外山侑樹 (Yuki Toyama) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院薬学系研究科特任助教

学位: 博士（薬科学）(2015年3月東京大学)

研究者番号: 70975416
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-0457-678X
J-GLOBAL ID: 202301018567040440
researchmap会員ID: R000055937

Google Scholarのプロフィール: https://scholar.google.co.jp/citations?user=f472_rQAAAAJ&hl=en

研究分野

経歴

2024年9月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 客室研究員
2024年9月 - 現在

東京大学, 大学院薬学系研究科, 特任助教
2022年10月 - 2024年8月

国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員
2019年4月 - 2022年9月

トロント大学, 博士研究員
2018年5月 - 2019年3月

東京大学, 大学院薬学系研究科, 特任研究員
2015年4月 - 2018年4月

一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム, 特別研究職員

学歴

2012年4月 - 2015年3月

東京大学, 大学院薬学系研究科

委員歴

2025年4月 - 現在

日本薬学会, ファルマシアトピックス小委員

受賞

2018年5月

JMR Award, The 59th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference
2015年11月

若手ポスター最優秀賞 (JEOL RESONANCE賞), 日本核磁気共鳴学会

論文

Evaluating the effect of 1H decoupling on 19F longitudinal relaxation and signal line shape in 5-Fluorotryptophan

Yuki Toyama, Koh Takeuchi, Ichio Shimada

Journal of Magnetic Resonance 2025年5月査読有り筆頭著者責任著者
Mapping the FF domain folding pathway via structures of transiently populated folding intermediates

Debajyoti De, Nemika Thapliyal, Ved Prakash Tiwari, Yuki Toyama, D. Flemming Hansen, Lewis E. Kay, Pramodh Vallurupalli

Proceedings of the National Academy of Sciences 2024年12月10日査読有り
Quantitative analysis of the slow exchange process by 19F NMR in the presence of scalar and dipolar couplings: applications to the ribose 2′-19F probe in nucleic acids

Yuki Toyama, Ichio Shimada

Journal of Biomolecular NMR 2024年6月25日査読有り筆頭著者責任著者
NMR characterization of RNA binding property of the DEAD-box RNA helicase DDX3X and its implications for helicase activity

Yuki Toyama, Ichio Shimada

Nature Communications 2024年4月25日査読有り筆頭著者責任著者
Exploring Host–Guest Interactions within a 600 kDa DegP Protease Cage Complex Using Hydrodynamics Measurements and Methyl-TROSY NMR

Robert W. Harkness, Huaying Zhao, Yuki Toyama, Peter Schuck, Lewis Kay

Journal of the American Chemical Society 2024年3月27日査読有り
Sometimes pulses just have to be perfect – An example based on the measurement of amide proton transverse relaxation rates in proteins

Atul Kaushik Rangadurai, Yuki Toyama, Lewis E. Kay

Journal of Magnetic Resonance 349 107412-107412 2023年4月査読有り筆頭著者責任著者
Practical considerations for the measurement of near-surface electrostatics based on solvent paramagnetic relaxation enhancements

Atul Kaushik Rangadurai, Yuki Toyama, Lewis E. Kay

Journal of Magnetic Resonance 2023年4月査読有り筆頭著者責任著者
Less is more: A simple methyl-TROSY based pulse scheme offers improved sensitivity in applications to high molecular weight complexes

Nicolas Bolik-Coulon, Alexander I.M. Sever, Robert W. Harkness, James M. Aramini, Yuki Toyama, D. Flemming Hansen, Lewis E. Kay

Journal of Magnetic Resonance 346 107326-107326 2023年1月査読有り
Surface electrostatics dictate RNA-binding protein CAPRIN1 condensate concentration and hydrodynamic properties

Yuki Toyama, Atul Kaushik Rangadurai, Julie D. Forman-Kay, Lewis E. Kay

Journal of Biological Chemistry 2023年1月査読有り筆頭著者責任著者
Revisiting dipolar relaxation of a homonuclear spin pair in the presence of a radio frequency field: A tutorial

Yuki Toyama, Lewis E. Kay

Journal of Magnetic Resonance Open 2022年12月査読有り筆頭著者責任著者
Mapping the per-residue surface electrostatic potential of CAPRIN1 along its phase-separation trajectory

Yuki Toyama, Atul Kaushik Rangadurai, Julie D. Forman-Kay, Lewis E. Kay

Proceedings of the National Academy of Sciences 2022年9月6日査読有り筆頭著者責任著者
Measurement of 1Hα transverse relaxation rates in proteins: application to solvent PREs

Yuki Toyama, Atul Kaushik Rangadurai, Tairan Yuwen

Journal of Biomolecular NMR 76(4) 137-152 2022年8月査読有り筆頭著者責任著者
Structural basis of protein substrate processing by human mitochondrial high-temperature requirement A2 protease

Yuki Toyama, Robert W. Harkness, Lewis E. Kay

Proceedings of the National Academy of Sciences 2022年4月26日査読有り筆頭著者責任著者
Probing allosteric interactions in homo-oligomeric molecular machines using solution NMR spectroscopy

Yuki Toyama, Lewis E. Kay

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(50) 2021年12月14日査読有り筆頭著者
The A39G FF domain folds on a volcano-shaped free energy surface via separate pathways

Ved P. Tiwari, Yuki Toyama, Debajyoti De, Lewis E. Kay, Pramodh Vallurupalli

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(46) 2021年11月16日査読有り筆頭著者
Dissecting the role of interprotomer cooperativity in the activation of oligomeric high-temperature requirement A2 protein

Yuki Toyama, Robert W. Harkness, Lewis E. Kay

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(35) 2021年8月31日査読有り筆頭著者責任著者
Competing stress-dependent oligomerization pathways regulate self-assembly of the periplasmic protease-chaperone DegP

Robert W. Harkness, Yuki Toyama, Zev A. Ripstein, Huaying Zhao, Alexander I. M. Sever, Qing Luan, Jacob P. Brady, Patricia L. Clark, Peter Schuck, Lewis E. Kay

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(32) 2021年8月10日査読有り
Function-Related Dynamics in Multi-Spanning Helical Membrane Proteins Revealed by Solution NMR

Koh Takeuchi, Yutaka Kofuku, Shunsuke Imai, Takumi Ueda, Yuji Tokunaga, Yuki Toyama, Yutaro Shiraishi, Ichio Shimada

Membranes 2021年8月9日査読有り
Interaction hot spots for phase separation revealed by NMR studies of a CAPRIN1 condensed phase

Tae Hun Kim, Brandon J. Payliss, Michael L. Nosella, Ian T. W. Lee, Yuki Toyama, Julie D. Forman-Kay, Lewis E. Kay

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(23) 2021年6月8日査読有り
Oligomeric assembly regulating mitochondrial HtrA2 function as examined by methyl-TROSY NMR

Yuki Toyama, Robert W. Harkness, Tim Y. T. Lee, Jason T. Maynes, Lewis E. Kay

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(11) 2021年3月16日査読有り筆頭著者責任著者

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外山侑樹
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日本学術振興会海外特別研究員 2019年4月 - 2021年3月

外山侑樹

その他

Faculty of 1000 evaluation for "NMR Method for Characterizing Microsecond-to-Millisecond Chemical Exchanges Utilizing Differential Multiple-Quantum Relaxation in High Molecular Weight Proteins"

2016年

Recommended as an exceptional paper in Faculty of 1000 by Prof. Thomas Szyperski (the University at Buffalo) Score 18.5 (Top 0.5% in Structural Biology) https://connect.h1.co/article/726130874