清水由宇 (Yu Shimizu) - マイポータル

基本情報

所属: 森永乳業（株）健康栄養科学研究所研究員

研究者番号: 40938057
J-GLOBAL ID: 202101019639913704
researchmap会員ID: R000027699

経歴

2023年4月 - 現在

森永乳業（株）, 健康栄養科学研究所, 研究員
2021年7月 - 現在

北海道大学, 大学院先端生命科学研究院生命機能科学研究部門, 博士研究員
2020年4月 - 2021年6月

北海道大学, 大学院先端生命科学研究院生命機能科学研究部門, 技術補佐員

学歴

2020年12月

北海道大学, 大学院生命科学院, 生命科学専攻博士後期課程学位取得博士（生命科学）
2017年4月 - 2020年3月

北海道大学, 大学院生命科学院, 生命科学専攻博士後期課程単位取得退学
2015年4月 - 2017年3月

北海道大学, 大学院生命科学院, 生命科学専攻博士前期課程
2011年4月 - 2015年3月

北海道大学, 理学部, 生物科学科

論文

Modulation of Bifidobacterium by HD5 during weaning is associated with high abundance in later life

Yu Shimizu, Yuki Yokoi, Shuya Ohira, Hirohisa Izumi, Satomi Kawakami, Miu Ihara, Fuka Tabata, Yasuhiro Takeda, Takashi Kimura, Koshi Nakamura …

Communications Medicine 5(1) 2025年7月1日
A Basic Study of the Effects of Mulberry Leaf Administration to Healthy C57BL/6 Mice on Gut Microbiota and Metabolites

Li Gan, Yuga Inamura, Yu Shimizu, Yuki Yokoi, Yuki Ohnishi, Zihao Song, Yasuhiro Kumaki, Takashi Kikukawa, Makoto Demura, Masaaki Ito …

Metabolites 13(9) 1003-1003 2023年9月10日査読有り
Shorter sleep time relates to lower human defensin 5 secretion and compositional disturbance of the intestinal microbiota accompanied by decreased short-chain fatty acid production

Yu Shimizu, Ryodai Yamamura, Yuki Yokoi, Tokiyoshi Ayabe, Shigekazu Ukawa, Koshi Nakamura, Emiko Okada, Akihiro Imae, Takafumi Nakagawa, Akiko Tamakoshi …

Gut Microbes 15(1) 2023年3月21日査読有り筆頭著者
Decreased Paneth cell α-defensins promote fibrosis in a choline-deficient L-amino acid-defined high-fat diet-induced mouse model of nonalcoholic steatohepatitis via disrupting intestinal microbiota

Shunta Nakamura, Kiminori Nakamura, Yuki Yokoi, Yu Shimizu, Shuya Ohira, Mizu Hagiwara, Zihao Song, Li Gan, Tomoyasu Aizawa, Daigo Hashimoto …

Scientific Reports 13(1) 2023年3月9日査読有り
Reactive granulopoiesis depends on T-cell production of IL-17A and neutropenia-associated alteration of gut microbiota.

Xuanzhong Chen, Daigo Hashimoto, Ko Ebata, Shuichiro Takahashi, Yu Shimizu, Ryuga Shinozaki, Yuta Hasegawa, Ryo Kikuchi, Hajime Senjo, Kazuki Yoneda …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(48) e2211230119 2022年11月29日査読有り
Ingestion of miso regulates immunological robustness in mice

Kunihiko Kotake, Toshihiko Kumazawa, Kiminori Nakamura, Yu Shimizu, Tokiyoshi Ayabe, Takahiro Adachi

PLOS ONE 17(1) e0261680-e0261680 2022年1月21日査読有り
Lower human defensin 5 in elderly people compared to middle-aged is associated with differences in the intestinal microbiota composition: the DOSANCO Health Study

Yu Shimizu, Kiminori Nakamura, Mani Kikuchi, Shigekazu Ukawa, Koshi Nakamura, Emiko Okada, Akihiro Imae, Takafumi Nakagawa, Ryodai Yamamura, Akiko Tamakoshi …

GeroScience 44(2) 997-1009 2021年6月8日査読有り筆頭著者
Decrease of α-defensin impairs intestinal metabolite homeostasis via dysbiosis in mouse chronic social defeat stress model

Kosuke Suzuki, Kiminori Nakamura, Yu Shimizu, Yuki Yokoi, Shuya Ohira, Mizu Hagiwara, Yi Wang, Yuchi Song, Tomoyasu Aizawa, Tokiyoshi Ayabe

Scientific Reports 11(1) 9915-9915 2021年5月査読有り
Disease progression-associated alterations in fecal metabolites in SAMP1/YitFc mice, a Crohn’s disease model

Yosuke Komatsu, Yu Shimizu, Megumi Yamano, Mani Kikuchi, Kiminori Nakamura, Tokiyoshi Ayabe, Tomoyasu Aizawa

Metabolomics 16(4) 48-48 2020年4月査読有り
Paneth cell α-defensin misfolding correlates with dysbiosis and ileitis in Crohn’s disease model mice

