塚崎智也 (Tomoya Tsukazaki) - マイポータル

基本情報

所属: 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス領域教授

学位: 博士（理学）(京都大学)

研究者番号: 80436716
J-GLOBAL ID: 200901034442163812
researchmap会員ID: 5000091237

外部リンク: http://bsw3.naist.jp/tsukazaki/member_tsukazaki.html

奈良先端科学技術大学院大学(NAIST) バイオサイエンス領域構造生命科学研究室 (塚崎研究室) 教授，http://bsw3.naist.jp/courses/courses309.html，元さきがけ研究者http://www.jst.go.jp/presto/struct-lifesci/

論文

Cryo-EM structures of the BAM–P2-visible SurA complex reveal dynamic and cooperative interactions in outer membrane protein assembly

Ryoji Miyazaki, Hidetaka Kohga, Nami Matsuoka, Yuki Maruno, Wataru Yoshimoto, Yutaro S. Takahashi, Dede Heri Yuli Yanto, Yudhi Nugraha, Hideki Shigematsu, Takuya Shiota …

2025年11月10日
Structural basis for MurJ inhibition by phage lysis protein Sgl^PP7 suggesting convergence

Kaito Hosoda, Hidetaka Kohga, Sixian Wu, Hiroyuki Tanaka, Hideki Shigematsu, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki

2025年10月16日
Structural basis of a <scp>GatC</scp> ortholog transporter in the bacterial phosphotransferase system

Yutaro S. Takahashi, Hidetaka Kohga, Min Fey Chek, Kotomi Yamamoto, Jun F. Takahashi, Hideki Shigematsu, Yoshiki Tanaka, Muneyoshi Ichikawa, Ryoji Miyazaki, Toshio Hakoshima …

FEBS Letters 2025年8月5日
Phage lysis protein Lys^Macts as a wedge to block MurJ conformational changes

Hidetaka Kohga, Napathip Lertpreedakorn, Ryoji Miyazaki, Sixian Wu, Hiroyuki Tanaka, Yutaro S. Takahashi, Kaito Hosoda, Kunihito Yoshikaie, Yutetsu Kuruma, Hideki Shigematsu …

2025年4月26日
Cleavage cascade of the sigma regulator FecR orchestrates TonB-dependent signal transduction

Tatsuhiko Yokoyama, Ryoji Miyazaki, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hiroki Nagai, Tomoya Tsukazaki, Tomoko Kubori, Yoshinori Akiyama

2025年1月8日
AFM observation of protein translocation mediated by one unit of SecYEG-SecA complex

Yui Kanaoka, Takaharu Mori, Wataru Nagaike, Seira Itaya, Yuto Nonaka, Hidetaka Kohga, Takamitsu Haruyama, Yasunori Sugano, Ryoji Miyazaki, Muneyoshi Ichikawa …

Nature Communications 16(1) 2025年1月8日
Structural basis of lipopolysaccharide translocon assembly mediated by the small lipoprotein LptM

Ryoji Miyazaki, Mai Kimoto, Hidetaka Kohga, Tomoya Tsukazaki

2025年1月4日
Translation arrest cancellation of VemP, a secretion monitor in Vibrio, is regulated by multiple cis and trans factors, including SecY.

Yuki Ikeda, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

The Journal of biological chemistry 300(10) 107735-107735 2024年10月
YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition

Mai Ikei, Ryoji Miyazaki, Keigo Monden, Yusuke Naito, Azusa Takeuchi, Yutaro S. Takahashi, Yoshiki Tanaka, Keina Murata, Takaharu Mori, Muneyoshi Ichikawa …

PLOS Biology 22(40) e3002601 2024年4月24日査読有り
グラム陰性細菌において、鉄シグナル伝達を担う一回膜貫通タンパク質FecRの膜挿入・連続的切断機構の解析

