Hiroyuki Kanamori, Harumi Sasaki, Satomi Mori, Takashi Matsumoto, Takeshi Itoh

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 57(1) e7 2016年1月査読有り

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MISC

スマート育種を実現する3種の育種情報ツール "Pedigree Finder", "BRIMASS"および"有用遺伝子カタログとアリルグラフ"—Breeding information tools for "Smart Breeding" : "Pedigree Finder", "BRIMASS" and "Allele graph with catalog of useful genes in agriculture"—特集スマート育種の展開 : 現状と将来展望

米丸淳一, 坂井寛章, 鐘ヶ江弘美, 川原善浩

JATAFFジャーナル = JATAFF journal : 農林水産技術 10(12) 12-16 2022年12月
「イネコアコレクションを材料にした有用遺伝子の探索」

田中伸裕, MATTHEW Shenton, 川原善浩, 神谷岳洋, 藤原徹, 江花薫子

育種学研究 24 2022年
北海道米ブランド遺伝子のルーツを追う

藤野賢治, 藤野賢治, 川原善浩, 白澤健太

飯島藤十郎記念食品科学振興財団年報 36 2021年
ゲノムの多様性解析から見るイネ育種戦略の歴史

白澤健太, 川原善浩, 小柳香奈子, 藤野賢治

育種学研究 22 2020年
高温登熟耐性の異なる3品種の遺伝子発現プロファイリング

佐藤豊, 川原善浩, 竹久妃奈子

育種学研究 21 2019年
宿主核に移行するいもち病菌エフェクターの解析

横谷尚起, 南尚子, 西村岳志, 川原善浩, 光原一朗, 西澤洋子, 南栄一

日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2016 52 2016年3月3日
情報解析ツールの開発,整備 1 超高速配列決定時代に対応した情報リソース開発(GIR1001)

伊藤剛, 田中剛, 沼寿隆, 坂井寛章, 川原善浩

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (515) 80-87 2014年3月31日
遺伝子発現情報のプロファイリング 1 イネのトランスクリプトーム解析(RTR0001)

伊藤剛, 松本隆, 大野陽子, 水野浩志, 沼寿隆, 坂井寛章, 川原善浩

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (515) 49-57 2014年3月31日
リン酸欠乏条件下におけるコムギトランスクリプトーム解析

大野陽子, 小林史典, 川原善浩, 谷澤隆之, 金森裕之, 佐々木晴美, 森聡美, WU J., 伊藤剛, 松本隆 …

育種学研究 16 2014年
イネ科植物のデータベース:レファレンスから品種間比較へ

伊藤剛, 熊谷真彦, 金重石, 伊藤龍太郎, 川原善浩, 坂井寛章, 李城信, 沼寿隆, 田中剛, 松本隆

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 31st 58 2013年8月20日
A reference rice genome sequence in the 10K Genome Era

Takeshi Itoh, Baltazar A. Antonio, Yoshihiro Kawahara, Tsuyoshi Tanaka, Hiroaki Sakai, Takashi Matsumoto, Takuji Sasaki

Genetics and Genomics of Rice 5 1-7 2013年1月1日
ソルガムの紫斑点病感染で発現誘導される遺伝子群の解析

川東広幸, 水野浩志, 川原善浩, 金森裕之, 南博, 森聡美, 佐々木晴美, 伊藤剛, 松本隆

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 30th 92 2012年8月3日
イネの新たな高精度版ゲノムとRAP‐DB

伊藤剛, 坂井寛章, 沼寿隆, 川原善浩, 田中剛, 松本隆, 佐々木卓治

日本植物生理学会年会要旨集 53rd 108 2012年3月9日
ゲノムワイドな系統解析によるイネ栽培史における遺伝子移入パターンの解明

熊谷真彦, 川原善浩, 呉健忠, 伊藤剛

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 14th 2012年
Independent domestication of Asian rice cultivars followed by multiple hybridization events

Yang Ching-chia, Yoshihiro Kawahara, Hiroshi Mizuno, Wu Jianzhong, Takashi Matsumoto, Takeshi Itoh

GENES & GENETIC SYSTEMS 86(6) 439-439 2011年12月
Comprehensive expression analysis of the rice retrogenes

Hiroaki Sakai, Hiroshi Mizuno, Yoshihiro Kawahara, Hironobu Wakimoto, Hiroshi Ikawa, Hiroyuki Kawahigashi, Hiroyuki Kanamori, Takashi Matsumoto, Takeshi Itoh, Brandon S. Gaut