Yu Shimizu, Kiminori Nakamura, Aki Yoshii, Yuki Yokoi, Mani Kikuchi, Ryuga Shinozaki, Shunta Nakamura, Shuya Ohira, Rina Sugimoto, Tokiyoshi Ayabe

Life Science Alliance 3(6) e201900592-e201900592 2020年4月査読有り筆頭著者
Analysis of Serotonin in Human Feces Using Solid Phase Extraction and Column-Switching LC-MS/MS

Yukiko Hirabayashi, Kiminori Nakamura, Tsuyoshi Sonehara, Daisuke Suzuki, Satoru Hanzawa, Yu Shimizu, Tomoyasu Aizawa, Koshi Nakamura, Akiko Tamakoshi, Tokiyoshi Ayabe

Mass Spectrometry 9(1) A0081-A0081 2020年2月査読有り
Associations of gut microbiota, dietary intake, and serum short-chain fatty acids with fecal short-chain fatty acids

Ryodai YAMAMURA, Koshi NAKAMURA, Naoya KITADA, Tomoyasu AIZAWA, Yu SHIMIZU, Kiminori NAKAMURA, Tokiyoshi AYABE, Takashi KIMURA, Akiko TAMAKOSHI

Bioscience of Microbiota, Food and Health 39(1) 11-17 2019年10月査読有り
A simple culture method for liver and intestinal tissue-resident macrophages from neonatal mice

Yu Shimizu, Naoya Sakuragi, Kiminori Nakamura, Toshio Taira, Tokiyoshi Ayabe, Akimasa Fukui

In Vitro Cellular & Developmental Biology - Animal 55(6) 436-444 2019年5月査読有り筆頭著者
Paneth cell granule dynamics on secretory responses to bacterial stimuli in enteroids

Yuki Yokoi, Kiminori Nakamura, Tsukasa Yoneda, Mani Kikuchi, Rina Sugimoto, Yu Shimizu, Tokiyoshi Ayabe

Scientific Reports 9(1) 2710-2710 2019年2月査読有り

MISC

腸内細菌叢,食事摂取および血清SCFAsと糞便SCFAsとの関連性

YAMAMURA Ryodai, NAKAMURA Koshi, NAKAMURA Koshi, KITADA Naoya, AIZAWA Tomoyasu, SHIMIZU Yu, NAKAMURA Kiminori, AYABE Tokiyoshi, KIMURA Takashi, TAMAKOSHI Akiko

日本細菌学雑誌(Web) 75(1) 2020年
日本人地域一般住民におけるアーキアと肥満との関連:The DOSANCO Health Study

山村凌大, 鵜川重和, 中村幸志, 木村尚史, 中川貴史, 今江章宏, 國弘忠生, 朴鐘旭, MOHSEN Attayeb, 川島和 …

腸内細菌学雑誌 34(2) 2020年
日本人地域一般住民における痩せ・肥満と腸内細菌叢との関連:The DOSANCO Health Study

木村尚史, 山村凌大, 檜森亮吾, 鵜川重和, 中村幸志, 中川貴史, 今江章宏, 國弘忠生, 朴鐘旭, MOHSEN Attayeb …

腸内細菌学雑誌 34(2) 2020年
クローン病自然発症モデルSAMP1/YitFcマウスの病状進行に伴う腸内細菌叢および糞便メタボライトの変動

小松陽介, 小松陽介, 清水由宇, 山野めぐみ, 中村公則, 綾部時芳, 相沢智康, 相沢智康

日本生物工学会大会講演要旨集 71st 2019年

講演・口頭発表等

離乳期の Human defensin 5 によるビフィズス菌の制御がその後のビフィズス菌豊富な腸内細菌叢の形成に関与する

清水由宇, 横井友樹, 大平修也, 和泉裕久, 川上智美, 井原海詩, 田畑風華, 武田安弘, 木村向史, 中村幸志, 玉腰暁子, 綾部時芳, 中村公則

第13回日本DOHaD学会学術集会 2025年8月2日
Human defensin5(HD5)の分泌と相関する離乳期のBifidobacterium占有率の高さが将来のBifidobacterium豊富な腸内細菌叢形成に関係する

清水由宇, 横井友樹, 大平修也, 和泉裕久, 川上智美, 井原海詩, 田畑風華, 武田安弘, 木村向史, 中村幸志, 玉腰暁子, 綾部時芳, 中村公則

第29回腸内細菌学会学術集会 2025年6月23日
短眠はPaneth細胞α-defensin分泌量の低値および短鎖脂肪酸の産生量低下を伴う腸内細菌叢組成の撹乱に関係する

清水由宇, 山村凌大, 横井友樹, 綾部時芳, 鵜川重和, 中村幸志, 岡田恵美子, 今江章宏, 中川貴史, 玉腰暁子, 中村公則

第27回腸内細菌学会学術集会 2023年6月27日
高齢者におけるPaneth細胞α-defensin分泌量の低さは加齢に伴う腸内細菌叢の遷移に関連する

清水由宇, 中村公則, 菊池摩仁, 鵜川重和, 中村幸志, 岡田恵美子, 今江章宏, 中川貴史, 山村凌大, 玉腰暁子, 綾部時芳

第26回腸内細菌学会学術集会 2022年7月7日
ER Stress-Associated Misfolding of Paneth cell α-defensin Induces Dysbiosis and Ileitis in a Murine Model of Crohn’s disease

