他大学，行政，ならびに地域住民と連携を図りながら，１）トキの野生復帰に関わる生物科学的研究，２）多面的機能に配慮した里地・里山の自然再生，３）自然再生を支援する地域社会づくり，といった３つの枠組みに沿って研究プロジェクトを展開する。これらの研究成果を統合化して，生態系の変動性や不確実性を考慮に入れた里地の管理計画『里地の順応的管理システム』を構築し，理論研究と実証研究の双方を通じて，その検証を行う。生態系や地域社会は時とともに刻々と変化していくため，適宜，その内容を修正しながら，持続可能な里地の管理計画の策定を目指す。