岡崎圭一 (Kei-ichi Okazaki) - マイポータル

基本情報

所属: 自然科学研究機構計算科学研究センター准教授
: (兼任)理論・計算分子科学研究領域准教授

学位: 博士（理学）(2009年3月神戸大学)

研究者番号: 50792529
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-2168-3069
J-GLOBAL ID: 201601011579738486
researchmap会員ID: B000265807

外部リンク: https://sites.google.com/view/okazakigroup/home

研究キーワード

研究分野

経歴

2020年12月 - 現在

自然科学研究機構, 計算科学研究センター, 准教授
2016年6月 - 2020年11月

分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 特任准教授
2014年4月 - 2016年5月

マックスプランク生物物理学研究所, 理論生物物理学部門, 博士研究員
2013年8月 - 2014年3月

マックスプランク生物物理学研究所, 日本学術振興会, 海外特別研究員
2012年4月 - 2013年7月

米国国立衛生研究所, 日本学術振興会, 海外特別研究員
2009年4月 - 2012年3月

早稲田大学, 日本学術振興会, 特別研究員（PD）
2007年4月 - 2009年3月

神戸大学, 日本学術振興会, 特別研究員（DC2）

学歴

2006年4月 - 2009年3月

神戸大学, 大学院自然科学研究科, 分子物質科学専攻博士課程終了
2004年4月 - 2006年3月

神戸大学, 大学院自然科学研究科, 化学専攻修士課程終了
2000年4月 - 2004年3月

京都大学, 理学部, 卒業

受賞

2014年9月

若手奨励賞, 日本生物物理学会

論文

Improvement of the Green–Red Förster Resonance Energy Transfer-Based Ca2+ Indicator by Using the Green Fluorescent Protein, Gamillus, with a Trans Chromophore as the Donor

Tomoki Matsuda, Shinya Sakai, Kei-ichi Okazaki, Takeharu Nagai

ACS Sensors 2024年3月21日
Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT

Jun Ohnuki, Titouan Jaunet-Lahary, Atsuko Yamashita, Kei-ichi Okazaki

The Journal of Physical Chemistry Letters 2024年1月25日
Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT

Jun Ohnuki, Titouan Jaunet-Lahary, Atsuko Yamashita, Kei-ichi Okazaki

2023年10月27日
Molecular Design of FRET Probes Based on Domain Rearrangement of Protein Disulfide Isomerase for Monitoring Intracellular Redox Status

Maho Yagi-Utsumi, Haruko Miura, Christian Ganser, Hiroki Watanabe, Methanee Hiranyakorn, Tadashi Satoh, Takayuki Uchihashi, Koichi Kato, Kei-ichi Okazaki, Kazuhiro Aoki

International Journal of Molecular Sciences 24(16) 12865-12865 2023年8月16日
Editorial: Recent advances in computational modelling of biomolecular complexes

Simón Poblete, Sergio Pantano, Kei-ichi Okazaki, Zhongjie Liang, Kurt Kremer, Adolfo B. Poma

Frontiers in Chemistry 11 2023年4月11日
Structure and mechanism of oxalate transporter OxlT in an oxalate-degrading bacterium in the gut microbiota

Titouan Jaunet-Lahary, Tatsuro Shimamura, Masahiro Hayashi, Norimichi Nomura, Kouta Hirasawa, Tetsuya Shimizu, Masao Yamashita, Naotaka Tsutsumi, Yuta Suehiro, Keiichi Kojima …

Nature Communications 14(1) 2023年4月3日
Molecular mechanism on forcible ejection of ATPase inhibitory factor 1 from mitochondrial ATP synthase

Ryohei Kobayashi, Hiroshi Ueno, Kei-ichi Okazaki, Hiroyuki Noji

Nature Communications 14(1) 1682-1682 2023年3月31日
Opinion: Protein folds vs. protein folding: Differing questions, different challenges

Shi-Jie Chen, Mubashir Hassan, Robert Jernigan, Kejue Jia, Daisuke Kihara, Andrzej Kloczkowski, Sergei Kotelnikov, Dima Kozakov, Jie Liang, Adam Liwo …

Proceedings of the National Academy of Sciences 120(1) 2023年1月3日
Updating view of membrane transport proteins by simulation studies

Takashi Sumikama, Ben Corry, Junichi Ono, Chigusa Kobayashi, Kei-ichi Okazaki

Biophysics and Physicobiology 20(4) n/a-n/a 2023年
Explaining reaction coordinates of alanine dipeptide isomerization obtained from deep neural networks using Explainable Artificial Intelligence (XAI)

Takuma Kikutsuji, Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics 2022年3月31日
Optimizing Gō-MARTINI Coarse-Grained Model for F-BAR Protein on Lipid Membrane

