秋山芳展 (Yoshinori Akiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学医生物学研究所教授

学位: 理学博士(京都大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-4483-5408
J-GLOBAL ID: 201401097662705880
researchmap会員ID: 7000008535

研究分野

ライフサイエンス / 分子生物学 /

論文

133

Cryo-EM structure of the bacterial intramembrane metalloprotease RseP in the substrate-bound state.

Kikuko Asahi, Mika Hirose, Rie Aruga, Yosuke Shimizu, Michiko Tajiri, Tsubasa Tanaka, Yuriko Adachi, Yukari Tanaka, Mika K Kaneko, Yukinari Kato …

Science advances 11(9) eadu0925 2025年2月28日査読有り
Cleavage cascade of the sigma regulator FecR orchestrates TonB-dependent signal transduction

Tatsuhiko Yokoyama, Ryoji Miyazaki, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Hiroki Nagai, Tomoya Tsukazaki, Tomoko Kubori, Yoshinori Akiyama

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 122(16) e2500366122 2025年1月8日査読有り責任著者
Translation arrest cancellation of VemP, a secretion monitor in Vibrio, is regulated by multiple cis and trans factors, including SecY.

Yuki Ikeda, Ryoji Miyazaki, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

The Journal of biological chemistry 300(10) 107735-107735 2024年10月査読有り
The origin of esterase activity of Parkinson's disease causative factor DJ-1 implied by evolutionary trace analysis of its prokaryotic homolog HchA

Aiko Watanabe, Fumika Koyano, Kenichiro Imai, Yohei Hizukuri, Shizuka Ogiwara, Tomoya Ito, Jun Miyamoto, Chihiro Shibuya, Mayumi Kimura, Kazuya Toriumi …

Journal of Biological Chemistry 107476-107476 2024年6月査読有り
S2P intramembrane protease RseP degrades small membrane proteins and suppresses the cytotoxicity of intrinsic toxin HokB

Tatsuhiko Yokoyama, Yutaro Yamagata, Saisei Honna, Shinya Mizuno, Shizuka Katagiri, Rika Oi, Terukazu Nogi, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

mBio 2023年7月6日査読有り最終著者責任著者
Analyzing protein intermediate interactions in living E. coli cells using site-specific photo-crosslinking combined with chemical crosslinking.

Ryoji Miyazaki, Yoshinori Akiyama

STAR protocols 4(2) 102178-102178 2023年3月17日査読有り招待有り責任著者
Inner membrane YfgM-PpiD heterodimer acts as a functional unit that associates with the SecY/E/G translocon and promotes protein translocation.

Ryoji Miyazaki, Mengting Ai, Natusko Tanaka, Takehiro Suzuki, Naoshi Dhomae, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

The Journal of biological chemistry 298(11) 102572-102572 2022年10月6日査読有り
Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP.

Yuki Imaizumi, Kazunori Takanuki, Takuya Miyake, Mizuki Takemoto, Kunio Hirata, Mika Hirose, Rika Oi, Tatsuya Kobayashi, Kenichi Miyoshi, Rie Aruga …

Science advances 8(34) eabp9011 2022年8月26日査読有り責任著者
Cryo-EM structure of the entire FtsH-HflKC AAA protease complex.

Zhu Qiao, Tatsuhiko Yokoyama, Xin-Fu Yan, Ing Tsyr Beh, Jian Shi, Sandip Basak, Yoshinori Akiyama, Yong-Gui Gao

Cell reports 39(9) 110890-110890 2022年5月31日査読有り責任著者
A Photo-Crosslinking Approach to Monitoring the Assembly of an LptD Intermediate with LptE in a Living Cell.

Ryoji Miyazaki, Hiroyuki Mori, Yoshinori Akiyama

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2548 97-107 2022年査読有り招待有り責任著者
Edge-strand of BepA interacts with immature LptD on the β-barrel assembly machine to direct it to on- and off-pathways.

Ryoji Miyazaki, Tetsuro Watanabe, Kohei Yoshitani, Yoshinori Akiyama

eLife 10 2021年8月31日査読有り責任著者
Moving toward generalizable NZ-1 labeling for 3D structure determination with optimized epitope-tag insertion.

Risako Tamura-Sakaguchi, Rie Aruga, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Rika Oi, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Yoshinori Akiyama …

Acta crystallographica. Section D, Structural biology 77(Pt 5) 645-662 2021年5月1日査読有り
The Escherichia coli S2P intramembrane protease RseP regulates ferric citrate uptake by cleaving the sigma factor regulator FecR.

Tatsuhiko Yokoyama, Tomoya Niinae, Kazuya Tsumagari, Koshi Imami, Yasushi Ishihama, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

The Journal of biological chemistry 296 100673-100673 2021年4月15日査読有り責任著者
Fine interaction profiling of VemP and mechanisms responsible for its translocation-coupled arrest-cancelation.

