松井佑介 (Yusuke Matsui) - マイポータル

基本情報

所属: 東海国立大学機構糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門准教授 (部門長)

学位: 博士（情報科学）(2014年12月北海道大学)

研究者番号: 90761495
J-GLOBAL ID: 201901013993817694
researchmap会員ID: B000380969

生命科学では未曾有の勢いで膨大かつ複雑なデータが生み出されており、次世代シークエンサー技術を始め、プロテオームや翻訳後修飾を捉える質量分析技術、さらにはイメージングや生体情報を捉えるセンシング技術など、多様かつヘテロなビッグデータが集積されています。これら大規模ヘテロなビッグデータを如何にして活用し、未知の生命システムにおけるメカニズムを描出していくかは生命科学において重要な課題となっています。私のミッションは、生命科学分野において有用な数理的モデリング手法とデータ解析手法を開発していくことです。

研究キーワード

研究分野

経歴

2021年1月 - 現在

東海国立大学機構糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門 (部門長)
2021年1月 - 現在

名古屋大学大学院医学系研究科総合保健学専攻准教授 (兼任)
2020年4月 - 現在

名古屋大学大学院医学系研究科総合保健学専攻准教授
2018年4月 - 2019年3月

名古屋大学大学院医学系研究科（保健）准教授
2015年1月 - 2018年3月

名古屋大学医学系研究科特任助教

受賞

2018年

スポーツデータコンペティションサッカー部門奨励賞日本統計学会スポーツ分科会

松井佑介
2016年

データ解析コンペティション ID-POS部門最優秀賞日本計算機統計学会

松井佑介
2016年

文部科学省委託事業スキルと実践を重視したビッグデータ・イノベーション人材育成事業ビッグデータチャレンジ賞文部科学省

松井佑介
奨励賞日本分類学会

松井佑介

論文

理学療法におけるデータサイエンスとAIの利活用と課題理学療法の教育分野におけるデータサイエンスとAIの利活用と課題

松井佑介

理学療法 39(4) 336-342 2022年4月招待有り筆頭著者
Types of anomalies in two-dimensional video-based gait analysis in uncontrolled environments

Yuki Sugiyama, Kohei Uno, Yusuke Matsui

BioRxive 2022年3月7日
Meta-analysis integrated with multi-omics data analysis to elucidate pathogenic mechanisms of age-related knee osteoarthritis in mice.

Hirotaka Iijima, Gabrielle Gilmer, Kai Wang, Sruthi Sivakumar, Christopher Evans, Yusuke Matsui, Fabrisia Ambrosio

The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences 77(7) 1321-1334 2022年1月3日査読有り
Pan-cancer methylome analysis for cancer diagnosis and classification of cancer cell of origin.

Dai Shimizu, Kenzui Taniue, Yusuke Matsui, Hiroshi Haeno, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Mitsuko Fukunaga, Kenji Shiraishi, Yuji Miyamoto, Seiichi Tsukamoto, Aya Komine, Yuta Kobayashi, Akihiro Kitagawa, Yukihiro Yoshikawa, Kuniaki Sato, Tomoko Saito, Shuhei Ito, Takaaki Masuda, Atsushi Niida, Makoto Suzuki, Hideo Baba, Takashi Ito, Nobuyoshi Akimitsu, Yasuhiro Kodera, Koshi Mimori

Cancer gene therapy 29(5) 428-436 2021年11月8日査読有り
Increased BUB1B/BUBR1 expression contributes to aberrant DNA repair activity leading to resistance to DNA-damaging agents.

Kazumasa Komura, Teruo Inamoto, Takuya Tsujino, Yusuke Matsui, Tsuyoshi Konuma, Kazuki Nishimura, Taizo Uchimoto, Takeshi Tsutsumi, Tomohisa Matsunaga, Ryoichi Maenosono, Yuki Yoshikawa, Kohei Taniguchi, Tomohito Tanaka, Hirofumi Uehara, Koichi Hirata, Hajime Hirano, Hayahito Nomi, Yoshinobu Hirose, Fumihito Ono, Haruhito Azuma

Oncogene 40(43) 6210-6222 2021年9月20日査読有り
RoDiCE: robust differential protein co-expression analysis for cancer complexome.

