山口 芳樹

J-GLOBALへ         更新日: 18/12/18 18:05
 
アバター
研究者氏名
山口 芳樹
所属
独立行政法人理化学研究所
部署
基幹研究所 糖鎖構造生物学研究チーム
職名
チームリーダー

プロフィール

糖タンパク質、糖鎖関連分子を中心にNMRやX線結晶構造解析を行っています。

研究分野

 
 

経歴

 
2007年10月
 - 
現在
独立行政法人理化学研究所 糖鎖構造生物学研究チーム チームリーダー
 
2001年6月
 - 
2007年9月
名古屋市立大学 大学院 薬学研究科 講師
 
2001年4月
 - 
2001年5月
東京大学 大学院 薬学系研究科 助手
 
1998年4月
 - 
2001年3月
日本学術振興会 特別研究員
 

論文

 
Mito A, Nakano Y, Saitoh T, Gouraud SSS, Yamaguchi Y, Sato T, Sasaki N, Kojima-Aikawa K
Glycobiology   28(1) 21-31   2018年12月   [査読有り]
Yoshida F, Yoshinaka H, Tanaka H, Hanashima S, Yamaguchi Y, Ishihara M, Saburomaru M, Kato Y, Saito R, Ando H, Kiso M, Imamura A, Ishida H
Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)      2018年10月   [査読有り]
Murakami Y, Matsumoto Y, Hoshi K, Ito H, Fuwa TJ, Yamaguchi Y, Nakajima M, Miyajima M, Arai H, Nollet K, Kato N, Nishikata R, Kuroda N, Honda T, Sakuma J, Saito K, Hashimoto Y
Journal of biochemistry   164(3) 205-213   2018年9月   [査読有り]
Uzawa J, Shimabukuro J, Suzuki T, Imamura A, Ishida H, Ando H, Yamaguchi Y
Magnetic resonance in chemistry : MRC   56(9) 836-846   2018年9月   [査読有り]
Dulal HP, Adachi Y, Ohno N, Yamaguchi Y
Glycobiology   28(8) 612-623   2018年8月   [査読有り]
Nagae M, Kizuka Y, Mihara E, Kitago Y, Hanashima S, Ito Y, Takagi J, Taniguchi N, Yamaguchi Y
Nature communications   9(1) 3380   2018年8月   [査読有り]
Murakami Y, Takahashi K, Hoshi K, Ito H, Kanno M, Saito K, Nollet K, Yamaguchi Y, Miyajima M, Arai H, Hashimoto Y, Mima T
Biochimica et biophysica acta. General subjects   1862(8) 1835-1842   2018年8月   [査読有り]
Kizuka Y, Mishra S, Yamaguchi Y, Taniguchi N
Cellular immunology      2018年7月   [査読有り]
Ota F, Hirayama T, Kizuka Y, Yamaguchi Y, Fujinawa R, Nagata M, Ismanto HS, Lepenies B, Aretz J, Rademacher C, Seeberger PH, Angata T, Kitazume S, Yoshida K, Betsuyaku T, Kida K, Yamasaki S, Taniguchi N
Biochimica et biophysica acta. General subjects   1862(7) 1592-1601   2018年7月   [査読有り]
Manabe S, Yamaguchi Y, Abe J, Matsumoto K, Ito Y
Royal Society open science   5(5) 171521   2018年5月   [査読有り]
Oyama M, Kariya Y, Kariya Y, Matsumoto K, Kanno M, Yamaguchi Y, Hashimoto Y
The Biochemical journal   475(9) 1583-1595   2018年5月   [査読有り]
Sengoku T, Suzuki T, Dohmae N, Watanabe C, Honma T, Hikida Y, Yamaguchi Y, Takahashi H, Yokoyama S, Yanagisawa T
Nature chemical biology   14(4) 368-374   2018年4月   [査読有り]
Ohhashi Y, Yamaguchi Y, Kurahashi H, Kamatari YO, Sugiyama S, Uluca B, Piechatzek T, Komi Y, Shida T, Müller H, Hanashima S, Heise H, Kuwata K, Tanaka M
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   115(10) 2389-2394   2018年3月   [査読有り]
Hanashima S, Suga A, Yamaguchi Y
Carbohydrate research   456 53-60   2018年2月   [査読有り]
Hirata T, Mishra SK, Nakamura S, Saito K, Motooka D, Takada Y, Kanzawa N, Murakami Y, Maeda Y, Fujita M, Yamaguchi Y, Kinoshita T
Nature communications   9(1) 405   2018年1月   [査読有り]
Re S, Watabe S, Nishima W, Muneyuki E, Yamaguchi Y, MacKerell AD Jr, Sugita Y
Scientific reports   8(1) 1644   2018年1月   [査読有り]
Fujita-Yamaguchi Y, Bagramyan K, Yamaguchi Y, Ikeda A, Dohmae N, Hong TB, Kalkum M
The Journal of biological chemistry   293(1) 368-378   2018年1月   [査読有り]
Nakajima K, Kizuka Y, Yamaguchi Y, Hirabayashi Y, Takahashi K, Yuzawa Y, Taniguchi N
Biochemical and biophysical research communications   495(1) 401-407   2018年1月   [査読有り]
Biophysical analyses for probing glycan-protein interactions
Nagae M. and Yamaguchi, Y.
Glycobiophysics      2018年   [査読有り]

