村上洋一 (Yoichi Murakami) - マイポータル

基本情報

所属: 東京情報大学総合情報学部教授

学位: 博士（理学）(大阪大学)

J-GLOBAL ID: 201801017244158780
researchmap会員ID: B000335003

外部リンク: http://www.murakamilab.tuis.ac.jp

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年4月 - 現在

東京情報大学総合情報学部, 教授
2019年4月 - 現在

東京情報大学, 総合情報学部総合情報学科, 准教授
2017年4月 - 2019年3月

東京情報大学, 総合情報学部総合情報学科, 助教
2015年4月 - 2017年3月

国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, バイオインフォマティクスプロジェクト, プロジェクト研究員
2012年4月 - 2015年3月

東北大学, 情報科学研究科, 博士研究員
2009年4月 - 2012年3月

医薬基盤研究所, バイオインフォマティクスプロジェクト, 特任研究員
2006年7月 - 2009年3月

大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員

学歴

2012年3月

博士（理学）大阪大学
2006年4月 - 2009年3月

大阪大学大学院, 生命機能研究科生命機能専攻
2004年10月 - 2006年2月

University of Sussex, School of Life Sciences, MSc. Bioinformatics

論文

アイラインを施した顔の印象変化に関する分析

山井彩花, 村上洋一, 小早川睦貴

東京情報大学研究論集 28(1/2) 2025年
喫煙画像刺激時の喫煙者の脳波に有意に変化する周波数成分と喫煙経験との関係性に関する研究

有澤文太, 村上洋一, 小早川睦貴, 布広永示

東京情報大学研究論集 27(1/2) 2024年
Network-Based Analysis for Biological Knowledge Discovery

Lokesh P. Tripathi, Rodolfo S. Allendes Osorio, Yoichi Murakami, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi

Reference Module in Life Sciences 2024年
Recent developments of sequence-based prediction of protein–protein interactions

Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi

Biophysical Reviews 14(6) 1393-1411 2022年12月24日査読有り筆頭著者責任著者
多様な施設で行う小児看護学実習の学びの特徴

水野芳子, 西村あをい, 村上洋一, 前田はる香, 山浦那津子

東京情報大学研究論集 25(2) 45-54 2022年3月査読有り
Update of the GRIP web service

Akira Saito, Daiki Tsuchiya, Seiji Sato, Atsushi Okamoto, Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi, Hiroyuki Toh, Wataru Nemoto

Journal of Receptors and Signal Transduction 40(4) 348-356 2020年7月3日査読有り
不正アクセスの痕跡情報を用いたタイムライン型イベントログ可視化機能の開発

中野心太, 早稲田篤志, 村上洋一, 岸本頼紀, 花田真樹, 関口竜也, 折田彰, 布広永示

東京情報大学研究論集 24(1) 1-10 2020年査読有り
Study of Characterization of Promiscuous Binding Sites in Protein-Small Molecule Complexes

Yoichi Murakami

Proceedings of the 2019 6th International Conference on Bioinformatics Research and Applications 2019年12月19日査読有り筆頭著者責任著者
Network-Based Analysis for Biological Discovery

Lokesh P.Tripathi, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi, Yoichi Murakami

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology 3 283-291 2019年査読有り
PSOPIA: Toward more reliable protein-protein interaction prediction from sequence information

Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi

ICIIBMS 2017 - 2nd International Conference on Intelligent Informatics and Biomedical Sciences 2018- 255-261 2018年2月2日筆頭著者責任著者
Integrating sequence and gene expression information predicts genome-wide DNA-binding proteins and suggests a cooperative mechanism

Shandar Ahmad, Philip Prathipati, Lokesh P. Tripathi, Yi-An Chen, Ajay Arya, Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi

Nucleic Acids Research 46(1) 54-70 2018年査読有り
Network analysis and in silico prediction of protein-protein interactions with applications in drug discovery

Yoichi Murakami, Lokesh P. Tripathi, Philip Prathipati, Kenji Mizuguchi

CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 44 134-142 2017年6月査読有り
NLDB: a database for 3D protein–ligand interactions in enzymatic reactions

Yoichi Murakami, Satoshi Omori, Kengo Kinoshita

Journal of Structural and Functional Genomics 17(4) 101-110 2016年12月1日査読有り
Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 3 (BIG3) is predicted to interact with its partner through an ARM-type -helical structure

Yi-An Chen, Yoichi Murakami, Shandar Ahmad, Tetsuro Yoshimaru, Toyomasa Katagiri, Kenji Mizuguchi

BMC Research Notes 7(1) 2014年7月6日
Homology-based prediction of interactions between proteins using Averaged One-Dependence Estimators

Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi

BMC BIOINFORMATICS 15 213 2014年6月査読有り
Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI

Marc F. Lensink, Iain H. Moal, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, Adrien S. J. Melquiond, Ezgi Karaca, Christophe Schmitz, Marc van Dijk, Alexandre M. J. J. Bonvin, Miriam Eisenstein …

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 82(4) 620-632 2014年4月査読有り
3P030 ソーシャブルなリガンド結合部位の構造的また物理化学的特徴に関する研究(01B. 蛋白質:構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Murakami Yoichi, Kinoshita Kengo

生物物理 54(1) S253 2014年
Exhaustive comparison and classification of ligand-binding surfaces in proteins

Yoichi Murakami, Kengo Kinoshita, Akira R. Kinjo, Haruki Nakamura

PROTEIN SCIENCE 22(10) 1379-1391 2013年10月査読有り
Targeting BIG3-PHB2 interaction to overcome tamoxifen resistance in breast cancer cells.

