原子力委員会は、平成6年6月、『原子力の研究、開発及び利用に関する長期計画(以下、原子力長計という)』を新たに決定し、その中(第3章7項)で『地層処分研究開発の基盤となる深部地質環境の科学的研究を着実に進めること』との指針を示した。ここでいう深部地質環境の科学的研究を、動力炉・核燃料開発事業団(以下、動燃)は地層科学研究として進めている。原子力長計はさらに、深地層の研究施設に以下に示すような位置づけを与え、その重要性を明らかにした。・深地層の環境条件として考慮されるべき特性等の正確な把握や地層処分を行うシステムの性能を評価するモデルの信頼性向上等地層処分研究に共通の研究基盤となる施設であり、我が国の深地層についての学術的研究にも寄与できる総合的な研究の場として整備していくことが重要、・我が国の地質の特性等を考慮して複数の設置が望まれる、・深地層の計画は、研究開発の成果、特に深部地質環境の科学的研究の成果を基盤として進めることが重要であり、その計画は処分場の計画とは明確に区別して進める。動燃が計画している超深地層研究所は、原子力長計に示された深地層の研究施設に相当する研究施設のひとつである。