Misc

 
長江雅倫, 長江雅倫, 山口芳樹
生化学   90(5) 651‐663   2018年10月
眞鍋史乃, 阿部純平, 松本加奈, 山口芳樹, 伊藤幸成
日本糖質学会年会要旨集   37th 95   2018年8月
中嶋和紀, 木塚康彦, 山口芳樹, 平林義雄, 江崎剛史, 升島努, 中尾静葉, 松下祥子, 高橋和男, 湯澤由紀夫, 谷口直之
日本糖質学会年会要旨集   37th 67   2018年8月
長江雅倫, 長江雅倫, 木塚康彦, 木塚康彦, 三原恵美子, 北郷悠, 花島慎弥, 伊藤幸成, 高木淳一, 谷口直之, 山口芳樹
日本糖質学会年会要旨集   37th 82   2018年8月
山口芳樹
Medical Mycology Journal   59(Supplement 1) 54   2018年8月
眞鍋史乃, 山口芳樹, 渕上弥史, 安永正浩, 松村保広
日本DDS学会学術集会プログラム予稿集   34th 112   2018年5月
林雄太郎, 春山隆充, 紺野宏記, 山口芳樹
日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集   43rd 80‐81   2017年12月
笹川拡明, 坂田絵理, 山口芳樹, 小松雅明, 田中啓二, 加藤晃一
生物物理   45(1)    2005年10月
北原亮, 坂田絵理, 粕谷武史, 山口芳樹, 加藤晃一, 田中啓二, 横山茂之, 赤坂一之
生物物理   45(1)    2005年10月
加藤晃一, 坂田絵理, 住吉晃, 内海真穂, 山口芳樹
バイオイメージング   14(3) 221-222   2005年9月
中野路子, 山口芳樹, 村上千穂, 原田拓志, 栗本英治, 浅見修, 梶野勉, 稲葉謙次, 加藤晃一
生物物理   44(1)    2004年11月
西洋平, 栗本英治, 山口芳樹, 座古保, 吉田尊雄, 養王田正文, 加藤晃一
生物物理   44(1)    2004年11月
山口芳樹, 加藤晃一
生化学   76(3) 269-277   2004年3月
加藤晃一, 山口芳樹
臨床免疫   40(4) 472-476   2003年10月
栗本英治, 山口芳樹, 井垣尚啓, 前仲勝実, 加藤晃一
生物物理   43(1)    2003年8月
坂田絵理, 山口芳樹, LiWei, JoazeiroClaudio A.P., 田中啓二, 加藤晃一
生物物理   43(1)    2003年8月
中野路子, 山口芳樹, 村上千穂, 原田拓志, 栗本英治, 浅見修, 梶野勉, 稲葉謙次, 加藤晃一
生物物理   43(1)    2003年8月
高橋禮子, 栗本英治, 山口芳樹 [他]
蛋白質核酸酵素   48(10) 1412-1418   2003年8月
山口芳樹
分光研究 = Journal of the spectroscopical research of Japan   52(2) 96-97   2003年4月
山口芳樹
蛋白質 核酸 酵素   48 1184-1189   2003年
矢木宏和, 高橋禮子, 山口芳樹, JEFFERISRoyston, 加藤昇一
バイオイメージング   11(3) 195-196   2002年10月
宮崎千穂, 原田拓志, 山口芳樹, 栗本英治, 浅見修, 梶野勉, 稲葉謙次, 西義則, 小林祐次, 加藤晃一
生物物理   42(2)    2002年10月
坂田絵理, 山口芳樹, 栗本英治, 菊地淳, 横山茂之, 川原裕之, 横沢英良, 服部信孝, 水野美邦, 田中啓二, 加藤晃一
生物物理   42(2)    2002年10月
山口芳樹, 加藤晃一
生化學   74(1) 43-46   2002年1月
加藤晃一, 山口芳樹, 高田一幸, 奥本光美, 高橋禮子
バイオイメージング   10(3) 110-111   2001年10月
栗本英治, 原田拓志, 浅見修, 梶野勉, 山口芳樹, 加藤晃一
生物物理   41(1)    2001年9月
山口芳樹, 嶋田一夫
生物物理   41(4) 176-180   2001年7月
It is well established that the glycans in glycoproteins are often involved in important biological phenomena. To understand the role of the glycans attached to glycoproteins in solution, structural information obtained by NMR spectroscopy is obvi...
山口芳樹, 加藤晃一, 新藤充, 青木伸, 古賀憲司, 高橋禮子, 荒田洋治, 嶋田一夫
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集   19    1996年8月
山口芳樹
ファルマシア   30(10) 1182-1183   1994年10月