Yusuke Matsui, Yuichi Abe, Kohei Uno, Satoru Miyano

Bioinformatics (Oxford, England) 2021年9月16日査読有り
Pre-stimulus alpha oscillation and post-stimulus cortical activity differ in localization between consciously perceived and missed near-threshold somatosensory stimuli.

Jun-Ichi Uemura, Aiko Hoshino, Go Igarashi, Yusuke Matsui, Makoto Chishima, Minoru Hoshiyama

The European journal of neuroscience 54(4) 5518-5530 2021年8月査読有り
An in vitro coculture system of human peripheral blood mononuclear cells with hepatocellular carcinoma-derived cells for predicting drug-induced liver injury.

Shingo Oda, Yuka Uchida, Michael D Aleo, Petra H Koza-Taylor, Yusuke Matsui, Masanori Hizue, Lisa D Marroquin, Jessica Whritenour, Eri Uchida, Tsuyoshi Yokoi

Archives of toxicology 2020年8月20日査読有り
EXOSC9 depletion attenuates P-body formation, stress resistance, and tumorigenicity of cancer cells.

Seiko Yoshino, Yusuke Matsui, Yuya Fukui, Masahide Seki, Kiyoshi Yamaguchi, Akane Kanamori, Yurika Saitoh, Teppei Shimamura, Yutaka Suzuki, Yoichi Furukawa, Shuichi Kaneko, Motoharu Seiki, Yoshinori Murakami, Jun-Ichiro Inoue, Takeharu Sakamoto

Scientific reports 10(1) 9275-9275 2020年6月9日査読有り
Coordinated demethylation of H3K9 and H3K27 is required for rapid inflammatory responses of endothelial cells.

Yoshiki Higashijima, Yusuke Matsui, Teppei Shimamura, Ryo Nakaki, Nao Nagai, Shuichi Tsutsumi, Yohei Abe, Verena M Link, Mizuko Osaka, Masayuki Yoshida, Ryo Watanabe, Toshihiro Tanaka, Akashi Taguchi, Mai Miura, Xiaoan Ruan, Guoliang Li, Tsuyoshi Inoue, Masaomi Nangaku, Hiroshi Kimura, Tetsushi Furukawa, Hiroyuki Aburatani, Youichiro Wada, Yijun Ruan, Christopher K Glass, Yasuharu Kanki

The EMBO journal 39(7) e103949 2020年4月1日査読有り
Pathogenic Epigenetic Consequences of Genetic Alterations in IDH-Wild-Type Diffuse Astrocytic Gliomas.

Fumiharu Ohka, Keiko Shinjo, Shoichi Deguchi, Yusuke Matsui, Yusuke Okuno, Keisuke Katsushima, Miho Suzuki, Akira Kato, Noboru Ogiso, Akane Yamamichi, Kosuke Aoki, Hiromichi Suzuki, Shinya Sato, Nirmala Arul Rayan, Shyam Prabhakar, Jonathan Göke, Teppei Shimamura, Reo Maruyama, Satoru Takahashi, Akio Suzumura, Hiroshi Kimura, Toshihiko Wakabayashi, Hui Zong, Atsushi Natsume, Yutaka Kondo

Cancer research 79(19) 4814-4827 2019年10月1日査読有り
A network of networks approach for modeling interconnected brain tissue-specific networks.

Kawakubo H, Matsui Y, Kushima I, Ozaki N, Shimamura T

Bioinformatics (Oxford, England) 35(17) 3092-3101 2019年9月査読有り
Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition

Y MATSUI, S MIYANO, T SHIMAMURA

Lecture Notes in Bioinformatics 10834 115-123 2019年査読有り
GIMLET: Identifying Biological Modulators in Context-Specific Gene Regulation Using Local Energy Statistics

T SHIMAMURA, Y MATSUI, S MIYANO

Lecture Notes in Bioinformatics 10834 124-137 2019年査読有り
A temporal shift of the evolutionary principle shaping intratumor heterogeneity in colorectal cancer.

