飯田渓太 (Keita Iida) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学蛋白質研究所准教授

研究者番号: 10709653
J-GLOBAL ID: 201301052022350901
researchmap会員ID: 7000005567

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

大阪大学, 蛋白質研究所細胞システム研究室, 准教授
2019年4月 - 2023年3月

大阪大学, 蛋白質研究所細胞システム研究室, 助教
2018年7月 - 2019年3月

東京大学, 生産技術研究所定量生物学研究室, 特任助教
2017年1月 - 2018年6月

東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 兼業
2017年1月 - 2018年6月

東北大学, 災害科学国際研究所災害精神医学分野, 助教
2015年5月 - 2016年12月

東北大学病院, 臨床研究推進センター, 特任助教
2015年4月 - 2015年4月

東北大学病院, 助教
2013年4月 - 2015年3月

東北大学大学院医学系研究科, 融合医工学分野, 助手

受賞

2020年2月

2019年度日本数学会応用数学研究奨励賞, 日本数学会

飯田渓太
2018年12月

基礎研究グラント, エディテージ・エッジ

飯田渓太

論文

Clonal origin and lineage ambiguity in mixed neuroendocrine carcinoma of the uterine cervix

Masamune Masuda, Keita Iida, Sadahiro Iwabuchi, Mie Tanaka, Satoshi Kubota, Hiroyuki Uematsu, Kunishige Onuma, Yoji Kukita, Kikuya Kato, Shoji Kamiura …

The American Journal of Pathology 2023年12月14日査読有り
Positive and negative feedback regulation of the TGF-β1-SMAD4 axis explains two equilibrium states in human skin aging

Masatoshi Haga, Keita Iida, Mariko Okada

bioRxiv 2023年7月
Distinct but interchangeable subpopulations of colorectal cancer cells with different growth fates and drug sensitivity

Roberto Coppo, Jumpei Kondo, Keita Iida, Mariko Okada, Kunishige Onuma, Yoshihisa Tanaka, Mayumi Kamada, Masayuki Ohue, Kenji Kawada, Kazutaka Obama …

iScience 26(2) 1-25 2023年1月13日査読有り
TGF-β generates a population of cancer cells residing in G1 phase with high motility and metastatic potential via KRTAP2-3

Kazuki Takahashi, Katarzyna A. Podyma-Inoue, Maki Saito, Shintaro Sakakitani, Akinari Sugauchi, Keita Iida, Sadahiro Iwabuchi, Daizo Koinuma, Kyoko Kurioka, Toru Konishi …

Cell Reports 40(13) 1-16 2022年9月27日査読有り
ASURAT: functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes

Keita Iida, Jumpei Kondo, Johannes Nicolaus Wibisana, Masahiro Inoue, Mariko Okada

Bioinformatics 38(18) 4330-4336 2022年8月4日査読有り筆頭著者責任著者
ASURAT: Functional annotation-driven unsupervised clustering for single-cell data

Keita Iida

Bioconductor 2022年4月5日査読有り筆頭著者
dbTMM: an integrated database of large-scale cohort, genome and clinical data for the Tohoku Medical Megabank Project

Soichi Ogishima, Satoshi Nagaie, Satoshi Mizuno, Ryosuke Ishiwata, Keita Iida, Kazuro Shimokawa, Takako Takai-Igarashi, Naoki Nakamura, Sachiko Nagase, Tomohiro Nakamura …

Human Genome Variation 8(1) 44-44 2021年12月査読有り
Building patient‐specific models for receptor tyrosine kinase signaling networks

Kyoichi Ebata, Sawa Yamashiro, Keita Iida, Mariko Okada

The FEBS Journal 2021年5月14日査読有り
Novel candidates of pathogenic variants of the BRCA1 and BRCA2 genes from a dataset of 3,552 Japanese whole genomes (3.5KJPNv2)

Hideki Tokunaga, Keita Iida, Atsushi Hozawa, Soichi Ogishima, Yoh Watanabe, Shogo Shigeta, Muneaki Shimada, Yumi Yamaguchi-Kabata, Shu Tadaka, Fumiki Katsuoka …

PLOS ONE 16(1) e0236907-e0236907 2021年1月11日査読有り
Quantifying heterogeneity of stochastic gene expression

Keita Iida, Nobuaki Obata, Yoshitaka Kimura

Journal of Theoretical Biology 465 56-62 2019年3月査読有り筆頭著者責任著者
Mathematical Theory to Compute Stochastic Cellular Processes