書籍等出版物

 
βグルカンの基礎研究と応用・利用の動向 第4章 ßグルカン及びその受容体の立体構造
山口芳樹
シーエムシー出版   2018年7月   ISBN:978-4-7813-1340-5
NMR in Glycoscience and Glycotechnology, Chapter 8 Stable Isotope Labeling of Glycoproteins for NMR Study
Yamaguchi, Y., Yagi, H., and Kato, K.
Royal Society of Chemistry   2017年5月   ISBN:978-1-78262-310-6
糖鎖の新機能開発・応用ハンドブック 第3編 糖鎖の構造解析・プロファイリング 第9章 計算化学
山口芳樹
エヌ・ティー・エス   2015年8月   ISBN:978-4-86043-409-0
Modeling and Simulation in Engineering 3D Modeling of a Natural Killer Receptor, Siglec-7: Critical Amino Acids for Glycan-Binding and Cell Death-Inducing Activity
Yamaji, T., Yamaguchi, Y., Mitsuki1, M., Takashima, S., Waguri, S., Hashimoto, Y., and Nara, K.
2012年   ISBN:978-953-51-0012-6
Experimental Glycoscience Glycochemistry Analysis of sugar-protein interactions by NMR
Yamaguchi, Y. and Kato, K.
2008年   
Experimental Glycoscience Glycochemistry Structural analysis of glycoconjugates by NMR
Kato, K. and Yamaguchi, Y.
2008年   
実験医学 NMRによる糖鎖‐タンパク質相互作用の解析
山口芳樹、加藤晃一
羊土社   2007年   
抗体医薬の最前線 NMRによる抗体の高次構造解析
山口芳樹、加藤晃一
シーエムシー出版   2007年   
Modern Magnetic Resonance Structural glycobiology by stable-isotope-assisted NMR spectroscopy.
Yamaguchi, Y. and Kato, K.
2006年   
薬学教科書シリーズ 第2巻 物理系薬学Ⅲ 「核磁気共鳴スペクトル」
加藤晃一、山口芳樹
東京化学同人   2006年   
薬学教科書シリーズ 第2巻 物理系薬学Ⅳ 「核磁気共鳴スペクトル」
加藤晃一 山口芳樹
2006年   
糖鎖科学の新展開 NMRを利用した糖鎖構造生物学
神谷由紀子、山口芳樹、加藤晃一
2005年   
未来を拓く糖鎖科学 NMRによる糖鎖-タンパク質相互作用解析
山口芳樹
金芳堂   2005年   

