山上龍太 (Ryota Yamagami) - マイポータル

基本情報

所属: 愛媛大学特任講師

学位: 博士(工学)(愛媛大学)

researchmap会員ID: B000264345

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年4月 - 現在

愛媛大学, 大学院理工学研究科, 特任講師
2021年4月 - 2024年3月

愛媛大学, 大学院理工学研究科, 助教
2019年4月 - 2021年3月

日本学術振興会海外特別研究員 (ペンシルバニア州立大学)
2016年4月 - 2021年3月

ペンシルバニア州立大学, ポストドクトラルフェロー
2017年1月 - 2017年12月

上原記念生命科学財団海外リサーチフェロー
2015年4月 - 2016年3月

日本学術振興会特別研究員(PD)(愛媛大学)
2014年4月 - 2015年3月

日本学術振興会特別研究員(DC2) (愛媛大学)

受賞

2023年5月

第64回日本生化学会中国四国支部例会若手優秀発表賞, Transfer RNAの構造予測法の開発とその応用, 日本生化学会中国四国支部

山上龍太
2022年11月

愛媛大学生物科学奨励賞, 愛媛大学

山上龍太
2021年6月

RNA2021 NSF Award, RNA Society

Ryota Yamagami
2019年6月

RNA2019 Travel award, RNA Society

Ryota Yamagami
2017年1月

海外留学助成リサーチフェローシップ, 細胞内RNAフォールディング機構の解明と応用, 公益財団法人上原記念生命科学財団

山上龍太
2013年4月

那須奨学賞

山上龍太

論文

Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA

Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami

RNA 2024年2月29日最終著者責任著者
Escherichia coli tRNA (Gm18) methyltransferase (TrmH) requires the correct localization of its methylation site (G18) in the D-loop for efficient methylation.

Yoh Kohno, Asako Ito, Aya Okamoto, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori

Journal of biochemistry 175(1) 43-56 2023年12月20日査読有り
RNA folding studies inside peptide-rich droplets reveal roles of modified nucleosides at the origin of life.

McCauley O Meyer, Ryota Yamagami, Saehyun Choi, Christine D Keating, Philip C Bevilacqua

Science advances 9(38) eadh5152-15 2023年9月22日査読有り
RNA folding studies inside peptide-rich droplets reveal roles of modified nucleosides at the origin of life.

McCauley O Meyer, Ryota Yamagami, Saehyun Choi, Christine D Keating, Philip C Bevilacqua

bioRxiv : the preprint server for biology 2023年2月27日
Structure-seq of tRNAs and other short RNAs in droplets and in vivo.

McCauley O Meyer, Saehyun Choi, Christine D Keating, Philip C Bevilacqua, Ryota Yamagami

Methods in enzymology 691 81-126 2023年査読有り最終著者責任著者
Functional analysis of tRNA modification enzymes using mutational profiling.

Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori

Methods in enzymology 692 69-101 2023年査読有り筆頭著者責任著者
Application of mutational profiling: New functional analyses reveal the tRNA recognition mechanism of tRNA m1A22 methyltransferase.

Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori

Journal of Biological Chemistry 299(1) 102759-102759 2022年12月1日査読有り筆頭著者責任著者
A selective and sensitive detection system for 4-thiouridine modification in RNA

Yuzuru Sugio, Ryota Yamagami, Naoki Shigi, Hiroyuki Hori

RNA 2022年11月21日査読有り
Genome-wide analysis of the in vivo tRNA structurome reveals RNA structural and modification dynamics under heat stress.

Ryota Yamagami, Jacob P. Sieg, Sarah M. Assmann, Philip C. Bevilacqua

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(25) e2201237119 2022年6月21日査読有り筆頭著者
Required Elements in tRNA for Methylation by the Eukaryotic tRNA (Guanine-N2-) Methyltransferase (Trm11-Trm112 Complex)

Yu Nishida, Shiho Ohmori, Risa Kakizono, Kunpei Kawai, Miyu Namba, Kazuki Okada, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori

International Journal of Molecular Sciences 23(7) 4046-4046 2022年4月6日査読有り
Functional Roles of Chelated Magnesium Ions in RNA Folding and Function

Ryota Yamagami, Jacob P. Sieg, Philip C. Bevilacqua

Biochemistry 60(31) 2374-2386 2021年8月10日査読有り筆頭著者
Inverse RNA Folding Workflow to Design and Test Ribozymes that Include Pseudoknots.

