臨床診断マーカー開発の分野でプロテオミクスは注目を集めている.中でもSELDI-TOF-MS法はハイスループットプラットホームとして有用性が期待されている.当研究所では,本システムを稼働させ,がん臨床に有用な診断マーカーの探索を行っている.これまでに血清・血漿中に含まれるペプチドプロファイルを利用して,膵臓がん,腎細胞がんの早期診断マーカーや食道がん術前化学放射線療法奏効性予測マーカーの開発を手がけてきた.本稿では,その原理,実際の解析方法,教師付き機械学習アルゴリズムを用いたマーカー抽出方法,臨床応用の可能性,今後の展望について述べたいと思う(著者抄録)