Tetsuro Yoshimaru, Masato Komatsu, Taisuke Matsuo, Yi-An Chen, Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi, Eiichi Mizohata, Tsuyoshi Inoue, Miki Akiyama, Rui Yamaguchi …

Nature communications 4 2443-2443 2013年査読有り
Applying the Naïve Bayes classifier with kernel density estimation to the prediction of protein-protein interaction sites.

Murakami Y, Mizuguchi K

Bioinformatics (Oxford, England) 26(15) 1841-1848 2010年8月査読有り

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MISC

Study on Prediction Models of Protein-Protein Interactions in Hetero Protein Complexes using ESM-C (poster presentation)

Ri, K., Awano, K., Tanaka, K., Murakami, Y.

Informatics In Biology, Medicine and Pharmacology (IIBMP) 2025年責任著者
Structural comparison of protein-protein interaction sites on the AlphaFold2 model structures and the natural structures (poster presentation)

Ri, K., Tanaka, K., Murakami, Y.

The 47th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan. 2024 2024年責任著者
ヒト蛋白質-蛋白質相互作用のより信頼できる予測に向けたdoc2vecに基づく機械学習法の応用【JST機械翻訳】

UETA Satsuki, MURAKAMI Yoichi

CBI学会大会(CD-ROM) 2023 2023年
タンパク質の分散表現とその配列・構造的特徴の関係性に関する解析

上田さつき, 村上洋一

情報処理学会研究報告(Web) 2023(MPS-142) 2023年
Jupyter を使用したリアルタイム学習進捗監視システムの実装 - プログラミングを効率的に教えるための新しいツール -

林子易, 鈴木優介, 井関文一, 村上洋一

電子情報通信学会技術研究報告 (Web) 122(191) 42-47 2022年9月最終著者責任著者
JupyterLab 上での実行ログのリアルタイム取得と学習状況の可視化

鈴木優介, 林子易, 井関文一, 村上洋一

電子情報通信学会技術研究報告 (Web) 121(406) 54-58 2022年2月最終著者責任著者
Relationship between the distributed representations of protein sequences and their structures (poster presentation)

Ueta S., Tomita, M., Park, J., Murakami, Y.

Informatics In Biology, Medicine and Pharmacology (IIBMP) 2022 2022年責任著者
【情報システム】インタラクトームレベルのデータセットを用いたタンパク質間相互作用予測とその応用

村上洋一, 水口賢司

東京情報大学研究論集 22(1) 63-74 2018年10月筆頭著者責任著者
計算科学によるタンパク質間相互作用予測と創薬応用

村上洋一

新・実学ジャーナル (1+2月号) 1-2 2018年1月招待有り
Prediction of Protein-Protein Complex Structures Using a Docking Server, surFit

Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Shide Liang, Daron Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura

PROTEIN SCIENCE 21 178-178 2012年8月
Prediction of protein-protein complex structures

Eiji Kanamori, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Shide Uang, Daron M. Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Yuko Tsucillya, Junicill Higo, Haruki Nakamura

Biomolecular Forms and Functions: A Celebration of 50 Years of the Ramachandran Map 160-172 2012年1月1日

書籍等出版物

ケモインフォマティクスにおけるデータ収集の最適化と解析手法

(担当:分担執筆, 範囲:第8章・5節創薬研究に有用なデータベースとその活用のポイント)

技術情報協会 2023年4月 (ISBN: 9784861049446)
情報のちから―情報×看護で情報社会・少子超高齢社会の課題に挑む (シリーズ実学の森)

情報のちから, 編集委員会 (担当:分担執筆, 範囲:第1章・3 もう病気は怖くない時代がやってくる!? ~IT創薬のみらい~)

東京農業大学出版会 2018年6月 (ISBN: 4886944833)
in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

(担当:分担執筆, 範囲:第1章・1節 In silicoを用いたタンパク質間相互作用(PPI)の網羅的解析と創薬応用)

技術情報協会 2018年1月 (ISBN: 9784861046889)

担当経験のある科目(授業)

2025年4月 - 現在

生命情報学演習
2024年9月 - 現在

生命情報学
2023年9月 - 現在

分子生物情報学
2021年9月 - 現在

情報数理特論
2021年4月 - 現在

バイオインフォマティクス特論

所属学協会

2019年7月 - 現在

情報処理学会
2015年5月 - 現在

CBI(シービーアイ）学会
2006年12月 - 現在

日本バイオインフォマティクス学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

天然変性タンパク質を標的とした創薬支援のための配列ベース機能予測技術開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2026年4月 - 2029年3月

村上洋一
遠隔看護による「患者と共にある医療」を目指すセルフモニタリングシステムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

川口孝泰, 今井哲郎, 日向野香織, 大石朋子, 木村穣, 伊藤嘉章, 葛西好美, 高橋道明, 浅野美礼, 村上洋一, 豊増佳子
深層学習による特定のタンパク質間の結合部位予測と標的部位の絞り込みシステムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

村上洋一
看護臨床判断を支援するAI活用に向けた新技術の創生

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2023年3月

伊藤嘉章, 村上洋一, 川口孝泰, 大石朋子, 豊増佳子, 葛西好美, 今井哲郎
在宅医療を支える看護判断を導くAI構築と拡張知能(EI)の活用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

葛西好美, 川口孝泰, 村上洋一, 大石朋子, 伊藤嘉章, 今井哲郎, 豊増佳子
配列情報に基づく蛋白質相互作用予測の高度化と創薬標的探索のための支援システム開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

村上洋一
データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

水口賢司, 村上洋一

産業財産権

PCT/JP2017/041683 エピトープ均質化抗体パネル、ならびにその作製方法および利用

近藤裕郷, 鎌田春彦, 永田諭志, 水口賢司, 村上洋一, 津本浩平, 秋葉宏樹

村上洋一

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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