Magnetic Resonance Microscopy(MRM)によるヒト胎児標本三次元画像データベースの検索表示システムを構築するには、大量の三次元画像群から標本領域を効率的に抽出する必要がある。そのため、Region-based Contour Treeを用いた三次元領域抽出手法を提案し、インタラクティブに行っていたパラメタ設定を自動化した。本手法を用いたヒト胎児標本領域の抽出について、従来法と比較したところ、有効であった。また、ヒト胎児標本の形状を記述する基礎的な特徴量として体長と体積を導入し、大規模MRM画像データからこれらを推定した。本手法の効果を検証した。