Mohammad Kayedkhordeh*, Ryota Yamagami*, Philip C. Bevilacqua, David H. Mathews

Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.) 2167 113-143 2021年査読有り筆頭著者
Single-nucleotide control of tRNA folding cooperativity under near-cellular conditions.

Kathleen A. Leamy*, Ryota Yamagami*, Neela H. Yennawar, Philip C. Bevilacqua

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(46) 23075-23082 2019年11月12日査読有り筆頭著者
Cellular Concentrations of Nucleotide Diphosphate-Chelated Magnesium Ions Accelerate Catalysis by RNA and DNA Enzymes.

Ryota Yamagami, Ruochuan Huang, Philip C. Bevilacqua

Biochemistry 58(38) 3971-3979 2019年9月24日査読有り筆頭著者責任著者
Design of highly active double-pseudoknotted ribozymes: a combined computational and experimental study.

Ryota Yamagami, Mohammad Kayedkhordeh, David H. Mathews, Philip C. Bevilacqua

Nucleic Acids Research 47(1) 29-42 2019年1月10日査読有り筆頭著者
Transfer RNA Modification Enzymes from Thermophiles and Their Modified Nucleosides in tRNA.

Hori H, Kawamura T, Awai T, Ochi A, Yamagami R, Tomikawa C, Hirata A

Microorganisms 6(4) 2018年10月査読有り
Consumption of N5, N10-methylenetetrahydrofolate in Thermus thermophilus under nutrient-poor condition

Yamagami, R., Miyake, R., Fukumoto, A., Nakashima, M., Hori, H.

Journal of Biochemistry 164(2) 141-152 2018年8月査読有り筆頭著者
Cellular conditions of weakly chelated magnesium ions strongly promote RNA stability and catalysis

Yamagami, R., Bingaman, J.L., Frankel, E.A., Bevilacqua, P.C.

Nature Communications 9(1) 2149 2018年6月査読有り筆頭著者
Long and branched polyamines are required for maintenance of the ribosome, tRNA(His) and tRNA(Tyr) in Thermus thermophilus cells at high temperatures

Misa Nakashima, Ryota Yamagami, Chie Tomikawa, Yuki Ochi, Toshiyuki Moriya, Haruichi Asahara, Dominique Fourmy, Satoko Yoshizawa, Tairo Oshima, Hiroyuki Hori

Genes to Cells 22(7) 628-645 2017年7月査読有り
Folate-/FAD-dependent tRNA methyltransferase from Thermus thermophilus regulates other modifications in tRNA at low temperatures

Ryota Yamagami, Chie Tomikawa, Naoki Shigi, Ai Kazayama, Shin-ichi Asai, Hiroyuki Takuma, Akira Hirata, Dominique Fourmy, Haruichi Asahara, Kimitsuna Watanabe …

Genes to Cells 21(7) 740-754 2016年7月査読有り筆頭著者

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MISC

コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインの複製複合体再構成に向けた生化学的評価

内上祐介, 山上龍太, 安部真人, 田島茂, 林昌宏, 海老原秀喜, 好井健太朗, 堀弘幸, VASUDEVAN Subhash G, 澤崎達也 …

日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 70th 2023年
コムギ無細胞系を用いたDENVポリプロテインの合成と複製複合体再構成に向けた酵素活性評価

内上祐介, 江村祐希, VASUDEVAN Subhash G., 安部真人, 山上龍太, 堀弘幸, 高橋宏隆, 澤崎達也

日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 69th 2022年
トポロジカルノット型tRNAメチル化酵素(TrmH)の触媒ドメインによる基質tRNAと基質にならないtRNAの識別

越智杏奈, 真壁幸樹, 山上龍太, 平田章, 坂口怜子, HOU Ya-Ming, 渡辺和則, 濡木理, 桑島邦博, 堀弘幸

日本RNA学会年会要旨集 16th 2014年
葉酸依存性tRNA(m⁵U54)メチル化酵素TrmFOはどうやってtRNA中のU54を認識しているのか?