横山達彦, 塚崎智也, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 96回 [1P-154] 2023年10月
Structure and function of a YeeE-YeeD complex for sophisticated thiosulfate uptake

Mai Ikei, Ryoji Miyazaki, Keigo Monden, Yusuke Naito, Azusa Takeuchi, Yutaro S. Takahashi, Yoshiki Tanaka, Takaharu Mori, Muneyoshi Ichikawa, Tomoya Tsukazaki

2023年7月29日
Critical residues of the antibiotic peptide Lys^Mthat inhibits lipid II flipping

Hidetaka Kohga, Napathip Lertpreedakorn, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki

2023年5月22日
Inner membrane YfgM-PpiD heterodimer acts as a functional unit that associates with the SecY/E/G translocon and promotes protein translocation.

Ryoji Miyazaki, Mengting Ai, Natsuko Tanaka, Takehiro Suzuki, Naoshi Dhomae, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

The Journal of biological chemistry 298(11) 102572-102572 2022年10月7日
Generation of stable microtubule superstructures by binding of peptide-fused tetrameric proteins to inside and outside

Hiroshi Inaba, Yurina Sueki, Muneyoshi Ichikawa, Arif Md, Rashedul Kabir, Takashi Iwasaki, Hideki Shigematsu, Akira Kakugo, Kazuki Sada, Tomoya Tsukazaki …

Science Advances 8(36) 2022年9月7日査読有り
Crystal structure of the lipid flippase MurJ in a "squeezed" form distinct from its inward- and outward-facing forms.

Hidetaka Kohga, Takaharu Mori, Yoshiki Tanaka, Kunihito Yoshikaie, Katsuhide Taniguchi, Kei Fujimoto, Lisa Fritz, Tanja Schneider, Tomoya Tsukazaki

Structure (London, England : 1993) 2022年5月23日
Crystal structures of a nicotine MATE transporter provide insight into its mechanism of substrate transport.

Yoshiki Tanaka, Shigehiro Iwaki, Akira Sasaki, Tomoya Tsukazaki

FEBS letters 595(14) 1902-1913 2021年7月
Reversible autoinhibitory regulation ofEscherichia colimetallopeptidase BepA for selective β-barrel protein degradation

Yasushi Daimon, Shin-ichiro Narita, Ryoji Miyazaki, Yohei Hizukuri, Hiroyuki Mori, Yoshiki Tanaka, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama

Proceedings of the National Academy of Sciences 117(45) 27989-27996 2020年11月10日査読有り
Crystal structure of a YeeE/YedE family protein engaged in thiosulfate uptake

Yoshiki Tanaka, Kunihito Yoshikaie, Azusa Takeuchi, Muneyoshi Ichikawa, Tomoyuki Mori, Sayaka Uchino, Yasunori Sugano, Toshio Hakoshima, Hiroshi Takagi, Gen Nonaka …

Science Advances 6(35) eaba7637-eaba7637 2020年8月査読有り
Author Correction: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.

Yoshiki Tanaka, Christopher J Hipolito, Andrés D Maturana, Koichi Ito, Teruo Kuroda, Takashi Higuchi, Takayuki Katoh, Hideaki E Kato, Motoyuki Hattori, Kaoru Kumazaki …

Nature 578(7794) E19 2020年2月査読有り
A snapshot of membrane protein insertion.

Tanaka Y, Tsukazaki T

EMBO reports e49034 2019年9月査読有り

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経歴

2018年8月 - 現在

奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授
2012年10月 - 2016年3月

JST, さきがけ研究者（兼任）
2010年 - 2013年

東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教
2013年

奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 准教授
2008年 - 2010年

東京大学, 医科学研究所, 助教
2006年 - 2008年

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 博士研究員

受賞

2018年

財務貢献者報奨, 奈良先端科学技術大学院大学

塚崎智也
2012年

科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞, 文部科学省

塚崎智也
2010年

若手奨励賞, 日本生物物理学会

塚崎智也
2009年

若手奨励賞, 日本蛋白質科学会

塚崎智也

学歴

2001年4月 - 2006年3月

京都大学大学院, 理学研究科博士課程, 化学専攻

MISC

MDシミュレーションとオートエンコーダーを組み合わせたタンパク質の高速AFM画像解析

佐藤克樹, 金岡優依, 塚崎智也, 内橋貴之, 森貴治

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
機械学習と分子動力学計算を組み合わせたタンパク質の高速AFM画像解析