Ryoji Miyazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

eLife 9 2020年12月15日査読有り
Reversible autoinhibitory regulation of Escherichia coli metallopeptidase BepA for selective β-barrel protein degradation.

Yasushi Daimon, Shin-Ichiro Narita, Ryoji Miyazaki, Yohei Hizukuri, Hiroyuki Mori, Yoshiki Tanaka, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117(45) 27989-27996 2020年11月10日査読有り責任著者
A photo-cross-linking approach to monitor protein dynamics in living cells.

Ryoji Miyazaki, Yoshinori Akiyama, Hiroyuki Mori

Biochimica et biophysica acta. General subjects 1864(2) 129317-129317 2020年2月査読有り
Involvement of a Membrane-Bound Amphiphilic Helix in Substrate Discrimination and Binding by an Escherichia coli S2P Peptidase RseP.

Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

Frontiers in microbiology 11 607381-607381 2020年査読有り責任著者
Identification of an internal cavity in the PhoQ sensor domain for PhoQ activity and SafA-mediated control.

Yoshitani K, Ishii E, Taniguchi K, Sugimoto H, Shiro Y, Akiyama Y, Kato A, Utsumi R, Eguchi Y

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 83(4) 684-694 2019年4月査読有り
An in vivo protease activity assay for investigating the functions of the Escherichia coli membrane protease HtpX.

Yoshitani K, Hizukuri Y, Akiyama Y

FEBS letters 593(8) 842-851 2019年4月査読有り責任著者
Structural Basis for the Function of the β-Barrel Assembly-Enhancing Protease BepA.

Shahrizal M, Daimon Y, Tanaka Y, Hayashi Y, Nakayama S, Iwaki S, Narita SI, Kamikubo H, Akiyama Y, Tsukazaki T

Journal of molecular biology 431(3) 625-635 2019年2月査読有り責任著者

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MISC

174

BepAとBamBを欠損する大腸菌変異株におけるSDS感受性の解析

成田新一郎, 渡邉きくの, 秋山芳展

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2024 2024年
超好熱菌Aquifex aeolicus由来膜内切断プロテアーゼRsePの基質結合状態のクライオ電子顕微鏡構造

旭紀久子, 廣瀬未果, 有賀理江, 清水洋祐, 田尻道子, 田中翼, 安達友里子, 田中ゆかり, 金子美華, 加藤幸成 …

日本結晶学会年会講演要旨集 2024 2024年
細菌外膜品質管理プロテアーゼBepA可動ループ領域の機能解析

宮崎亮次, 西建留, 木元麻衣, 大門康志, 塚崎智也, 秋山芳展

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
グラム陰性細菌において、鉄シグナル伝達を担う一回膜貫通タンパク質FecRの膜挿入・連続的切断機構の解析

横山達彦, 塚崎智也, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 96回 [1P-154] 2023年10月
YhbOのオキソアルデヒド代謝から推察するパーキンソン病原因因子DJ-1の分子機能

渡辺藍子, 檜作洋平, 秋山芳展, 松田憲之

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 96回 [1P-214] 2023年10月
細菌の遺伝子発現制御の新展開ビブリオ属細菌における翻訳アレストを介した遺伝子発現制御

石井英治, 松田重輝, 飯田哲也, 秋山芳展, 森博幸

日本細菌学雑誌 78(1) 32-32 2023年2月
細菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み・切断時におけるダイナミックな構造変化モデル

三宅拓也, 今泉友希, 高貫一徳, 小林達也, 横山達彦, 大井里香, 檜作洋平, 禾晃和, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 95回 1T07a-07 2022年11月
バクテリアの表層変化と生存戦略細菌パーシスター化における膜内切断プロテアーゼRsePの役割生理学的及び構造学的アプローチ

檜作洋平, 横山達彦, 三宅拓也, 小林達也, 今泉友希, 高貫一徳, 大井里香, 禾晃和, 秋山芳展

日本細菌学雑誌 77(1) 19-19 2022年2月
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの新奇生理機能:FecRの切断を介した鉄取り込みに関わる遺伝子群の転写活性化

横山達彦, 新苗智也, 津曲和哉, 今見考志, 石濱泰, 檜作洋平, 秋山芳展

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2021 2021年
部位特異的in vivo光架橋法を応用したPiXie法による細胞内タンパク質の迅速な相互作用・フォールディング解析

宮崎亮次, 森博幸, 秋山芳展

生物物理 61(1) 36-39 2021年
TAシステムを介した細菌の休眠と覚醒:生化学と一細胞解析の融和を目指したアプローチ大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePを介したTA systemの制御細胞休眠・覚醒における意義

檜作洋平, 横山達彦, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 93回 [3S10m-01] 2020年9月
細菌の外膜生合成と品質管理に関わる2機能性プロテアーゼBepAの基質認識機構

宮崎亮次, 吉谷亘平, 森博幸, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 93回 [P-188] 2020年9月
バクテリアの表層構造の構築と機能大腸菌内膜で働く膜内切断プロテアーゼRsePの新規切断基質探索パーシスター化制御への関与