Keita Iida, Yoshitaka Kimura

APPLICATIONS + PRACTICAL CONCEPTUALIZATION + MATHEMATICS = FRUITFUL INNOVATION 11 117-120 2016年査読有り筆頭著者
Vaginal LPS changed gene transcriptional regulation response to ischemic reperfusion and increased vulnerability of fetal brain hemorrhage

Yupeng Dong, Yoshitaka Kimura, Takuya Ito, Clarissa Velayo, Takafumi Sato, Rika Sugibayashi, Kiyoe Funamoto, Kudo Hitomi, Keita Iida, Miyuki Endo …

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 468(1-2) 228-233 2015年12月査読有り
Intrauterine Ischemic Reperfusion Switches the Fetal Transcriptional Pattern from HIF-1α- to P53-Dependent Regulation in the Murine Brain

Yupeng Dong, Takuya Ito, Clarissa Velayo, Takafumi Sato, Keita Iida, Miyuki Endo, Kiyoe Funamoto, Naoaki Sato, Nobuo Yaegashi, Yoshitaka Kimura

PLoS ONE 9(10) e110577-e110577 2014年10月17日査読有り
Theoretical study on the translation and rotation of an elliptic camphor particle

Keita Iida, Hiroyuki Kitahata, Masaharu Nagayama

PHYSICA D-NONLINEAR PHENOMENA 272 39-50 2014年4月査読有り筆頭著者
Molecular Patterns of Neurodevelopmental Preconditioning: A Study of the Effects of Antenatal Steroid Therapy in a Protein-Restriction Mouse Model

Clarissa Velayo, Takuya Ito, Yupeng Dong, Miyuki Endo, Rika Sugibayashi, Kiyoe Funamoto, Keita Iida, Nobuo Yaegashi, Yoshitaka Kimura

ISRN Obstetrics and Gynecology 2014 1-13 2014年3月13日査読有り
Spontaneous motion of an elliptic camphor particle

Hiroyuki Kitahata, Keita Iida, Masaharu Nagayama

PHYSICAL REVIEW E 87(1) 2013年1月査読有り
Experimental and theoretical studies on the self-motion of a phenanthroline disk coupled with complex formation

Keita Iida, Nobuhiko J. Suematsu, Yumi Miyahara, Hiroyuki Kitahata, Masaharu Nagayama, Satoshi Nakata

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 12(7) 1557-1563 2010年査読有り筆頭著者

書籍等出版物

改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ

飯田渓太, 粕川雄也

羊土社 2023年9月28日 (ISBN: 9784758122672)
生体の科学：未病の科学

飯田渓太

医学書院 2023年4月15日
実験医学別冊：空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド

飯田渓太, 岡田眞里子

羊土社 2022年12月5日 (ISBN: 9784758122610)
医学のあゆみ：1細胞解析―技術と応用

Johannes Nicolaus Wibisana, 飯田渓太, 岡田眞里子

医歯薬出版株式会社 2021年3月6日
Self-organized Motion: Physicochemical Design based on Nonlinear Dynamics

Hiroyuki Kitahata, Yuki Koyano, Keita Iida, Masaharu Nagayama

Royal Society of Chemistry Book 2018年11月6日 (ISBN: 9781788011662)

Works(作品等)

ASURAT

2022年4月5日コンピュータソフト
Immune Cell Quest

Keita Iida

教材

共同研究・競争的資金等の研究課題

臨床検体×空間オミクス解析×疾患iPS細胞の融合による拘束型心筋症の病態解明と治療法の探索

国立研究開発法人日本医療研究開発機構難治性疾患実用化研究事業 2023年9月 - 2026年3月

三木健嗣, 飯田渓太, 石田秀和, 長谷川然
オミクスデータの記号学的分類を可能にする数理研究

国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) ムーンショット型研究開発事業 2022年4月 - 2026年3月

飯田渓太
がん可塑性の機構解明に向けた知識データ活用型の革新的オミクス解析

大阪大学蛋白質研究所蛋白質研究所新分野開拓支援プログラム 2020年4月 - 2023年3月

飯田渓太, 近藤純平, 井上正宏
一細胞データから遺伝子の制御構造を定量推定するための確率・統計理論の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2020年4月 - 2023年3月

