沼寿隆 (Numa Hisataka) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構高度解析センターゲノム情報大規模解析チーム主任研究員

J-GLOBAL ID: 201601013782600301
researchmap会員ID: B000262403

外部リンク: http://www.naro.affrc.go.jp/naac/index.html

作物，微生物，昆虫のゲノム情報の解析を行っています。ゲノム情報解析のためのWebサービスやコンピュータシステムの開発や管理・運用も行っています。

研究キーワード

研究分野

論文

DNA Methylation Affects the Efficiency of Transcription Activator-Like Effector Nucleases-Mediated Genome Editing in Rice

Hidetaka Kaya, Hisataka Numa, Ayako Nishizawa-Yokoi, Seiichi Toki, Yoshiki Habu

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 8 2017年3月査読有り
The Nipponbare genome and the next-generation of rice genomics research in Japan

Takashi Matsumoto, Jianzhong Wu, Takeshi Itoh, Hisataka Numa, Baltazar Antonio, Takuji Sasaki

RICE 9 2016年7月査読有り
A Short Open Reading Frame Encompassing the MicroRNA173 Target Site Plays a Role in trans-Acting Small Interfering RNA Biogenesis

Manabu Yoshikawa, Taichiro Iki, Hisataka Numa, Kyoko Miyashita, Tetsuo Meshi, Masayuki Ishikawa

PLANT PHYSIOLOGY 171(1) 359-368 2016年5月査読有り
Gene Body CG and CHG Methylation and Suppression of Centromeric CHH Methylation are Mediated by DECREASE IN DNA METHYLATION1 in Rice

Hisataka Numa, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Yoshiki Habu

MOLECULAR PLANT 8(10) 1560-1562 2015年10月査読有り
Epigenomic modification in rice controls meiotic recombination and segregation distortion

Yoshiki Habu, Tsuyu Ando, Sachie Ito, Kiyotaka Nagaki, Naoki Kishimoto, Fumio Taguchi-Shiobara, Hisataka Numa, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Minoru Murata …

MOLECULAR BREEDING 35(4) 2015年4月査読有り
Rhizoxin Analogs Contribute to the Biocontrol Activity of a Newly Isolated Pseudomonas Strain

Kasumi Takeuchi, Naomi Noda, Yuichi Katayose, Yoshiyuki Mukai, Hisataka Numa, Kosumi Yamada, Nobutaka Someya

MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS 28(3) 333-342 2015年3月査読有り
Analysis of a DNA-type transposon of rice that is activated during callus induction

Yoshiki Habu, Hiroaki Saika, Hisataka Numa

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 317-317 2014年12月査読有り
MEGANTE: A Web-Based System for Integrated Plant Genome Annotation

Hisataka Numa, Takeshi Itoh

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 55(1) 2014年1月査読有り
Rice annotation project database (RAP-DB): An integrative and interactive database for rice genomics

Hiroaki Sakai, Sung Shin Lee, Tsuyoshi Tanaka, Hisataka Numa, Jungsok Kim, Yoshihiro Kawahara, Hironobu Wakimoto, Ching-Chia Yang, Masao Iwamoto, Takashi Abe …

Plant and Cell Physiology 54(2) e6-+ 2013年2月査読有り
Improvement of the Oryza sativa Nipponbare reference genome using next generation sequence and optical map data

Yoshihiro Kawahara, Melissa de la Bastide, John P. Hamilton, Hiroyuki Kanamori, W. Richard McCombie, Shu Ouyang, David C. Schwartz, Tsuyoshi Tanaka, Jianzhong Wu, Shiguo Zhou …

RICE 6 2013年査読有り
TriAnnot: a versatile and high performance pipeline for the automated annotation of plant genomes

Philippe Leroy, Nicolas Guilhot, Hiroaki Sakai, Aurelien Bernard, Frederic Choulet, Sebastien Theil, Sebastien Reboux, Naoki Amano, Timothee Flutre, Celine Pelegrin …

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 3 2012年査読有り
Distinct evolutionary patterns of Oryza glaberrima deciphered by genome sequencing and comparative analysis

Hiroaki Sakai, Hiroshi Ikawa, Tsuyoshi Tanaka, Hisataka Numa, Hiroshi Minami, Masaki Fujisawa, Michie Shibata, Kanako Kurita, Ari Kikuta, Masao Hamada …

PLANT JOURNAL 66(5) 796-805 2011年6月査読有り
Gene tree discordance of wild and cultivated Asian rice deciphered by genome-wide sequence comparison

Ching-chia Yang, Hiroaki Sakai, Hisataka Numa, Takeshi Itoh

GENE 477(1-2) 53-60 2011年5月査読有り
Efficient Plant Gene Identification Based on lnterspecies Mapping of Full-Length cDNAs

Naoki Amano, Tsuyoshi Tanaka, Hisataka Numa, Hiroaki Sakai, Takeshi Itoh

DNA RESEARCH 17(5) 271-279 2010年10月査読有り
Transduction of RNA-directed DNA methylation signals to repressive histone marks in Arabidopsis thaliana

Hisataka Numa, Jong-Myong Kim, Akihiro Matsui, Yukio Kurihara, Taeko Morosawa, Junko Ishida, Yoshiki Mochizuki, Hiroshi Kimura, Kazuo Shinozaki, Tetsuro Toyoda …

EMBO JOURNAL 29(2) 352-362 2010年1月査読有り
MOM1 silences endogenous targets of RdDM in Arabidopsis thaliana

Yoshiki Habu, Hisataka Numa, Jong-Myong Kim, Yasuo Kurihara, Akihiro Matsui, Kazuo Shinozaki, Motoaki Seki, Manabu Yoshikiwa