佐藤克樹, 金岡優依, 塚崎智也, 内橋貴之, 森貴治

分子シミュレーション討論会講演要旨集 38th 2024年
細菌外膜品質管理プロテアーゼBepA可動ループ領域の機能解析

宮崎亮次, 西建留, 木元麻衣, 大門康志, 塚崎智也, 秋山芳展

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
Sec複合体によるタンパク質膜透過の1ユニット動態観察

塚崎智也, 長池航, 板家成良, 春山隆充, 菅野泰功, 宮崎亮次, 市川宗厳, 内橋貴之, 内橋貴之

日本蛋白質科学会年会(Web) 22nd 2022年
細菌由来の新奇チオ硫酸イオン輸送体YeeEの構造機能解析

竹内梓, 田中良樹, 吉海江国仁, 市川宗厳, 森智行, 内野清香, 菅野泰功, 箱嶋敏雄, 高木博史, 野中源 …

トランスポーター研究会年会抄録集 15th 2020年
構造解析からみえてきたタンパク質膜透過駆動モーター膜タンパク質SecDFの仕組み

塚崎智也

生化学 92(5) 2020年
高速原子間顕微鏡による膜輸送装置Secの動態観察

長池航, 板家成良, 春山隆充, 塚崎智也, 内橋貴之, 内橋貴之

日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集 46th 2020年
高速原子間力顕微鏡によるナノディスクを用いた膜タンパク質のリアルタイム動態観察

春山隆充, 塚崎智也

野口研究所時報 (62) 2019年
大腸菌表層ストレス応答:インプットとアウトプットに働くプロテアーゼの機能

秋山芳展, 秋山光市郎, 岩間(舛井)千草, 大門康志, 檜作洋平, 水野慎也, 宮崎亮次, 森博幸, 禾晃和, 塩田拓也 …

Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications (33) 2019年
新奇硫黄系トランスポーターの構造と機能

竹内梓, 田中良樹, 吉海江国仁, 内野清香, 高木博史, 塚崎智也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
タンパク質膜透過装置の構造生物学

塚崎智也

生物物理(Web) 58(2) 078‐082(J‐STAGE) 2018年
MATEトランスポーターの結晶構造解析

岩木薫大, 田中良樹, 塚崎智也

日本植物生理学会年会(Web) 59th ROMBUNNO.P.161 2018年
結晶構造解析から明らかとなってきたタンパク質膜透過モーターSecDFの劇的な構造変化

古川新, 中山慎太郎, 吉海江国仁, 田中良樹, 塚崎智也

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 124 2018年
プロトン駆動型タンパク質膜透過モーターの可溶性ドメインにおける大きな構造変化

田中良樹, 吉海江国仁, 塚崎智也

トランスポーター研究会年会抄録集 13th 2018年
植物MATEトランスポーターの結晶構造解析

岩木薫大, 田中良樹, 塚崎智也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.1P‐0057 (WEB ONLY) 2018年
大腸菌YidCの2.8Å分解能の結晶構造は,すべての細胞質ループを明らかとした

泉岡祥也, 田中良樹, 塚崎智也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.1P‐0054 (WEB ONLY) 2018年
構造解析から明らかにされる細菌タンパク質機能膜輸送装置の構造と機能(Function of bacterial proteins revealed by the structural analysis Structure and function of the proton-driven protein translocation motor)

