米谷佳晃 (Yoshiteru Yonetani) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構関西光量子科学研究所主幹研究員
: (兼任)量子生命科学研究所

学位: 博士（工学）

連絡先: yonetani.yoshiteruqst.go.jp
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-2488-8986
J-GLOBAL ID: 201601012352173578
researchmap会員ID: B000253983

外部リンク: https://kaken.nii.ac.jp/d/r/80399419.ja.html

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研究分野

経歴

2016年4月 - 現在

量子科学技術研究開発機構
2004年1月 - 2016年3月

日本原子力研究開発機構
2007年 - 2008年

日本学術振興会特別研究員PD
2002年10月 - 2003年12月

奈良女子大学理学部化学科（JST研究員）

学歴

2000年4月 - 2002年9月

慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻博士課程
1998年4月 - 2000年3月

慶應義塾大学大学院理工学研究科計測工学専攻修士課程
1994年4月 - 1998年3月

慶應義塾大学理工学部計測工学科

委員歴

2022年2月 - 2022年5月

量子生命科学会第4回大会プログラム委員
2012年10月 - 2016年9月

分子シミュレーション研究会会誌編集委員

論文

Strange layer structure of dipolar spins formed on the spin-ice lattice

Y. Yonetani

Chemical Physics Letters 817 140406 2023年
Exciton quantum dynamics in the molecular logic gates for quantum computing

Y. Yonetani

Chemical Physics 570 111860 2023年
Sequence-dependent hydration water dynamics of dodecameric DNA

H. Nakagawa, Y. Yonetani, K. Nakajima, S. Ohira-Kawamura, T. Kikuchi, Y. Inamura, M. Kataoka, H. Kono

JPS Conference Proceedings (J-PARC2019) 33 011101 2021年
Dielectric continuum model examination of real-space electrostatic treatments

Y. Yonetani

Journal of Chemical Physics 154 044103 2021年
Understanding water-mediated DNA damage production by molecular dynamics calculation of solvent accessibility

Y. Yonetani, H. Nakagawa

Chemical Physics Letters 749 137441 2020年
On the ion‐pair dissociation mechanisms in the small NaCl·(H2O)6 cluster: A perspective from reaction path search calculations

T. Takayanagi, T. Nakatomi, Y. Yonetani

Journal of Computational Chemistry 39 1835 2018年
Water access and ligand dissociation at the binding site of proteins

Y. Yonetani

Journal of Chemical Physics 149 175102 2018年
Solvent-coordinate free-energy landscape view of water-mediated ion-pair dissociation

Y. Yonetani

Molecular Physics 115 2987 2017年
Distinct dissociation kinetics between ion pairs: Solvent-coordinate free-energy landscape analysis

Y. Yonetani

Journal of Chemical Physics 143 044506 2015年
Local dynamics coupled to hydration water determines DNA-sequence-dependent deformability

H. Nakagawa, Y. Yonetani, K. Nakajima, S. Ohira-Kawamura, T. Kikuchi, Y. Inamura, M. Kataoka, H. Kono

Physical Review E 90 022723 2014年
Dissociation free-energy profiles of specific and nonspecific DNA-protein complexes

Y. Yonetani, H. Kono

Journal of Physical Chemistry B 117 7535 2013年
What determines water-bridge lifetimes at the surface of DNA? Insight from systematic molecular dynamics analysis of water kinetics for various DNA sequences

Y. Yonetani, H. Kono

Biophysical Chemistry 160 54 2012年
Enhanced resolution of molecular recognition to distinguish structurally similar molecules by different conformational responses of a protein upon ligand binding

M. Higuchi, J. Fujii, Y. Yonetani, A. Kitao, N. Go

Journal of Structural Biology 173 20 2011年
Molecular dynamics free energy calculations to assess the possibility of water existence in protein nonpolar cavities

M. Oikawa, Y. Yonetani

Biophysical Journal 98 2974 2010年
Sequence dependencies of DNA deformability and hydration in the minor groove

Y. Yonetani, H. Kono

Biophysical Journal 97 1138 2009年
Comparison of DNA hydration patterns obtained using two distinct computational methods, molecular dynamics simulation and three-dimensional reference interaction site model theory

Y. Yonetani, Y. Maruyama, F. Hirata, H. Kono

Journal of Chemical Physics 128 185102 2008年
On the treatment of long-range electrostatic interactions in biomolecular simulations

Y. Yonetani

Frontiers of Computational Science (Springer, Berlin) 209-214 2007年
DNA deformability and hydration studied by molecular dynamics simulation

Y. Yonetani, H. Kono, S. Fujii, A. Sarai, N. Go

Molecular Simulation 33 103 2007年
Liquid water simulation: A critical examination of cutoff length

Y. Yonetani

Journal of Chemical Physics 124 204501 2006年
A severe artifact in simulation of liquid water using a long cut-off length: Appearance of a strange layer structure

Y. Yonetani

Chemical Physics Letters 406 49 2005年

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MISC

静電相互作用の実空間カットオフについての理論的検証

米谷佳晃

アンサンブル（分子シミュレーション学会誌） 102 167-170 2023年4月
Theoretical account on the calculation of long-range electrostatic interactions

Y. Yonetani

関西光科学研究所 KPSI Annual Report 2021 30-31 2022年6月
置換トリチウムのβ崩壊に伴う高分子・ DNA構造変化の分子シミュレーション

