小嶋泰弘 (Yasuhiro Kojima) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所　計算生命科学ユニット独立ユニット長

連絡先: yakojimncc.go.jp
研究者番号: 00881731
J-GLOBAL ID: 202001017649040440
researchmap会員ID: R000012419

経歴

2023年4月 - 現在

国立がん研究センター研究所計算生命科学ユニット, 独立ユニット長
2023年1月 - 2023年3月

東京医科歯科大学難治疾患研究所計算システム生物学, プロジェクト講師
2021年4月 - 2022年12月

名古屋大学医学系研究科システム生物学, 特任助教、特任講師
2020年4月 - 2021年3月

名古屋大学医学系研究科分子細胞免疫学, 研究員
2017年4月 - 2020年3月

東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻（日本学術振興会）, 特別研究員DC1
2019年1月 - 2019年6月

Yale University, Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Visiting Assistant in Research

学歴

2017年4月 - 2020年3月

東京大学大学院, 新領域創成科学研究科, メディカル情報生命専攻（博士）
2015年4月 - 2017年3月

東京大学大学院, 新領域創成科学研究科, メディカル情報生命専攻(修士）
2011年4月 - 2015年3月

東京大学, 理学部, 生物情報科学科

論文

Towards Spatial Transcriptomics-Guided Pathological Image Recognition with Batch-Agnostic Encoder

Kazuya Nishimura, Ryoma Bise, Yasuhiro Kojima

2025 IEEE 22nd International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) 1-5 2025年4月14日最終著者
Sustained inhibition of CSF1R signaling augments antitumor immunity through inhibiting tumor-associated macrophages

Takahiko Sato, Daisuke Sugiyama, Jun Koseki, Yasuhiro Kojima, Satomi Hattori, Kazuki Sone, Hitomi Nishinakamura, Tomohiro Ishikawa, Yuichi Ishikawa, Takuma Kato …

JCI Insight 10(1) 2025年1月9日
DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates

Chikara Mizukoshi, Yasuhiro Kojima, Satoshi Nomura, Shuto Hayashi, Ko Abe, Teppei Shimamura

Genome Biology 25(1) 2024年9月6日査読有り責任著者
LineageVAE: Reconstructing Historical Cell States and Transcriptomes toward Unobserved Progenitors.

Koichiro Majima, Yasuhiro Kojima, Kodai Minoura, Ko Abe, Haruka Hirose, Teppei Shimamura

Bioinformatics (Oxford, England) 2024年8月22日査読有り責任著者
Spatial and single-cell colocalisation analysis reveals MDK-mediated immunosuppressive environment with regulatory T cells in colorectal carcinogenesis.

Masahiro Hashimoto, Yasuhiro Kojima, Takeharu Sakamoto, Yuki Ozato, Yusuke Nakano, Tadashi Abe, Kiyotaka Hosoda, Hideyuki Saito, Satoshi Higuchi, Yuichi Hisamatsu …

EBioMedicine 105102-105102 2024年4月9日査読有り
Single-cell colocalization analysis using a deep generative model

Yasuhiro Kojima, Shinji Mii, Shuto Hayashi, Haruka Hirose, Masato Ishikawa, Masashi Akiyama, Atsushi Enomoto, Teppei Shimamura

Cell Systems 15(2) 180-192.e7 2024年2月査読有り筆頭著者責任著者
RENGE infers gene regulatory networks using time-series single-cell RNA-seq data with CRISPR perturbations.

Masato Ishikawa, Seiichi Sugino, Yoshie Masuda, Yusuke Tarumoto, Yusuke Seto, Nobuko Taniyama, Fumi Wagai, Yuhei Yamauchi, Yasuhiro Kojima, Hisanori Kiryu …

Communications biology 6(1) 1290-1290 2023年12月28日査読有り
Hypoxia activates <scp>SREBP2</scp> through Golgi disassembly in bone marrow‐derived monocytes for enhanced tumor growth

Ryuichi Nakahara, Sho Aki, Maki Sugaya, Haruka Hirose, Miki Kato, Keisuke Maeda, Daichi M Sakamoto, Yasuhiro Kojima, Miyuki Nishida, Ritsuko Ando …

