岡嵜友輔 (Yusuke Okazaki) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学化学研究所助教 (創発PI)

学位: 博士(理学)(2018年3月京都大学)

研究者番号: 40823745
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0001-8770-2774
J-GLOBAL ID: 201801012716341050
researchmap会員ID: B000289931

外部リンク: https://yusukeokazaki.weebly.com/

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

京都大学, 創発PI
2020年12月 - 現在

京都大学, 化学研究所, 助教
2018年4月 - 2020年11月

日本学術振興会特別研究員（PD)
2015年4月 - 2018年3月

日本学術振興会特別研究員（DC1)
2012年4月 - 2015年3月

三菱総合研究所研究員

学歴

委員歴

2022年2月 - 2025年12月

日本陸水学会, 企画委員
2023年1月 - 2024年12月

日本陸水学会, 将来計画ワーキンググループ

受賞

2022年9月

第24回吉村賞, 日本陸水学会
2018年3月

第8回育志賞, 日本学術振興会

論文

DiGAlign: Versatile and Interactive Visualization of Sequence Alignment for Comparative Genomics

Yosuke Nishimura, Kohei Yamada, Yusuke Okazaki, Hiroyuki Ogata

39(1) ME23061 2024年3月査読有り
技術が拓く湖沼微生物生態学の最前線

岡崎友輔

陸水学雑誌 85(1) 1-24 2024年2月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Metagenomic analysis of ecological niche overlap and community collapse in microbiome dynamics

Hiroaki Fujita, Masayuki Ushio, Kenta Suzuki, Masato S. Abe, Masato Yamamichi, Yusuke Okazaki, Alberto Canarini, Ibuki Hayashi, Keitaro Fukushima, Shinji Fukuda …

Frontiers in Microbiology 14 2023年11月15日査読有り
A rapid genome-wide analysis of isolated giant viruses using MinION sequencing.

Hiroyuki Hikida, Yusuke Okazaki, Ruixuan Zhang, Thi Tuyen Nguyen, Hiroyuki Ogata

Environmental microbiology 2023年8月5日査読有り
Facilitative interaction networks in experimental microbial community dynamics

Hiroaki Fujita, Masayuki Ushio, Kenta Suzuki, Masato S. Abe, Masato Yamamichi, Yusuke Okazaki, Alberto Canarini, Ibuki Hayashi, Keitaro Fukushima, Shinji Fukuda …

Frontiers in Microbiology 14 2023年4月11日査読有り
Characterization of a bloom-associated alphaproteobacterial lineage, ‘Candidatus Phycosocius’: insights into freshwater algal-bacterial interactions

Yuuhiko Tanabe, Haruyo Yamaguchi, Masaki Yoshida, Atsushi Kai, Yusuke Okazaki

ISME Communications 3(1) 2023年3月11日査読有り
A 1.5-Mb continuous endogenous viral region in the arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis

Hongda Zhao, Ruixuan Zhang, Junyi Wu, Lingjie Meng, Yusuke Okazaki, Hiroyuki Hikida, Hiroyuki Ogata

Virus Evolution 9(2) 2023年査読有り
A Fast and Easy Method to Co-extract DNA and RNA from an Environmental Microbial Sample

Yusuke Okazaki, Tuyen Thi Nguyen, Arisa Nishihara, Hisashi Endo, Hiroyuki Ogata, Shin-ichi Nakano, Hideyuki Tamaki

Microbes and Environments 38(1) n/a-n/a 2023年査読有り筆頭著者責任著者
Long-Read-Resolved, Ecosystem-Wide Exploration of Nucleotide and Structural Microdiversity of Lake Bacterioplankton Genomes

Yusuke Okazaki, Shin-ichi Nakano, Atsushi Toyoda, Hideyuki Tamaki

mSystems 7(4) e0043322 2022年8月8日査読有り筆頭著者責任著者
Ecogenomics sheds light on diverse lifestyle strategies in freshwater CPR.

Maria-Cecilia Chiriac, Paul-Adrian Bulzu, Adrian-Stefan Andrei, Yusuke Okazaki, Shin-Ichi Nakano, Markus Haber, Vinicius Silva Kavagutti, Paul Layoun, Rohit Ghai, Michaela M Salcher

Microbiome 10(1) 84-84 2022年6月4日査読有り
Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing

Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Hideyuki Tamaki, Shin-ichi Nakano

Microbiome 9(1) 24-24 2021年1月査読有り筆頭著者責任著者
Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria

Koji Yahara, Masato Suzuki, Aki Hirabayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Yutaka Suzuki, Yusuke Okazaki

Nature Communications 12(1) 27-27 2021年1月査読有り最終著者
Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteria

Ryosuke Nakadai, Yusuke Okazaki, Shunsuke Matsuoka

Environmental DNA 2(4) 535-543 2020年10月査読有り
Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake

Yusuke Okazaki, Yosuke Nishimura, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata, Shin‐ichi Nakano

Environmental Microbiology 21(12) 4740-4754 2019年12月査読有り筆頭著者責任著者
Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community.