飯田渓太
オミクス解析における実験と数理の協働

大阪大学蛋白質研究所 2020年度大阪大学蛋白質研究所セミナー 2021年1月 - 2021年1月

飯田渓太, 市川彩花
確率・統計を用いた１細胞遺伝子発現の数理解析と生物学的パラメータの推定

エディテージ・エッジ基礎研究グラント 2019年1月

飯田渓太
遺伝子発現解析によるマウス胎仔低酸素バイオマーカーの探索

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2015年4月 - 2017年3月

飯田渓太
遺伝子発現における確率的現象の数理解析

基礎科学研究 2013年4月 - 2015年4月

担当経験のある科目(授業)

2024年2月 - 2024年2月

生物科学の最前線 (大阪大学)
2023年11月 - 2023年11月

上海科技大講義（システム生物学） (ShanghaiTech University)
2023年10月 - 2023年10月

第18回女子中高生のための関西科学塾 (奈良女子大学理学部、（一社）関西科学塾コンソーシアム【共催】大阪大学、神戸大学インクルーシブキャンパス＆ヘルスケアセンタージェンダー平等推進部門、大阪公立大学)
2023年4月 - 2023年6月

現代ゲノム研究概説 (大阪大学)
2023年4月 - 2023年4月

生物学実験1 (データ整理; PubMedの使い方) (大阪大学)
2023年1月 - 2023年1月

生物科学の最前線 (大阪大学)
2022年4月 - 2022年4月

生物学実験1 (データ整理) (大阪大学)
2021年10月 - 2021年10月

第16回女子中高生のための関西科学塾 (大阪府立大学、一般社団法人関西科学塾コンソーシアム)
2021年4月 - 2021年6月

学問への扉（マチカネゼミ） (大阪大学)
2021年4月 - 2021年4月

生物学実験1 (データ整理) (大阪大学)
2020年4月 - 2020年4月

生物学実験1 (データ整理) (大阪大学)
2011年4月 - 2012年3月

応用数学A：フーリエ・ラプラス変換 (石川工業高等専門学校)
2011年4月 - 2012年3月

基礎数学B (石川工業高等専門学校)

学術貢献活動

International Congress on Industrial and Applied Mathematics 2023 (ICIAM2023)

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等, 査読

Yusuke Imoto, Kazumitsu Maehara, Keita Iida 2023年8月25日 - 2023年8月26日
1st International Symposium on Aihara Moonshot Project (ISAMS2022)

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

Keita Iida, Koji Noshita, Shingo Iwami 2022年6月6日 - 2022年6月8日
IPR Seminar: オミクス解析における実験と数理の協働

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

飯田渓太, 市川彩花 2021年1月15日
2020年度若手技術セミナー

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

市川彩花, 岡橋伸幸, 和泉自泰, 梅山大地, 大野聡, 堀之内貴明, 飯田渓太 2020年8月28日
International Congress on Industrial and Applied Mathematics 2019 (ICIAM2019)

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

Keita Iida, Keiji Miura (Valencia, Spain) 2019年7月18日 - 2019年7月18日
Multidisciplinary Approach Forum 2014 (MAF2014)

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

Keita Iida, Kazuyuki Kitatani, Fumiaki Takahashi, Satoshi Mizuno, Keiji Miura, Nobuaki Obata 2014年9月20日 - 2014年9月21日

社会貢献活動

第18回女子中高生のための関西科学塾

講師

奈良女子大学理学部、（一社）関西科学塾コンソーシアム【共催】大阪大学、神戸大学インクルーシブキャンパス＆ヘルスケアセンタージェンダー平等推進部門、大阪公立大学 2023年10月29日
第16回女子中高生のための関西科学塾

講師

大阪府立大学、一般社団法人関西科学塾コンソーシアム 2021年10月24日

講演・口頭発表等

1細胞トランスクリプトームの記号学的分類

飯田渓太

定量生物学の会第十一回年会 2024年1月6日
１細胞オミクス解析における記号学の応用可能性

飯田渓太

第63回生物物理夏の学校 2023年9月5日招待有り
Functional annotation-driven unsupervised clustering for single-cell data

Keita Iida

10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM 2023 TOKYO) 2023年8月25日
シングルセルデータを生物機能の空間で解析するソフトウェア ASURAT の紹介

飯田渓太

第6回OUバイオインフォマティクスセンターセミナー 2023年8月2日招待有り
がん可塑性の機構解明に向けた知識データ活用型の革新的オミクス解析

飯田渓太, 近藤純平, 井上正宏

蛋白質研究所新分野開拓支援プログラム成果報告会 2023年6月28日
ASURAT: Functional annotation unsupervised clustering for single data