競争的資金等の研究課題

 
文部科学省: 基盤研究(B)
研究期間: 2018年 - 2020年
文部科学省: 基盤研究(B)
研究期間: 2016年 - 2018年
文部科学省: 新学術領域研究(研究領域提案型)
研究期間: 2014年 - 2018年
文部科学省: 基盤研究(C)
研究期間: 2013年 - 2016年
文部科学省: 特定領域研究
研究期間: 2010年 - 2011年
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2008年 - 2009年
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2006年 - 2009年
京都大学・杤尾
p62 UBAの結晶構造を決定した。UBAは通常単量体であるが、p62 UBAは結晶中で二量体を形成していた。また、p62 UBAとユビキチンの相互作用をNMR滴定実験にて検討した結果、UBAダイマーは一度モノマーに解離し、モノマーのUBAがユビキチンと結合することを明らかにした。また、ポリュビキン鎖と相互作用が知られるRAP80のタンデムUIMの発現コンストラクトを作成し、タンパク質の調製を行なった。この試料とK63リンクのジュビキチンとの複合体をゲル濾過で大量調製するこ...
文部科学省: 科学研究費補助金(若手研究(B))
研究期間: 2007年 - 2008年
1.高感度^<13>C検出法による高分子量糖タンパク質糖鎖の帰属法の開発
動物細胞を利用した糖鎖修飾つきの糖タンパク質の大量発現系を利用して、安定同位体(13C)標識糖タンパク質を調製した。得られた標識糖タンパク質を対象として^<13>C検出に適したNMR低温プローブを用いて^<13>C検出型のNOESY/TOCSYを測定した。その結果、良好な感度の^<13>C-^<13>Cの2次元相関スペクトルを得ることに成功した。これらの^<13>C検出型のスペクトルは従来の1H検出型のスペクトルと組...
文部科学省: 科学研究費補助金(基盤研究(C))
研究期間: 2006年 - 2007年
クルクリンのX線結晶構造解析を行い、1.5Aの分解能でクルクリン1ホモ2量体の結晶構造を決定した。クルクリン1サブユニットはβプリズムフォールドからなり、C末端付近のセグメントに特徴的なループ構造が存在した。NMR解析より、このループは高い運動性を有することが明らかとなった。
クルクリンはヘテロ2量体のみが活性を発現することから、サブユニット間で保存されていないアミノ酸残基が活性発現に重要であると考えられる。そこで、サブユニット間の違いに着目して部位特異的変異を施し、甘味および味覚修飾活性...
文部科学省: 科学研究費補助金(基盤研究(B))
研究期間: 2006年 - 2007年
本研究は、糖鎖修飾とユビキチン修飾により決定される糖タンパク質の細胞内分解メカニズムの分子基盤を理解するために、糖鎖生物学と構造生物学の融合的アプローチを展開したものである。
1.糖鎖ライブラリーを利用した細胞内レクチンの糖鎖認識特性の解明
多次元HPLC法を応用して高マンノース型糖鎖のライブラリーを構築し、これを利用したフロンタルアフィニティー解析により糖タンパク質の品質管理にかかわる様々な細胞内レクチンの糖鎖認識の特異性を明らかにした。これにより、小胞体シャペロン、積荷受容体、ユビキチ...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2006年 - 2007年
神経変性疾患に関与するタンパク質のオリゴマー化・繊維化を阻害する薬物を開発することは、疾患の治療や予防に大きく貢献することが期待される。本年度は、糖脂質とタンパク質の超分子形成および天然変性状態にあるタンパク質同士の相互作用に着目して、アミロイドβ-タンパク質(Aβ)、α-synucleinの超高磁場NMR解析を行った。
1.NMRによるAβ-GM1複合体の構造解析
神経細胞膜に豊富に存在するガングリオシドGM1はAβ重合促進の環境因子の1つとして注目されており、GM1-Aβ複合体が核とな...
文部科学省: 科学研究費補助金(萌芽研究)
研究期間: 2005年 - 2006年
クルクリンは甘味タンパク質であると同時に酸味を甘く感じさせる味覚修飾活性を有するタンパク質であり、相同性の高い2つのサブユニット(クルクリン1およびクルクリン2)からなるヘテロダイマーとして活性を発現する。ヘテロダイマーとクルクリン1ホモダイマーの立体構造を比較した結果、主鎖構造の違いはC末端付近のループのみであり、それ以外の部分のr.m.s.d.は0.54Åと計算され、両者はほぼ同じ立体構造を形成していた。またNMRによる動的構造解析からC末端付近のループが高い運動生を有することが明らか...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2005年 - 2006年