The EMBO Journal 2023年10月2日査読有り
Automated time-lapse data segmentation reveals in vivo cell state dynamics

Miriam A. Genuth, Yasuhiro Kojima, Dörthe Jülich, Hisanori Kiryu, Scott A. Holley

Science Advances 9(22) 2023年6月2日査読有り筆頭著者
Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Yuki Ozato, Yasuhiro Kojima, Yuta Kobayashi, Yuuichi Hisamatsu, Takeo Toshima, Yusuke Yonemura, Takaaki Masuda, Kouichi Kagawa, Yasuhiro Goto, Mitsuaki Utou …

Cell Reports 42(1) 111929-111929 2023年1月査読有り筆頭著者
Topological data analysis of protein structure and inter/intra-molecular interaction changes attributable to amino acid mutations

Jun Koseki, Shuto Hayashi, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Teppei Shimamura

Computational and Structural Biotechnology Journal 21 2950-2959 2023年査読有り
A bifurcation concept for B-lymphoid/plasmacytoid dendritic cells with largely fluctuating transcriptome dynamics

Keiki Nagaharu, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Kodai Minoura, Kunihiko Hinohara, Hirohito Minami, Yuki Kageyama, Yuka Sugimoto, Masahiro Masuya, Shigeru Nii …

Cell Reports 40(9) 111260-111260 2022年8月査読有り筆頭著者
Cancer immunotherapy with PI3K and PD-1 dual-blockade via optimal modulation of T cell activation signal

Sho Isoyama, Shigeyuki Mori, Daisuke Sugiyama, Yasuhiro Kojima, Yasuko Tada, Kohei Shitara, Kunihiko Hinohara, Shingo Dan, Hiroyoshi Nishikawa

Journal for ImmunoTherapy of Cancer 9(8) e002279-e002279 2021年8月25日査読有り
TMRS: an algorithm for computing the time to the most recent substitution event from a multiple alignment column

Hisanori Kiryu, Yuto Ichikawa, Yasuhiro Kojima

Algorithms for Molecular Biology 14(1) 2019年11月18日
Estimation of population genetic parameters using an EM algorithm and sequence data from experimental evolution populations

Yasuhiro Kojima, Hirotaka Matsumoto, Hisanori Kiryu

Bioinformatics 36(1) 221-231 2019年6月20日筆頭著者責任著者

MISC

mmVelo: A deep generative model for estimating cell state-dependent dynamics across multiple modalities

bioRxiv 2024年12月17日責任著者
scSurv: a deep generative model for single-cell survival analysis

bioRxiv 2024年12月15日責任著者
Inferring extrinsic factor-dependent single-cell transcriptome dynamics using a deep generative model

bioRxiv 2024年4月1日筆頭著者責任著者

共同研究・競争的資金等の研究課題

細胞内立体トランスクリプトームダイナミクスの配列的理解

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2023年4月 - 2026年3月

小嶋泰弘
大腸がん細胞との共局在により悪性度と免疫寛容を獲得するがん微小環境の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

三森功士, 新井田厚司, 小嶋泰弘, 鈴木穣, 長山聡
大腸がん細胞との共局在により悪性度と免疫寛容を獲得するがん微小環境の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

三森功士, 新井田厚司, 小嶋泰弘, 鈴木穣, 長山聡
エピゲノムダイナミクスに基づくがん多様性の新たな理解

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2020年10月 - 2023年3月

日野原邦彦, 小嶋泰弘, 加藤真一郎
Exploring lineage determining factors for human megakaryocytes or erythroid differentiation in patients with JAK2 V617F by a novel fluctuation-based methodology

日本学術振興会 2022年4月 - 2023年3月

杦本由香, 小嶋泰弘
細胞間相互作用に由来するがん細胞多様性の抽出と創出機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2020年9月 - 2022年3月

小嶋泰弘
胚発生における遺伝子発現量のゲノムスケール４Ｄマップの推定

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2017年4月 - 2020年3月

小嶋泰弘

小嶋泰弘

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学歴

論文

MISC

共同研究・競争的資金等の研究課題

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