Tetsutaro Hayashi

Profile Information

Degree: 理学(兵庫県立大)

J-GLOBAL ID: 201801016259542652
researchmap Member ID: B000304495

Research History

Apr, 2019 - Present

Riken
Apr, 2018 - Mar, 2019

バイオインフォマティクス研究開発ユニット, 理化学研究所生命機能科学研究センター
Jan, 2014 - Mar, 2018

バイオインフォマティクス研究開発ユニット, 理化学研究所情報基盤センター
Apr, 2012 - Dec, 2013

非対称細胞分裂研究グループ, 理化学研究所発生・再生科学総合研究センター
Apr, 2005 - Mar, 2012

ゲノム資源解析ユニット, 理化学研究所発生・再生科学総合研究センター
Jul, 2000 - Mar, 2005

進化再生研究グループ, 理化学研究所発生・再生科学総合研究センター

Papers

Transcriptomic Signatures of WNT-Driven Pathways and Granulosa Cell-Oocyte Interactions during Primordial Follicle Activation

Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima

Feb 11, 2024
Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis

Hitomi Takada, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Kaori Tanaka, Yoshimi Iwayama, Tetsutaro Hayashi, Ayako Isomura-Matoba, Itoshi Nikaido, Akira Kurisaki

Nature Communications, Jun 29, 2023 Peer-reviewed
Maternal epigenetic factors in embryonic and postnatal development.

Hiromi Nishimura, Yayoi Ikawa, Eriko Kajikawa, Natsumi Shimizu-Mizuno, Sylvain Hiver, Namine Tabata-Okamoto, Masashi Mori, Tomoya Kitajima, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura …

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, Mar 12, 2023
Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers.

Johannes N Wibisana, Takehiko Inaba, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Masashi Ebisawa, Itoshi Nikaido, Yasushi Sako, Mariko Okada

PLoS genetics, 18(6) e1010235, Jun 1, 2022
Loss of plac8 expression rapidly leads pluripotent stem cells to enter active state during planarian regeneration.

Hayoung Lee, Kanon Hikasa, Yoshihiko Umesono, Tetsutaro Hayashi, Kiyokazu Agata, Norito Shibata

Development (Cambridge, England), 149(3), Feb 1, 2022 Peer-reviewed
Erratum: Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome.

Yamada A, Hirasawa T, Nishimura K, Shimura C, Kogo N, Fukuda K, Kato M, Yokomori M, Hayashi T, Umeda M …

iScience, Oct, 2021
Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome.

Ayumi Yamada, Takae Hirasawa, Kayako Nishimura, Chikako Shimura, Naomi Kogo, Kei Fukuda, Madoka Kato, Masaki Yokomori, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda …

iScience, 24(7) 102741-102741, Jul 23, 2021 Peer-reviewed
Imaging and single cell sequencing analyses of super-enhancer activation mediated by NF-κ B in B cells

Johannes Nicolaus Wibisana, Takehiko Inaba, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Masashi Ebisawa, Itoshi Nikaido, Yasushi Sako, Mariko Okada

Jul 13, 2021
Single-oocyte transcriptome analysis reveals aging-associated effects influenced by life stage and calorie restriction.

Tappei Mishina, Namine Tabata, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mana Umeda, Masashi Mori, Yayoi Ikawa, Hiroshi Hamada, Itoshi Nikaido, Tomoya S Kitajima

Aging cell, e13428, Jul 10, 2021 Peer-reviewed
Tracing the origin of hair follicle stem cells.

Ritsuko Morita, Noriko Sanzen, Hiroko Sasaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Takaya Abe, Hiroshi Kiyonari …

Nature, 594(7864) 547-552, Jun, 2021 Peer-reviewed
The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression.

Hiroki Michida, Hiroaki Imoto, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Masahide Seki, Mana Umeda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Takeya Kasukawa, Yutaka Suzuki …

Cell reports, 31(9) 107724-107724, Jun 2, 2020 Peer-reviewed
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells.

Hiroshi Ochiai, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Akihito Harada, Yukiko Shimizu, Kenta Nakano, Noriko Saitoh, Zhe Liu, Takashi Yamamoto …

Science advances, 6(25) eaaz6699, Jun, 2020 Peer-reviewed
Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects

Elisabetta Mereu, Atefeh Lafzi, Catia Moutinho, Christoph Ziegenhain, Davis J. McCarthy, Adrián Álvarez-Varela, Eduard Batlle, Sagar, Dominic Grün, Julia K. Lau …

Nature Biotechnology, Apr 6, 2020 Peer-reviewed
The pharyngeal nervous system orchestrates feeding behavior in planarians

Mai Miyamoto, Miki Hattori, Kazutaka Hosoda, Mika Sawamoto, Minako Motoishi, Tetsutaro Hayashi, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono

Science Advances, Apr, 2020 Peer-reviewed
Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets

Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Itoshi Nikaido

BMC Genomics, 21(1), Mar, 2020 Peer-reviewed
Cell type-specific transcriptome analysis unveils secreted signaling molecule genes expressed in apical epithelial cap during appendage regeneration.