糖タンパク質の安定同位体標識の技術基盤を応用して、免疫グロブリンG(IgG)のFc領域のグライコフォーム変化に伴う高次構造変化を920MHz超高磁場NMR装置を用いて追跡した。これにより、ヒトIgG1のFc領域のレセプター結合部位の構築においてAsn297に結合している糖鎖の還元末端近傍の構造が不可欠な役割を演じていることを実証した。とりわけ、還元末端近傍のフコース残基の除去により、Fcの全体構造にはほとんど変化はみられないものの、Fcレセプター結合部位に相当するTyr296に由来するNM...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2005年 - 2006年
1.糖タンパク質と細胞内レクチンとの相互作用
糖鎖修飾は、タンパク質の品質管理・輸送に密接に関係していることが明らかとされている。糖鎖ライブラリーを用いて、様々な細胞内レクチンとの相互作用を主にNMR法およびフロンタルアフィニティクロマトグラフィー法により解析した。これまでにカルレティキュリン、カルネキシン、Fbs1、VIP36、VIPL、ERGIC-53を対象として糖鎖認識の体系的解析を行い、細胞内レクチンの糖鎖の結合特異性および相互作用様式を明らかとした。これらの成果から、細胞内レクチ...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2005年 - 2005年
神経変性疾患にかかわるタンパク質の三次元構造、相互作用、凝集機構を原子レベルの分解能で解明することにより、神経変性疾患の発症メカニズムの分子構造論的基盤を与えることを目指してきた。今年度は、特に、ユビキチン-プロテアソームシステムの破綻に着目し、マシャド・ジョセフ病原因遺伝子産物であるataxin-3および家族性パーキンソン病原因遺伝子産物であるalpha-synuclein、parkinを対象に超高磁場NMR装置を用いた解析を行った。alpha-synucleinは、"natively ...
文部科学省: 科学研究費補助金(若手研究(B))
研究期間: 2004年 - 2005年
SCF^<Fbs1>は細胞質において、N結合型糖鎖を有するタンパク質を認識して分解マーカーであるユビキチン鎖を連結する酵素であり、プロテアソームによる糖タンパク質の分解において重要な役割を担っている。これまでSCF^<Fbs1>の基質認識ユニットであるFbs1の糖タンパク質に対する分子認識の詳細を前年度まで明らかとしてきた。今年度は、同じファミリーに属するFbs2の糖鎖結合特異性をフロンタルアフィニティクロマトグラフィにより明らかとした。Fbs1は糖鎖のトリマンノシルコアと糖鎖の結合してい...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2004年 - 2004年
(1)糖鎖データの拡張
これまでの糖鎖構造データベースは、硫酸化糖鎖に関する情報を含んでいなかった。これは、硫酸化糖鎖が天然には微量にしか存在しないために、構造解析が困難であったことによる。そこで、硫酸基転移酵素の遺伝子を導入した動物細胞株を用いて硫酸化糖鎖の大量発現を行い、多次元HPLC法と質量分析法により、それらの構造解析を行った。これによって硫酸化糖鎖の構造データベースを構築することが可能となった。
(2)GALAXYを利用した糖鎖プロファイリング
GALAXYに搭載している糖鎖構造...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2003年 - 2004年
1.糖鎖ライブラリーの構築
糖タンパク質の高次構造解析を行うにあたっては、あらかじめそのグライコフォームを把握しておく必要がある。私たちは、500種類に及ぶN型糖鎖の多次元HPLCデータベースをもとにWEBアプリケーション"GALAXY"(http://www.glycoanalysis.info/)を構築している。これを用いることにより、異性体の識別を含めた糖鎖構造の同定および分子・組織・細胞レベルでの糖鎖プロファイリングを簡便に行うことが可能としている。また、多次元HPLC法を利用して...
文部科学省: 科学研究費補助金(特定領域研究)
研究期間: 2003年 - 2003年
1.糖鎖構造決定を支援するデータベースの開発
糖タンパク質の構造生物学研究を行うためには、ポリペプチド鎖のアミノ酸配列に加えて、糖鎖の配列・結合様式を異性体の違いも含めて明らかにしておくことが必要である。我々は、この目的を実現するために、多次元HPLC法による糖鎖プロファイリング解析の一層の効率化をはかり、HPLCデータと質量分析データを統合したWEBアプリケーション"GALAXY"を開発してインターネット上での公開を開始した。
2.多次元HPLCデータの拡張
硫酸転移酵素およびフコース転...
文部科学省: 科学研究費補助金(若手研究(B))
研究期間: 2002年 - 2003年
各種オリゴ糖鎖(Glcα(1-3)Man_9GlcNA_<C2>、Glcβ(1-3)Man_9GlcNA_<C2>、Man_9GlcNA_<C2>、Glcα(1-3)Manα(1-2)Manα(1-2)Man、Manα(1-2)Manα(1-2)Man、[1^<-13>C]Glcα(1-3)Man)を用いてカルレティキュリンとの相互作用のNMR解析を行うことにより、カルレティキュリンはGlc_1Man_9GlcNA_<C2>のなかでも特に非還元末端のGlcα(1-3)Manα(1-2)Ma...