藤原進, 斉藤真司, 中村浩章, 波多野雄治, 斎藤誠紀, 坂井亙, 水口朋子, 斎木敏治, 大塚教雄, 阿蘇司, 安永卓生, 剣持貴弘, 大矢恭久, 和田拓郎, 米谷佳晃, 宮西寿典, 李浩論

分子研レターズ 84 36-37 2021年9月
DNAの水和構造から放射線損傷サイトを検証する

米谷佳晃

放射線化学 112 21-25 2021年
水のアクセスと蛋白質－リガンド解離の関係について

米谷佳晃, 安達基泰

アンサンブル 23(3) 182-187 2021年
分子動力学法を用いたDNAテロメア構造中バックボーン水素の溶媒接触表面積の評価

土田陽平, 齋藤誠紀, 中村浩章, 米谷佳晃, 藤原進

日本シミュレーション学会論文誌 13(1) 32-36 2021年
凝縮系の分子ダイナミクス，多様性の起源にせまる

米谷佳晃

日本物理学会誌 75(2) 90-95 2020年
DNA と蛋白質の相互作用と自由エネルギー計算

米谷佳晃

アンサンブル 17 111 2015年
自由エネルギー計算でＤＮＡとタンパク質の世界を解き明かす

米谷佳晃

BioSupercomputing Newsletter 10 4 2014年
生体分子表面の水分子の滞在時間はどのようにして決まるのか

米谷佳晃, 河野秀俊

アンサンブル 14 182 2012年
DNAの水和とダイナミクスの塩基配列依存性, DNA -タンパク質, DNA－低分子認識の理解に向けて

米谷佳晃, 河野秀俊

メディカルバイオ 10月別冊 66 2010年
生体分子シミュレーションにおける長距離相互作用の扱いについて

米谷佳晃

アンサンブル 8 33 2006年
「蛋白質がわかる」ための理論と計算の役割

郷信広, 米谷佳晃

生体の科学 56 626 2005年

講演・口頭発表等

エキシトン量子ゲートの量子動力学計算と分子設計

米谷佳晃

第48回量子情報技術研究会 (QIT48) 2023年5月30日
長距離静電相互作用の計算法：液体水と格子スピン系の比較

米谷佳晃

第25回理論化学討論会 2023年5月16日
On the computational treatment of the long-range electrostatic interactions

Y. Yonetani

ACS Spring 2023（American Chemical Society） 2023年3月30日
長距離静電相互作用の計算法：液体水と格子スピン系の比較

米谷佳晃

第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月7日
分子シミュレーションにおける静電相互作用計算：オンサーガモデルによる理論的検証

米谷佳晃

第16回分子科学討論会 2022年9月22日
長距離静電相互作用の計算法：液体水と格子スピン系の比較

米谷佳晃

日本物理学会 2022年秋季大会 2022年9月13日
Water on the DNA surface: microscopic insight from molecular dynamics simulations

Y. Yonetani

The 40th JSST Annual International Conference on Simulation Technology 2021年9月
水のアクセスで始まる蛋白質-リガンド解離の自由エネルギー地形解析

米谷佳晃

第１回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 2021年3月
経路積分量子動力学計算の開発と光合成電子励起移動の解析

米谷佳晃

4th RIKEN-RAP and QST-KPSI Joint Seminar 2021年2月3日
水中におけるイオンペア解離カイネティクスの多様性とその起源

米谷佳晃

レア・イベントの計算科学 2017年9月
分子動力学シミュレーションによるＤＮＡ水和水の構造・ダイナミクス解析

米谷佳晃

液体の化学夏の学校 2014年9月
スーパーコンピュータで探る生体分子の世界

米谷佳晃

慶應義塾大学理工学部物理情報工学特別講義 2014年6月
ＤＮＡと蛋白質の相互作用と自由エネルギー計算

米谷佳晃

計算統計物理学研究会 2013年10月

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

光で駆動する分子エキシトン型量子コンピュータの計算分子設計

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2027年3月

米谷佳晃
熱スパイクによって誘起される分子運動およびその生物作用の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 2021年7月 - 2026年3月

鹿園直哉, 小林正規, 森林健悟, 米谷佳晃
プラズマ軟X線レーザーの高出力化と先進微細造形技術の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

ヂンタンフン, 長谷川登, 錦野将元, 石野雅彦, 米谷佳晃
トリチウム被曝の第三要素「壊変効果」の分子シミュレーションによる解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2023年3月

藤原進, 中村浩章, 阿蘇司, 米谷佳晃
分子動力学シミュレーションで探るＤＮＡ配列探索中の蛋白質の分子動態

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2014年4月 - 2018年3月

米谷佳晃
分子動力学計算による蛋白質水和水の水素結合組換えメカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2011年 - 2012年

米谷佳晃
特異的及び非特異的DNA結合状態における蛋白質の構造揺らぎによる分子認識機構

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年 - 2010年

米谷佳晃
DNAと蛋白質の結合解離過程における水の役割:シミュレーションによる解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

米谷佳晃
中性子散乱実験と分子動力学計算による蛋白質-DNA認識機構における水の挙動解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2007年 - 2008年

河野秀俊, 中川洋, 米谷佳晃

社会貢献活動

関西光科学研究所サマー・サイエンスキャンプ

運営参加・支援

2009年 - 2012年

米谷佳晃

基本情報

研究キーワード

研究分野

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委員歴

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

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