Okumura A, Hayashi T, Ebisawa M, Yoshimura M, Sasagawa Y, Nikaido I, Umesono Y, Mochii M

Development, growth & differentiation, 61(9) 447-456, Dec, 2019 Peer-reviewed
A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq

Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido

NAR Genomics and Bioinformatics, 2(1) lqz020, Dec, 2019 Peer-reviewed
Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs

Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno, Itoshi Nikaido

Nature Communications, 9(1), Dec 1, 2018 Peer-reviewed
Polysaccharide hydrolase of the hadal zone amphipods Hirondellea gigas.

Kobayashi H, Nagahama T, Arai W, Sasagawa Y, Umeda M, Hayashi T, Nikaido I, Watanabe H, Oguri K, Kitazato H …

Bioscience, biotechnology, and biochemistry, 82(7) 1123-1133, Apr, 2018 Peer-reviewed
Quartz-Seq2: A high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads

Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada, Masashi Ebisawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Akira Kurisaki, Itoshi Nikaido

Genome Biology, 19(1), Mar 9, 2018 Peer-reviewed

Misc.

1細胞RNA解析で世界最高成績－国際的な性能比較研究で証明－

笹川洋平, 田中かおり, 林哲太郎, 二階堂愛

Apr 7, 2020
生化学・分子生物学 1細胞RNAシーケンス法における遺伝子全長被覆度と網羅度の役割

林哲太郎, 二階堂愛

医学のあゆみ, 270(3) 258-260, Jul, 2019
Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods

Yohei Sasagawa, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido

Advances in Experimental Medicine and Biology, 1129 1-17, Apr, 2019 Invited
JAPANESE AUTHOR シングルセル解析の新たな計測技術を開発

二階堂愛, 林哲太郎, 尾崎遼, 梅田茉奈

Natureダイジェスト, 15(5) 22-25, May, 2018
「フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際

林哲太郎, 二階堂愛

実験医学別冊「新版フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる！」, 275-283, 2016 Invited
１細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術-１細胞遺伝子発現解析の観点から

林哲太郎, 二階堂愛

実験医学別冊「新版フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる！」, 267-274, 2016 Invited
Plabrain DB

阿形清和, 西村周泰, 西村理, 林哲太郎, 樽井寛

文部科学省委託研究開発事業統合データベースプロジェクト「生命科学系データベースアーカイブ」, 2010
CULTURE AND CELLULAR CHARACTERIZATION OF PLANARIAN STEM CELL(Developmental Biology)(Proceedings of the Seventy-Third Annual Meeting of the Zoological Society of Japan) :

Asami Maki, Hayashi Tetsutaro, Agata Kiyokazu

Zoological science, 19(12) 1455-1455, 2002
幹細胞研究の最前線と再生医療への応用発生・分化メカニズムの解明,そして臨床へ第2章再生医学・再生医療の現状と可能性 1 モデル生物 3 プラナリアにおける再生研究プラナリア幹細胞に迫る

浅見真紀, 中塚剛史, 林哲太郎, 阿形清和

実験医学, 19(15), 2001

Books and Other Publications

新世代フローサイトメトリー活用スタンダード : 生物学・医学・創薬研究で定量・多色解析を活かす! : 基本原理の理解と実践プロトコール

芳村美佳, 林哲太郎, 二階堂愛 (Role: Contributor, 機械学習を用いたFCMデータ解析〜次元圧縮手法の原理と事例)

羊土社, Dec, 2021 (ISBN: 9784758122542)
フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる! : マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない!

林哲太郎, 二階堂愛 (Role: Contributor, フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際)

羊土社, Sep, 2016 (ISBN: 9784758101967)
フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる! : マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない!

林哲太郎, 二階堂愛 (Role: Contributor, １細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術１細胞遺伝子発現解析の観点から)

羊土社, Sep, 2016 (ISBN: 9784758101967)

Research Projects

Building a planarian total RNA atlas at single-cell resolution.

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering), Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering), Japan Society for the Promotion of Science, Jun, 2019 - Mar, 2024

Industrial Property Rights

Other

Nature ダイジェスト

May, 2018 - May, 2018

｢シングルセル解析の新たな計測技術を開発｣ Nature ダイジェスト Vol. 15 No. 5 | doi : 10.1038/ndigest.2018.180522
理化学研究所 / 日本医療研究開発機構プレスリリース

Feb, 2018 - Feb, 2018

｢1細胞から多種多様なRNAのふるまいを計測｣－1細胞完全長トータルRNAシーケンス法の開発に成功－ http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/
理化学研究所神戸研究所プレスリリース

Feb, 2012 - Feb, 2012

プラナリアの尾の再生に重要な働きをする遺伝子を発見 http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/12/120209_planaria.html

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