Tomoko Saito, Atsushi Niida, Ryutaro Uchi, Hidenari Hirata, Hisateru Komatsu, Shotaro Sakimura, Shuto Hayashi, Sho Nambara, Yosuke Kuroda, Shuhei Ito, Hidetoshi Eguchi, Takaaki Masuda, Keishi Sugimachi, Taro Tobo, Haruto Nishida, Tsutomu Daa, Kenichi Chiba, Yuichi Shiraishi, Tetsuichi Yoshizato, Masaaki Kodama, Tadayoshi Okimoto, Kazuhiro Mizukami, Ryo Ogawa, Kazuhisa Okamoto, Mitsutaka Shuto, Kensuke Fukuda, Yusuke Matsui, Teppei Shimamura, Takanori Hasegawa, Yuichiro Doki, Satoshi Nagayama, Kazutaka Yamada, Mamoru Kato, Tatsuhiro Shibata, Masaki Mori, Hiroyuki Aburatani, Kazunari Murakami, Yutaka Suzuki, Seishi Ogawa, Satoru Miyano, Koshi Mimori

Nature communications 9(1) 2884-2884 2018年7月23日査読有り
ER stress signaling promotes the survival of cancer "Persister Cells" tolerant to EGFR tyrosine Kinase inhibitors

Hideki Terai, Shunsuke Kitajima, Danielle S. Potter, Yusuke Matsui, Laura Gutierrez Quiceno, Ting Chen, Tae-Jung Kim, Maria Rusan, Tran C. Thai, Federica Piccioni, Katherine A. Donovan, Nicholas Kwiatkowski, Kunihiko Hinohara, Guo Wei, Nathanael S. Gray, Eric S. Fischer, Kwok-Kin Wong, Teppei Shimamura, Anthony Letai, Peter S. Hammerman, David A. Barbie

Cancer Research 78(4) 1044-1057 2018年2月15日査読有り
Identification of Cardiomyocyte-Fated Progenitors from Human-Induced Pluripotent Stem Cells Marked with CD82

Masafumi Takeda, Yasuharu Kanki, Hidetoshi Masumoto, Shunsuke Funakoshi, Takeshi Hatani, Hiroyuki Fukushima, Akashi Izumi-Taguchi, Yusuke Matsui, Teppei Shimamura, Yoshinori Yoshida, Jun K. Yamashita

Cell Reports 22(2) 546-556 2018年査読有り
ハイブリッドサイエンスの新時代〜生命科学とデータ科学を繋ぐ〜ゲノムワイドCRISPRスクリーニングによるEGFR-TKI+転写阻害剤相乗作用の分子機構の理解

寺井秀樹, Potter Danielle, 北嶋俊輔, 松井佑介, Kim Tae-Jung, Rusan Maria, Thai Tran, Piccioni Federica, Donovan Katherine, Kwiatkowski Nicholas, 日野原邦彦, Wei Guo, Gray Nathanael, Fischer Eric, 島村徹平, Letai Anthony, Hammerman Peter, Barbie David

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [1PW08-6] 2017年12月
phyC: Clustering cancer evolutionary trees

Yusuke Matsui, Atsushi Niida, Ryutaro Uchi, Koshi Mimori, Satoru Miyano, Teppei Shimamura

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(5) e1005509 2017年5月査読有り
(DM)-M-3: detection of differential distributions of methylation levels

Yusuke Matsui, Masahiro Mizuta, Satoshi Ito, Satoru Miyano, Teppei Shimamura

BIOINFORMATICS 32(15) 2248-2255 2016年8月査読有り

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MISC

リン酸化プロテオゲノミクスにより暴かれる淡明腎細胞がんKinotypeと層別化治療戦略の構築

阿部雄一, 松井佑介, 植村元秀, 多田亜沙, 足立淳, 朝長毅

日本プロテオーム学会大会要旨集 2017 152-152 2017年
リン酸化プロテオゲノミクスにより暴かれる淡明腎細胞がんKinotypeと層別化治療戦略の構築