飯田渓太

ムーンショット目標2x7技術交流会 2023年6月16日招待有り
MS目標2の他のプロジェクトとの数理的連携研究および包括的データベース構築 II

飯田渓太

合原ムーンショットプロジェクト内部中間評価会（兼第23回進捗報告会） 2023年6月2日
がんの空間トランスクリプトームを生物機能の空間で解析する

飯田渓太

大野MS x 合原MS 合同シンポジウム2023 2023年4月12日招待有り
遺伝子発現の“ばらつき”と“調節”の理論

飯田渓太

合原ムーンショット第20回進捗報告会 2023年3月27日
遺伝子発現調節の確率モデリングとパラメータ推定

飯田渓太

若手数学者交流会2023 2023年3月14日招待有り
Stochastic analysis of single-cell gene expression

飯田渓太

合原ムーンショット第17回進捗報告会 2022年12月28日
細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記

飯田渓太

Bio"Pack"athon 2022年11月2日招待有り
MS目標2の他のプロジェクトとの数理的連携研究および包括的データベース構築（Part II）

飯田渓太

合原ムーンショット第2回プロジェクト会議（兼第15回進捗報告会） 2022年9月16日
遺伝子発現の確率モデリング〜転写制御パラメータの推定を目指して〜

飯田渓太

札幌非線形現象研究会 2022年8月31日招待有り
がんの空間トランスクリプトームの記号学的分類

飯田渓太

第3回ゲノム生物物理学セミナー 2022年8月29日
Clustering spatial transcriptomes through multifaceted biological aspects

飯田渓太

合原ムーンショット第13回進捗報告会 2022年7月23日
Clustering single-cell and spatial transcriptomes through multifaceted biological aspects

Keita Iida

1st International Symposium on Aihara Moonshot Project (ISAMS2022) 2022年6月8日
Clustering single-cell transcriptomes through multifaceted biological aspects

飯田渓太

合原ムーンショット第11回進捗報告会 2022年5月23日
Clustering single-cell and spatial transcriptomes through multifaceted biological aspects

Keita Iida

Open seminar at Laboratory of Hiroshi Mamitsuka 2022年5月18日招待有り
ASURAT clusters single-cell transcriptomes through multifaceted biological aspects

Keita Iida, Johannes Nicolaus Wibisana, Mariko Okada

The Biology of Genomes 2022年5月13日

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所属学協会

2022年4月 - 現在

日本数学会
2021年5月 - 現在

日本癌学会

メディア報道

細胞の多面的な遺伝子解析ソフトウェアASURATを開発 ―専門家の経験に依存しない”機能アノテーション”を用いた細胞分類法―

大阪大学蛋白質研究所 http://www.protein.osaka-u.ac.jp/achievements/20220906/ 2022年9月7日インターネットメディア
生物学と数学の両面から細胞の分子過程を探る

エディテージ・エッジ https://edge.editage.jp/keita-iida/ 2019年8月25日インターネットメディア

その他

細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記

2022年11月

https://togotv.dbcls.jp/20221109.html
AMS News Letter

2022年7月

https://www.sat.t.u-tokyo.ac.jp/moonshot/media/newsletter/ams_newsletter004_web.pdf
2020年度若手技術セミナー

2020年8月

http://transomics.umin.jp/20200828report.html
2018年度応用数学合同研究集会に参加して

2019年2月

https://jom.jsiam.org/?article=G1812C

MISC

がん研究における女性研究者 TGF-βは増殖が低下して運動能が上昇したがん細胞集団を形成することで口腔がんの転移を亢進する(TGF-β enhances metastasis of oral cancer via generation of a population of cancer cells in G1 phase with high motility)

井上カタジナアンナ, 高橋和樹, 須河内昭成, 飯田渓太, 岩淵禎弘, 鯉沼代造, 栗岡恭子, 小西徹, 田中晋, 戒田篤志 …

日本癌学会総会記事 81回 SS1-5 2022年9月
PHLDA3は膵島細胞の分化と代謝を制御することで非機能性膵神経内分泌腫瘍の悪性化を抑制する(PHLDA3 suppresses the malignant progression of non-functional PanNET by regulating cell differentiation and metabolism)

陳ヨ, 岩淵禎弘, 清野透, 平岡伸介, 飯田渓太, 新井康仁, 横山明彦, 岡田眞里子, 橋本真一, 大木理恵子

日本癌学会総会記事 81回 P-2033 2022年9月
PHLDA3機能欠損によるAktの活性化は細胞の分化と代謝異常を引き起こし、膵臓神経内分泌腫瘍の悪性化を促進する

