山田悠介 (Yusuke Yamada) - マイポータル

基本情報

所属: 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構物質構造科学研究所助教

J-GLOBAL ID: 201301002910638550
researchmap会員ID: B000229684

外部リンク: http://kaken.nii.ac.jp/d/r/20391708.ja.html

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経歴

2005年 - 現在

大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助教

論文

A fully automated crystallization apparatus for small protein quantities.

Ryuichi Kato, Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Mikio Tanabe, Toshiya Senda

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 77(Pt 1) 29-36 2021年1月1日
Development of microspectrophotometer for the macromolecular crystallography beamline at the Photon Factory, Japan

Masahide Hikita, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Masahiko Hiraki, Toshiya Senda

Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances 75(a2) e735-e735 2019年8月18日
Current status of sample exchange robots on the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines

Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahide Hikita, Toshiya Senda

Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances 75(a2) e740-e740 2019年8月18日
Long-wavelength native-SAD phasing: opportunities and challenges.

Shibom Basu, Vincent Olieric, Filip Leonarski, Naohiro Matsugaki, Yoshiaki Kawano, Tomizaki Takashi, Chia-Ying Huang, Yusuke Yamada, Laura Vera, Natacha Olieric …

IUCrJ 6(Pt 3) 373-386 2019年5月1日査読有り
RFID Tag System for Sample Tracking at Structural Biology Beamlines

Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahide Hikita, Masashi Yamanaka, Toshiya Senda

AIP Conference Proceedings 2054 060074 2019年1月査読有り
Classification of X-Ray Protein Crystallization Using Deep Convolutional Neural Networks with a Finder Module.

Yusei Miura, Tetsuya Sakurai, Claus Aranha, Toshiya Senda, Ryuichi Kato, Yusuke Yamada

CoRR abs/1812.10087 2018年査読有り
The first crystal structure of a family 129 glycoside hydrolase from a probiotic bacterium reveals critical residues and metal cofactors

Mayo Sato, Dorothee Liebschner, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Takatoshi Arakawa, Siobhan S. Wills, Mitchell Hattie, Keith A. Stubbs, Tasuku Ito, Toshiya Senda …

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 292(29) 12126-12138 2017年7月査読有り
Crystallographic analysis of murine p24γ2 Golgi dynamics domain.

Nagae M, Liebschner D, Yamada Y, Morita-Matsumoto K, Matsugaki N, Senda T, Fujita M, Kinoshita T, Yamaguchi Y

Proteins 85(4) 764-770 2017年4月査読有り
タンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける試料交換ロボットおよび試料準備協働ロボットの開発

平木雅彦, 中村哲朗, 桑原直之, 原田彩佳, 小祝孝太郎, 松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 千田俊哉

ロボティクス・メカトロニクス講演会講演概要集 2017 2A2-H10 2017年
Protein crystallography beamline BL2S1 at the Aichi synchrotron

Nobuhisa Watanabe, Takayuki Nagae, Yusuke Yamada, Ayana Tomita, Naohiro Matsugaki, Masao Tabuchi

Journal of Synchrotron Radiation 24(1) 338-343 2017年1月1日査読有り
Crystal structure of an IclR homologue from Microbacterium sp strain HM58-2

Tomonori Akiyama, Yusuke Yamada, Naoki Takaya, Shinsaku Ito, Yasuyuki Sasaki, Shunsuke Yajima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS 73(Pt 1) 16-23 2017年1月査読有り
Protein crystallography beamline BL2S1 at the Aichi synchrotron

Nobuhisa Watanabe, Takayuki Nagae, Yusuke Yamada, Ayana Tomita, Naohiro Matsugaki, Masao Tabuchi

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION 24 338-343 2017年1月査読有り
On the influence of crystal size and wavelength on native SAD phasing

Dorothee Liebschner, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Miki Senda, Toshiya Senda

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY 72(Pt 6) 728-741 2016年6月査読有り
In-situ data collection at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines

Yamada Yusuke, Hiraki Masahiko, Matsugaki Naohiro, Kato Ryuichi, Senda Toshiya

PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION (SRI2015) 1741 2016年査読有り
Development of Sample Exchange Robot PAM-HC for Beamline BL-1A at the Photon Factory

Hiraki Masahiko, Matsugaki Naohiro, Yamada Yusuke, Senda Toshiya

PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION (SRI2015) 1741 2016年査読有り
Expanded potential of seleno-carbohydrates as a molecular tool for X-ray structural determination of a carbohydrate-protein complex with single/multi-wavelength anomalous dispersion phasing

