西山総一郎 (Soichiro Nishiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学農学研究科助教
: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構基盤技術研究本部農業情報研究センター主任研究員

学位: 博士（農学）(京都大学)

J-GLOBAL ID: 201801013623000497
researchmap会員ID: B000334665

研究キーワード

研究分野

環境・農学 / 園芸科学 /

経歴

2025年6月 - 現在

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 基盤技術研究本部農業情報研究センター, 主任研究員
2019年5月 - 現在

京都大学, 大学院農学研究科, 助教
2018年4月 - 2019年4月

京都大学, 大学院農学研究科, 研究員
2016年4月 - 2018年3月

日本学術振興会, 特別研究員DC2

学歴

2015年4月 - 2018年3月

京都大学大学院, 農学研究科, 博士後期課程
2013年4月 - 2015年3月

京都大学大学院, 農学研究科, 修士課程
2009年4月 - 2013年3月

京都大学, 農学部, 資源生物科学科

論文

Spatially resolved analysis of growth dynamics in pome and drupe fruits of Rosaceae using 3D Gaussian Splatting

Ayame Shimbo, Soichiro Nishiyama, Akane Kusumi, Takuya Morimoto, Hisayo Yamane, Akihiro Itai, Ryutaro Tao

Plant Phenomics 100166-100166 2026年1月責任著者
Spatially resolved analysis of longitudinal fruit growth in persimmon (Diospyros kaki) via three-dimensional phenotyping

Akane Kusumi, Soichiro Nishiyama, Hisayo Yamane, Ryutaro Tao

Scientia Horticulturae 351 114401-114401 2025年9月責任著者
Phenological variation associates with the stability of fruit quality traits in cultivated tetraploid blueberry.

Ebrahiem Babiker, Kyoka Nagasaka, Soichiro Nishiyama, Hisayo Yamane, Ryohei Nakano, Ryutaro Tao

G3 (Bethesda, Md.) 2025年5月15日責任著者
Favored Blueberry Fruit Attributes by Japanese Consumers: Preferences and Sensory Evaluation of Blueberry Taste and Texture

Naoki Hiraiwa, Hisayo Yamane, Soichiro Nishiyama, Ryutaro Tao

The Horticulture Journal 94(2) 174-183 2025年
Phenotypic Characterization of Astringent Persimmon Lines with Recessive Homozygosity at the ASTRINGENCY Marker Locus

Yosuke Fujiwara, Soichiro Nishiyama, Noriyuki Onoue, Atsushi Kono, Akihiko Sato, Keizo Yonemori, Ryutaro Tao

The Horticulture Journal 2025年責任著者
The haplotype-phased genome assembly facilitated the deciphering of the bud dormancy-related QTLs in Prunus mume.

Tzu-Fan Hsiang, Hisayo Yamane, Lin Yuan-Jui, Miku Sugimori, Soichiro Nishiyama, Kyoka Nagasaka, Ryohei Nakano, Tao Ryutaro

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 2024年12月4日
A low-cost dpMIG-seq method for elucidating complex inheritance in polysomic crops: A case study in tetraploid blueberry

Kyoka Nagasaka, Kazusa Nishimura, Ko Motoki, Keigo Yamagata, Soichiro Nishiyama, Hisayo Yamane, Ryutaro Tao, Ryohei Nakano, Tetsuya Nakazaki

Horticulture Research 2024年9月4日
Toward an establishment of a deep learning-based flower bud phenotyping system in Prunus mume

T.-F. Hsiang, Y.-R. Lin, H. Yamane, S. Nishiyama, R. Tao

Acta Horticulturae (1404) 1189-1194 2024年9月
Phenotypic and Gene Expression Analysis of Fruit Development of ‘Rojo Brillante’ and ‘Fuyu’ Persimmon (Diospyros kaki L.) Cultivars in Two Different Locations

Tania Dorta, Noriyuki Onoue, Tzu-Fan Hsiang, Soichiro Nishiyama, Gabino Ríos, Ryutaro Tao, Manuel Blasco

Agronomy 14(7) 1555-1555 2024年7月17日
Genetic insights into the dissolution of dioecy in diploid persimmon Diospyros oleifera Cheng.

Peng Sun, Soichiro Nishiyama, Huawei Li, Yini Mai, Weijuan Han, Yujing Suo, Chengzhi Liang, Huilong Du, Songfeng Diao, Yiru Wang …

BMC plant biology 23(1) 606-606 2023年11月30日
Three-dimensional fruit growth analysis clarifies developmental mechanisms underlying complex shape diversity in persimmon fruit.

Akane Kusumi, Soichiro Nishiyama, Ryutaro Tao

Journal of experimental botany 2023年11月21日責任著者
Integer programming for selecting set of informative markers in paternity inference.