阿部雄一, 松井佑介, 植村元秀, 多田亜沙, 足立淳, 朝長毅

日本プロテオーム学会大会要旨集 2017 124-124 2017年
時系列共起ネットワークによるID-POSデータ解析

畠山悠, 島村徹平, 遠山美穂, 橘川雄樹, Anh Nguyen Viet, 原健翔, Beltran Jessica Gabriela, Fajardo Jovilyn, Therese B, 鄭弘鎭, 松井佑介

日本計算機統計学会大会論文集 30 133-134 2016年
共同購入型クーポンサイトにおける顧客属性と購買傾向に関する考察(セッション3B スタディーグループセッション「データカフェ」)

五十嵐千人, 高倉潤也, 鈴木和之, 高畑優修, 藤崎稔晃, 松井佑介, 南弘征

日本計算機統計学会シンポジウム論文集 27 93-96 2013年
テキストマイニングによるネット販売サイトのキャッチフレーズ解析(セッション3B スタディーグループセッション「データカフェ」)

高倉潤也, 五十嵐千人, 鈴木和之, 高畑優修, 藤崎稔晃, 松井佑介, 南弘征

日本計算機統計学会シンポジウム論文集 27 97-98 2013年
ゴルフサイト会員の商品購買動向に対するシンボリックデータ解析(スタディグループセッション「データカフェ」:平成23年度データ解析コンペティション報告)

藤崎稔晃, 伊藤大哲, 鈴木和之, 妹尾いづみ, 松井佑介, 南弘征

日本計算機統計学会大会論文集 26 19-22 2012年
A Clustering Method for Distribution Valued Dissimilarities(Session 2b)

Matsui Yusuke, Mizuta Masahiro, Minami Hiroyuki, Komiya Yuriko

日本計算機統計学会シンポジウム論文集 (25) 101-102 2011年11月11日

書籍等出版物

遺伝子医学MOOK 33号「遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析 - 病態解明から個別化医療，ゲノム創薬まで -」

松井佑介, 島村徹平 (担当:分担執筆, 範囲:phyC－がん進化を推定・分類するためのデータ駆動型数理アプローチ)

メディカル・ドゥ 2018年

講演・口頭発表等

Toward Achieving Precision Health Driven by Biomedical Informatics with Data Science

Yusuke Matsui

Data Science, Statistics, Data Visualization 2019 2019年招待有り
がんの複雑性と進化を読み解くデータ科学駆動型アプローチ

松井佑介

科研費シンポジウム「生命・自然科学における複雑現象解明のための統計的アプローチ」 2018年招待有り
Statistical approaches to cancer heterogeneity.

松井佑介

Cancer Development and Complexity 2017年
リン酸化プロテオゲノミクスにより暴かれる淡明腎細胞がんKinotypeと層別化治療戦略の構築

阿部雄一, 松井佑介, 植村元秀, 多田亜沙, 足立淳, 朝長毅

日本プロテオーム学会（若手セッション Systems biology) 2017年招待有り
Analysis of proteogenomic data with logic model.

Matsui Y, Abe Y, Miyano S, Shimamura T

日本プロテオーム学会（若手セッション Systems biology) 2017年招待有り
Classification of tree-valued data and its application to cancer evolutionary trees.

Matsui Y, Miyano S, Shimamura S

Conference of International Federation of Classification Society (Special Session:"The cutting edge of biomedical big data - from bioinformatic methodologies to data analysis" 2017年招待有り
医療革新を牽引するバイオメディカルビッグデータサイエンスの現状と未来-Data×Information Science＝Life Science Innovation？

松井佑介

名古屋大学大学院医学系研究科シンポジウム（「データサイエンスが拓く医療の未来-AI & beyond」） 2017年招待有り
がん細胞の特性に基づくサブクローン進化構造の統計的推定手法の開発

松井佑介, 宮野悟, 島村徹平

生命医薬情報学連合大会（BoF企画セッション「異分野融合研究によるがんの進化の理解」） 2017年招待有り
GIMLET: Identifying Biological Modulators in Context-Specific Gene Regulation Using Local Energy Statistics.