Shimizu Y, Nakamura K, Yoshii A, Yokoi Y, Kikuchi M, Shinozaki R, Nakamura S, Ohira S, Sugimoto R, Ayabe T

World Microbe Forum 2021年6月
α-defensin異常による腸内細菌叢の破綻とIBD

綾部時芳, 清水由宇, 中村公則

第127回日本消化器病学会北海道支部例会 2020年9月招待有り
日本人地域一般住民におけるアーキアと肥満の関連：The DOSANCO Health Study

山村凌大, 鵜川重和, 中村幸志, 木村尚史, 中村貴史, 今江章宏, 國弘忠生, 朴鐘旭, Attayeb Mohsen, 川島和, 清水由宇, 中村公則, 綾部時芳, 玉腰暁子

第24回腸内細菌学会学術集会 2020年6月
日本人地域一般住民における痩せ;肥満と腸内細菌叢との関連;The DOSANCO Health Study

木村尚史, 山村凌大, 檜森亮吾, 鵜川重和, 中村幸志, 中村貴史, 今江章宏, 國弘忠生, 朴鐘旭, Attayeb Mohsen, 川島和, 清水由宇, 中村公則, 綾部時芳, 玉腰暁子

第24回腸内細菌学会学術集会 2020年6月
Paneth細胞の機能異常は腸内細菌叢の破綻を介してNASH発症に関与する

中村駿太, 中村公則, 菊池摩仁, 横井友樹, 大平修也, 清水由宇, 西田琢人, 綾部時芳

第24回腸内細菌学会学術集会 2020年6月
腸内環境がα-defensin isoformの殺菌活性に及ぼす影響

篠崎竜我, 中村公則, 清水由宇, 綾部時芳

第24回腸内細菌学会学術集会 2020年6月
ヒト便試料の保存条件とメタボローム変動のNMR解析

宋子豪, 包克非, 北田直也, 清水由宇, 菊池摩仁, 熊木康裕, 大西裕季, 塚本卓, 菊川峰志, 出村誠, 中村公則, 綾部時芳, 山村凌大, 中村幸志, 玉腰暁子, 相沢智康

第24回腸内細菌学会学術集会 2020年6月
膵癌初期発生における膵腸相関

小野祐介, 中村公則, 清水由宇, 横井友樹, 杉本理菜, 早川祐子, 佐藤祐基, 水上裕輔, 綾部時芳, 奥村利勝

第24回腸内細菌学会学術集会 2020年6月
多様なα-defensin isoformに対するin vitroにおける効率的なS-S結合導入法の確立

篠崎竜我, 中村公則, 清水由宇, 綾部時芳

第42回日本分子生物学会年会 2019年12月
Paneth cell dysfunction in pathophysiology of nonalcoholic steatohepatitis

Nakamura S, Nakamura K, Kikuchi M, Yokoi Y, Ohira S, Shimizu Y, Nishida T, Ayabe T

2019 ASCB EMBO Meeting 2019年12月
クローン病自然発症モデルSAMP1/YitFcマウスの病状進行に伴う腸内細菌叢および糞便メタボライトの変動

小松陽介, 清水由宇, 山野めぐみ, 中村公則, 綾部時芳, 相沢智康

第71回日本生物工学会大会 2019年9月
親の高脂肪食摂取が子のPaneth細胞α-defensinによる腸内細菌叢制御に与える影響の解明

杉本理菜, 中村公則, 嶋七海, 清水由宇, 横井友樹, 綾部時芳

第9回オルソオルガノゲネシス検討会 2019年7月
クローン病モデルマウスSAMP1/YitFcの病態形成におけるPaneth細胞α-defensin misfoldingの関与

清水由宇, 中村公則, 菊地摩仁, 綾部時芳

第23回腸内細菌学会学術集会 2019年6月
ヒト糞便中セロトニンの分析

平林由紀子, 中村公則, 曽根原剛志, 鈴木大介, 半澤悟, 清水由宇, 相沢智康, 中村幸志, 玉腰暁子, 綾部時芳

第67回質量分析総合検討会 2019年5月
Paneth cell α-defensin misfolding leads to dysbiosis and subsequent ileitis in a murine model of Crohn’s disease

Shimizu Y, Nakamura K, Kikuchi M, Ayabe T

Hokudai-USC Workshop “Gut-Organ Crosstalk” 2019年5月招待有り
Relationship between morphological alteration of Paneth cells and dysbiosis in patients with inflammatory bowel disease

Nagashima K, Nakamura K, Katsurada T, Shimizu Y, Yokoi Y, Otagiri S, Yamanashi K, Kinoshita K, Onishi R, Sakamoto N, Ayabe T

The 14th Congress of European Crohn’s and Colitis Organisation Annual Meeting 2019年3月

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

構造異常α-defensinの分解阻害機構に着目したクローン病発症機序の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2022年4月 - 2024年3月

清水由宇

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