友藤嘉彦 (Yoshihiko Tomofuji) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院医学系研究科助教

学位: 医師(2018年3月東京大学)
博士（医学）(2023年9月大阪大学大学院医学系研究科)

研究者番号: 10994527
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-1661-0941
J-GLOBAL ID: 202401015710838200
researchmap会員ID: R000066205

外部リンク: https://ytomofuji.github.io

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年10月 - 現在

東京大学, 大学院医学系研究科, 助教
2021年10月 - 現在

大阪大学先導的学際研究機構, 融合フロンティア研究部門, 若手兼任教員
2018年4月 - 2020年3月

東京大学医学部附属病院, 初期研修プログラム, 初期研修医

学歴

2020年4月 - 2023年9月

大阪大学, 大学院医学系研究科, 医学専攻
2014年4月 - 2018年3月

東京大学, 医学部, 医学科
2012年4月 - 2014年3月

東京大学, 教養学部, 理科三類

受賞

論文

Incomplete human reference genomes can drive false sex biases and expose patient-identifying information in metagenomic data

Caitlin Guccione, Lucas Patel, Yoshihiko Tomofuji, Daniel McDonald, Antonio Gonzalez, Gregory D. Sepich-Poore, Kyuto Sonehara, Mohsen Zakeri, Yang Chen, Amanda Hazel Dilmore …

Nature Communications 16(1) 2025年1月18日
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases.

Chi Tian, Yuntian Zhang, Yihan Tong, Kian Hong Kock, Donald Yuhui Sim, Fei Liu, Jiaqi Dong, Zhixuan Jing, Wenjing Wang, Junbin Gao …

Nature genetics 2024年12月3日
Quantification of escape from X chromosome inactivation with single-cell omics data reveals heterogeneity across cell types and tissues

Yoshihiko Tomofuji, Ryuya Edahiro, Kyuto Sonehara, Yuya Shirai, Kian Hong Kock, Qingbo S. Wang, Shinichi Namba, Jonathan Moody, Yoshinari Ando, Akari Suzuki …

Cell Genomics 100625-100625 2024年7月査読有り筆頭著者責任著者
Analysis of gut microbiome, host genetics, and plasma metabolites reveals gut microbiome-host interactions in the Japanese population.

Yoshihiko Tomofuji, Toshihiro Kishikawa, Kyuto Sonehara, Yuichi Maeda, Kotaro Ogawa, Shuhei Kawabata, Eri Oguro-Igashira, Tatsusada Okuno, Takuro Nii, Makoto Kinoshita …

Cell reports 42(11) 113324-113324 2023年11月28日筆頭著者責任著者
Quantification of the escape from X chromosome inactivation with the million cell-scale human single-cell omics datasets reveals heterogeneity of escape across cell types and tissues

Yoshihiko Tomofuji, Ryuya Edahiro, Yuya Shirai, Kian Hong Kock, Kyuto Sonehara, Qingbo S. Wang, Shinichi Namba, Jonathan Moody, Yoshinari Ando, Akari Suzuki …

2023年10月18日筆頭著者責任著者
Reconstruction of the personal information from human genome reads in gut metagenome sequencing data.

Yoshihiko Tomofuji, Kyuto Sonehara, Toshihiro Kishikawa, Yuichi Maeda, Kotaro Ogawa, Shuhei Kawabata, Takuro Nii, Tatsusada Okuno, Eri Oguro-Igashira, Makoto Kinoshita …

Nature microbiology 8(6) 1079-1094 2023年6月筆頭著者責任著者
SLE stratification based on BAFF and IFN-I bioactivity for biologics and implications of BAFF produced by glomeruli in lupus nephritis.

Eri Itotagawa, Yoshihiko Tomofuji, Yasuhiro Kato, Hachiro Konaka, Kohei Tsujimoto, JeongHoon Park, Daiki Nagira, Takehiro Hirayama, Tatsunori Jo, Toru Hirano …

Rheumatology (Oxford, England) 62(5) 1988-1997 2023年5月2日
Single-cell analyses and host genetics highlight the role of innate immune cells in COVID-19 severity.

Ryuya Edahiro, Yuya Shirai, Yusuke Takeshima, Shuhei Sakakibara, Yuta Yamaguchi, Teruaki Murakami, Takayoshi Morita, Yasuhiro Kato, Yu-Chen Liu, Daisuke Motooka …

Nature genetics 55(5) 753-767 2023年5月
Identification of serum metabolome signatures associated with retinal and renal complications of type 2 diabetes.

