病原細菌（ピロリ菌）が進化させてきたゲノムメチル化系の機能性を証明し、それをツールとして微生物の形質操作に利用する微生物育種法の基盤技術を確立した。NGSを用いたゲノムメチル化の網羅的検出とトランスクリプトームの解析手法を確立した。これまでに構築したメチル化酵素遺伝子ノックアウト株のトランスクリプトームデータを統合することで、複数の配列特異的メチル化系から構成される遺伝子発現ネットワーク（epigenetic network）があることを発見した。エピゲノム育種に利用できる可能性のある新規DNAメチル化系を発見した。