山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 冨川千恵, 越智杏奈, 岩下智香子, 平田章, 石谷隆一郎, 濡木理, 堀弘幸 …

日本RNA学会年会要旨集 15th 2013年
サーマス・サーモフィラス由来tRNAメチル化酵素TrmFOの基質認識機構

山上龍太, 山下光輝, 西増弘志, 冨川千恵, 越智杏奈, 岩下智香子, 平田章, 石谷隆一郎, 濡木理, 堀弘幸 …

日本RNA学会年会要旨集 14th 2012年

講演・口頭発表等

次世代シーケンスを用いたRNA修飾の検出とその応用

山上龍太

遺伝研研究会「エピトランスクリプトーム制御の分子機構と生理機能」 2024年1月23日招待有り
Thermus thermophilus transfer-messenger RNAにシュードウリジンは存在するのか？

Kyosuke Fukuda, Naruki Kataoka, Mone Nobeoka, Yusuke Kuwana, Kohsuke Kamizaki, Shizuka Arakawa, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月7日
Characterization of tRNA methyltransferase Trm14 from a hyper-thermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis

Kumpei Kawai, Go Norimoto, Teppei Matsuda, Sora Manaka, Ryota Yamagami, Akira Hirata, Hiroyuki Hori

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月7日
Thermus thermophilus 16S rRNAアンチ・シャインダルガーノ配列領域の 2つのシュードウリジン修飾の責任酵素の探索

延岡萌音, 桑名祐輔, 上崎晃輔, 荒川静花, 横川隆志, 竹本千重, 山上龍太, 堀弘幸

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月7日
Biochemical analyses of Lys transfer reaction by ArcS-RaSEA complex

Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月6日
ROCKET: a Python tool for enhanced in vitro transcription of short RNAs

Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami

The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023) 2023年11月1日
High-throughput analysis/screening of methyltransferase ribozymes by mutational profiling

Ryota Yamagami, Takumi Wada, Tsuyoshi Morita, Hina Kubota, Hiroyuki Hori

The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023) 2023年11月2日
Regulatory Factors for tRNA modifications in Thermus thermophilus

Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami, Kazuo Ishida, Hiroyuki Takuma, Hiroaki Kusuba, Akira Hirata, Anna Ochi, Chikako Iwashita, Chie Tomikawa

International Workshop on Neotechnologies for ThermusQ initiative 2023年10月27日
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインの複製複合体再構成に向けた生化学的評価

内上祐介, 山上龍太, 安部真人, 田島茂, 林昌宏, 海老原秀喜, 好井健太朗, 堀弘幸, Subhash G. Vasudevan, 澤崎達也, 高橋宏隆

第70回日本ウイルス学会学術集会 2023年9月26日
Lysine-transfer reaction by the complex of ArcS and RaSEA for archaeosine biosynthesis in tRNA

Shu Fujita, Yuzuru Sugio, Takuya Kawamura, Ryota Yamagami, Natsuhisa Oka, Akira Hirata, Takashi Yokogawa, Hiroyuki Hori

24th Annual Meeting of the RNA Society of Japan 2023年7月5日
Rational design of oligonucleotides in template DNA construction for in vitro RNA transcription

Teppei Matsuda, Hiroyuki Hori, Ryota Yamagami

24th Annual Meeting of the RNA Society of Japan 2023年7月5日
Prediction of in vivo tRNA Structure; Mutational Profiling and Its Applications

Ryota Yamagami

SPEED×Bottom-up Biotech×ELSI joint workshop 2023年7月3日招待有り
第3のtRNA 4-チオウリジン合成経路をThermoplasma acidophilumは持つ