Md. Iqbal Mahmood, Adolfo B. Poma, Kei-ichi Okazaki

Frontiers in Molecular Biosciences 8 2021年2月22日査読有り最終著者責任著者
Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide

Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics 153(5) 2020年8月7日査読有り
Chemical-State-Dependent Free Energy Profile from Single-Molecule Trajectories of Biomolecular Motors: Application to Processive Chitinase

Kei-ichi Okazaki, Akihiko Nakamura, Ryota Iino

The Journal of Physical Chemistry B 124(30) 6475-6487 2020年7月30日査読有り筆頭著者責任著者
セラチア菌由来キチン加水分解酵素の運動機構

中村彰彦, 岡崎圭一, 古田忠臣, 櫻井実, 飯野亮太

応用糖質科学 10(2) 89-95 2020年5月査読有り招待有り
Ion Binding and Selectivity of the Na⁺/H⁺ Antiporter MjNhaP1 from Experiment and Simulation

Warnau, J., W{\"o}hlert, D., Okazaki, K.-I., Yildiz, {\"O}., Gamiz-Hern, ez, A.P., Kaila, V.R.I., K{\"u}hlbr, t, W., Hummer, G.

Journal of Physical Chemistry B 124(2) 2020年1月2日査読有り
分子シミュレーションによるNa⁺/H⁺ 交換輸送体のメカニズム解明と輸送速度を上げる改変

岡崎圭一

生物物理 60(2) 102-104 2020年査読有り
Crystalline chitin hydrolase is a burnt-bridge Brownian motor

Akihiko Nakamura, Kei-ichi Okazaki, Tadaomi Furuta, Minoru Sakurai, Jun Ando, Ryota Iino

Biophysics and Physicobiology 17 51-58 2020年査読有り
キチン加水分解酵素は熱ゆらぎを利用して1方向に動きながら結晶性バイオマスを分解する

中村彰彦, 岡崎圭一, 古田忠臣, 櫻井実, 飯野亮太

生物物理 59(6) 330-333 2019年11月査読有り招待有り
Curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes via molecular dynamics simulations

Mahmood, M.I., Noguchi, H., Okazaki, K.-I.

Scientific Reports 9(1) 2019年10月10日査読有り責任著者
Mechanism of the electroneutral sodium/proton antiporter PaNhaP from transition-path shooting

Okazaki, K.-I., W{\"o}hlert, D., Warnau, J., Jung, H., Yildiz, {\"O}., K{\"u}hlbr, t, W., Hummer, G.

Nature Communications 10(1) 2019年4月15日査読有り筆頭著者責任著者

もっとみる

MISC

Conformational Transition from Catalytic Dwell to ATP-Binding Dwell in F-1-ATPase

Kei-ichi Okazaki, Mitsuhiro Sugawa, Gerhard Hummer

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 278A-278A 2017年2月
Multiscale Analysis of Functional Motions in F1-ATPase: From Pi Release to Elasticity and Friction of gamma-Subunit Rotation

Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 209A-209A 2015年1月
Phosphate release coupled to rotary motion of F-1-ATPase

Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 247 2014年3月
Exploring an Intermediate State of F1-ATPase by Atomistic Molecular Dynamics Simulation

Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer

BIOPHYSICAL JOURNAL 104(2) 332A-332A 2013年1月
3P163 F_1-ATPaseの構造比較 : 酵素構造・反応サイト・回転の共役(分子モーター,第48回日本生物物理学会年会)

Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 50(2) S173 2010年
Biomolecular Coarse-Grained Simulation Program CafeMol

Hiroo Kenzaki, Nobuyasu Koga, Shinji Fujiwara, Naoto Hori, Ryo Kanada, Kei-ichi Okazaki, Xin-Qiu Yao, Wenfei Li, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 574A-574A 2010年1月
Application of an Inter-Protein Coarse-Grained Force Field to Binding Process of Actomyosin

Kei-ichi Okazaki, Mitsunori Takano

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 633A-633A 2010年1月
Molecular Simulation Study of Kinesin: Coupling between ATPase Domain Conformational Change and Mechanical Stepping

Ryo Kanada, Kei-ichi Okazaki, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 96(3) 136A-136A 2009年2月
1TA4-02 KIF1A分子モーターの一方向性の運動発現機構のシミュレーション研究(分子モーター,第47回日本生物物理学会年会)

Kanada Ryo, Okazaki Kei-ichi, Kenzaki Hiroo, Takada Shoji

生物物理 49 S29 2009年
2P-199 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(2)(分子モーター(2),第46回日本生物物理学会年会)

Kuwata Takeshi, Okazaki Kei-ichi, Kanada Ryo, Kenzaki Hiroo, Takada Shoji

生物物理 48 S105 2008年
2P-159 粗視化シミュレーションによるF_1-ATPaseの動作機構の解明(分子モーター(2),第46回日本生物物理学会年会)

Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 48 S99 2008年
1P-145 粗視化モデルによる双頭キネシンのステップ機構の解明(分子モーター(1),第46回日本生物物理学会年会)

Kanada Ryo, Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 48 S43 2008年
2S4-4 結合による構造変化と生体分子システムの作動原理(2S4 タンパク質の構造に秘められた動作原理を読み取る,第46回日本生物物理学会年会)

Okazaki Kei-ichi, 高田彰二

生物物理 48 S10 2008年
1P-065 膜融合を引き起こすウイルスタンパク質の大規模構造変化のシミュレーション研究(蛋白質・構造機能相関(1),第46回日本生物物理学会年会)

FUjiwara Shinji, Okazaki Keiichi, Takada Shoji

生物物理 48 S31 2008年
2P145 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

桑田豪志, 岡崎圭一, 巽理恵, 古賀信康, 高田彰二

生物物理 47 S149 2007年
3P074 粗視化モデルによるタンパク質の構造変化とリガンド結合の共役メカニズムの解明 : 分子モーターへの応用(蛋白質(物性(安定性、折れ畳みなど)),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

岡崎圭一, 高田彰二

生物物理 47 S221 2007年
1P589 Coupling between protein conformational change and ligand binding reaction studied by multiple-basin energy landscape model(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 46(2) S294 2006年
2P173 モーター蛋白質F1-ATPaseの運動様式変換機構 : 分子動力学シミュレーション(分子モーター))

古賀信康, 岡崎圭一, 竹内晋司, 高田彰二

生物物理 45 S163 2005年
1P062 タンパク質の構造変化のメカニズムを探る : Multiple GO Modelによる分子動力学シミュレーション(蛋白質 C) 物生(安定性、折れたたみなど)))

岡崎圭一, 古賀信康, 高田彰二

生物物理 45 S47 2005年
1SD01 Multiple funnels for protein dynamical function

岡崎圭一, 古賀信康, 高田彰二

生物物理 45 S5 2005年

もっとみる

講演・口頭発表等

分子シミュレーションとAlphaFoldの統合によるタンパク質構造変化ダイナミクスの解明

岡崎圭一

物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の現在と未来」 2024年4月4日招待有り
Conformational dynamics of transporter proteins revealed by molecular simulation and AlphaFold2

第61回日本生物物理学会年会 2023年11月15日招待有り
Molecular Simulation of functional motions in biomolecular machines

Kei-ichi Okazaki

The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月8日招待有り
分子シミュレーションと反応速度論・マルコフモデル

岡崎圭一

第17回分子シミュレーションスクール－基礎から応用まで－ 2023年9月29日招待有り
Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Discover a Conformational State of Transporter Protein OxlT

Kei-ichi Okazaki

9th Annual CCPBioSim Conference: Biomolecular Simulations for a Better World 2023年7月11日招待有り
Molecular Simulation and Statistical Inference of Functional Motions of Biomolecular Machines

Kei-ichi Okazaki

The 5th R-CCS International Symposium: Fugaku and Beyond 2023年2月7日招待有り
ベイズ推定によるモータータンパク質の化学力学共役メカニズム

第45回日本分子生物学会年会 2022年12月2日招待有り
分子シミュレーションによるトランスポータータンパク質の基質輸送メカニズムの解明

岡崎圭一

令和４年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム 2022年11月21日招待有り
分子シミュレーションによるトランスポータータンパク質の基質輸送メカニズムの解明

岡崎圭一

第95回日本生化学会大会 2022年11月9日招待有り
Molecular simulation and machine learning of rare-event conformational dynamics of biomolecular machines toward controlling their functions

Kei-ichi Okazaki

Sendai 2022, An Update on Molecular Machines: Open Challenges and New Perspectives 2022年8月4日招待有り
Coarse-grained simulations of curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes

Kei-ichi Okazaki

The 6th Telluride Workshop on Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules 2022年7月26日招待有り

所属学協会

日本生物物理学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

細胞膜変形分子マシンの動作メカニズム：多量体形成と構造変化による膜変形の理論研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

岡崎圭一
トランスポーターの基質輸送速度を変える変異の理論的予測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

岡崎圭一, 渡邉力也
高速高精度一分子観察による結晶性糖質分解機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2017年4月 - 2019年3月

中村彰彦, 岡崎圭一, 飯野亮太
分子モーターの動作機構のマルチスケールな解析 : 全原子・粗視化シミュレーション

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2009年 - 2011年

岡崎圭一
多谷エネルギー地形モデルによるタンパク質の構造変化機構のシミュレーション研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

岡崎圭一

学術貢献活動

日本生物物理学会「生物物理」会誌編集委員

企画立案・運営等, 査読

2021年1月 - 2022年12月

岡崎圭一

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

メニュー

共著者の一覧