繊毛虫ミドリゾウリムシの細胞内には約700個のクロレラが共生している。本研究課題は、二次共生成立に関与する遺伝子と遺伝子産物を網羅的に解析することを目的として行った。クロレラが共生前後の細胞からRNAを抽出し、Illumina HiSeq2000によるシークエンスをおこなった。その結果、クロレラとの共生による宿主側の遺伝子発現の変化が初めて明らかになった。発現が変化する遺伝子数は6,698であり、その中には、ストレスタンパク質遺伝子や抗酸化作用をもつグルタチオン-S-トランスフェラーゼ遺伝子などが含まれていた。さらに、細胞内共生成立機構に関与する細胞生物学的なデータをいくつか得た。