武田淳一 (Jun-ichi Takeda) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院医学系研究科特任助教

J-GLOBAL ID: 200901069446324606
researchmap会員ID: 6000015383

研究キーワード

ゲノム科学

研究分野

ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

経歴

2023年8月 - 現在

岐阜大学, 大学院医学系研究科寄生虫学・感染学分野, 特任講師
2023年5月 - 2023年7月

名古屋大学, 大学院医学系研究科神経遺伝情報学分野, 特任講師
2022年4月 - 2023年3月

名古屋大学, 環境医学研究所発生遺伝分野, 特任講師
2019年12月 - 2022年3月

名古屋大学, 大学院医学系研究科, 特任助教
2017年7月 - 2019年11月

名古屋大学, 大学院医学系研究科附属神経疾患・腫瘍分子医学研究センター神経疾患病態統御部門, 特任助教
2013年7月 - 2017年6月

名古屋大学, 大学院医学系研究科附属医学教育研究支援センター先端領域支援部門, 特任助教

論文

FexSplice: A LightGBM-Based Model for Predicting the Splicing Effect of a Single Nucleotide Variant Affecting the First Nucleotide G of an Exon

Atefeh Joudaki, Jun-ichi Takeda, Akio Masuda, Rikumo Ode, Koichi Fujiwara, Kinji Ohno

Genes 14(9) 1765-1765 2023年9月6日
Extremely low-frequency pulses of faint magnetic field induce mitophagy to rejuvenate mitochondria.

Takuro Toda, Mikako Ito, Jun-Ichi Takeda, Akio Masuda, Hiroyuki Mino, Nobutaka Hattori, Kaneo Mohri, Kinji Ohno

Communications biology 5(1) 453-453 2022年5月12日
Molecular Hydrogen Enhances Proliferation of Cancer Cells That Exhibit Potent Mitochondrial Unfolded Protein Response.

Tomoya Hasegawa, Mikako Ito, Satoru Hasegawa, Masaki Teranishi, Koki Takeda, Shuto Negishi, Hiroshi Nishiwaki, Jun-Ichi Takeda, Tyler W LeBaron, Kinji Ohno

International journal of molecular sciences 23(5) 2022年3月7日
Regulated splicing of large exons is linked to phase-separation of vertebrate transcription factors

Kawachi Toshihiko, Masuda Akio, Yamashita Yoshihiro, Takeda Jun-ichi, Ohkawara Bisei, Ito Mikako, Ohno Kinji

EMBO JOURNAL 40(22) e107485 2021年10月4日
IntSplice2: Prediction of the Splicing Effects of Intronic Single-Nucleotide Variants Using LightGBM Modeling

Takeda Jun-ichi, Fukami Sae, Tamura Akira, Shibata Akihide, Ohno Kinji

FRONTIERS IN GENETICS 12 701076-701076 2021年7月19日
A set of random forest models for each amino acid substitution to predict pathogenicity of missense variants in the human genome

Takeda J, Nanatsue K, Yamagishi R, Ito M, Ohno K

EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS 28(SUPPL 1) 1003-1003 2020年12月
Gene Expression Profile at the Motor Endplate of the Neuromuscular Junction of Fast-Twitch Muscle

Huang Kun, Li Jin, Ito Mikako, Takeda Jun-Ichi, Ohkawara Bisei, Ogi Tomoo, Masuda Akio, Ohno Kinji

FRONTIERS IN MOLECULAR NEUROSCIENCE 13 154 2020年9月8日
InMeRF: prediction of pathogenicity of missense variants by individual modeling for each amino acid substitution

Takeda Jun-ichi, Nanatsue Kentaro, Yamagishi Ryosuke, Ito Mikako, Haga Nobuhiko, Hirata Hiromi, Ogi Tomoo, Ohno Kinji

NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS 2(2) lqaa038 2020年6月査読有り
tRIP-seq reveals repression of premature polyadenylation by co-transcriptional FUS-U1 snRNP assembly

Masuda Akio, Kawachi Toshihiko, Takeda Jun-ichi, Ohkawara Bisei, Ito Mikako, Ohno Kinji

EMBO REPORTS 21(5) e49890 2020年5月6日
SRSF3 and hnRNP K Antagonistically Regulate Splicing of Large Exons

Kawachi Toshihiko, Masuda Akio, Takeda Jun-ichi, Ito Mikako, Hamaguchi Tomonari, Ohno Kinji