GENES & GENETIC SYSTEMS 84(6) 453-453 2009年12月査読有り
A Bioinformatics Resource for Crop Functional Genomics: GFSelector Module in Automated Annotation System, RiceGAAS

Katsumi Sakata, Hiroshi Ikawa, Hiroyuki Watanabe, Ikuo Ashikawa, Yuji Shimizu, Ikuo Horiuchi, Baltazar A. Antonio, Hisataka Numa, Yoshiaki Nagamura, Takashi Matsumoto

JARQ-JAPAN AGRICULTURAL RESEARCH QUARTERLY 43(2) 103-113 2009年4月査読有り
Genome-wide validation of Magnaporthe grisea gene structures based on transcription evidence

Hisataka Numa, Marie Nishimura, Tsuyoshi Tanaka, Hiroyuki Kanamori, Ching-chia Yang, Takashi Matsumoto, Yoshiaki Nagamura, Takeshi Itoh

FEBS LETTERS 583(4) 797-800 2009年2月査読有り
A genome-wide survey for endogenous targets of MOM1 that is required for the maintenance of transcriptional gene silencing in Arabidopsis

Yoshiki Habu, Manabu Yoshikawa, Yukio Kurihara, Akihiro Matsui, Kazuo Shinozaki, Hisataka Numa, Tetsuro Toyoda, Motoaki Seki

GENES & GENETIC SYSTEMS 83(6) 514-514 2008年12月査読有り
The rice annotation project database (RAP-DB): 2008 update

Tsuyoshi Tanaka, Baltazar A. Antonio, Shoshi Kikuchi, Takashi Matsumoto, Yoshiaki Nagamura, Hisataka Numa, Hiroaki Sakai, Jianzhong Wu, Takeshi Itoh, Takuji Sasaki …

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36 D1028-D1033 2008年1月査読有り

MISC

機械学習によるイネもみ枯細菌病菌及びイネ苗立枯細菌病菌のタイプIIIエフェクターの同定

秋本千春, 沼寿隆

日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2017 143 2017年4月12日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 1 超高速シーケンサーに対応したゲノム断片の整列化機能(3)プログラム運用

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 16‐19 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(1)予測基礎プログラム構築

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 19‐21 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(2)プログラム結合動作

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 21‐23 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第1章データベースの改良,運用 2 総合DBシステム開発(1)基盤システムの構築

宮尾安藝雄, 沼寿隆, 前田英郎, 春原嘉弘, 後藤明俊

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 8‐9 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 1 超高速シーケンサーに対応したゲノム断片の整列化機能(2)プログラム結合動作

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 14‐15 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第1章データベースの改良,運用 2 総合DBシステム開発(2)ブラウザの開発

宮尾安藝雄, 沼寿隆, 前田英郎, 春原嘉弘, 後藤明俊

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 9‐11 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(3)プログラム運用

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 23‐24 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第1章データベースの改良,運用 1 システムの運用(2)データの移植

宮尾安藝雄, 沼寿隆, 前田英郎, 春原嘉弘, 後藤明俊

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 5‐6 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第1章データベースの改良,運用 1 システムの運用(3)新システムの運用

宮尾安藝雄, 沼寿隆, 前田英郎, 春原嘉弘, 後藤明俊

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 6‐8 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 1 超高速シーケンサーに対応したゲノム断片の整列化機能(1)既存プログラム動作単体試験

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 12‐13 2017年3月31日
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第1章データベースの改良,運用 1 システムの運用(1)新システムの導入

宮尾安藝雄, 沼寿隆, 前田英郎, 春原嘉弘, 後藤明俊

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (570) 5 2017年3月31日
イネ内在性トランスポゾンの転移特性とゲノム改変への利用の試み

平沢巽, 久古貴将, 湯川裕介, 野川省吾, 沼寿隆, 西村泰介, 土生芳樹

育種学研究 19 95 2017年3月29日
根圏より単離したPseudomonas protegensとその近縁系統の比較ゲノム解析によるバイオコントロール因子の同定

竹内香純, 野田なほみ, 片寄裕一, 向井喜之, 沼寿隆, 山田小須弥, 染谷信孝

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 25th 73 (JA),74(EN) 2015年12月
植物保護能力をもつ国内産バイオコントロール細菌の同定とゲノム解析

竹内香純, 野田なほみ, 片寄裕一, 向井喜之, 沼寿隆, 山田小須弥, 染谷信孝, 染谷信孝

農業生物資源研究所主な研究成果 2014 12-13 2015年7月
Pseudomonas sp.Os17の植物保護能力にはリゾキシン類縁体が寄与する

竹内香純, 野田なほみ, 片寄裕一, 向井喜之, 沼寿隆, 山田小須弥, 染谷信孝

日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2015 106 2015年3月10日
イネの脱分化・再分化過程および低メチル化系統における活性トランスポゾンの状態解析

土生芳樹, 雑賀啓明, 沼寿隆

育種学研究 16 102 2014年9月26日
イネ脱分化に伴って活性化されるDNA型トランスポゾンの解析

土生芳樹, 雑賀啓明, 沼寿隆

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 86th 104 2014年8月31日
情報解析ツールの開発,整備 1 超高速配列決定時代に対応した情報リソース開発(GIR1001)

伊藤剛, 田中剛, 沼寿隆, 坂井寛章, 川原善浩

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (515) 80-87 2014年3月31日
遺伝子発現情報のプロファイリング 1 イネのトランスクリプトーム解析(RTR0001)

伊藤剛, 松本隆, 大野陽子, 水野浩志, 沼寿隆, 坂井寛章, 川原善浩

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果 (515) 49-57 2014年3月31日

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