2016年
次世代シーケンサーデータの解析手法 第 7 回 ロングリードアセンブリ
日本乳酸菌学会誌
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- 巻
- 27
- 号
- 2
- 開始ページ
- 101
- 終了ページ
- 110
- 記述言語
- 日本語
- 掲載種別
- DOI
- 10.4109/jslab.27.101
- 出版者・発行元
- 日本乳酸菌学会
完全なゲノム配列の再現を目指す上で最も有効な手段は、ロングリードデータの利用である。第 7 回は、ロングリードの代表格である PacBio データを用いた、乳酸菌ゲノム配列決定について述べる。PacBio データの概観、PacBio データ用のアセンブラである HGAP(Hierarchical Genome Assembly Process)の実行、得られたコンティグの概観・検証(クオリティスコア分布、ドットプロット、および BLAST)、重複領域の除去(環状化)など、一連の手順を解説する。ウェブサイト<b>(R で)塩基配列解析</b>(URL:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html)中に本連載をまとめた項目(URL:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB)が存在する。ウェブ資料(以下、W)や関連ウェブサイト、および DDBJ Pipeline 実行結果ファイルなどを効率的に活用してほしい。
- リンク情報
- ID情報
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- DOI : 10.4109/jslab.27.101
- ISSN : 1343-327X
- J-Global ID : 201602251786005787
- CiNii Articles ID : 130005773878
- identifiers.cinii_nr_id : 9000360588575