田中良樹, 古川新, 森貴治, 森博幸, 森本雄祐, 菅野泰功, 岩木薫大, 南野徹, 杉田有治, 塚崎智也

日本細菌学雑誌 72(1) 39-39 2017年2月
プロトン駆動型タンパク質膜透過モーターの驚くべき構造変化

中山慎太郎, 古川新, 吉海江国仁, 田中良樹, 塚崎智也

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.2P‐0087 (WEB ONLY) 2017年
共生細菌由来MATE様多剤排出トランスポーターの結晶化

谷口勝英, 藤本圭, 田中良樹, 塚崎智也

日本細菌学雑誌(Web) 72(1) 94(J‐STAGE) 2017年
大腸菌のペリプラズムプロテアーゼBepAは,TPR domainを介したタンパク質間相互作用により外膜機能を維持する

大門康志, 舛井千草, 宮崎亮次, 櫻田洋人, 田中良樹, 鈴木健裕, 堂前直, 森博幸, 塚崎智也, 成田新一郎 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2017 ROMBUNNO.3C20p12 (WEB ONLY) 2017年

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所属学協会

研究分野

研究キーワード

共同研究・競争的資金等の研究課題

ホロトランスロコン複合体による効率的タンパク質分泌の構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

塚崎智也, 西山賢一
膜タンパク質のバイオジェネシスに関わる糖脂質MPIaseの構造と機能に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

西山賢一, 塚崎智也, 永森收志
ホロトランスロコン複合体による効率的タンパク質分泌の構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

塚崎智也, 西山賢一
膜タンパク質のバイオジェネシスに関わる糖脂質MPIaseの構造と機能に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

西山賢一, 塚崎智也, 永森收志
統合的構造解析法による繊毛中心対複合体の構造解明

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2021年10月 - 2024年3月

塚崎智也, 八木俊樹, 市川宗厳
タンパク質の膜透過システムの４次元ダイナミクスとアッセンブリ

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2021年8月 - 2024年3月

塚崎智也
メガダルトン生命機能深化ダイナミクス

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2021年8月 - 2024年3月

塚崎智也, 野澤佳世, 車兪徹, 森貴治
メガダルトン生命機能深化ダイナミクス

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2021年8月 - 2024年3月

塚崎智也
タンパク質膜透過駆動モーター SecA ATPase の駆動力を測定する

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2023年3月

塚崎智也
新しい膜蛋白質含有ナノ粒子の構築と蛋白質膜組過程の精密探査

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月

塚崎智也
病原性大腸菌等の細菌における膜環境の変化と連動した膜タンパク質形成機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2018年10月 - 2021年3月

塚崎智也, 塩田拓也, 西山賢一
タンパク質膜透過チャネル複合体の構造基盤とそのしくみ

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

塚崎智也
「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果取りまとめを目指した組織活動

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2020年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也
界面活性剤フリー膜タンパク質解析のための生体膜ナノディスク

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2019年3月

安原主馬, 安藤剛, 塚崎智也
動的構造生命科学研究領域における海外ネットワーク形成を目指した支援活動

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年11月 - 2019年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也, 甲斐荘正恒, TAMA FLORENCE, 稲垣冬彦
動的構造生命科学を拓く新発想測定技術－タンパク質が動作する姿を活写する－

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年7月 - 2019年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也, 阿久津秀雄, 稲垣冬彦, 嶋田一夫, 西村善文
タンパク質分泌システムの活写

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年7月 - 2019年3月

塚崎智也, 田中良樹
１分子解析によるプロトン駆動型輸送モーターの動態探査

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

塚崎智也, 田中良樹, 古川新, 菅野泰功
金属耐性に関わる輸送体膜タンパク質の構造基盤の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

田中良樹, 塚崎智也, 岩木薫大
ナノディスクを用いた新しい再構成系の構築と蛋白質分泌マシーナリーの動的精密探査

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2017年3月

吉海江国仁, 塚崎智也, 紺野宏紀

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塚崎智也

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