岡崎圭一 (Kei-ichi Okazaki) - マイポータル

基本情報

所属: 自然科学研究機構計算科学研究センター准教授
: (兼任)理論・計算分子科学研究領域准教授

学位: 博士（理学）(2009年3月神戸大学)

研究者番号: 50792529
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-2168-3069
J-GLOBAL ID: 201601011579738486
researchmap会員ID: B000265807

外部リンク: https://sites.google.com/view/okazakigroup/home

研究キーワード

研究分野

経歴

2020年12月 - 現在

自然科学研究機構, 計算科学研究センター, 准教授
2016年6月 - 2020年11月

分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 特任准教授
2014年4月 - 2016年5月

マックスプランク生物物理学研究所, 理論生物物理学部門, 博士研究員
2013年8月 - 2014年3月

マックスプランク生物物理学研究所, 日本学術振興会, 海外特別研究員
2012年4月 - 2013年7月

米国国立衛生研究所, 日本学術振興会, 海外特別研究員
2009年4月 - 2012年3月

早稲田大学, 日本学術振興会, 特別研究員（PD）
2007年4月 - 2009年3月

神戸大学, 日本学術振興会, 特別研究員（DC2）

学歴

2006年4月 - 2009年3月

神戸大学, 大学院自然科学研究科, 分子物質科学専攻博士課程終了
2004年4月 - 2006年3月

神戸大学, 大学院自然科学研究科, 化学専攻修士課程終了
2000年4月 - 2004年3月

京都大学, 理学部, 卒業

受賞

2014年9月

若手奨励賞, 日本生物物理学会

論文

Deep learning of committor and explainable artificial intelligence analysis for identifying reaction coordinates

Toshifumi Mori, Kei-ichi Okazaki, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

Chemical Physics Reviews 2026年9月1日
Enhanced Sampling of Protein Conformations in AlphaFold3 with Repulsive Bias in the Diffusion Generative Model

Jun Ohnuki, Kei-ichi Okazaki

JACS Au 2026年8月26日
Conformational Dynamics of Na+-Pumping NADH-Quinone Oxidoreductase during Na+ Translocation from AlphaFold-Facilitated Markov State Modeling

Takehito Seki, Jun Ohnuki, Kei-ichi Okazaki

Journal of Chemical Information and Modeling 2026年4月27日
Deep learning of committor for ion dissociation and interpretable analysis of solvent effects using atom-centered symmetry functions

Kenji Okada, Kazushi Okada, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics 2026年3月7日
The redox driven Na+-pumping mechanism in Vibrio cholerae NADH-quinone oxidoreductase relies on dynamic conformational changes

Moe Ishikawa-Fukuda, Takehito Seki, Jun-ichi Kishikawa, Takahiro Masuya, Kei-ichi Okazaki, Takayuki Kato, Blanca Barquera, Hideto Miyoshi, Masatoshi Murai

Nature Communications 2026年2月12日
Membrane Constriction by Dynamin through GTP-Driven Conformational Changes from Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations

Md. Iqbal Mahmood, Shintaroh Kubo, Hiroshi Noguchi, Kei-ichi Okazaki

The Journal of Physical Chemistry Letters 2025年12月4日
Rotation-Direction-Dependent Mechanism of the Inhibitor Protein IF1 for Mitochondrial ATP Synthase from Atomistic Simulations

Ryohei Kobayashi, Kei-ichi Okazaki

JACS Au 2025年6月23日
The Na+-pumping mechanism driven by redox reactions in the NADH-quinone oxidoreductase from Vibrio cholerae relies on dynamic conformational changes.