FASEB JOURNAL 34 2020年4月
Application of Skin Gas GC/MS Analysis for Prediction of the Severity Scale of Parkinson's Disease

Tsuda Takao, Nonome Tomoaki, Goto Sae, Takeda Jun-ichi, Tsunoda Makoto, Hirayama Masaaki, Ohno Kinji

CHROMATOGRAPHY 40(3) 149-155 2019年
Rules and tools to predict the splicing effects of exonic and intronic mutations

Ohno Kinji, Takeda Jun-ichi, Masuda Akio

WILEY INTERDISCIPLINARY REVIEWS-RNA 9(1) 2018年
SRSF1 suppresses selection of intron-distal 5 ' splice site of DOK7 intron 4 to generate functional full-length Dok-7 protein

Khalid Bin Ahsan, Akio Masuda, Mohammad Alinoor Rahman, Jun-ichi Takeda, Mohammad Nazim, Bisei Ohkawara, Mikako Ito, Kinji Ohno

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 10446-- 2017年9月査読有り
Splicing regulation and dysregulation of cholinergic expressed at the neuromuscular junction

Ohno Kinji, Rahman Mohammad Alinoor, Nazim Mohammad, Nasrin Farhana, Lin Yingni, Takeda Jun-ichi, Masuda Akio

JOURNAL OF NEUROCHEMISTRY 142 64-72 2017年8月
Competitive regulation of alternative splicing and alternative polyadenylation by hnRNP H and CstF64 determines acetylcholinesterase isoforms

Mohammad Nazim, Akio Masuda, Mohammad Alinoor Rahman, Farhana Nasrin, Jun-Ichi Takeda, Kenji Ohe, Bisei Ohkawara, Mikako Ito, Kinji Ohno

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 45(3) 1455-1468 2017年2月査読有り
IntSplice: prediction of the splicing consequences of intronic single-nucleotide variations in the human genome.

Shibata A, Okuno T, Rahman MA, Azuma Y, Takeda J, Masuda A, Selcen D, Engel AG, Ohno K

Journal of human genetics 61(7) 633-640 2016年7月査読有り
FUS-mediated regulation of alternative RNA processing in neurons: insights from global transcriptome analysis.

Masuda A, Takeda J, Ohno K

Wiley interdisciplinary reviews. RNA 7(3) 330-340 2016年5月査読有り
SRSF1 and hnRNP H antagonistically regulate splicing of COLQ exon 16 in a congenital myasthenic syndrome

Mohammad Alinoor Rahman, Yoshiteru Azuma, Farhana Nasrin, Jun-ichi Takeda, Mohammad Nazim, Khalid Bin Ahsan, Akio Masuda, Andrew G. Engel, Kinji Ohno

SCIENTIFIC REPORTS 5(-) 13208-- 2015年8月査読有り
Position-specific binding of FUS to nascent RNA regulates mRNA length

Akio Masuda, Jun-ichi Takeda, Tatsuya Okuno, Takaaki Okamoto, Bisei Ohkawara, Mikako Ito, Shinsuke Ishigaki, Gen Sobue, Kinji Ohno

GENES & DEVELOPMENT 29(10) 1045-1057 2015年5月査読有り
HnRNP C, YB-1 and hnRNP L coordinately enhance skipping of human MUSK exon 10 to generate a Wnt-insensitive MuSK isoform

Farhana Nasrin, Mohammad Alinoor Rahman, Akio Masuda, Kenji Ohe, Jun-ichi Takeda, Kinji Ohno

SCIENTIFIC REPORTS 4(-) 6841-- 2014年10月査読有り

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MISC

Six GU-rich (6GU(R)) FUS-binding motifs detected by normalization of CLIP-seq by Nascent-seq

Jun-Ichi Takeda, Akio Masuda, Kinji Ohno

GENE 618(618) 57-64 2017年6月査読有り
H-InvDB in 2013: an omics study platform for human functional gene and transcript discovery

Jun-ichi Takeda, Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yoko Nagai, Miho Sera, Yuichiro Hara, Nobuo Obi, Takuya Habara, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 41(D1) D915-D919 2013年1月査読有り
H‐InvDB:ヒト遺伝子アノテーション統合データベース

武田淳一, 山崎千里, 村上勝彦, 原雄一郎, 世良実穂, 五條堀孝, 今西規

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 2P-0060 (WEB ONLY) 2012年
ヒト遺伝子の統合データベースH‐InvDBと関連データベース・ツール群