Yoshihiko Tomofuji, Ken Suzuki, Toshihiro Kishikawa, Nobuhiro Shojima, Jun Hosoe, Kyoko Inagaki, Sunao Matsubayashi, Hisamitsu Ishihara, Hirotaka Watada, Yasushi Ishigaki …

Communications medicine 3(1) 5-5 2023年1月9日筆頭著者
Prokaryotic and viral genomes recovered from 787 Japanese gut metagenomes revealed microbial features linked to diets, populations, and diseases.

Yoshihiko Tomofuji, Toshihiro Kishikawa, Yuichi Maeda, Kotaro Ogawa, Yuriko Otake-Kasamoto, Shuhei Kawabata, Takuro Nii, Tatsusada Okuno, Eri Oguro-Igashira, Makoto Kinoshita …

Cell genomics 2(12) 100219-100219 2022年12月14日筆頭著者責任著者
ETS1 governs pathological tissue-remodeling programs in disease-associated fibroblasts.

Minglu Yan, Noriko Komatsu, Ryunosuke Muro, Nam Cong-Nhat Huynh, Yoshihiko Tomofuji, Yukinori Okada, Hiroshi I Suzuki, Hiroyuki Takaba, Riko Kitazawa, Sohei Kitazawa …

Nature immunology 23(9) 1330-1341 2022年9月
OMARU: a robust and multifaceted pipeline for metagenome-wide association study.

Toshihiro Kishikawa, Yoshihiko Tomofuji, Hidenori Inohara, Yukinori Okada

NAR genomics and bioinformatics 4(1) lqac019 2022年3月
Whole gut virome analysis of 476 Japanese revealed a link between phage and autoimmune disease.

Yoshihiko Tomofuji, Toshihiro Kishikawa, Yuichi Maeda, Kotaro Ogawa, Takuro Nii, Tatsusada Okuno, Eri Oguro-Igashira, Makoto Kinoshita, Kenichi Yamamoto, Kyuto Sonehara …

Annals of the rheumatic diseases 81(2) 278-288 2022年2月筆頭著者
Metagenome-wide association study revealed disease-specific landscape of the gut microbiome of systemic lupus erythematosus in Japanese.

Yoshihiko Tomofuji, Yuichi Maeda, Eri Oguro-Igashira, Toshihiro Kishikawa, Kenichi Yamamoto, Kyuto Sonehara, Daisuke Motooka, Yuki Matsumoto, Hidetoshi Matsuoka, Maiko Yoshimura …

Annals of the rheumatic diseases 80(12) 1575-1583 2021年12月筆頭著者
A case of complete atrioventricular block in secondary hemophagocytic syndrome/hemophagocytic lymphohistiocytosis recovered by plasma exchange and cytokine absorbing therapy with AN69ST continuous hemodiafiltration.

Yoshihiro Harano, Yuichi Ishikawa, Koto Hattori, Mami Ichinose, Yoshihiko Tomofuji, Hiroshi Okano, Gen Owada, Yasuhiro Kimura, Taikan Nanao, Junichi Fujimoto …

Immunological medicine 43(4) 171-178 2020年12月
Fibroblasts as a source of self-antigens for central immune tolerance.

Takeshi Nitta, Masanori Tsutsumi, Sachiko Nitta, Ryunosuke Muro, Emma C Suzuki, Kenta Nakano, Yoshihiko Tomofuji, Shinichiro Sawa, Tadashi Okamura, Josef M Penninger …

Nature immunology 21(10) 1172-1180 2020年10月
Chd4 choreographs self-antigen expression for central immune tolerance.

Yoshihiko Tomofuji, Hiroyuki Takaba, Hiroshi I Suzuki, Rayene Benlaribi, Cristian David Peña Martinez, Yoshihiro Abe, Yasuyuki Morishita, Tadashi Okamura, Akashi Taguchi, Tatsuhiko Kodama …

Nature immunology 21(8) 892-901 2020年8月筆頭著者
Successful treatment of refractory acute lupus haemophagocytic syndrome using rituximab: a case report.

Yoshihiko Tomofuji, Yuichi Ishikawa, Koto Hattori, Michio Fujiwara, Yasuhiko Kita

Modern rheumatology case reports 4(2) 222-228 2020年7月筆頭著者
Human thymoproteasome variations influence CD8 T cell selection.

