杉田有治 (Yuji Sugita) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院理学系研究科教授
: 特定国立研究開発法人理化学研究所研究開拓所主任研究員
: (兼任)計算科学研究センターチームプリンシパル

学位: 博士（理学）(1998年3月京都大学)

研究者番号: 80311190
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-9738-9216
J-GLOBAL ID: 201801007668388348
researchmap会員ID: B000306447

外部リンク: https://tms.riken.jp/

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年10月 - 現在

東京大学大学院理学研究系, 物理学専攻, 教授
2012年4月 - 現在

理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 主任研究員
2007年4月 - 2012年3月

理化学研究所, 杉田理論生物化学研究室, 准主任研究員
2002年4月 - 2007年3月

東京大学, 分子細胞生物学研究所, 講師
1998年9月 - 2002年3月

分子科学研究所, 理論科学第一研究部門, 助手
1998年4月 - 1998年8月

理化学研究所, 細胞情報伝達研究室, 奨励研究員

学歴

1993年4月 - 1998年3月

京都大学大学院, 理学研究科, 化学専攻
1989年4月 - 1993年3月

京都大学, 理学部

論文

302

Toward understanding whole enzymatic reaction cycles using multi-scale molecular simulations

Shingo Ito, Chigusa Kobayashi, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita

Current Opinion in Structural Biology 2025年12月
CGBack: Diffusion Model for Backmapping Large-Scale and Complex Coarse-Grained Molecular Systems

Diego Ugarte La Torre, Yuji Sugita

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年10月13日
An Empirical Biasing Force Constant to Minimize Overfitting in Cryo-EM Flexible Fitting Refinement

Daisuke Matsuoka, Yuji Sugita, Takaharu Mori

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年9月22日
The distortion–push mechanism for the γ subunit rotation in F 1 -ATPase

Masahiro Motohashi, Mao Oide, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Eiro Muneyuki, Yuji Sugita

Proceedings of the National Academy of Sciences 2025年8月19日
Dynamic Shielding and Allosteric Modulation of Erythropoietin by Glycosylation

Tomoaki Yagi, Haeri Im, Song-Ho Chong, Yuji Sugita

2025年8月6日
ColBuilder: flexible structure generation of crosslinked collagen fibrils

Debora Monego, Matthias Brosz, Johanna Buck, Vsevolod Viliuga, Paulius Greicius, Jaewoon Jung, Torsten Stuehn, Matthias Schmies, Yuji Sugita, Frauke Gräter

Bioinformatics 2025年6月2日
Mechanism of bridge-type phospholipid transfer by Atg2 for autophagosome biogenesis

Yuji Sakai, Kazuaki Matoba, Tetsuya Kotani, Li Hao, Kuninori Suzuki, Chika Kakuta, Yuji Sugita, Takuo Osawa, Hitoshi Nakatogawa, Nobuo N. Noda

2025年5月26日
High-performance QM/MM Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations with GENESIS SPDYN and QSimulate-QM

Kiyoshi Yagi, Klaas Gunst, Toru Shiozaki, Yuji Sugita

Journal of Chemical Theory and Computation 2025年4月22日
Rational Design Principles for De Novo α-Helical Peptide Barrels with Dynamic Conductive Channels

Ai Niitsu, Andrew R. Thomson, Alistair J. Scott, Jason T. Sengel, Jaewoon Jung, Kozhinjampara R. Mahendran, Mikiko Sodeoka, Hagan Bayley, Yuji Sugita, Derek N. Woolfson …

Journal of the American Chemical Society 2025年4月9日
In silico nanoscope to study the interplay of genome organization and transcription regulation

Soundhararajan Gopi, Giovanni B Brandani, Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chenyang Gu, Azuki Mizutani, Hiroshi Ochiai, Yuji Sugita, Shoji Takada

Nucleic Acids Research 2025年3月20日
Langevin integration for isothermal–isobaric condition with a large time step

Jaewoon Jung, Yuji Sugita

The Journal of Chemical Physics 2025年3月14日
Efficient Training of Neural Network Potentials for Chemical and Enzymatic Reactions by Continual Learning

Yao-Kun Lei, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita

Journal of Chemical Theory and Computation 2025年3月11日
Structural dynamics of a designed peptide pore under an external electric field

Ai Niitsu, Jaewoon Jung, Yuji Sugita

Biophysical Chemistry 318 107380-107380 2025年3月
Enzymes can activate and mobilize the cytoplasmic environment across scales

Mirco Dindo, Jakob Metson, Weitong Ren, Michalis Chatzittofi, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita, Ramin Golestanian, Paola Laurino

2025年1月28日
Allosteric changes in the conformational landscape of Src kinase upon substrate binding.

