JRR-2は、36年間にわたって運転され、平成8年12月に永久停止した。その後、平成9年5月に解体届を提出し、同年8月より解体工事に着手した。解体は、4段階に分けて11年間にわたり実施する計画であり、現在第2段階を進めているところである。解体終了後、原子炉建家は研究施設として有効利用する計画である。そのため、原子炉本体は第4段階に一括撤去し、新たに設置する保管施設に保管する計画である。解体中の安全確保を図るため、さまざまな活動が実施されている。まず各工事ごとに詳細な工事方法、被ばく及び廃棄物量の評価が事前に実施されており、第1段階では、実際の被ばくを推定より大幅に低く抑えることができた。トリチウムにより汚染された重水、一次冷却系及び原子炉建家の取り扱いについては、重水のカナダへの輸送をはじめとする具体的な調査・検討が現在進められている。