山崎千里, 武田淳一, 羽原拓哉, 世良実穂, 原雄一郎, 野田彰子, 村上勝彦, 今西規, 五條堀孝

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 34th 2T6PII-9 (WEB ONLY) 2011年
H-InvDB:統合ヒト遺伝子アノテーションデータベース

山崎千里, 武田淳一, 羽原拓哉, 小川誠, 野田彰子, 坂手龍一, 村上勝彦, 今西規, 五條堀孝

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 83回・33回 4P-1215 2010年12月
H-DBAS: human-transcriptome database for alternative splicing: update 2010

Jun-ichi Takeda, Yutaka Suzuki, Ryuichi Sakate, Yoshiharu Sato, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi, Sumio Sugano

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 38 D86-D90 2010年1月査読有り
Comprehensive survey of polymorphism on Conserved GT-AG sites at Exon-Intron Boundary using H-InvDB

Makoto Shimada, Yosuke Hayakawa, Jun-Ichi Takeda, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi

GENES & GENETIC SYSTEMS 83(6) 482-482 2008年12月
Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs

Jun-ichi Takeda, Yutaka Suzuki, Ryuichi Sakate, Yoshiharu Sato, Masahide Seki, Takuma Irie, Nono Takeuchi, Takuya Ueda, Mitsuteru Nakao, Sumio Sugano …

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36(20) 6386-6395 2008年11月査読有り
【生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線 DNA解析からRNA・タンパク質の機能解明、エピジェネティクス研究、システム生物学と誰もが使う文献検索の新機能】 RNA 完全長cDNAデータベース

武田淳一, 今西規, 五條堀孝, 鈴木穣, 菅野純夫

実験医学 26(7) 1056-1061 2008年5月
大量の転写産物の一括アノテーションのための自動解析システムSuperTACT

富所布紗乃, 山崎千里, 佐藤慶治, 中岡源, 羽原拓哉, 武田淳一, 五條堀孝, 今西規

生化学 4P-1008 2008年
H‐InvDBのヒト転写産物における機能性ncRNA候補の検出とアノテーション

原田えりみ, 武田淳一, 山崎千里, 五條堀孝, 今西規

日本RNA学会年会要旨集 9th 235 2007年7月28日
統合的ヒト遺伝子アノテーションデータベース,H‐InvDB release4

山崎千里, 村上勝彦, 藤井康之, 武田淳一, 原田えりみ, 佐藤慶治, 最知直美, 三本松良子, 鈴木満美, 田中政之 …

生化学 1P-1062 2007年
Evola:系統樹解析にもとづくH‐InvDBヒト遺伝子のオルソログデータベース

松矢明宏, 松矢明宏, 坂手龍一, 坂手龍一, 川原善浩, 川原善浩, 佐藤慶治, 佐藤慶治, 藤井康之, 藤井康之 …

生化学 1P-1063 2007年
H-DBAS: Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational

Jun-ichi Takeda, Yutaka Suzuki, Mitsuteru Nakao, Tsuyoshi Kuroda, Sumio Sugano, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35(Database issue) D104-D109 2007年1月査読有り
Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs

Jun-ichi Takeda, Yutaka Suzuki, Mitsuteru Nakao, Roberto A. Barrero, Kanako O. Koyanagi, Lihua Jin, Chie Motono, Hiroko Hata, Takao Isogai, Keiichi Nagai …

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 34(14) 3917-3928 2006年査読有り

書籍等出版物

植物ゲノム科学辞典

駒嶺穆他 (担当:共著)

朝倉書店 2009年
実験医学増刊「第2章RNA 1. 完全長cDNAデータベース」

武田淳一, 今西規, 五條堀孝, 鈴木穣, 菅野純夫 (担当:共著)

羊土社 2008年

講演・口頭発表等

H-InvDB（ヒト遺伝子統合データベース）と関連データベースの紹介

武田淳一

RNAフロンティアミーティング2011 2011年8月30日
Comparative Analyses of Alternative Splicing Variants between Humans and Mice by Using Full-length cDNAs

武田淳一

SMBE2011 2011年7月26日
ヒトとマウスの完全長cDNAを用いた選択的スプライシングの比較ゲノム解析

武田淳一

BMB2007 2007年12月11日

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

一塩基置換（SNV）の統合的病因性予測システムの開発

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究 2018年4月 - 2021年3月

武田淳一

武田淳一

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研究分野

経歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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