Moe Ishikawa-Fukuda, Takehito Seki, Jun-Ichi Kishikawa, Takahiro Masuya, Kei-Ichi Okazaki, Takayuki Kato, Blanca Barquera, Hideto Miyoshi, Masatoshi Murai

bioRxiv : the preprint server for biology 2025年6月8日
Investigating the hyperparameter space of deep neural network models for reaction coordinates

Kyohei Kawashima, Takumi Sato, Kei-ichi Okazaki, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi, Toshifumi Mori

APL Machine Learning 2025年3月1日
Rotation-direction-dependent regulation of ATPase inhibitory factor 1 for mitochondrial ATP synthase from atomistic simulation

Ryohei Kobayashi, Kei-ichi Okazaki

2024年11月20日
Rotary mechanism of the prokaryotic Vo motor driven by proton motive force

Jun-ichi Kishikawa, Yui Nishida, Atsuki Nakano, Takayuki Kato, Kaoru Mitsuoka, Kei-ichi Okazaki, Ken Yokoyama

Nature Communications 2024年11月20日
Integration of AlphaFold with Molecular Dynamics for Efficient Conformational Sampling of Transporter Protein NarK

Jun Ohnuki, Kei-ichi Okazaki

The Journal of Physical Chemistry B 2024年8月8日
Unveiling interatomic distances influencing the reaction coordinates in alanine dipeptide isomerization: An explainable deep learning approach

Kazushi Okada, Takuma Kikutsuji, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics 2024年5月7日
Improvement of the Green–Red Förster Resonance Energy Transfer-Based Ca2+ Indicator by Using the Green Fluorescent Protein, Gamillus, with a Trans Chromophore as the Donor

Tomoki Matsuda, Shinya Sakai, Kei-ichi Okazaki, Takeharu Nagai

ACS Sensors 2024年4月26日
Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT

Jun Ohnuki, Titouan Jaunet-Lahary, Atsuko Yamashita, Kei-ichi Okazaki

The Journal of Physical Chemistry Letters 2024年1月25日
Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT

Jun Ohnuki, Titouan Jaunet-Lahary, Atsuko Yamashita, Kei-ichi Okazaki

2023年10月27日
Molecular Design of FRET Probes Based on Domain Rearrangement of Protein Disulfide Isomerase for Monitoring Intracellular Redox Status

Maho Yagi-Utsumi, Haruko Miura, Christian Ganser, Hiroki Watanabe, Methanee Hiranyakorn, Tadashi Satoh, Takayuki Uchihashi, Koichi Kato, Kei-ichi Okazaki, Kazuhiro Aoki

International Journal of Molecular Sciences 24(16) 12865-12865 2023年8月16日
Editorial: Recent advances in computational modelling of biomolecular complexes

Simón Poblete, Sergio Pantano, Kei-ichi Okazaki, Zhongjie Liang, Kurt Kremer, Adolfo B. Poma

Frontiers in Chemistry 11 2023年4月11日
Structure and mechanism of oxalate transporter OxlT in an oxalate-degrading bacterium in the gut microbiota

Titouan Jaunet-Lahary, Tatsuro Shimamura, Masahiro Hayashi, Norimichi Nomura, Kouta Hirasawa, Tetsuya Shimizu, Masao Yamashita, Naotaka Tsutsumi, Yuta Suehiro, Keiichi Kojima …

Nature Communications 14(1) 2023年4月3日
Molecular mechanism on forcible ejection of ATPase inhibitory factor 1 from mitochondrial ATP synthase

Ryohei Kobayashi, Hiroshi Ueno, Kei-ichi Okazaki, Hiroyuki Noji

Nature Communications 14(1) 1682-1682 2023年3月31日

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MISC

自然科学研究機構分子科学研究所岡崎研究室

岡崎圭一

アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌 26(2) 233-237 2024年4月
腸内シュウ酸分解菌で働くシュウ酸輸送体の分子メカニズム—Mechanism of Oxalate Transporter in an Oxalate-Degrading Bacterium in the Gut Microbiota

山下敦子, 岡崎圭一

生物物理 / 日本生物物理学会編 64(1) 25-27 2024年2月
生体分子マシンにおける構造遷移ダイナミクスの解明と機能制御

岡崎圭一

アンサンブル 23(2) 127-132 2021年4月30日
Conformational Transition from Catalytic Dwell to ATP-Binding Dwell in F-1-ATPase

Kei-ichi Okazaki, Mitsuhiro Sugawa, Gerhard Hummer

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 278A-278A 2017年2月
Multiscale Analysis of Functional Motions in F1-ATPase: From Pi Release to Elasticity and Friction of gamma-Subunit Rotation

Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 209A-209A 2015年1月
Phosphate release coupled to rotary motion of F-1-ATPase

Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 247 2014年3月
Exploring an Intermediate State of F1-ATPase by Atomistic Molecular Dynamics Simulation

Kei-ichi Okazaki, Gerhard Hummer

BIOPHYSICAL JOURNAL 104(2) 332A-332A 2013年1月
3P163 F_1-ATPaseの構造比較 : 酵素構造・反応サイト・回転の共役(分子モーター,第48回日本生物物理学会年会)

Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 50(2) S173 2010年
Biomolecular Coarse-Grained Simulation Program CafeMol

Hiroo Kenzaki, Nobuyasu Koga, Shinji Fujiwara, Naoto Hori, Ryo Kanada, Kei-ichi Okazaki, Xin-Qiu Yao, Wenfei Li, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 574A-574A 2010年1月
Application of an Inter-Protein Coarse-Grained Force Field to Binding Process of Actomyosin

Kei-ichi Okazaki, Mitsunori Takano

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 633A-633A 2010年1月
Molecular Simulation Study of Kinesin: Coupling between ATPase Domain Conformational Change and Mechanical Stepping

Ryo Kanada, Kei-ichi Okazaki, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 96(3) 136A-136A 2009年2月
1TA4-02 KIF1A分子モーターの一方向性の運動発現機構のシミュレーション研究(分子モーター,第47回日本生物物理学会年会)

Kanada Ryo, Okazaki Kei-ichi, Kenzaki Hiroo, Takada Shoji

生物物理 49 S29 2009年
2P-199 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(2)(分子モーター(2),第46回日本生物物理学会年会)

Kuwata Takeshi, Okazaki Kei-ichi, Kanada Ryo, Kenzaki Hiroo, Takada Shoji

生物物理 48 S105 2008年
2P-159 粗視化シミュレーションによるF_1-ATPaseの動作機構の解明(分子モーター(2),第46回日本生物物理学会年会)

Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 48 S99 2008年
1P-145 粗視化モデルによる双頭キネシンのステップ機構の解明(分子モーター(1),第46回日本生物物理学会年会)

Kanada Ryo, Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 48 S43 2008年
2S4-4 結合による構造変化と生体分子システムの作動原理(2S4 タンパク質の構造に秘められた動作原理を読み取る,第46回日本生物物理学会年会)

Okazaki Kei-ichi, 高田彰二

生物物理 48 S10 2008年
1P-065 膜融合を引き起こすウイルスタンパク質の大規模構造変化のシミュレーション研究(蛋白質・構造機能相関(1),第46回日本生物物理学会年会)

FUjiwara Shinji, Okazaki Keiichi, Takada Shoji

生物物理 48 S31 2008年
2P145 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

桑田豪志, 岡崎圭一, 巽理恵, 古賀信康, 高田彰二

生物物理 47 S149 2007年
3P074 粗視化モデルによるタンパク質の構造変化とリガンド結合の共役メカニズムの解明 : 分子モーターへの応用(蛋白質(物性(安定性、折れ畳みなど)),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

岡崎圭一, 高田彰二

生物物理 47 S221 2007年
1P589 Coupling between protein conformational change and ligand binding reaction studied by multiple-basin energy landscape model(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Okazaki Kei-ichi, Takada Shoji

生物物理 46(2) S294 2006年

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講演・口頭発表等

Tubular membrane constriction induced by conformational change of dynamin-1 from coarse-grained molecular dynamics simulations

Kei-ichi Okazaki

Pacifichem 2025 2025年12月18日招待有り
Voモーターおよびトランスポーターによるイオン輸送のMDシミュレーション

岡崎圭一

cQUESTシンポジウム「膜タンパク質内部のイオン透過を考える」 2025年12月10日招待有り
Elucidating and Controlling Functional Dynamics of Biomolecular Machines Using Molecular Simulations and Machine Learning

信州大学アクア・リジェネレーション機構（ARG）データ駆動型AIセミナー 2025年11月27日招待有り
AlphaFoldと分子シミュレーションで迫るトランスポーターの基質輸送メカニズム

岡崎圭一

第98回日本生化学会大会, AlphaFoldの今―AIが拓く次世代の生命科学 2025年11月3日招待有り
Molecular Simulation of Functional Motions in Biomolecular Machines Facilitated by AlphaFold and Coarse-Grained Model

