2011年3月11日の東北地表太平洋沖地震によってJ-PARC 3GeV RCS電磁石は水平方向と垂直方向に最大10mmと4mmのアライメント誤差が生じた。電磁石の測量結果を用いた軌道計算から、これまでロス量が許容できる300kWのビーム運転が現状の配置で行われてきた。しかし、1MWの計算結果ではビームロスが2倍となるため、電磁石や加速空洞等の機器の再アライメントが必要となった。さらに、2012年夏に行われたセラミックダクトの測量結果から、ビームの設計アクセプタンス486$\pi$mm mmradを下回る位置に変位したセラミックダクトがアーク部に存在することがわかった。その数は偏向電磁石用ダクトで18台、四極電磁石用ダクトで23台、六極電磁石用ダクトで6台ある。これらのセラミックダクトについてもアライメントが必要となった。しかし、機器の再アライメントは2013年8月から12月の5か月間で完了しなければならない。そのため、アライメント手順の確認や作業工程の計画が重要となってくる。本報告では、機器の測量結果と最新の再アライメント計画について報告する。