Satoshi Hiraoka, Yusuke Okazaki, Mizue Anda, Atsushi Toyoda, Shin-Ichi Nakano, Wataru Iwasaki

Nature communications 10(1) 159-159 2019年1月11日査読有り
Widespread Dominance of Kinetoplastids and Unexpected Presence of Diplonemids in Deep Freshwater Lakes.

Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano SI

Frontiers in microbiology 10 2375 2019年査読有り
The Broad Habitat Spectrum of the CL500-11 Lineage (Phylum Chloroflexi), a Dominant Bacterioplankton in Oxygenated Hypolimnia of Deep Freshwater Lakes

Yusuke Okazaki, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Shin-ichi Nakano

Frontiers in Microbiology 9 2018年11月27日査読有り筆頭著者責任著者
Hidden in plain sight-highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi.

Mehrshad M, Salcher MM, Okazaki Y, Nakano SI, Šimek K, Andrei AS, Ghai R

Microbiome 6(1) 176 2018年10月査読有り
Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and Russia

Akihito Mochizuki, Takahiro Murata, Ko Hosoda, Toshiya Katano, Yuji Tanaka, Tetsuro Mimura, Osamu Mitamura, Shin ichi Nakano, Yusuke Okazaki, Yuko Sugiyama …

Journal of Geochemical Exploration 188 123-136 2018年5月査読有り
Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes

Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Shin-ichi Nakano

ISME JOURNAL 11(10) 2279-2293 2017年10月査読有り筆頭著者責任著者

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MISC

大水深淡水湖のユニークな微生物生態系

岡崎友輔

海洋化学研究 35(1) 39-42 2022年4月筆頭著者
湖沼の微生物生態系が教えてくれること

岡﨑友輔

日本微生物生態学会誌 36(2) 80-82 2021年
一杯の湖水に秘められた難題

岡崎友輔

生物工学会誌 98(11) 619 2020年11月筆頭著者
ネオウイルス学に出会うまで

岡崎友輔

ネオウイルス学ニュースレター 6 3-5 2019年11月筆頭著者
琵琶湖堆積物からの過去100年のウイルス叢復元の試み

本庄三恵, 槻木玲美, 加三千宣, 岡崎友輔, 木村成子, 吉田天士, 左子芳彦, 工藤洋

日本生態学会大会講演要旨(Web) 66th 2019年
メタゲノム解析でひも解く淡水湖のファージの多様性と生態

岡崎友輔, 西村陽介, 吉田天士, 緒方博之, 中野伸一

日本微生物生態学会大会(Web) 33rd 2019年
育志賞の受賞にあたって

岡崎友輔

陸水学雑誌 = Japanese journal of limnology 79(2) 127-129 2018年5月
琵琶湖沖に生息する細菌・ウイルスのメタゲノム解析

岡崎友輔

京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステム研究成果報告書 2017 56-56 2017年
P-19 琵琶湖表層における生物生産が深水層の細菌群集に与える影響(A.水圏生態系,ポスター発表)

岡崎友輔, 中野伸一

日本微生物生態学会講演要旨集 (26) 104-104 2010年

講演・口頭発表等

High-resolution microbial eco-genomics in deep freshwater lakes

Yusuke Okazaki

13th Asian Symposium on Microbial Ecology 2023年11月30日招待有り
Single-cell genomics uncovers microbial genomic microdiversity and virus-host interactions that had eluded high-resolution metagenomics

Okazaki Y, Nishikawa Y, Wagatsuma R, Takeyama H, Nakano S

The Local Pangenome workshop 2023年10月
Single cell genomics uncovered uncultured virus-host links in a deep freshwater lake

Okazaki Y, Nishikawa Y, Wagatsuma R, Takeyama H, Nakano S

Symposium of Aquatic Microbial Ecology (SAME17) 2023年8月
“湖の微生物生態系”を対象としたゲノム・多型・遺伝子発現の網羅的比較解析