Tatsuya Suzuki, Hisayoshi Makyio, Hiromune Ando, Naoko Komura, Masanori Menjo, Yusuke Yamada, Akihiro Imamura, Hideharu Ishida, Soichi Wakatsuki, Ryuichi Kato …

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY 22(7) 2090-2101 2014年4月査読有り
New methodologies at PF AR-NW12A: the implementation of high-pressure macromolecular crystallography

Leonard Michel Gabriel Chavas, Tadayuki Nagae, Hiroyuki Yamada, Nobuhisa Watanabe, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION 20(Pt 6) 838-842 2013年11月査読有り
Improvement of an automated protein crystal exchange system PAM for high-throughput data collection

Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION 20(Pt 6) 890-893 2013年11月査読有り
Improvements toward highly accurate diffraction experiments at the macromolecular micro-crystallography beamline BL-17A

Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki

Journal of Synchrotron Radiation 20(6) 938-942 2013年11月査読有り
Structural basis of preferential binding of fucose-containing saccharide by the Caenorhabditis elegans galectin LEC-6

Hisayoshi Makyio, Tomoharu Takeuchi, Mayumi Tamura, Kazusa Nishiyama, Hideyo Takahashi, Hideaki Natsugari, Yoichiro Arata, Ken-Ichi Kasai, Yusuke Yamada, Soichi Wakatsuki …

Glycobiology 23(7) 797-805 2013年7月査読有り

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MISC

ヒトリソソーム性シアリダーゼ(NEU1)の細胞内結晶化と構造解析に向けて

小祝孝太郎, 東哲也, 山田悠介, 平木雅彦, 月本準, 加藤龍一, 千田俊哉, Chavas Leonard M.G, 伊藤孝司, 湯本史明

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [3T17-04(3P0315)] 2015年12月
2A2-T04 フォトンファクトリー蛋白質結晶構造解析ビームラインにおける試料交換ロボットの開発

平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 千田俊哉

ロボティクス・メカトロニクス講演会講演概要集 2015 "2A2-T04(1)"-"2A2-T04(2)" 2015年5月17日
Structural biology beamlines at the Photon Factory

Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Nobutaka Shimizu, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 68 S148-S148 2012年
Potential of UV in phasing and its implementation for crystal centering at PF

Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiro Hiraki, Seiji Okazaki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 67 C656-C656 2011年
Structural biology and SAXS beamlines at the photon factory

Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Leonard G. M. Chavas, Masahiko Hiraki, Nobutaka Shimizu, Takeharu Mori, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 67 C803-C803 2011年
Low energy SAD experiments performed at the photon factory BL-1A

Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Masato Kawasaki, Ryuichi Kato, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 67 C355-C355 2011年
創薬研究に向けた新タンパク質結晶構造解析ビームラインPF-AR NE3A

山田悠介, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 若槻壮市

放射光 20(5) 322-323 2007年9月30日
蛋白質結晶評価技術の新展開

平木雅彦, 五十嵐教之, 加藤龍一, 山田悠介, 松垣直宏, 川崎政人, 若槻壮市

日本結晶成長学会誌 = Journal of the Japanese Association for Crystal Growth 34(3) 131-138 2007年9月23日

共同研究・競争的資金等の研究課題

回折イメージング法による結晶化ドロップ評価および最適結晶化条件探索の自動化

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2019年3月

山田悠介
膜タンパク質複合体のS-SAD法による構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2018年3月

加藤龍一, 牧尾尚能, 松垣直宏, 山田悠介, 萬谷博
低エネルギーSAD法における回折データの高シグナル低ノイズ化に向けた技術開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2009年 - 2011年

山田悠介
超微小タンパク質結晶試料可視化技術の開発による全自動データ収集の実現

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2009年 - 2011年

五十嵐教之, 若槻壮市, 平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介
タンパク質X線結晶構造解析を加速する結晶装填システムの高度化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2008年 - 2010年

平木雅彦, 若槻壮市, 加藤龍一, 川崎政人, 五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介
転写制御とDNA修復に関わるLys63結合ユビキチン認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2007年 - 2008年

川崎政人, 若槻壮市, 加藤龍一, 五十嵐教之, 平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 鈴木喜大
放射光低エネルギーX線を用いた蛋白質結晶構造解析手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2006年 - 2007年

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