奥田喜弘 (Yoshihiro Okuda) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所生命情報・DDBJセンター特任研究員

J-GLOBAL ID: 202201000943265934
researchmap会員ID: R000032644

経歴

2012年4月 - 現在

国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJセンター, 特任研究員

学歴

1996年4月 - 1999年9月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, バイオサイエンス専攻
1994年4月 - 1996年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, バイオサイエンス専攻
1990年4月 - 1994年3月

東京工業大学, 生命理工学部, 生命理学科

論文

ChIP‐Atlas: a data‐mining suite powered by full integration of public ChIP‐seq data

Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno

EMBO reports 19(12) 2018年12月
MACON: a web tool for computing DNA methylation data obtained by the Illumina Infinium Human DNA methylation BeadArray

Naoko Iida, Yoshihiro Okuda, Osamu Ogasawara, Satoshi Yamashita, Hideyuki Takeshima, Toshikazu Ushijima

Epigenomics 10(3) 249-258 2018年3月
Integrative analysis of transcription factor occupancy at enhancers and disease risk loci in noncoding genomic regions

Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno

2018年2月9日
DNA Data Bank of Japan

Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takatomo Fujisawa, Toshiaki Katayama, Yoshihiro Okuda, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi

Nucleic Acids Research 45(D1) D25-D31 2017年1月4日
DNA data bank of Japan (DDBJ) progress report

Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takehide Kosuge, Takatomo Fujisawa, Toshiaki Katayama, Hideki Nagasaki, Yoshihiro Okuda, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo …

Nucleic Acids Research 44(D1) D51-D57 2016年1月4日
Literature-Based Knowledge Discovery from Relationship Associations Based on a DL Ontology Created from MeSH

Steven B. Kraines, Weisen Guo, Daisuke Hoshiyama, Takaki Makino, Haruo Mizutani, Yoshihiro Okuda, Yo Shidahara, Toshihisa Takagi

Communications in Computer and Information Science 87-106 2013年
Collection of Disease Networks by Hybrid Curation Method and the Application for Pathway Analysis

Tatsuya Kushida, Takao Asanuma, Yoshihiro Okuda, Yo Shidahara, Toshihisa Takagi

2009 International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems 2009年3月
Occurrence, horizontal transfer and degeneration ofVDE intein family in Saccharomycete yeasts

Yoshihiro Okuda, Daisuke Sasaki, Satoru Nogami, Yoshinobu Kaneko, Yoshikazu Ohya, Yasuhiro Anraku

Yeast 20(7) 563-573 2003年5月査読有り筆頭著者
Expression and characterization of a magnetosome-associated protein, TPR-containing MAM22, inEscherichia coli

Yoshihiro Okuda, Yoshihiro Fukumori

FEBS Letters 491(3) 169-173 2001年3月2日査読有り筆頭著者
Cloning and sequencing of a gene encoding a new member of the tetratricopeptide protein family from magnetosomes of Magnetospirillum magnetotacticum

Yoshihiro Okuda, Kimitoshi Denda, Yoshihiro Fukumori

Gene 171(1) 99-102 1996年1月査読有り筆頭著者

講演・口頭発表等

無料ではじめる遺伝研スパコン基本の基

奥田喜弘

2021年日本バイオインフォマティクス学会年会 2021年9月27日
What you can do with the super-computer in DDBJ

Yoshihiro Okuda

Vietnam-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2021 2021年8月24日
UNIX commands and programming environment

Yoshihiro Okuda

Vietnam-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2021 2021年8月24日
What you can do with the super-computer in DDBJ

Yoshihiro Okuda

Indonesia-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2020年10月20日
UNIX commands and programming environment

Yoshihiro Okuda

Indonesia-Japan Bilateral Workshop on Bioinformatics and Bioresources 2020年10月20日
Mac/Windows/遺伝研スパコン上でのデータ解析 (2)

奥田喜弘

2020年日本バイオインフォマティクス学会年会 2020年9月2日

共同研究・競争的資金等の研究課題

磁性細菌のマグネトソームタンパク質の機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 1998年 - 1998年

奥田喜弘