Kei-ichi Okazaki

SMART Symposium: 2025 Frontier in Computational Chemistry, Biophysics, and Biological Sciences 2025年10月24日招待有り
分子シミュレーションとAlphaFoldの統合的アプローチによるトランスポーターの構造変化予測

岡崎圭一

日本薬物動態学会第40回年会 2025年10月21日招待有り
分子シミュレーションによる生体分子マシンの機能発現ダイナミクス解明

岡崎圭一

東京大学大学院農学生命科学研究科「情報生命工学」 2025年5月26日招待有り
AlphaFoldと分子シミュレーションの統合によるタンパク質機能発現ダイナミクスの解明

岡崎圭一

日本化学会第105春期年会・次世代分子システム化学のフロンティア―協奏的機能発現の素過程的理解 2025年3月26日招待有り
分子シミュレーションとAlphaFoldの統合によるトランスポータータンパク質の構造変化ダイナミクス解明

岡崎圭一

第463回CBI学会講演会 2025年3月14日招待有り
分子シミュレーションによる生体分子マシンの機能発現ダイナミクス解明

岡崎圭一

静岡大学農学専攻フロンティア科学特論Ⅱ 2024年12月19日招待有り
Biomolecular simulation facilitated by AI

Kei-ichi Okazaki

Cyprus Meets Japan 2024年11月25日招待有り
タンパク質構造予測AI: AlphaFold のリバースエンジニアリングと分子シミュレーション

岡崎圭一

2024年度第5回物性アプリオープンフォーラム，東京大学物性研究所 2024年11月11日招待有り
分子シミュレーションと反応速度論・マルコフモデル

岡崎圭一

第18回分子シミュレーションスクール－基礎から応用まで－ 2024年8月29日招待有り
分子シミュレーションとAlphaFoldの統合によるタンパク質構造変化ダイナミクスの解明

岡崎圭一

物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の現在と未来」 2024年4月4日招待有り
Conformational dynamics of transporter proteins revealed by molecular simulation and AlphaFold2

第61回日本生物物理学会年会 2023年11月15日招待有り
Molecular Simulation of functional motions in biomolecular machines

Kei-ichi Okazaki

The 6th International Conference on Molecular Simulation 2023年10月8日招待有り
分子シミュレーションと反応速度論・マルコフモデル

岡崎圭一

第17回分子シミュレーションスクール－基礎から応用まで－ 2023年9月29日招待有り
Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Discover a Conformational State of Transporter Protein OxlT

Kei-ichi Okazaki

9th Annual CCPBioSim Conference: Biomolecular Simulations for a Better World 2023年7月11日招待有り
Molecular Simulation and Statistical Inference of Functional Motions of Biomolecular Machines

Kei-ichi Okazaki

The 5th R-CCS International Symposium: Fugaku and Beyond 2023年2月7日招待有り
ベイズ推定によるモータータンパク質の化学力学共役メカニズム

第45回日本分子生物学会年会 2022年12月2日招待有り

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所属学協会

日本生物物理学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

AlphaFoldと分子シミュレーションの統合による分子モーターの構造変化制御

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2025年4月 - 2027年3月

岡崎圭一
細胞膜変形分子マシンの動作メカニズム：多量体形成と構造変化による膜変形の理論研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

岡崎圭一
細胞膜変形分子マシンの動作メカニズム：多量体形成と構造変化による膜変形の理論研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

岡崎圭一
トランスポーターの基質輸送速度を変える変異の理論的予測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

岡崎圭一, 渡邉力也
高速高精度一分子観察による結晶性糖質分解機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2017年4月 - 2019年3月

中村彰彦, 岡崎圭一, 飯野亮太
分子モーターの動作機構のマルチスケールな解析 : 全原子・粗視化シミュレーション

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2009年 - 2011年

岡崎圭一
多谷エネルギー地形モデルによるタンパク質の構造変化機構のシミュレーション研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

岡崎圭一

学術貢献活動

日本生物物理学会「生物物理」会誌編集委員

企画立案・運営等, 査読

2021年1月 - 2022年12月

岡崎圭一

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論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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