GENES & GENETIC SYSTEMS 86(6) 385-385 2011年12月
ソルガムのアノテーション情報がない領域から紫斑点病感染で発現誘導される遺伝子の同定

水野浩志, 川東広幸, 川原善浩, 金森裕之, 南博, 森聡美, 佐々木晴美, 伊藤剛, 松本隆

育種学研究 13 31 2011年9月23日
イネレトロ遺伝子の網羅的発現解析

坂井寛章, 水野浩志, 川原善浩, 脇本泰暢, 伊川浩司, 川東広幸, 金森裕之, 松本隆, 伊藤剛, ガウトブランドン

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 83rd 61 2011年8月31日
Evola:全ヒト遺伝子の分子進化データベース~全転写産物解析による包括的オルソログ解析~

坂手龍一, 松矢明宏, 佐藤慶治, 川原善浩, 山崎千里, 伊藤剛, 五條堀孝, 今西規

生化学 4P-1011 2008年
Evola:系統樹解析にもとづくH‐InvDBヒト遺伝子のオルソログデータベース

松矢明宏, 松矢明宏, 坂手龍一, 坂手龍一, 川原善浩, 川原善浩, 佐藤慶治, 佐藤慶治, 藤井康之, 藤井康之 …

生化学 1P-1063 2007年

書籍等出版物

Rice Genomics, Genetics and Breeding - Databases for Rice Omics Studies

Takeshi Itoh, Yoshihiro Kawahara, Tsuyoshi Tanaka (担当:共著)

Springer, Singapore 2018年2月 (ISBN: 9789811074608)
次世代シークエンサーＤＲＹ解析教本細胞工学別冊

清水厚志, 坊農秀雅 (担当:分担執筆)

学研メディカル秀潤社 2015年10月

講演・口頭発表等

イネ有用遺伝子カタログとアリルグラフ

川原善浩

日本育種学会第142回講演会 2022年9月23日
イネ有用遺伝子情報のカタログ構築とその活用について

川原善浩

第39回日本植物バイオテクノロジー学会（堺）大会 2022年9月12日招待有り
イネ品種間〜種間多様性情報の整備と他作物への展開

川原善浩, 熊谷真彦

生物多様性のDNA情報学 2022年4月28日招待有り
RAP-DB における文献情報にもとづいた遺伝子アノテーション、ゲノム多様性、トランスクリプトーム情報のキュレーション

川原善浩

第63回日本植物生理学会データベース講習会 2022年3月24日招待有り
カンキツのゲノム情報と CAPS マーカー情報をつなぐデータベース: Mikan Genome Database (MiGD)

川原善浩

果樹茶業研究会果樹バイテク研究会 2019年10月9日招待有り
イネのリファレンスゲノムと様々な品種の多様性情報のいまとこれから

川原善浩

第2回植物インフォマティクス研究会 2019年9月2日招待有り
PacBio SMRTシークエンスによるイネゲノムと遺伝子アノテーションのさらなる高度化

川原善浩

日本育種学会第134回講演会 2018年9月22日招待有り
MinIONを使っていろいろなイネ品種のリファレンスゲノムは作れるか？

川原善浩

オックスフォード・ナノポア現場の会 2018年8月20日招待有り

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ウンシュウミカン品種群成立におけるゲノム構造変異の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

遠藤朋子, 藤井浩, 島田武彦, 白澤健太, 川原善浩
アレル系譜とマルチオミクスデータに基づいたカンキツの新規成分育種法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

島田武彦, 川原善浩, 遠藤朋子, 白澤健太
アレル系譜とマルチオミクスデータに基づいたカンキツの新規成分育種法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

島田武彦, 川原善浩, 遠藤朋子, 白澤健太
遺伝子近傍保存モジュールによる発現抑制機構の解明と分子育種への利用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2022年4月 - 2025年3月

吉田均, 黒羽剛, 川原善浩, 牧野能士
イネ縞葉枯病抵抗性遺伝子Stvbを強化する因子の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2016年4月 - 2021年3月

早野由里子, 川原善浩, 前田英郎
イネ種子における遺伝子発現制御ネットワークの網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

川勝泰二, 川原善浩
時系列Dual RNA-Seq法によるイネといもち病菌の感染時相互作用の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2013年4月 - 2015年3月

川原善浩

川原善浩