陳ヨ, 岩淵禎弘, 清野透, 平岡伸介, 飯田渓太, 新井康仁, 横山明彦, 岡田眞里子, 橋本真一, 仙波憲太郎 …

日本癌学会総会記事 80回 [J4-3] 2021年9月
Variants of uncertain significance of the cancer-predisposing genes in two thousand Japanese whole-genome sequencing data

Jun Yasuda, Keita Iida, Kazuki Kumada, Soichi Ogishima, Yusuke Shibuya, Hideki Tokunaga, Nobuo Yaegashi

CANCER RESEARCH 78(13) 2018年7月
妊娠高血圧症候群(HDP)フェノタイピングのためのアルゴリズムの検討

水野聖士, 永家聖, 飯田渓太, 笠原直子, 田宮元, 栗山進一, 八重樫伸生, 田中博, 菅原準一, 荻島創一

日本疫学会学術総会講演集(Web) 28th 133 (WEB ONLY) 2018年2月1日
Effects of Maternal Inflammation on the Fetal Brain in a Murine Model

Yupeng Dong, Takuya Ito, Clarissa Velayo, Rika Sugibayashi, Kiyoe Funamoto, Keita Iida, Miyuki Endo, Naoaki Sato, Takahiro Minato, Ken Haneda …

REPRODUCTIVE SCIENCES 22 368A-368A 2015年3月
ISP-14-1 Intrauterine Ischemic reperfusion switches the fetal transcriptional pattern from HIF-1α-to P53-dependent regulation in the murine brain(Group 14 Perinatology 4,IS Poster,International Session) :

Dong Yupeng, Ito Takuya, Sugibayashi Rika, Iida Keita, Sato Naoaki, Yaegashi Nobuo, Kimura Yoshitaka

日本産科婦人科學會雜誌 67(2) 1039-1039 2015年
繰り返す虚血再灌流負荷は母体低栄養マウス胎仔の脳出血発症リスクを増大させる

伊藤拓哉, 杉林里佳, 木村芳孝, 董宇鵬, 飯田渓太, 佐藤尚明, 八重樫伸生

日本産科婦人科学会雑誌 66(2) 580-580 2014年2月
胎児心拍細変動における胎児心電図の抽出アルゴリズムの検討(I)

飯田渓太, 木村芳孝, 伊藤拓哉, 董宇鵬, 羽根田健, 大塩清佳, 西郡秀和, 八重樫伸生

日本産科婦人科学会雑誌 66(2) 719-719 2014年2月
胎児心拍細変動における胎児心電図の抽出アルゴリズムの検討(II)

木村芳孝, 飯田渓太, 伊藤拓哉, 董宇鵬, 羽根田健, 大塩清佳, 西郡秀和, 八重樫伸生

日本産科婦人科学会雑誌 66(2) 719-719 2014年2月
ISP-9-7 Phosphorylation of ATF2 at Thr71 in the fetal brain response to global Ischemic Reperfusion is triggered by vaginal LPS administration(Group 9 Perinatology 1,IS Poster,International Session) :

Dong Yupeng, Ito Takuya, Sugibayashi Rika, Iida Keita, Sato Naoaki, Kimura Yoshitaka, Yaegashi Nobuo

日本産科婦人科學會雜誌 66(2) 944-944 2014年
26aKG-9 表面張力勾配により駆動される粒子の形状と運動の相関(反応拡散系・振動子系1,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

北畑裕之, 飯田渓太, 長山雅晴

日本物理学会講演概要集 68(2) 234-234 2013年8月26日
樟脳粒の自発運動：粒子形状と運動の関係について

飯田渓太, 北畑裕之, 長山雅晴

日本計算工学会講演会論文集 18 2013年6月
19aPSA-20 表面張力勾配による楕円形樟脳粒の運動(19aPSA 領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

北畑裕之, 飯田渓太, 長山雅晴

日本物理学会講演概要集 67(2) 249-249 2012年8月24日
Numerical simulation of camphor motions at the air-water interface

飯田渓太, 北畑裕之, 長山雅晴

日本計算工学会講演会論文集 17 2012年5月

飯田渓太

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研究キーワード

研究分野

経歴

受賞

論文

書籍等出版物

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

担当経験のある科目(授業)

学術貢献活動

社会貢献活動

講演・口頭発表等

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その他

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