岡崎友輔, 中野伸一, 豊田敦, 玉木秀幸

日本微生物生態学会第35回大会 2022年11月1日
湖沼深⽔層の細菌の⽣態学

岡崎友輔, 中野伸一

日本陸水学会第86回大会 2022年9月
Long-read-resolved, ecosystem-wide exploration of nucleotide and structural microdiversity of lake bacterioplankton genomes

Yusuke Okazaki, Shin-ichi Nakano, Atsushi Toyoda, Hideyuki Tamaki

18th International Symposium on Microbial Ecology 2022年8月
Long- and short-read-resolved microdiversity of lake bacterioplankton genomes

岡崎友輔

METAGENOMICS FORUM 2022年4月招待有り
ロングリード解析で拓くメタゲノムビニングの限界と環境細菌ゲノムの微小多様性

岡崎友輔, 中野伸一, 豊田敦, 玉木秀幸

微生物生態学会第34回大会 2021年10月
ロングリードメタゲノム解析で拓く環境微生物の多様性

岡崎友輔

大隅基礎科学創成財団微生物コンソーシアム 2021年10月招待有り
湖内および湖間の細菌のゲノム多様性の解明

岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一

日本陸水学会第85回大会 2021年9月
Ecogenomics of bacteria and viruses in the water column of Lake Biwa

Yusuke Okazaki

35th Congress of the International Society of Limnology 2021年8月
大水深淡水湖のユニークな微生物生態系

岡崎友輔

京都化学者クラブ第374 回例会 2021年8月招待有り
ロングリードアンプリコンシーケンスで紐解く湖沼細菌の系統内多様性

岡崎友輔

2021 PacBio Japan Virtual User Group Meeting 2021年5月招待有り

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

湖間比較で拓く高解像度な生態系多様性研究基盤

国立研究開発法人科学技術振興機構創発的研究支援事業 2023年4月 - 2030年3月

岡崎友輔
ウイルスによる赤潮崩壊現象を裏打ちする分子生態学的メカニズムに関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2022年4月 - 2027年3月

長崎慶三, 前田広道, 花崎和弘, 岡崎友輔, 高橋迪子, 緒方博之, 吉田天士, 和田啓, 遠藤寿
湖沼の深水層に卓越する未知の有機物循環系の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2022年4月 - 2026年3月

中野伸一, 岡崎友輔, 山口保彦, 早川和秀, 布施泰朗
無光層―太陽光の届かない水圏―に棲息する巨大ウイルスの生態

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2022年4月 - 2026年3月

緒方博之, 遠藤寿, 岡崎友輔, 吉田天士
溶存有機物の長期残存性を規定する分子複雑性とその規定要因の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

木田森丸, 岡崎友輔, 山口保彦
未培養ウイルスの宿主は誰か？：環境中のウイルスと細菌のゲノムをつなぐ

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2022年4月 - 2025年3月

岡崎友輔
環境微生物・ウイルスのドライな謎にウェットに迫る

京都大学創立 125 周年記念ファンド【くすのき・125】 2021年9月 - 2025年3月

岡崎友輔
Advancing technologies for understanding resilience and adaptation of aquatic microbiomes to global warming

ETH Leading House Asia Research Partnership Grants 2024年2月 - 2024年12月

Stefan Andrei, Yusuke Okazaki
微生物窒素ポンプ：貧栄養水域への未知の栄養塩供給経路を実証する

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

山口保彦, 木庭啓介, 岡崎友輔, 中野伸一, 布施泰朗, 早川和秀
Pushing the technical boundaries of environmental microbiology by connecting the two “pilot lakes”

京都大学－チューリヒ大学戦略的パートナーシップ ECR Program 2023年6月 - 2024年3月

Yusuke Okazaki
先端的環境ゲノム解析で迫る原核生物の種内ゲノム多様化の謎

京都大学教育研究振興財団令和3年度研究活動推進助成 2021年7月 - 2022年3月

岡崎友輔
環境ゲノム情報から紐解く大水深淡水湖の「細菌－ウイルス－真核微生物」生態系

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2018年4月 - 2021年3月

岡崎友輔
湖沼深水層に特有の微生物ループの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2019年3月

中野伸一, 程木義邦, 岡崎友輔
琵琶湖深水層で優占する細菌系統ＣＬ５００－１１の生態解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2015年4月 - 2018年3月

岡嵜友輔

メディア報道

Exposing the Bacterial Enigma of the Lake - Microbial Ecologist Yusuke OKAZAKI

NHK World Science View 2023年7月テレビ・ラジオ番組

岡嵜友輔

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