Takeshi Nitta, Yuta Kochi, Ryunosuke Muro, Yoshihiko Tomofuji, Tadashi Okamura, Shigeo Murata, Harumi Suzuki, Takayuki Sumida, Kazuhiko Yamamoto, Hiroshi Takayanagi

Science immunology 2(12) 2017年6月2日
Fezf2 Orchestrates a Thymic Program of Self-Antigen Expression for Immune Tolerance.

Hiroyuki Takaba, Yasuyuki Morishita, Yoshihiko Tomofuji, Lynett Danks, Takeshi Nitta, Noriko Komatsu, Tatsuhiko Kodama, Hiroshi Takayanagi

Cell 163(4) 975-87 2015年11月5日

MISC

シングルセル情報とゲノム情報の統合解析によるCOVID-19重症化メカニズムの解明

枝廣龍哉, 白井雄也, 竹島雄介, 榊原修平, 山口勇太, 村上輝明, 森田貴義, 加藤保宏, Liu Yu-Chen, 元岡大祐 …

日本呼吸器学会誌 13(増刊) 166-166 2024年3月
日本から発信されたサイエンス(No.52)メタゲノムショットガンシークエンシングデータ中に含まれるヒトゲノム配列からの個人情報の再構築 : Tomofuji Y, Sonehara K, Kishikawa T et al : Reconstruction of the personal information from human genome reads in gut metagenome sequencing data. Nat Microbiol 8 : 1079-1094, 2023

友藤嘉彦

消化器病学サイエンス = Science of gastroenterology / 「消化器病学サイエンス」編集委員会編 8(1) 43-46 2024年3月
【遺伝統計学の新潮流-新規創薬・個別化医療への挑戦】遺伝統計学の理論と実践便中ヒトゲノム情報からの個人情報の再構築

友藤嘉彦

医学のあゆみ 288(13) 1083-1088 2024年3月
【常在微生物叢の異常から自己免疫疾患を読み解く】腸内微生物叢と自己免疫疾患との関連を腸内微生物叢シークエンシング解析により解明する

友藤嘉彦, 岡田随象

Microbiome Science 2(3) 141-147 2023年7月
【ポストGWAS時代の遺伝統計学オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する】(第3章)オミクス解析と疾患病態研究の最前線メタゲノムショットガンシークエンスによる微生物叢解析

友藤嘉彦

実験医学 41(7) 1152-1158 2023年5月
メタゲノムショットガンシークエンスによる腸内ウイルス叢解析の実装により,ファージと自己免疫疾患との関連性を解明

友藤嘉彦, 岡田随象

リウマチ科 69(4) 442-448 2023年4月
シングルセル情報とゲノム情報の統合解析によるCOVID-19重症化メカニズムの解明

枝廣龍哉, 白井雄也, 竹島雄介, 榊原修平, 山口勇太, 村上輝明, 森田貴義, 加藤保宏, Yu-Chen Liu, 元岡大祐 …

日本薬理学会年会要旨集 97 1-B-S05-2 2023年
【自己免疫疾患層別化する新時代へ臨床検体のマルチオミクス解析、腸内細菌によって見えてきた免疫経路の全容】(第1章)精密医療を目指したマルチオミクス解析によるアプローチヒト・微生物のゲノム情報から自己免疫疾患を紐解く

友藤嘉彦, 岡田随象

実験医学 40(15) 2360-2366 2022年9月
関節リウマチにおける腸内微生物の影響

岸川敏博, 友藤嘉彦, 岡田随象

リウマチ科 68(2) 241-248 2022年8月
【最新関節リウマチ学(第2版)-寛解・治癒を目指した研究と最新治療-】病因と病態関節リウマチの病因研究とその進歩関節リウマチの遺伝因子および環境因子

友藤嘉彦, 岡田随象

日本臨床 80(増刊4 最新関節リウマチ学) 35-40 2022年4月
クロマチン制御因子Chd4は、自己免疫疾患にかかわる自己抗原の発現を制御する

友藤嘉彦, 高場啓之, 高柳広

臨床免疫・アレルギー科 75(3) 339-347 2021年3月
【膠原病・自己免疫疾患を「見える化」する】基礎から見える化する GWASから膠原病を見える化する

友藤嘉彦, 岡田随象

Medicina 57(12) 2177-2181 2020年11月

担当経験のある科目(授業)

2023年10月 - 現在

生化学実習 (東京大学医学部)
2023年10月 - 現在

生化学ゼミナール (東京大学医学部)

友藤嘉彦

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担当経験のある科目(授業)

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