Soichiro Nishiyama, Kengo Sato, Ryutaro Tao

BMC bioinformatics 23(1) 265-265 2022年7月8日筆頭著者責任著者
Phenotypic evaluation of shape diversity in persimmon fruit using two- and three-dimensional imaging

A. Kusumi, Y. Osako, R. Nakano, S. Nishiyama, R. Tao

Acta Horticulturae (1338) 263-268 2022年4月
Candidate gene analysis for ASTRINGENCY controlling fruit astringency in Diospyros kaki based on mRNA- and small RNA-sequencing analyses

Y. Fujiwara, S. Nishiyama, N. Onoue, R. Matsuzaki, K. Yonemori, R. Tao

Acta Horticulturae (1338) 269-276 2022年4月
Genome-Wide Identification of Loci Associated With Phenology-Related Traits and Their Adaptive Variations in a Highbush Blueberry Collection

Kyoka Nagasaka, Soichiro Nishiyama, Mao Fujikawa, Hisayo Yamane, Kenta Shirasawa, Ebrahiem Babiker, Ryutaro Tao

Frontiers in Plant Science 12 793679-793679 2022年1月21日責任著者
Characterization of Tissue-specific Transcriptomic Responses to Seedlessness Induction by Gibberellin in Table Grape

Soichiro Nishiyama, Daisuke Yoshimura, Akihiko Sato, Keizo Yonemori

The Horticulture Journal 2022年責任著者
Insights into the Physiological and Molecular Mechanisms Underlying Highbush Blueberry Fruit Growth Affected by the Pollen Source

Kyoka Nagasaka, Hisayo Yamane, Soichiro Nishiyama, Shu Ebihara, Ryusuke Matsuzaki, Masakazu Shoji, Ryutaro Tao

The Horticulture Journal 91(2) 140-151 2022年
Characterization of a gene co-expression network associated with mgst, the pollen modifier gene of gametophytic self-incompatibility in sweet cherry (prunus avium l.)

K. Ono, E. T. Chang, S. Nishiyama, A. Wünsch, R. Tao, K. Ono

Acta Horticulturae 1312 9-15 2021年6月
Frequent reversion and continuous size variation in the small fruit mutant 'totsutanenashi' persimmon

S. Wang, C. L. Tam, I. Naito, S. Nishiyama, R. Tao

Acta Horticulturae 1312 117-121 2021年6月
Genomics-based discrimination of 2n gamete formation mechanisms in polyploids: a case study in nonaploid Diospyros kaki ‘Akiou’

Peng Sun, Soichiro Nishiyama, Hideaki Asakuma, Roeland E Voorrips, Jianmin Fu, Ryutaro Tao

G3 Genes|Genomes|Genetics 11(8) 2021年5月29日責任著者

もっとみる

MISC

マルチモーダルアプローチによる果樹のフェノロジー段階のZero-/Few-shot推論

西山総一郎, Hsiang T. F., 山根久代, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 24(1) 2025年
果実における細胞分裂可視化手法の検討と局在性評価

新保彩萌, 久住あかね, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 24(1) 2025年
プロアントシアニジン蓄積制御遺伝子の迅速な機能解析に向けたモデル評価系の予備検討

藤原陽介, 浅草遼太郎, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 24(1) 2025年
dpMIG-seq法を用いた四倍体ブルーベリーにおける連鎖地図構築

長坂京香, 西村和紗, 西村和紗, 山形啓悟, 西山総一郎, 山根久代, 中野龍平, 中崎鉄也, 中崎鉄也

育種学研究 26 2024年
AST遺伝子座における遺伝子型と果実の渋味が一致しないカキ後代のゲノム多型および表現型解析

藤原陽介, 西山総一郎, 尾上典之, 松崎隆介, 河野淳, 佐藤明彦, 佐藤明彦, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 23(2) 2024年
カキ果実におけるプロアントシアニジン蓄積と糖代謝の遺伝的関連

西山総一郎, 小畑賢太郎, 尾上典之, 藤原陽介, 松崎隆介, 河野淳, 佐藤明彦, 佐藤明彦, 長坂京香, 中野龍平 …

園芸学研究別冊 23(2) 2024年
カキ果実における部位別生長の数値化

久住あかね, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 23(2) 2024年
カキ果実に特徴的な溝形状の多様性決定メカニズムの解明

久住あかね, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 23(1) 2024年
Transformerとグラフ理論を用いたブドウ樹形のグラフベースフェノタイピング

西山総一郎, 西山総一郎, ZAMORA Guillermo Garcia, GUEVARA Dario, EARLES Mason

園芸学研究別冊 23(1) 2024年
カキ果実の甘渋性を決定する候補遺伝子の同定

藤原陽介, 西山総一郎, 尾上典之, 松崎隆介, 山根久代, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 23(1) 2024年
ハイパースペクトルイメージングを用いたブルーベリー果実の非破壊品質評価

今井美里, 山根久代, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 23(1) 2024年
倍数性栽培ガキにおける果実多様性フェノミクス果実発達とゲノミクスからの展望