Song-Ho Chong, Hiraku Oshima, Yuji Sugita

Journal of molecular biology 168871-168871 2024年11月19日
De novo design of α-helical peptide channels with designer stoichiometry

Ai Niitsu, Andrew R Thomson, Alistair J Scott, Jason T Sengel, Jaewoon Jung, Kozhinjampara R Mahendran, Mikiko Sodeoka, Hagan Bayley, Yuji Sugita, Derek N Woolfson …

2024年10月6日
Heterogenous organization in condensates of multiple transcription factors in embryonic stem cells

Azuki Mizutani, Cheng Tan, Yuji Sugita, Shoji Takada

2024年6月17日
GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models

Jaewoon Jung, Kiyoshi Yagi, Cheng Tan, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Isseki Yu, Yasuhiro Matsunaga, Chigusa Kobayashi, Shingo Ito, Diego Ugarte La Torre …

The Journal of Physical Chemistry B 128(25) 6028-6048 2024年6月14日
Learning QM/MM potential using equivariant multiscale model

Yao-Kun Lei, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita

The Journal of Chemical Physics 2024年6月7日
GENESIS CGDYN: large-scale coarse-grained MD simulation with dynamic load balancing for heterogeneous biomolecular systems

Jaewoon Jung, Cheng Tan, Yuji Sugita

Nature Communications 15(1) 2024年4月20日

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MISC

筋小胞体カルシウムポンプにおける構造変化と自由エネルギー解析

小林千草, 松永康佑, Jaewoon Jung, 杉田有治

生物物理 62(5) 298-300 2022年11月査読有り招待有り
Unraveling SARS-CoV-2 spike protein activation pathway reveals unprecedented cryptic pockets

Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yuji Sugita

BIOPHYSICAL JOURNAL 121(3) 457A-457A 2022年2月
分子動力学ソフトウェアGENESISを用いたタンパク質-リガンド結合の自由エネルギー計算 (小特集生体系の分子シミュレーション)

尾嶋拓, 李秀栄, 新津藍, 杉田有治

シミュレーション = Journal of the Japan Society for Simulation Technology 40(1) 22-28 2021年3月
生物物理学を牽引する新技術

安藤敏夫, 伊藤隆, 杉田有治, 南後恵理子, 安永卓生, 岡田康志, 神田元紀

生物物理 61(2) 111-118 2021年
オートファゴソーム形成に関与する膜タンパク質Atg9の膜中配向予測

森貴治, 的場一晃, 野田展生, 杉田有治, 杉田有治, 杉田有治

分子シミュレーション討論会講演要旨集 34th (CD-ROM) 2020年
Simulations of biomolecules in cellular crowded environments

Yuji Sugita, Kento Kasahara, Hiraku Oshima, Isseki Yu, Grzegorz Nawrocki, Suyong Re, Michael Feig

JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS 37 51-52 2019年5月
Elucidating the crowding effect on protein-ligand binding process

Kento Kasahara, Hiraku Oshima, Grzegorz Nawrocki, Isseki Yu, Suyong Re, Michael Feig, Yuji Sugita

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 257 2019年3月
Whole-cell models and simulations in molecular detail

Michael Feig, Yuji Sugita

Annual Review of Cell and Developmental Biology 35 191-211 2019年
Effects of T686A Mutation on the Structural Stability of the AMPA Receptor Ligand-Binding Domain

Hiraku Oshima, Suyong Re, Masayoshi Sakakura, Hideo Takahashi, Yuji Sugita

BIOPHYSICAL JOURNAL 114(3) 125A-125A 2018年2月
脂質分子クラスターをラマン分光と計算化学でみる

城田幸一郎, 八木清, 杉田有治, 小林俊秀

液晶 : 日本液晶学会誌 : journal of the Japanese Liquid Crystal Society 22(3) 184-191 2018年
計算機シミュレーションで観る膜タンパク質の構造ダイナミクス (第5土曜特集生命現象を観る : 革新的な構造生命科学が観せてくれる世界) -- (計算機科学)

杉田有治

医学のあゆみ 262(5) 544-551 2017年7月29日
イオン駆動型の蛋白質膜透過モーター膜蛋白質の構造解析

古川新, 吉海江国仁, 森貴治, 森博幸, 森本雄祐, 菅野泰功, 岩木薫大, 南野徹, 杉田有治, 田中良樹 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 115 2017年5月22日
バクテリア細胞質中の代謝物-蛋白質間相互作用 : 全原子細胞質モデルと大規模分子動力学計算による理論的研究 (特集京コンピュータによる分子シミュレーションの新展開)

優乙石, 杉田有治

アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌 19(2) 75-80,図巻頭1p 2017年4月
Protein Diffusion Around Bacterial Nucleoid

Asli Yildirim, Tadashi Ando, Yuji Sugita, Michael Feig

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 217A-218A 2017年2月
構造解析から明らかにされる細菌タンパク質機能膜輸送装置の構造と機能(Function of bacterial proteins revealed by the structural analysis Structure and function of the proton-driven protein translocation motor)

田中良樹, 古川新, 森貴治, 森博幸, 森本雄祐, 菅野泰功, 岩木薫大, 南野徹, 杉田有治, 塚崎智也

日本細菌学雑誌 72(1) 39-39 2017年2月
分子シミュレーションによるプロトン駆動モーターSecDFのプロトン透過経路の探索

森貴治, 田中良樹, 吉海江国仁, 塚崎智也, 杉田有治

日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集 42nd 122‐123 2016年12月16日
次世代研究者による動的構造生命タンパク質膜透過を駆動するモータータンパク質のスナップショット(Dynamic structural biology by next-generation researchers Snapshots of a protein translocation motor)