檜作洋平, 横山達彦, 秋山芳展

日本細菌学雑誌 75(1) 15-15 2020年1月
大腸菌S2PファミリープロテアーゼRsePの基質探索:鉄取り込みに関与する転写制御因子の切断とその生理的意義

横山達彦, 新苗智也, 津曲和哉, 今見考志, 石濱泰, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 93rd [1Z04-189)] 2020年
新生ポリペプチド鎖依存的な膜局在化によるmRNA分解促進

石井英治, 石井英治, 秋山芳展, 森博幸

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2020 2020年
バクテリアの表層構造の構築と機能大腸菌内膜で働く膜内切断プロテアーゼRsePの新規切断基質探索パーシスター化制御への関与

檜作洋平, 横山達彦, 秋山芳展

日本細菌学雑誌 75(1) 15-15 2020年1月
FRET蛍光ペプチドを用いた大腸菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼのリアルタイム切断kinetics計測系の構築

檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-080] 2019年9月
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの新規基質切断とその生理的意義低分子膜タンパク質HokBの切断を介したパーシスター形成制御

横山達彦, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-081] 2019年9月
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質切断と構造維持に重要な膜表在・両親媒性ヘリックスの解析

三宅拓也, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-082] 2019年9月
改良型部位特異的in vivo光架橋法による生細胞内での翻訳途上ポリペプチド鎖の相互作用動態解析

宮崎亮次, 秋山芳展, 森博幸

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [2P-076] 2019年9月

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書籍等出版物

RseP peptidase

檜作洋平, 秋山芳展 (担当:分担執筆)

2025年7月
HtpX peptidase

秋山芳展, 檜作洋平 (担当:分担執筆)

2025年7月
FtsH

小椋光, 奥野貴士, 寿野良二, 秋山芳展 (担当:分担執筆)

Elsevier Ltd 2013年
HtpX

秋山芳展, 伊藤維昭 (担当:分担執筆)

Elsevier Ltd 2013年
RseP

檜作洋平, 伊藤維昭, 秋山芳展 (担当:分担執筆)

Elsevier Ltd 2013年

共同研究・競争的資金等の研究課題

大腸菌BepAによる外膜タンパク質トリアージ機構とその制御

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

秋山芳展, 森博幸
大腸菌BepAによる外膜タンパク質トリアージ機構とその制御

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

秋山芳展, 森博幸
大腸菌膜内切断プロテアーゼ RsePの生理機能と特異的基質切断機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

秋山芳展, 檜作洋平
ペリプラズムプロテアーゼBepAによる細菌外膜の品質管理機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

成田新一郎, 秋山芳展, 大門康志
膜内切断プロテアーゼRsePの選択的基質切断機構と新規細胞機能

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

秋山芳展, 森博幸
複合的構造解析による膜内プロテアーゼRsePの膜内・膜外での基質認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2014年4月 - 2018年3月

禾晃和, 佐藤毅, 秋山芳展, 檜作洋平, 大井里香, 高貫一徳, 田村梨沙子
ビブリオ菌における新生鎖機能を介したタンパク質膜透過の制御

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年4月 - 2017年3月

秋山芳展
ストレス応答に関与するシャペロン／プロテアーゼを介した細菌細胞表層の品質管理機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2015年3月

成田新一郎, 秋山芳展, 大門康志
膜内タンパク質切断による新規な細胞機能調節機構の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

秋山芳展, 森博幸
SRP経路を介した膜局在化による熱ショック転写因子シクマ32の分解機構

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2011年 - 2012年

森博幸, 秋山芳展, 伊藤伊藤
タンパク質膜透過におけるSecDFの機能とプロトン駆動力の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2010年 - 2012年

森博幸, 秋山芳展, 塚崎智也, 南野徹
Nascent Chain(合成途上鎖)の分子生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2008年 - 2012年

伊藤維昭, 千葉志信, 秋山芳展, 森博幸
大腸菌膜タンパク質の機能発現と秩序維持機能

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2007年 - 2011年

秋山芳展, 森博幸
膜内切断(RIP)プロテアーゼの細胞機能

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2009年 - 2010年

千葉志信, 秋山芳展
膜結合型AAA+プロテアーゼFtsHのX線結晶構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2009年 - 2010年

寿野良二, 秋山芳展, 岩田想
大腸菌内膜ストレス応答機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

秋山芳展, 森博幸
大腸菌膜内切断(RIP)プロテアーゼの細胞機能と制御

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2007年 - 2008年

秋山芳展
制御された膜内タンパク質切断(RIP)の分子メカニズム

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2005年 - 2007年

秋山芳展
膜を越えたタンパク質の動きを制御するシステム

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2006年

伊藤維昭, 秋山芳展, 森博幸
制御された膜タンパク質切断(RIP)による膜を越えたストレス応答機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2003年 - 2004年

秋山芳展

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