久住あかね, 西山総一郎, 田尾龍太郎

アグリバイオ 7(6) 2023年
四倍体ブルーベリーにおける高密度連鎖地図を用いた遺伝様式の検討

長坂京香, 西村和紗, 元木航, 山形啓悟, 西山総一郎, 山根久代, 田尾龍太郎, 中野龍平, 中崎鉄也

園芸学研究別冊 22(1) 2023年
タンニン細胞の発達と完全甘ガキの「渋残り」との関連性

藤原陽介, 西山総一郎, 尾上典之, 米森敬三, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
3Dスキャナを用いたカキ果実の複雑形状発達の定量解析

久住あかね, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
三次元電子顕微鏡法と機械学習によるカキタンニン細胞の微細構造イメージング

西山総一郎, 田尾龍太郎, 米森敬三

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
ブルーベリーの味および食感特性が果実の嗜好性に与える影響

平岩尚樹, 山根久代, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
カキ‘平核無’に生じた小果変異の起源と多面発現

西山総一郎, WANG S., TAM Chun-Lai, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(1) 2021年
倍数体モデルに基づくサザンハイブッシュブルーベリーのゲノムワイドアソシエーション解析

長坂京香, 西山総一郎, 藤川真央, 山根久代, 白澤健太, BABIKER Ebrahiem, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(1) 2021年
深層学習を用いた野外環境におけるカキ果実の検出と品種識別

久住あかね, 大迫祐太朗, 中野龍平, 西山総一郎, 田尾龍太郎

園芸学研究別冊 20(2) 2021年

もっとみる

講演・口頭発表等

倍数性果樹のゲノム特性-カキとブルーベリーの育種努力の歴史と展望-

西山総一郎

「高次倍数体をどうにかする会」2021冬 2021年12月23日招待有り
Physiological and genetic characterization of ‘Totsutanenashi’, a nonaploid persimmon mutant bearing extremely small size fruit

Soichiro Nishiyama, Chiho Iwami, Sheng Wang, ChunLai Tam, Ryutaro Tao

7th International Symposium on Persimmon 2021年9月23日
DNA sequence diversity of the astringency-controlling locus in Diospyros kaki

Tao, R, A. Kuramoto, S. Nishiyama

7th International Symposium on Persimmon 2021年9月24日
高次倍数体のSNP検出

西山総一郎

園芸作物バイオインフォマティクス入門3 2021年9月10日招待有り
Characterization of population structure and genetic variation of chilling requirement in southern highbush blueberry

Nishiyama, S, M. Fujikawa, H. Yamane, K. Shirasawa, E. Babiker, R. Tao

XII International Vaccinium Symposium 2021年8月30日
Genome-wide association mapping of phenology-ralted traits in southern highbush blueberry using ddRAD-seq

Babiker, E, K. Nagasaka, S. Nishiyama, M. Fujikawa, H. Yamane, R. Tao

Annual meeting of American Society for Horticultural Science 2021年8月5日
Genetic analysis of proanthocyanidin accumulation in hexaploid persimmon

Soichiro Nishiyama

The 4th KU-KUGSA Bilateral Symposium 2018年12月5日招待有り
Genetics of proanthocyanidins accumulation control in persimmon fruit

Soichiro Nishiyama

HZAU-NTU-KU Joint Horticulture Symposium 2018年9月3日招待有り
カキ甘渋性の分子制御機構解明にむけて

西山総一郎

福井県立大学生物資源学先端セミナー 2018年7月17日招待有り
Toward isolation of a gene conferring astringency loss in persimmon fruit

Plant and Animal Genome XXV 2017年1月17日
Transcriptome analysis for astringency in persimmon fruit

The ISHS VI International Symposium on Persimmon 2016年10月17日

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

サクラ属果樹に特異な自家不和合性の機構解明と人為制御に向けた新しいアプローチ

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2024年4月 - 2028年3月

田尾龍太郎, 金岡雅浩, 佐藤綾人, 大野健太朗, 松本大生, 西山総一郎
カキの特異なプロアントシアニジン蓄積の基盤となる分子遺伝学的機構の解明と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

西山総一郎, 尾上典之
作物科学研究へのパラダイムシフトを誘起するカキ属植物の研究加速化のための基盤形成

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 2020年4月 - 2025年3月

田尾龍太郎, 岩田洋佳, 赤木剛士, 西山総一郎, 山根久代
エピジェネティックなトランスポゾン時空間特異的転移制御による果実発達機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

山根久代, 西山総一郎
完全甘ガキ性決定遺伝子の同定と機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2021年4月 - 2024年3月

西山総一郎
ゲノム科学と認知科学の融合による消費者指向型高品質ブルーベリー育種の基盤整備

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2019年10月 - 2024年3月

田尾龍太郎, 西山総一郎, 山根久代, 澤田玲子
ゲノミクスと果実フェノミクスに基づく倍数体果樹育種の新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A)) 2022年 - 2024年

西山総一郎
カキ果実のプロアントシアニジン蓄積の組織学的解析とその分子生物学的制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

米森敬三, 西山総一郎
カキ小果変異体に着目した果実サイズ制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2019年4月 - 2021年3月

西山総一郎
カキ果実におけるプロアントシアニジン蓄積制御機構解明

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2018年8月 - 2020年3月

西山総一郎

西山総一郎

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

メニュー

共著者の一覧