Shimamura T, Matsui Y, Kajino T, Ito S, Takahashi T, Miyano S

Computational Intelligence methods for Bioinformatics and Biostatistics , 2017年 2017年
Clustering cancer evolutionary trees

Matsui Y, Niida A, Uchi R, Mimori K, Miyano S, Shimamura T

ERCIM / CMStatistics 2017年
Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition

Matsui Y, Miyano S, Shimamura T

Computational Intelligence methods for Bioinformatics and Biostatistics 2017年
木構造値データの分類手法とがん進化系統樹への応用

松井佑介, 宮野悟, 島村徹平

統計関連学会連合大会（企画セッション「分類理論の最前線」） 2016年招待有り
Two-sample test with distributional data and detection of differential DNA methylation

Matsui Y, Mizuta M, Miyano S, Shimamura T

Conference of International Federation of Classification Society (Special Session:"The cutting edge of biomedical big data - from bioinformatic methodologies to data analysis" 2015年
計算機統計学をとりまく最近のビッグデータ処理

松井佑介

計算機統計学会（特別セッション「ビッグデータ」) 2015年招待有り
Analysis of Object-oriented Data for ComprehensiveSystem Understanding of Cancer.

Matsui Y, Shimamura T

International Workshop for JSCS 30th Anniversary in Okinawa.(Special session: "Statistical Approaches to Data Mining and Machine Learning") 2015年招待有り
放射線治療に関する計算機統計学的アプローチ

松井佑介, 水田正弘

学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点第6 回シンポジウム 2014年招待有り
SDA for mixed-type data and its application to analysis of environmental radio activity level data.

Matsui Y, Mizuta M

COMPSTAT2014 2014年
Analysis of sensing data with moving functional methods.

Mizuta M, Matsui Y

COMPSTAT2014 2014年
放射性物質の分布状況等調査データベースを用いた空間線量率分布に関する考察

松井佑介, 南弘征, 水田正弘

2013年度統計関連学会連合大会 2013年
Hierarchical Symbolic Cluster Analysis with Quantile Function Representation

Matsui Y, Minami, H, Mizuta, M

IFCS 2013 2013年

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

がん化学放射線療法再発症例における腫瘍合成致死誘導治療法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2026年3月

小村和正, 東治人, 辻川和丈, 吉見昭秀, 松井佑介, 谷口高平
リバーストランスオミクス解析によるがんシステムのボトムアップ統合理解と攻略

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2025年3月

松井佑介
ドライバー癌遺伝子誘導性の細胞老化を作用機序とする変異KRAS肺癌の創薬研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

佐藤光夫, 芳川豊史, 長谷哲成, 湯川博, 田中一大, 松井佑介
各種細胞株の放射線照射による生存率曲線と遺伝子発現量の測定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

平野祥之, 松井佑介
ネオロコモ：俯瞰的システムから挑む運動器不全メカニズムの全貌解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2020年7月 - 2023年3月

松井佑介
難治がん検体からのNon-coding region由来マイクロペプチドーム測定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

阿部雄一, 田口歩, 山口類, 松井佑介
筋活動パターンのリアルタイムフィードバックシステムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

竹内裕喜, 野嶌一平, 松井佑介
メタ解析とシンボリックデータ解析の融合による探索的メタアナリシスの新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2018年4月 - 2023年3月

水田正弘, 清水信夫, 南弘征, 松井佑介, 飯島弘章
時空間脳内ネットワーク構造に基づく革新的歩行介入法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2022年3月

野嶌一平, 菅田陽怜, 金沢星慶, 松井佑介
がんのエコシステム攻略に向けたブール関数上における統計的モデリング手法の構築

文部科学省若手研究 2018年 - 2020年

松井佑介
がんシステムの新次元理解に向けたプロテオゲノムビッグデータ解析基盤の構築

文部科学省新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年 - 2020年

松井佑介
がんのサブクローン構造を俯瞰的に攻略するための統計的解析手法の開発

文部科学省若手研究（B) 2016年 - 2019年

松井佑介
がんの多様性を多角的に捉えて解析するためのオブジェクト指向型データ解析法の構築

文部科学省新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年 - 2018年

松井佑介

松井佑介