MISC

2016年

次世代シーケンサーデータの解析手法 第 7 回 ロングリードアセンブリ

日本乳酸菌学会誌
  • 谷澤 靖洋
  • ,
  • 神沼 英里
  • ,
  • 中村 保一
  • ,
  • 遠野 雅徳
  • ,
  • 大崎 研
  • ,
  • 清水 謙多郎
  • ,
  • 門田 幸二

27
2
開始ページ
101
終了ページ
110
記述言語
日本語
掲載種別
DOI
10.4109/jslab.27.101
出版者・発行元
日本乳酸菌学会

完全なゲノム配列の再現を目指す上で最も有効な手段は、ロングリードデータの利用である。第 7 回は、ロングリードの代表格である PacBio データを用いた、乳酸菌ゲノム配列決定について述べる。PacBio データの概観、PacBio データ用のアセンブラである HGAP(Hierarchical Genome Assembly Process)の実行、得られたコンティグの概観・検証(クオリティスコア分布、ドットプロット、および BLAST)、重複領域の除去(環状化)など、一連の手順を解説する。ウェブサイト<b>(R で)塩基配列解析</b>(URL:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html)中に本連載をまとめた項目(URL:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_book_JSLAB)が存在する。ウェブ資料(以下、W)や関連ウェブサイト、および DDBJ Pipeline 実行結果ファイルなどを効率的に活用してほしい。

リンク情報
DOI
https://doi.org/10.4109/jslab.27.101
J-GLOBAL
https://jglobal.jst.go.jp/detail?JGLOBAL_ID=201602251786005787
CiNii Articles
http://ci.nii.ac.jp/naid/130005773878
ID情報
  • DOI : 10.4109/jslab.27.101
  • ISSN : 1343-327X
  • J-Global ID : 201602251786005787
  • CiNii Articles ID : 130005773878
  • identifiers.cinii_nr_id : 9000360588575

エクスポート
BibTeX RIS