杉尾譲, 山崎颯太, 上田隼也, 磯貝亮, 松本奈津美, 林実, 山上龍太, 平田章, 冨川千恵, 河村卓哉, 横川隆志, 堀弘幸

第35回日本Archaea研究会 2023年6月30日
コムギ無細胞系で合成したDENVポリプロテインNS1-5の複製複合体再構成に向けた生化学的評価

内上祐介, 山上龍太, 安部真人, 田島茂, 林昌宏, 海老原秀喜, 好井健太朗, 堀弘幸, Subhash G. Vasudevan, 澤崎達也, 高橋宏隆

第57回日本脳炎ウイルス生態学研究会 2023年6月
ArcS-RaSEA複合体によるリジン転移反応の解析

藤田柊, 杉尾譲, 河村卓哉, 山上龍太, 岡夏央, 平田章, 横川隆志, 堀弘幸

第64回日本生化学会中国・四国支部例会 2023年5月29日
Transfer RNA の構造予測法の開発とその応用

山上龍太, PhilipC.Bevilacqua, 堀弘幸

第64回日本生化学会中国・四国支部例会 2023年5月28日
tRNA の 6 位を 2’-O-メチル化する新規 tRNA メチル化酵素の発見

松田哲平, 山上龍太, 鈴木健夫, 平田章, 堀弘幸

第64回日本生化学会中国・四国支部例会 2023年5月28日
化学発光を利用したs4U含有RNAの検出法の応用例

Yuzuru Sugio, Ryota Yamagami, Hiroyuki Hori

第45回日本分子生物学会年会 2022年11月30日
超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisにおけるtRNAメチル化酵素Trm14の性質の解明

河合薫平, 野利本剛, 空磨奈伽, 山上龍太, 平田章, 堀弘幸

第45回日本分子生物学会年会
Synthesis of DENV polyprotein using a wheat cell-free system and evaluation of the enzyme activities for reconstitution of the replication complex

Yusuke Uchiage, Yuki Emura, Ryuta Yamagami, Masato Abe, Subhash G. Vasudevan, Hiroyuki Hori, Tatsuya Sawasaki, Hirotaka Takahashi

第69回日本ウイルス学会学術集会 2022年11月13日

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ストレス応答に伴う細胞内tRNAの質的変動を新たな手法で解明する

公益財団法人武田科学振興財団ライフサイエンス研究助成 2023年8月 - 2028年3月
RNAの構造によるエピトランスクリプトーム制御機構の解明

公益財団法人野口研究所 2023年度野口遵研究助成金 2024年4月 - 2025年3月
細胞癌化に伴う細胞内tRNAの質的変動解析と診断マーカーへの応用

公益財団法人テルモ生命科学振興財団研究開発助成 2023年12月 - 2025年3月
tRNA修飾酵素の新規標的RNAを効率的に同定する技術開発とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2022年4月 - 2025年3月

山上龍太
核酸触媒を利用した金属イオンセンサーの開発

公益財団法人戸部眞紀財団研究助成 2023年10月 - 2024年9月
細胞内で機能する新規核酸触媒の開発

科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業ACT-X 2021年10月 - 2024年3月
核酸触媒を安全に細胞内で機能させるシステムの開発

公益財団法人日揮・実吉奨学会研究助成 2021年9月 - 2023年8月
変異プロファイリング法を用いたRNA-タンパク質相互作用解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援研究活動スタート支援 2021年8月 - 2023年3月

山上龍太
変異プロファイリングを用いたtRNA-RNA修飾酵素の相互作用解析法の開発

愛媛大学研究活性化事業スタートアップ支援愛媛大学研究活性化事業スタートアップ支援 2021年10月 - 2022年3月
細胞内RNAフォールディング機構の解明と応用

日本学術振興会海外特別研究員 2019年4月 - 2021年3月
細胞内RNAフォールディング機構の解明

上原記念生命科学財団リサーチフェローシップ 2017年1月 - 2017年12月
葉酸依存性メチル化酵素群の機能と生理的意義の解明

日本学術振興会特別研究員奨励費 2014年4月 - 2016年3月

山上龍太

山上龍太

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