Furukawa Arata, Yoshikaie Kunihito, Mori Takaharu, Mori Hiroyuki, Morimoto Yusuke, Sugano Yasunori, Iwaki Shigehiro, Minamino Tooru, Sugita Yuji, Tanaka Yoshiki …

生物物理 56(Suppl.1-2) S170-S170 2016年10月
分子シミュレーションによるタンパク質透過チャネル因子SecGの構造揺らぎの解析

森貴治, 森貴治, 塚崎智也, 杉田有治, 杉田有治, 杉田有治, 杉田有治

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 71(2) ROMBUNNO.16aPS‐33-3120 2016年9月23日
タンパク質透過チャネルSecYEGにおけるSecGの役割―分子動力学計算によるアプローチ―

森貴治, 森貴治, 塚崎智也, 杉田有治, 杉田有治, 杉田有治, 杉田有治

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 63 2016年5月19日
新生鎖を膜透過させるSec蛋白質のX線結晶構造解析

田中良樹, 菅野泰功, 武本瑞貴, 森貴治, 古川新, 吉海江国仁, 草木迫司, 熊崎薫, 鹿島絢子, 石谷隆一郎 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 37 2016年5月19日

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書籍等出版物

計算科学のためのHPC技術

下司, 雅章, 片桐, 孝洋, 中田, 真秀, 渡辺, 宙志, 山本, 有作, 吉井, 範行, 鄭, 載運, 杉田, 有治, 石村, 和也, 大石, 進一, 南, 一生, 高橋, 大介, 尾崎, 泰助, 安藤, 嘉倫, 小林, 正人, 成瀬, 彰, 黒澤, 一平, 関根, 晃太, 森倉, 悠介, 黒田, 久泰

大阪大学出版会 2017年3月 (ISBN: 9784872595864)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

クロススケール細胞内分子構造動態の実験データ融合モデリング

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2026年3月

杉田有治, 笠原健人
総括班：クロススケール新生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2026年3月

吉川雅英, 稲葉謙次, 水上進, 田中元雅, 仁田亮, 西田紀貴, 杉田有治, 山本林, 倉永英里奈, 福間剛士
マルチスケール分子動力学シミュレーションによる細胞内分子動態の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2019年6月 - 2024年3月

杉田有治, 伊藤隆, 優乙石
「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果取りまとめを目指した組織活動

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2020年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也
糖鎖立体構造アンサンブル予測のための新たな構造探索モデルの開発と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

李秀栄, 杉田有治, 山口芳樹, ガルベリスライモンダス
動的構造生命科学研究領域における海外ネットワーク形成を目指した支援活動

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年11月 - 2019年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也, 甲斐荘正恒, TAMA FLORENCE, 稲垣冬彦
動的構造生命科学を拓く新発想測定技術－タンパク質が動作する姿を活写する－

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年7月 - 2019年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也, 阿久津秀雄, 稲垣冬彦, 嶋田一夫, 西村善文
マルチレゾリューション法を用いたタンパク質複合体の高解像度動的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年7月 - 2019年3月

杉田有治, TAMA FLORENCE
一酸化窒素の生体内動態の分子科学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2014年5月 - 2019年3月

城宜嗣, 澤井仁美, 杉田有治, 杉本宏, 當舎武彦, 中村寛夫, 久野玉雄, 久保稔, 八木清
体積変化の計算化学が解明する高圧生体分子反応

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2013年4月 - 2017年3月

優乙石, 杉田有治, ワンポーホン
分岐型糖鎖における分枝構造の非対称性の解析とその構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2013年4月 - 2017年3月

山口芳樹, 花島慎弥, 長江雅倫, 杉田有治, 李秀栄
糖鎖立体構造の網羅的モデリングとデータベース開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

李秀栄, 杉田有治, 山口芳樹
タンパク質・糖鎖の低親和性複合体構造の予測

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2014年3月

杉田有治, 李秀栄, 山口芳樹
タンパク質複合体形成の分子機構と自由エネルギー解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年4月 - 2014年3月

杉田有治
膜タンパク質‐脂質二重膜複合体の構造モデリング法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2011年 - 2012年

森貴治, 杉田有治, 小串典子, ファイグマイケル
タンパク質複合体形成のダイナミクスと分子認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年 - 2011年

杉田有治
分子シミュレーションによる膜タンパク質の構造変化と物質輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2003年 - 2008年

杉田有治, 近藤洋平
P型イオンポンプによる能動輪送機構の構造的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術創成研究費学術創成研究費 2002年 - 2006年

豊島近, 杉田有冶, 津田岳夫, 木寺詔紀, 鈴木裕
巨大膜蛋白質・脂質二重膜複合体の高精度分子動力学計算システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2003年 - 2004年

杉田有治
拡張アンサンブル法に基づく蛋白質フォールディング機構解析法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2002年 - 2002年

杉田有治

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